These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_7269#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 649 fasta sequence [TCATGTAGTATAATTATAAGCAACCTAACTGAATTATTTGTTGTATATACATCCATTTACAATAGTGGTTTTGGCCTGTCGAACAAATCAACCATCTCGTCAACAAGGACAAACGTCTAATGCACAAAACACTTCTTCAGGTTGTTTGATTTTACTTTATTCTCTGTGTGGGTTTACGTGTGTATGTTGTTGTTAAATTACAATTATTCTCGTGATATATAAGATTTAAACTTTCTCCAGTCGATTCGTGACTCTTATATTGAGATTGTTTGGGGAGAACTTCTCAGCGTACTCAGTGAATGACCTAATAATTCAAATGCATCTTTTTTTAACTACTTTTTATGTAAACATGTATGTCAGTTCTCTTATCACCACTTTATTTGCTGTTTACATGCGCTGGAATTTTAAATCCATTAGGGTTGGGTAAACAGATATTTAGAAAATTTTTACTTTATAATTTCTTTTGCTATTTTAAAATGCATGATCGGCTTTATCAAGGTTACAATATAATTGTACTAATTTATTCCTTAATGGGCAAGAAATTTGTTATTTTTATTGAAGCGTACAATAATATTATTTGGACTGGTTTATAATACTACTCGTTTTCCTTTTTGAATAGCTTAAGTCATTTTCTGCACTAAGTACAAAA] [+] EMBL CD152952 [TCATGTAGTATAATTATAAGCAACCTAACTGAATTATTTGTTGTATATACATCCATTTACAATAGTGGTTTTGGCCTGTCGAACAAATCAACCATCTCGTCAACAAGGACAAACGTCTAATGCACAAAACACTTCTTCAGGTTGTTTGATTTTACTTTATTCTCTGTGTGGGTTTACGTGTGTATGTTGTTGTTAAATTACAATTATTCTCGTGATATATAAGATTTAAACTTTCTCCAGTCGATTCGTGACTCTTATATTGAGATTGTTTGGGGAGAACTTCTCAGCGTACTCAGTGAATGACCTAATAATTCAAATGCATCTTTTTTTAACTACTTTTTATGTAAACATGTATGTCAGTTCTCTTATCACCACTTTATTTGCTGTTTACATGCGCTGGAATTTTAAATCCATTAGGGTTGGGTAAACAGATATTTAGAAAATTTTTACTTTATAATTTCTTTTGCTATTTTAAAATGCATGATCGGCTTTATCAAGGTTACAATATAATTGTACTAATTTATTCCTTAATGGGCAAGAAATTTGTTATTTTTATTGAAGCGTACAATAATATTATTTGGACTGGTTTATAATACTACTCGTTTTCCTTTTTGAATAGCTTAAGTCATTTTCTGCACTAAGTACAAAA] [+] EMBL CD152632 [TCATGTAGTATAATTATAAGCAACCTAACTGAATTATTTGTTGTATATACATCCATTTACAATAGTGGTTTTGGCCTGTCGAACAAATCAACCATCTCGTCAACAAGGACAAACGTCTAATGCACAAAACACTCCTTCAGGTTGTTTGATTTTACTTTATTCTCTGTGTGGGTTTACGTGTGTATGTTGTTGTTAAATTACAATTATTCTCGTGATATATAAGATTTAAACTTTCTCCAGTCGATTCGTGACTCTTATATTGAGATTGTTTGGGGAGAACTTCTCAGCGTACTCAGTGAATGACCTAATAATTCAAATGCATCTTTTTTTAACTACTTTTTATGTAAACATGTATGTCAGTTCTCTTATCACCACTTTATTTGCTGTTTACATGCGCTGGAATTTTAAATCCATTAGGGTTGGGTAAACAGATATTTAGAAAATTTTTACTTTATAATTTCTTTTGCTATTTTAAAATGCATGATCGGCTTTATCAAG ] consensusID : consensus_7269#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 396 fasta sequence [TCATGTAGTATAATTATAAGCAACCTAACTGAATTATTTGTTGTATATACATCCATTTACAATAGTGGTTTTGGCCTGTCGAACAAATCAACCATCTCGTCAACAAGGACAAACGTCTAATGCACAAAACACTTCTTCAGGTTGTTTGATTTTACTTTATTCTCTGTGTGGGTTTACGTGTGTATGTTGTTGTTAAATTACAATTATTCTCGTGATATATAAGATTTAAACTTTCTCCAGTCGATTCGTGACTCTTATATTGAGATTGTTTGGGGAGAACTTCTCAGCGTACTCAGTGAATGACCTAATAATTCAAATGCATCTTTTTTTAACTACTTTTTATGTAAACATGTATGTCAGTTCTCTTAATTCACCCCAAACCCTTTTTTTTTTTTT] [+] EMBL CD152810 [TCATGTAGTATAATTATAAGCAACCTAACTGAATTATTTGTTGTATATACATCCATTTACAATAGTGGTTTTGGCCTGTCGAACAAATCAACCATCTCGTCAACAAGGACAAACGTCTAATGCACAAAACACTTCTTCAGGTTGTTTGATTTTACTTTATTCTCTGTGTGGGTTTACGTGTGTATGTTGTTGTTAAATTACAATTATTCTCGTGATATATAAGATTTAAACTTTCTCCAGTCGATTCGTGACTCTTATATTGAGATTGTTTGGGGAGAACTTCTCAGCGTACTCAGTGAATGACCTAATAATTCAAATGCATCTTTTTTTAACTACTTTTTATGTAAACATGTATGTCAGTTCTCTTAATTCACCCCAAACCCTTTTTTTTTTTTT] [+] EMBL CD152631 [TCATGTAGTATAATTATAAGCAACCTAACTGAATTATTTGTTGTATATACATCCATTTACAATAGTGGTTTTGGCCTGTCGAACAAATCAACCATCTCGTCAACAAGGACAAACGTCTAATGCACAAAACACTCCTTCAGGTTGTTTGATTTTACTTTATTCTCTGTGTGGGTTTACGTGTGTATGTTGTTGTTAAATTACAATTATTCTCGTGATATATAAGATTTAAACTTTCTCCAGTCGATTCGTGACTCTTATATTGAGATTGTTTGGGGAGAACTTCTCAGCGTACTCAGTGAATGACCTAATAATTCAAATGCCTCTTTTTTTAACTACTTTTTATGTA ] [+] EMBL CD152858 [TCATGTAGTATAATTATAAGCAACCTAACTGAATTATTTGTTGTATATACATCCATTTACAATAGTGGTTTTGGCCTGTCGAACAAATCAACCATCTCGTCAACAAGGACAAACGTCTAATGCACAAAACACTTCTTCAGGTTGTTTGATTTTACTTTATTCTCTGTGTGGGTTTACGTGTGTATGTTGATGCTAAATTACAATTATTCTCGTGATATATAAGATTTAAACTTTCTCCAGTCGATTCGTGACTCTTATATTGAGATTGT ] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_7269#0 TCATGTAGTATAATTATAAGCAACCTAACTGAATTATTTGTTGTATATACATCCATTTAC 60 consensus_7269#1 TCATGTAGTATAATTATAAGCAACCTAACTGAATTATTTGTTGTATATACATCCATTTAC 60 ************************************************************ consensus_7269#0 AATAGTGGTTTTGGCCTGTCGAACAAATCAACCATCTCGTCAACAAGGACAAACGTCTAA 120 consensus_7269#1 AATAGTGGTTTTGGCCTGTCGAACAAATCAACCATCTCGTCAACAAGGACAAACGTCTAA 120 ************************************************************ consensus_7269#0 TGCACAAAACACTTCTTCAGGTTGTTTGATTTTACTTTATTCTCTGTGTGGGTTTACGTG 180 consensus_7269#1 TGCACAAAACACTTCTTCAGGTTGTTTGATTTTACTTTATTCTCTGTGTGGGTTTACGTG 180 ************************************************************ consensus_7269#0 TGTATGTTGTTGTTAAATTACAATTATTCTCGTGATATATAAGATTTAAACTTTCTCCAG 240 consensus_7269#1 TGTATGTTGTTGTTAAATTACAATTATTCTCGTGATATATAAGATTTAAACTTTCTCCAG 240 ************************************************************ consensus_7269#0 TCGATTCGTGACTCTTATATTGAGATTGTTTGGGGAGAACTTCTCAGCGTACTCAGTGAA 300 consensus_7269#1 TCGATTCGTGACTCTTATATTGAGATTGTTTGGGGAGAACTTCTCAGCGTACTCAGTGAA 300 ************************************************************ consensus_7269#0 TGACCTAATAATTCAAATGCATCTTTTTTTAACTACTTTTTATGTAAACATGTATGTCAG 360 consensus_7269#1 TGACCTAATAATTCAAATGCATCTTTTTTTAACTACTTTTTATGTAAACATGTATGTCAG 360 ************************************************************ consensus_7269#0 TTCTCTTATCACCACTTTATTTGCTGTTTACATGCGCTGGAATTTTAAATCCATTAGGGT 420 consensus_7269#1 TTCTCTTAAT-TCACCCCAAACCCTTTTTTTTTTTTT----------------------- 396 ******** *** * ** *** * consensus_7269#0 TGGGTAAACAGATATTTAGAAAATTTTTACTTTATAATTTCTTTTGCTATTTTAAAATGC 480 consensus_7269#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7269#0 ATGATCGGCTTTATCAAGGTTACAATATAATTGTACTAATTTATTCCTTAATGGGCAAGA 540 consensus_7269#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7269#0 AATTTGTTATTTTTATTGAAGCGTACAATAATATTATTTGGACTGGTTTATAATACTACT 600 consensus_7269#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7269#0 CGTTTTCCTTTTTGAATAGCTTAAGTCATTTTCTGCACTAAGTACAAAA 649 consensus_7269#1 ------------------------------------------------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||