cluster # 6985

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Schistosoma mansoni
cluster # 6985 cluster # 6985 Sequences # 4 consensus # 4

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_6985#0 length = 538 sequences # 1
consensus_6985#1 length = 449 sequences # 1

consensus_6985#2 length = 413 sequences # 1
consensus_6985#3 length = 326 sequences # 1

consensusID : consensus_6985#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 538
fasta sequence

                              [CGTGCAAAGGAACCTTGTTAACCAAGTGAACTTATTTGTGGTTGTTATTTCAGAAAGCAGCTTACAAGTAACATTTATTTTTTAACACTAGTGTTACTAGCTGTTACCATTTTGTTGCTCAATATACCTTTTTATAATTTAACTGTAGTTTGTTACCTTTTGTGTTACTAATAGACACACGCCTAGATTTGTAGTGTTAATTCTTTTGGTATATTGTTGGTAACTTTGCGTATCCTTACTTTTTAACTAAGCTCTTTCGCTGAGGTCCACCACATCCTTTACTGGTCGACTGAATGAAGAAAAAACACACAACGTATTCGTAAACATGAAGATAAATTTCATTCACACAATCGTAGTAACAAATTCAACCATAAACTTATATCTTATAGCATAGAAAGTAAAACCAAATCGTGAACTGTTGCGTAAGAATGTCAACTTCGTTCTCTGATCACCCAGCTTGTGTATGATTGCTTCATTGTATCACCTTTTTGTTATGAAGAACTCTGTGCATTTAGGCTCAACTATGGAGATTATGGTT]

[+] EMBL CD153005             [CGTGCAAAGGAACCTTGTTAACCAAGTGAACTTATTTGTGGTTGTTATTTCAGAAAGCAGCTTACAAGTAACATTTATTTTTTAACACTAGTGTTACTAGCTGTTACCATTTTGTTGCTCAATATACCTTTTTATAATTTAACTGTAGTTTGTTACCTTTTGTGTTACTAATAGACACACGCCTAGATTTGTAGTGTTAATTCTTTTGGTATATTGTTGGTAACTTTGCGTATCCTTACTTTTTAACTAAGCTCTTTCGCTGAGGTCCACCACATCCTTTACTGGTCGACTGAATGAAGAAAAAACACACAACGTATTCGTAAACATGAAGATAAATTTCATTCACACAATCGTAGTAACAAATTCAACCATAAACTTATATCTTATAGCATAGAAAGTAAAACCAAATCGTGAACTGTTGCGTAAGAATGTCAACTTCGTTCTCTGATCACCCAGCTTGTGTATGATTGCTTCATTGTATCACCTTTTTGTTATGAAGAACTCTGTGCATTTAGGCTCAACTATGGAGATTATGGTT]




>consensus_6985#0
CGTGCAAAGGAACCTTGTTAACCAAGTGAACTTATTTGTGGTTGTTATTTCAGAAAGCAG
CTTACAAGTAACATTTATTTTTTAACACTAGTGTTACTAGCTGTTACCATTTTGTTGCTC
AATATACCTTTTTATAATTTAACTGTAGTTTGTTACCTTTTGTGTTACTAATAGACACAC
GCCTAGATTTGTAGTGTTAATTCTTTTGGTATATTGTTGGTAACTTTGCGTATCCTTACT
TTTTAACTAAGCTCTTTCGCTGAGGTCCACCACATCCTTTACTGGTCGACTGAATGAAGA
AAAAACACACAACGTATTCGTAAACATGAAGATAAATTTCATTCACACAATCGTAGTAAC
AAATTCAACCATAAACTTATATCTTATAGCATAGAAAGTAAAACCAAATCGTGAACTGTT
GCGTAAGAATGTCAACTTCGTTCTCTGATCACCCAGCTTGTGTATGATTGCTTCATTGTA
TCACCTTTTTGTTATGAAGAACTCTGTGCATTTAGGCTCAACTATGGAGATTATGGTT

consensusID : consensus_6985#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 449
fasta sequence

                              [CACTGTTACCATTTTGTTGTTCAATATACCTTTTTATAATTTAACTGTAATTTGTTACCTTTTGTGTTAATCATAGACACACGCTTAGGTTCGTAGTGTTAATTCTTTTGGTATATTGTTGGTAACGTTGCGAATTGTTATATTTCAACTAAGCTCTTTTGCTGAGGTCCACCACAAATCTGGTGAGCCCTTATATTTCTCTTTGGAACTGTAATTTTGAGTTCACTTATAAACATTACGGCGCTGATTTTTCTCTTGGTAGTGATTATTTTTTGTATATTTGTAATGTTTTCATCCGAGTCTGAAGACATCAGCCAGGACAACGACCGAACAGAGTTACACGCTTTAAACGTAATAAATGTACCTCCATTCAGTAGAGTAAACCCTCGTATATGGTTTGCACAGGTGGAAGTGCAGTTTCAGCGTCGTAACATTCGTTCACAACAATC]

[-] EMBL CD169611             [CACTGTTACCATTTTGTTGTTCAATATACCTTTTTATAATTTAACTGTAATTTGTTACCTTTTGTGTTAATCATAGACACACGCTTAGGTTCGTAGTGTTAATTCTTTTGGTATATTGTTGGTAACGTTGCGAATTGTTATATTTCAACTAAGCTCTTTTGCTGAGGTCCACCACAAATCTGGTGAGCCCTTATATTTCTCTTTGGAACTGTAATTTTGAGTTCACTTATAAACATTACGGCGCTGATTTTTCTCTTGGTAGTGATTATTTTTTGTATATTTGTAATGTTTTCATCCGAGTCTGAAGACATCAGCCAGGACAACGACCGAACAGAGTTACACGCTTTAAACGTAATAAATGTACCTCCATTCAGTAGAGTAAACCCTCGTATATGGTTTGCACAGGTGGAAGTGCAGTTTCAGCGTCGTAACATTCGTTCACAACAATC]




>consensus_6985#1
CACTGTTACCATTTTGTTGTTCAATATACCTTTTTATAATTTAACTGTAATTTGTTACCT
TTTGTGTTAATCATAGACACACGCTTAGGTTCGTAGTGTTAATTCTTTTGGTATATTGTT
GGTAACGTTGCGAATTGTTATATTTCAACTAAGCTCTTTTGCTGAGGTCCACCACAAATC
TGGTGAGCCCTTATATTTCTCTTTGGAACTGTAATTTTGAGTTCACTTATAAACATTACG
GCGCTGATTTTTCTCTTGGTAGTGATTATTTTTTGTATATTTGTAATGTTTTCATCCGAG
TCTGAAGACATCAGCCAGGACAACGACCGAACAGAGTTACACGCTTTAAACGTAATAAAT
GTACCTCCATTCAGTAGAGTAAACCCTCGTATATGGTTTGCACAGGTGGAAGTGCAGTTT
CAGCGTCGTAACATTCGTTCACAACAATC

consensusID : consensus_6985#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 413
fasta sequence

                              [AACCAAGTGAACTTATTTGTGGTTGTTATCTCAGAAAGCAGCTTACATTCATTTCATAACACTGTTACCATTTTGTTGTTCAATATACCTTTTTATAATTTAACTGTAATTTGTTACCTTTTGCGTTAGTCATAGACACACGCTTAGGTTTGTAGTGTTAATTCGTTTGGTATATTGTTGGTAACTTTGCGCATTATTATATTTTAACTAAGCTCTTTTGCTGAGGTCCACCACACAAGTTGGATTTTGTTCAATTAATTTATCTTTACAATTCTTCTATCAGTATGCTGCTATATTGCATCTTGACTGATTGGAAAATAATAAAAAATAAAGTGAAAGTTATAGCTTTAAGTGAATTTCTTAATTTGAATTTCCCTCTTATAGTCAGTATTGACTCATTGAATGGACAGTTA]

[-] EMBL CD161979             [AACCAAGTGAACTTATTTGTGGTTGTTATCTCAGAAAGCAGCTTACATTCATTTCATAACACTGTTACCATTTTGTTGTTCAATATACCTTTTTATAATTTAACTGTAATTTGTTACCTTTTGCGTTAGTCATAGACACACGCTTAGGTTTGTAGTGTTAATTCGTTTGGTATATTGTTGGTAACTTTGCGCATTATTATATTTTAACTAAGCTCTTTTGCTGAGGTCCACCACACAAGTTGGATTTTGTTCAATTAATTTATCTTTACAATTCTTCTATCAGTATGCTGCTATATTGCATCTTGACTGATTGGAAAATAATAAAAAATAAAGTGAAAGTTATAGCTTTAAGTGAATTTCTTAATTTGAATTTCCCTCTTATAGTCAGTATTGACTCATTGAATGGACAGTTA]




>consensus_6985#2
AACCAAGTGAACTTATTTGTGGTTGTTATCTCAGAAAGCAGCTTACATTCATTTCATAAC
ACTGTTACCATTTTGTTGTTCAATATACCTTTTTATAATTTAACTGTAATTTGTTACCTT
TTGCGTTAGTCATAGACACACGCTTAGGTTTGTAGTGTTAATTCGTTTGGTATATTGTTG
GTAACTTTGCGCATTATTATATTTTAACTAAGCTCTTTTGCTGAGGTCCACCACACAAGT
TGGATTTTGTTCAATTAATTTATCTTTACAATTCTTCTATCAGTATGCTGCTATATTGCA
TCTTGACTGATTGGAAAATAATAAAAAATAAAGTGAAAGTTATAGCTTTAAGTGAATTTC
TTAATTTGAATTTCCCTCTTATAGTCAGTATTGACTCATTGAATGGACAGTTA

consensusID : consensus_6985#3
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 326
fasta sequence

                              [TTTTATAATTTAACTGTAATNTGTTACCTTTNGCGTTAATCATAGACACACGCTTAGGTTCGTAGTGTTAATTCTTTTGGTATATTGTTGGTAACGTTGCGAATTGTTATATTTCAACTAAGCTCTTTTGCTGAGGTCCACCACAATCCCCATATCATTTCAATTTCAACCTGTTAAGTAGTTTTCAAGTAAATTTGTTTCCTGCTCGACTTAATAGACTTGAATTCAAAGTTAATTTTATCATAGTAAGTTGAGTAATATTTGACGATGTTACATTCCACTTTTATAACCTTTTATAAAGATTGCTTGTAGAGGCTGGTACTATG]

[-] EMBL CD095257             [TTTTATAATTTAACTGTAATNTGTTACCTTTNGCGTTAATCATAGACACACGCTTAGGTTCGTAGTGTTAATTCTTTTGGTATATTGTTGGTAACGTTGCGAATTGTTATATTTCAACTAAGCTCTTTTGCTGAGGTCCACCACAATCCCCATATCATTTCAATTTCAACCTGTTAAGTAGTTTTCAAGTAAATTTGTTTCCTGCTCGACTTAATAGACTTGAATTCAAAGTTAATTTTATCATAGTAAGTTGAGTAATATTTGACGATGTTACATTCCACTTTTATAACCTTTTATAAAGATTGCTTGTAGAGGCTGGTACTATG]




>consensus_6985#3
TTTTATAATTTAACTGTAATNTGTTACCTTTNGCGTTAATCATAGACACACGCTTAGGTT
CGTAGTGTTAATTCTTTTGGTATATTGTTGGTAACGTTGCGAATTGTTATATTTCAACTA
AGCTCTTTTGCTGAGGTCCACCACAATCCCCATATCATTTCAATTTCAACCTGTTAAGTA
GTTTTCAAGTAAATTTGTTTCCTGCTCGACTTAATAGACTTGAATTCAAAGTTAATTTTA
TCATAGTAAGTTGAGTAATATTTGACGATGTTACATTCCACTTTTATAACCTTTTATAAA
GATTGCTTGTAGAGGCTGGTACTATG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6985#1      ------------------------------------------------------------
consensus_6985#3      ------------------------------------------------------------
consensus_6985#0      CGTGCAAAGGAACCTTGTTAACCAAGTGAACTTATTTGTGGTTGTTATTTCAGAAAGCAG 60
consensus_6985#2      -------------------AACCAAGTGAACTTATTTGTGGTTGTTATCTCAGAAAGCAG 41
                                                                                  

consensus_6985#1      --------------------------------------CACTGTTACCATTTTGTTGTTC 22
consensus_6985#3      ------------------------------------------------------------
consensus_6985#0      CTTACAAGTAACATTTATTTTTTAACACTAGTGTTACTAGCTGTTACCATTTTGTTGCTC 120
consensus_6985#2      CTTACA-------TTCATTTCATAACAC-------------TGTTACCATTTTGTTGTTC 81
                                                                                  

consensus_6985#1      AATATACCTTTTTATAATTTAACTGTAATTTGTTACCTTTTGTGTTAATCATAGACACAC 82
consensus_6985#3      ---------TTTTATAATTTAACTGTAATNTGTTACCTTTNGCGTTAATCATAGACACAC 51
consensus_6985#0      AATATACCTTTTTATAATTTAACTGTAGTTTGTTACCTTTTGTGTTACTAATAGACACAC 180
consensus_6985#2      AATATACCTTTTTATAATTTAACTGTAATTTGTTACCTTTTGCGTTAGTCATAGACACAC 141
                               ****************** * ********** * **** * **********

consensus_6985#1      GCTTAGGTTCGTAGTGTTAATTCTTTTGGTATATTGTTGGTAACGTTGCGAATTGTTATA 142
consensus_6985#3      GCTTAGGTTCGTAGTGTTAATTCTTTTGGTATATTGTTGGTAACGTTGCGAATTGTTATA 111
consensus_6985#0      GCCTAGATTTGTAGTGTTAATTCTTTTGGTATATTGTTGGTAACTTTGCGTATCCTTACT 240
consensus_6985#2      GCTTAGGTTTGTAGTGTTAATTCGTTTGGTATATTGTTGGTAACTTTGCGCATTATTATA 201
                      ** *** ** ************* ******************** ***** **  ***  

consensus_6985#1      TTTCAACTAAGCTCTTTTGCTGAGGTCCACCACAAATCTGGTGAGCCCTTATATTTCTCT 202
consensus_6985#3      TTTCAACTAAGCTCTTTTGCTGAGGTCCACCACAATCC-------CCATATCATTTCAAT 164
consensus_6985#0      TTTTAACTAAGCTCTTTCGCTGAGGTCCACCACATCCTTT-----ACTGGTCGACTGAAT 295
consensus_6985#2      TTTTAACTAAGCTCTTTTGCTGAGGTCCACCACACAAGTT-----GGATTTTGTTCAATT 256
                      *** ************* ****************                         *

consensus_6985#1      TTGGAACTGTAATTTTGAGTTCACTTATAAACATTACGGCGCTGATTTTTCTCT-TGGTA 261
consensus_6985#3      TTCAACCTGTTAAGTAGTTTTCAAGTAAATTTGTTTC----CTG---CTCGACT-TAATA 216
consensus_6985#0      GAAGAAAAAACACACAACGTATTCGTAAACATGAAGATAAATTTCATTCACACAATCGTA 355
consensus_6985#2      AATTTAT--CTTTACAATTCTTCTATCAGTATGCTGCTATATTGCATCTTGAC--TGATT 312
                                               *                *         *  *  * 

consensus_6985#1      GTGATTATTTTTTGTATATTTGTAATGTTTTCATCCGAGTCTGAAGACATCAGCCAGGAC 321
consensus_6985#3      GACTTGAATTCAAAGTTAATTTTATCATAGTAAGTTGAGT-----AATATTTGACGATGT 271
consensus_6985#0      GTAACAAATTCAACCATAAACTTATATCTTATAGCATAGAAAGT-AAAACCAAATCGTGA 414
consensus_6985#2      GGAAAATAATAAAAAATAAAGTGAAAG-TTATAGCTTTAAGTGA-ATTTCTTAATT-TGA 369
                      *        *      **     *        *                           

consensus_6985#1      AACGACCGAACAGAGTTACACGCTTTAAACGTAATAAATGTACCTCCATTCAGTAGAGTA 381
consensus_6985#3      TACATTCCACTTTTATAACCTTTTATAAAGATTGCTTGTAGAGGCTGGTACTATG----- 326
consensus_6985#0      ACTGTTGCGTAAGAATGTCAACTTCG-TTCTCTGATCACCCAGCTTGTGTATGATTGCTT 473
consensus_6985#2      ATTTCCCTCTTATA--GTCAGTATTGACTCATTGAATGGACAGTTA-------------- 413
                                        *    *                 *                  

consensus_6985#1      AACCCTCGTATATGGTTTGCACAGGTGGAAGTGCAGTTTCAGCGTCGTAACATTCGTTCA 441
consensus_6985#3      ------------------------------------------------------------
consensus_6985#0      CATTGTATCACCTTTTTGTTATGAAGAACTCTGTGCATTTAGGCTCAACTATGGAGATTA 533
consensus_6985#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6985#1      CAACAATC 449
consensus_6985#3      --------
consensus_6985#0      TGGTT--- 538
consensus_6985#2      --------