cluster # 7234

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Schistosoma mansoni
cluster # 7234 cluster # 7234 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_7234#0 length = 991 sequences # 3

consensus_7234#1 length = 483 sequences # 2

consensusID : consensus_7234#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 991
fasta sequence

                              [TGACCGCTTACATGCTCAACTAACAATTGTTGTTTTATCACGGCTTGGACTGAGTTCACCACACCGGGAACCTCAACAAATAATTCTATCGCCGAATTCCCAATTGAATTTGATTCCTTGGACTGATTTACATTCTGATAGCATTTTACAGTACAAGATTTTAACCGTTCCACATAATAGAAATCTATCGTTAGAACACGCTAGTCAGTTTTTAACTGTCACTCCAGATGGTATTCTGTGTGCGAATGATAAATGTTCAGAGAGTGGATTAGTTTGTCGAGTTACACTTCAAATTCAATCAATGCCTAATGGGAATTTAGTGAATTCAAAGTATACACATACTTTTGACAATCCACTTATTCAGACATTAATTTTGGATGTATTGATTAAAGTGCCACGTTATATGATATTCTCCGTACCTTCTATTACTATTCCACAGAATGAAAGATTGTCAAAAGTAGTGGGACTTCCCGTTGGCGGTCCATACAATATTAAAATCTCGTATCATGATGAGTTAGGGCGTGTATTCGATGCAGTTTCAAATGATTTCTACCGATTGAAAGCATCACTTCATCGATCAGATTTGTTTTCTACCCATTTTATACAAGATTTTATAATTGAACAAAATTTCCCTGTAAATAATATAAACTCATACAACCCGATTCGTCATGCTGCTTTTGGTTTTAGTATACATTCCTTGCCATTTTCTAAGTCAACTAATCAGGTTGAATTCATTCAAGATGAGAAAAATTCTCATTGNGCTGCCTTACGTATTGNGTTATCGAAT-AAATTAATGGTGTATCACCAAGTTATTTAAGTCTACCATATAGTAATTCGTTAGATCTTCTTGGTTTAACATCTTTAATAGAAGGACAATGGATGTGTTTGCCAAAGTTCTCATCATCCACAAGCTATTCAGATTTAGATAATACTTGGTCTTCAGTTGATCCATCGATCATATGGATTGATCCATTAAATCAAATAATTTTAG]

[+] EMBL CD096430             [TGACCGCTTACATGCTCAACTAACAATTGTTGTTTTATCACGGCTTGGACTGAGTTCACCACACCGGGAACCTCAACAAATAATTCTATCGCCGAATTCCCAATTGAATTTGATTCCTTGGACTGATTTACATTCTGATAGCATTTTACAGTACAAGATTTTAACCGTTCCACATAATAGAAATCTATCGTTAGAACACGCTAGTCAGTTTTTAACTGTCACTCCAGATGGTATTCTGTGTGCGAATGATAAATGTTCAGAGAGTGGATTAGTTTGTCGAGTTACACTTCAAATTCAATCAATGCCTAATGGGAATTTAGTGAATTCAAAGTATACACATACTTTTGACAATCCACTTATTCAGACATTAATTTTGGATGTATTGATTAAAGTGCCACGTTATATGA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL CD096424             [                                                                                                                                                                                                                                                          AAATGTTCAGAGAGTGGATTAGTTTGTCGAGTTACACTTCAAATTCAATCAATGCCTAATGGGAATTTAGTGAATTCAAAGTATACACATAATTTTGACAATTCACTTATTCAGACATTAATTTTGGATGTATTGATTAAAGTGCCACGTTATATGATATTCTCCGTACCTTCTATTACTATTCCACAGAATGAAAGATTGTCAAAAGTAGTGGGACTTCCCGTTGGCGGTCCATACAATATTAAAATCTCGTATCATGATGAGTTAGGGCGTGTATTCGATGCAGTTTCAAATGATTTCTACCGATTGAAAGCATCACTTCATCGATCAGATTTGTTTTCTACCCATTTTATACAAGATTTTATAATTGAACAAAATTTCCCTGTAAATAATATAAACTCATACAACCCGATTCGTCATGCTGCTTTTGGTTTTAGTATACATTCCTTGCCATTTTCTAAGTCAACTAATCAGGTTGAATTCATTCAAGATGAGAAAAATTCTCATTGNGCTGCCTTACGTATTGNGTTATCGAAT AAATTAATGG                                                                                                                                                                                                  ]
[+] EMBL CD126523             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ATCACTTCATCGATCAGATTTGTTTTCTACCCATTTTATACGAGATTTTATAATTGAACAAAATTTCCCTGTAAATAATATAAACTCATACAACCCGATTCGTCATGCTGCTTTTGGTTTTAGTATACATTCCTTGCCATTTTCTAAGTCAACTAATCAGGTTGAATTCATTCAAGATGAGAAAAATTCTCATTGGGCTGCCTTACGTATTGGGTTATCGAATAAAATTAATGGTGTATCACCAAGTTATTTAAGTCTACCATATAGTAATTCGTTAGATCTTCTTGGTTTAACATCTTTAATAGAAGGACAATGGATGTGTTTGCCAAAGTTCTCATCATCCACAAGCTATTCAGATTTAGATAATACTTGGTCTTCAGTTGATCCATCGATCATATGGATTGATCCATTAAATCAAATAATTTTAG]




>consensus_7234#0
TGACCGCTTACATGCTCAACTAACAATTGTTGTTTTATCACGGCTTGGACTGAGTTCACC
ACACCGGGAACCTCAACAAATAATTCTATCGCCGAATTCCCAATTGAATTTGATTCCTTG
GACTGATTTACATTCTGATAGCATTTTACAGTACAAGATTTTAACCGTTCCACATAATAG
AAATCTATCGTTAGAACACGCTAGTCAGTTTTTAACTGTCACTCCAGATGGTATTCTGTG
TGCGAATGATAAATGTTCAGAGAGTGGATTAGTTTGTCGAGTTACACTTCAAATTCAATC
AATGCCTAATGGGAATTTAGTGAATTCAAAGTATACACATACTTTTGACAATCCACTTAT
TCAGACATTAATTTTGGATGTATTGATTAAAGTGCCACGTTATATGATATTCTCCGTACC
TTCTATTACTATTCCACAGAATGAAAGATTGTCAAAAGTAGTGGGACTTCCCGTTGGCGG
TCCATACAATATTAAAATCTCGTATCATGATGAGTTAGGGCGTGTATTCGATGCAGTTTC
AAATGATTTCTACCGATTGAAAGCATCACTTCATCGATCAGATTTGTTTTCTACCCATTT
TATACAAGATTTTATAATTGAACAAAATTTCCCTGTAAATAATATAAACTCATACAACCC
GATTCGTCATGCTGCTTTTGGTTTTAGTATACATTCCTTGCCATTTTCTAAGTCAACTAA
TCAGGTTGAATTCATTCAAGATGAGAAAAATTCTCATTGNGCTGCCTTACGTATTGNGTT
ATCGAATAAATTAATGGTGTATCACCAAGTTATTTAAGTCTACCATATAGTAATTCGTTA
GATCTTCTTGGTTTAACATCTTTAATAGAAGGACAATGGATGTGTTTGCCAAAGTTCTCA
TCATCCACAAGCTATTCAGATTTAGATAATACTTGGTCTTCAGTTGATCCATCGATCATA
TGGATTGATCCATTAAATCAAATAATTTTAG

consensusID : consensus_7234#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 483
fasta sequence

                              [CCATATAAATCATATCATCAACGAAAGGATTTTGAATATGATGGCAATTATAGATCGGCTATAAATGAATATGACCATGATATTAAAAACGAATTATGCGATGATAATTTGGAACAACAACCTAGTTTTTGTAATAATCACCAGTTTGATGAAAGTCGTTACAATTACAATGATAATCTTAATAATTATGATGTAGATGGAATCAATTCATCGGATTTACCCGATCCAGATACTTTACGTGCTTTGAGGAAACGTGATAAAATGATGATGGTTGCAGCAACTGGAATTTATTCACCTATATTCAATGGATCAGGTCAAGCGGGTTACTTTGATGATTTAAATGATGTAGAATATCAGGACGATGATGATGATGAAATAGAAAAACAGTTGATCCATCGATCATATGGATTGATCCATTAAATCAAATAATTTTAGCACGTCATTCCGGTCAAGGAGTATTAACATTTTCTTTAACATCTTCAG]

[+] EMBL CD187684             [CCATATAAATCATATCATCAACGAAAGGATTTTGAATATGATGGCAATTATAGATCGGCTATAAATGAATATGACCATGATATTAAAAACGAATTATGCGATGATAATTTGGAACAACAACCTAGTTTTTGTAATAATCACCAGTTTGATGAAAGTCGTTACAATTACAATGATAATCTTAATAATTATGATGTAGATGGAATCAATTCATCGGATTTACCCGATCCAGATACTTTACGTGCTTTGAGGAAACGTGATAAAATGATGATGGTTGCAGCAACTGGAATTTATTCACCTATATTCAATGGATCAGGTCAAGCGGGTTACTTTGATGATTTAAATGATGTAGAATATCAGGACGATGATGATGATGAAATAGAAAAACAGTTGATCCATCGATCATATGGATTGATCCATTAAATCAAATAATTTTAGCACGTCATTCCGGTCAAGGAGTATTAACATTTTCTTTAACATCTTCAG]
[+] EMBL CD187726             [CCATATAAATCATATCATCAACGAAAGGATTTTGAATATGATGGCAATTATAGATCGGCTATAAATGAATATGACCATGATATTAAAAACGAATTATGCGATGATAATTTGGAACAACAACCTAGTTTTTGTAATAATCACCAGTTTGATGAAAGTCGTTACAATTACAATGATAATCTTAATAATTATGATGTAGATGGAATCAATTCATCGGATTTACCCGATCCAGATACTTTACGTGCTTTGAGGAAACGTGATAAAATGATGATGGTTGCAGCAACTGGAATTTATTCACCTATATTCAATGGATCAGGTCAAGCGGGTTACTTTGATGATTTAAATGATGTAGAATATCAGGACGATGATGATGATGAAATAGAAAAACAGTTGATCCATCGATCATATGGATTGATCCATTAAATCAAATAATTTTAGCACGTCATTCCGGTCAAGGAGTATTAACATTTTCTTTAACATCTTCAG]




>consensus_7234#1
CCATATAAATCATATCATCAACGAAAGGATTTTGAATATGATGGCAATTATAGATCGGCT
ATAAATGAATATGACCATGATATTAAAAACGAATTATGCGATGATAATTTGGAACAACAA
CCTAGTTTTTGTAATAATCACCAGTTTGATGAAAGTCGTTACAATTACAATGATAATCTT
AATAATTATGATGTAGATGGAATCAATTCATCGGATTTACCCGATCCAGATACTTTACGT
GCTTTGAGGAAACGTGATAAAATGATGATGGTTGCAGCAACTGGAATTTATTCACCTATA
TTCAATGGATCAGGTCAAGCGGGTTACTTTGATGATTTAAATGATGTAGAATATCAGGAC
GATGATGATGATGAAATAGAAAAACAGTTGATCCATCGATCATATGGATTGATCCATTAA
ATCAAATAATTTTAGCACGTCATTCCGGTCAAGGAGTATTAACATTTTCTTTAACATCTT
CAG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7234#0      TGACCGCTTACATGCTCAACTAACAATTGTTGTTTTATCACGGCTTGGACTGAGTTCACC 60
consensus_7234#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7234#0      ACACCGGGAACCTCAACAAATAATTCTATCGCCGAATTCCCAATTGAATTTGATTCCTTG 120
consensus_7234#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7234#0      GACTGATTTACATTCTGATAGCATTTTACAGTACAAGATTTTAACCGTTCCACATAATAG 180
consensus_7234#1      ---------CCATATAAATCATATCATCAACGAAAGGATTTTGAATATGATGGCAATTAT 51
                                ***    **   **  *  *  * * ****** *   *       * ** 

consensus_7234#0      AAATCTATCGTTA--GAACACGCTAGTCAGTTTTTAACTGTCACTCCAGATGGTATTCTG 238
consensus_7234#1      AGATCGGCTATAAATGAATATGACCATGATATTAAAAACGAATTATGCGATGATAATTTG 111
                      * ***     * *  *** * *    * *  **  **  *        **** ** * **

consensus_7234#0      TGTGCGAATGATAAATGTTCAGAGAGTGGATTAGTTTGTCGAGTTACACTTCAAATTCAA 298
consensus_7234#1      -GAACAACAACCTAGTTTTTGTAATAATCACCAGTTTGATGAAAGTCGTTACAATTACAA 170
                       *  * *      * * **   *      *  ******  **    *  * *** * ***

consensus_7234#0      TCA-ATGCCTAATGGGAATTTAGTGAATTCAAAGTATACACATACTTTTGACAATCCACT 357
consensus_7234#1      TGATAATCTTAATAATTATGATGTAGATGGAATCAATTCATCGGATTTACCCGATCCAGA 230
                      * * *  * ****    **   **  **  **   ** **     ***   * *****  

consensus_7234#0      TATTCAGACATTAATTTTGGATGTATTGATTAAAGTGCCACGTTATATGATATTCTCCGT 417
consensus_7234#1      TACTT---TACGTGCTTTGAGGAAACGTGATAAAATG---------ATGATGGTTGCAGC 278
                      ** *     *     ****     *     **** **         *****  *  * * 

consensus_7234#0      ACCTTCTATTACTATTCCACAGAATGAAAGATTGTCAAAAGTAGTGGGACTTCCCGTTGG 477
consensus_7234#1      AACTGGAATT--TATTCACCTATATTCAATGG-ATCAGGTCAAGCGGG---TTACTTTGA 332
                      * **   ***  *****  *   **  **     ***     ** ***   *  * *** 

consensus_7234#0      CGGTCCATACAATATTAAAATCTCGTATCATGATGAGTTAGGGCGTGTATTCGATGCAGT 537
consensus_7234#1      TGATTTAAATGATGTAGAA------TATCAGGACGA-TGATGATG---ATGAAATAGAAA 382
                       * *  * *  ** *  **      ***** ** ** * * *  *   **   **  *  

consensus_7234#0      TTCAAATGATTTCTACCGATTGAAAGCATCACTTCATCGA-TCAGATTTGTTTTCTAC-C 595
consensus_7234#1      AACAGTTGAT--CCATCGATCATATGGATTGATCCATTAAATCAAATAATTTTAGCACGT 440
                        **  ****  * * ****   * * **   * ***  * *** **   ***   **  

consensus_7234#0      CATTTTATACAAGA--TTTTATAATTGAACAAAATTTCCCTGTAAATAATATAAACTCAT 653
consensus_7234#1      CATTCCGGTCAAGGAGTATTAACATTTTCTTTAACATCTTCAG----------------- 483
                      ****     ****   * ***  ***      **  **                      

consensus_7234#0      ACAACCCGATTCGTCATGCTGCTTTTGGTTTTAGTATACATTCCTTGCCATTTTCTAAGT 713
consensus_7234#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7234#0      CAACTAATCAGGTTGAATTCATTCAAGATGAGAAAAATTCTCATTGNGCTGCCTTACGTA 773
consensus_7234#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7234#0      TTGNGTTATCGAATAAATTAATGGTGTATCACCAAGTTATTTAAGTCTACCATATAGTAA 833
consensus_7234#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7234#0      TTCGTTAGATCTTCTTGGTTTAACATCTTTAATAGAAGGACAATGGATGTGTTTGCCAAA 893
consensus_7234#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7234#0      GTTCTCATCATCCACAAGCTATTCAGATTTAGATAATACTTGGTCTTCAGTTGATCCATC 953
consensus_7234#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7234#0      GATCATATGGATTGATCCATTAAATCAAATAATTTTAG 991
consensus_7234#1      --------------------------------------