These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_6789#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 825 fasta sequence [ATGTTTATGATTATATTCATGAAAGATGAAAACTTAAAAAGTATAATATAACTTTAAAGATATTCACAAAAATAAGTTGAAATTCATAACAATTAAAATGAAGAACTACAAAGTGAATCTTACAAATCGAGGGGGGAGGGGACAAATTTACAGAAAATAAAAAAATATATAAATACATTAAATATTTACACATCAATGAATATACTACTTAAATACTAACTATACAAATATACTACTTATTATTGATATATAAGAGCAATAAAGAAATAATTTAGAGTGTAATTGGTTGAAAATGTATATATATACAAAATGAATGAATTAACAATTGACACCTTCATTTTCCATACCTTTGTTAAATCGTGTCAGATTTTTTGTATCCGATTGAATATTGTAAGATTCATTGAGTTTTATTTGTCGTGATGGTTGCAATGATGTTTTCGATTGATTTACAACAATAACAGGTTCTAGATCAATTAAAGCTGTTTGTGAACCATCACTTTGACAACTATCACGACGATGTGAACAATTACCGGTTTTTGTTTCAATTCTATCTACATTGGAATCGATTTCACTGATAATATCATTTGTAAATACATGACTTGAATGAATTAAAAGTGAATTTCCAGTAAATGTTTCATGTTCAGATGGTGAAACTAGTAATTCATGCTTTTTACGATGTGTTGAATGAGATAAACGTTTTAAATTTAAACCACTAGGTTGTCCAGTTCTAGATAATTCTTTAACACGTGTTGGACGTGATTGATGAACTACAGATATTGATGGTGATGATAATGTAGCTGTTGAT-AATGCAATACTCCTAGTTAT] [+] EMBL CD075757 [ATGTTTATGATTATATTCATGAAAGATGAAAACTTAAAAAGTATAATATAACTTTAAAGATATTCACAAAAATAAGTTGAAATTCATAACAATTAAAATGAAGAACTACAAAGTGAATCTTACAAATCGAGGGGGGAGGGGACAAATTTACAGAAAATAAAAAAATATATAAATACATTAAATATTTACACATCAATGAATATACTACTTAAATACTAACTATACAAATATACTACTTATTATTGATATATAAGAGCAATAAAGAAATAATTTAGAGTGTAATTGGTTGAAAATGTATATATATACAAAATGAATGAATTAACAATTGACACCTTCATTTTCCATACCTTTGTTAAATCGTGTCAGATTTTTTGTATCCGATTGAATATTGTAAGATTCATTGAGTTTTATTTGTCGTGATGGTTGCAATGATGTTTTCGATTGATTTACAACAATAACAGGTTCTAGATCAATTAAAGCTGTTTGTGAACCATCACTTTGACAACTATCACGACGATGTGAACAATTACCGGTTTTTGTTTCAATTCTATCTACATTGGAATCGATTTCACTGATAATATCATTTGTAAATACATGACTTGAATGAATTAAAAGTGAATTTncc ] [+] EMBL CD123037 [ AGATTCATTGAGTTTTATTTGTCGTGATGGTTGCAATGATGTTTTCGATTGATTTACAACAATAACAGGTTCTAGATCAATTAAAGCTGTTTGTGAACCATCACTTTGACAACTATCACGACGATGTGAACAATTACCGGTTTTTGTTTCAATTCTATCTACATTGGAATCCATTTCACTGATAATATCATTTGGAAATACATGACTTGAATGAATTAAAAGTGAATTTCCAGTAAATGTTTCATGTTCAGATGGTGAAACTAGTAATTCATGCTTTTTACGATGTGTTGAATGAGATAAACGTTTTAAATTTAAACCACTAGGTTGTCCAGTTCTAGATAATTCTTTAACACGTGTTGGACGTGATTGATGAACTACAGATATTGATGGTGATGATAATGTAGCTGTTGATAAATGCAATACTCCTAGTTAT] [+] EMBL CD123032 [ AGATTCATTGAGTTTTATTTGTCGTGATGGTTGCAATGATGTTTTCGATTGATTTACAACAATAACAGGTTCTAGATCAATTAAAGCTGTTTGTGAACCATCACTTTGACAACTATCACGACGATGTGAACAATTACCGGTTTTTGTTTCAATTCTATCTACATTGGAATCGATTTCACTGATAATATCATTTGTAAATACATGACTTGAATGAATTAAAAGTGAATTTCCAGTAAGTGTTTCATGTTCAGATGGTGAAACTAGTAATTCATGCTTTTTACGATGTGTTGAATGAGATAAACGTTTTAAATTTAAACCACTAGGTTGTCCAGTTCTAGATAATACTTTAACACGTGTTGGACGTGATTGATGAACTACAGATATTGATGGTGATGATAATGTACCTGTTGAT AATGC ] consensusID : consensus_6789#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 437 fasta sequence [AGATTCATTGATTTTTATTTGTCGAGATGGTCAGCAATGATGATTTGTCCATTGATTTACAACAATAACAGGTTCTAAATCAATTAAACCTGTATGCGAACCATCACTTTGACAACTATCACGACTATGAGACCAATTACCGGATTTTGTTCCAATCCTATCTACATTGGAATCGATTTCACTGACAATATCATTTGAAAATACATGACTTGAATGAATTAACAGAGAATTTCCAATCATTGTTTCATGTTCATATGGCCGAAACTAGTAATTCATGCTTTTTACGATGTGTAGAATGAGATAAACGTTGTACATTTAAACCACTAGGTTGTCCAGATCTAGATAATTCTTTAACACGTGTTGGACGTGATTGATGAACTACAGATATTGATGGTGATGATAATGTATCTGATGATAATGCAATACTCGTACTTATT] [+] EMBL CD123047 [AGATTCATTGATTTTTATTTGTCGAGATGGTCAGCAATGATGATTTGTCCATTGATTTACAACAATAACAGGTTCTAAATCAATTAAACCTGTATGCGAACCATCACTTTGACAACTATCACGACTATGAGACCAATTACCGGATTTTGTTCCAATCCTATCTACATTGGAATCGATTTCACTGACAATATCATTTGAAAATACATGACTTGAATGAATTAACAGAGAATTTCCAATCATTGTTTCATGTTCATATGGCCGAAACTAGTAATTCATGCTTTTTACGATGTGTAGAATGAGATAAACGTTGTACATTTAAACCACTAGGTTGTCCAGATCTAGATAATTCTTTAACACGTGTTGGACGTGATTGATGAACTACAGATATTGATGGTGATGATAATGTATCTGATGATAATGCAATACTCGTACTTATT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_6789#0 ATGTTTATGATTATATTCATGAAAGATGAAAACTTAAAAAGTATAATATAACTTTAAAGA 60 consensus_6789#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6789#0 TATTCACAAAAATAAGTTGAAATTCATAACAATTAAAATGAAGAACTACAAAGTGAATCT 120 consensus_6789#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6789#0 TACAAATCGAGGGGGGAGGGGACAAATTTACAGAAAATAAAAAAATATATAAATACATTA 180 consensus_6789#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6789#0 AATATTTACACATCAATGAATATACTACTTAAATACTAACTATACAAATATACTACTTAT 240 consensus_6789#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6789#0 TATTGATATATAAGAGCAATAAAGAAATAATTTAGAGTGTAATTGGTTGAAAATGTATAT 300 consensus_6789#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6789#0 ATATACAAAATGAATGAATTAACAATTGACACCTTCATTTTCCATACCTTTGTTAAATCG 360 consensus_6789#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6789#0 TGTCAGATTTTTTGTATCCGATTGAATATTGTAAGATTCATTGAGTTTTATTTGTCGTGA 420 consensus_6789#1 ---------------------------------AGATTCATTGATTTTTATTTGTCGAGA 27 *********** ************ ** consensus_6789#0 TGGTT-GCAATGATGTTTT--CGATTGATTTACAACAATAACAGGTTCTAGATCAATTAA 477 consensus_6789#1 TGGTCAGCAATGATGATTTGTCCATTGATTTACAACAATAACAGGTTCTAAATCAATTAA 87 **** ********* *** * *************************** ********* consensus_6789#0 AGCTGTTTGTGAACCATCACTTTGACAACTATCACGACGATGTGAACAATTACCGGTTTT 537 consensus_6789#1 ACCTGTATGCGAACCATCACTTTGACAACTATCACGACTATGAGACCAATTACCGGATTT 147 * **** ** **************************** *** ** ********** *** consensus_6789#0 TGTTTCAATTCTATCTACATTGGAATCGATTTCACTGATAATATCATTTGTAAATACATG 597 consensus_6789#1 TGTTCCAATCCTATCTACATTGGAATCGATTTCACTGACAATATCATTTGAAAATACATG 207 **** **** **************************** *********** ********* consensus_6789#0 ACTTGAATGAATTAAAAGTGAATTTCCAGTAAATGTTTCATGTTCAGATGGT-GAAACTA 656 consensus_6789#1 ACTTGAATGAATTAACAGAGAATTTCCAATCATTGTTTCATGTTCATATGGCCGAAACTA 267 *************** ** ********* * * ************* **** ******* consensus_6789#0 GTAATTCATGCTTTTTACGATGTGTTGAATGAGATAAACGTTTTAAATTTAAACCACTAG 716 consensus_6789#1 GTAATTCATGCTTTTTACGATGTGTAGAATGAGATAAACGTTGTACATTTAAACCACTAG 327 ************************* **************** ** ************** consensus_6789#0 GTTGTCCAGTTCTAGATAATTCTTTAACACGTGTTGGACGTGATTGATGAACTACAGATA 776 consensus_6789#1 GTTGTCCAGATCTAGATAATTCTTTAACACGTGTTGGACGTGATTGATGAACTACAGATA 387 ********* ************************************************** consensus_6789#0 TTGATGGTGATGATAATGTAGCTGTTGATAATGCAATACTCCTAGTTAT- 825 consensus_6789#1 TTGATGGTGATGATAATGTATCTGATGATAATGCAATACTCGTACTTATT 437 ******************** *** **************** ** **** |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||