cluster # 7323

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Schistosoma mansoni
cluster # 7323 cluster # 7323 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_7323#0 length = 445 sequences # 1

consensus_7323#1 length = 444 sequences # 4

consensusID : consensus_7323#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 445
fasta sequence

                              [CGTTGCCAGTACCTACTGTCCCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATTTGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTNGTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACTATCGGGGG]

[+] EMBL CD162023             [CGTTGCCAGTACCTACTGTCCCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATTTGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTNGTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACTATCGGGGG]




>consensus_7323#0
CGTTGCCAGTACCTACTGTCCCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACG
ATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGAC
ATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTA
TAGTGTCCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATTTGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCG
TTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGT
GAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTNGTTG
GACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGA
TGGTGTCGTTTGAGACTATCGGGGG

consensusID : consensus_7323#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 444
fasta sequence

                              [TATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGT]

[+] EMBL CD121206             [TATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGAGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGATGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGT]
[+] EMBL CD121167             [TATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGCTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGT]
[+] EMBL CD121232             [TATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTCTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACATTGTGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATTGTGTCCTTATTTTCCG                          ]
[-] EMBL CD121178             [ ATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTG                                                                                             ]




>consensus_7323#1
TATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGA
TAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACA
TTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTAT
AGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTT
TGAGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGAC
AGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGG
TGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGA
ATTGTGAATCGGACATTGCGACGT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7323#0      CGTTGCCAGTACCTACTGTCCCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACG 60
consensus_7323#1      TATTTTCCGGAATTG-TGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACG 59
                        **  * * *  *  **   ***************************************

consensus_7323#0      ATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGAC 120
consensus_7323#1      ATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGAC 119
                      ************************************************************

consensus_7323#0      ATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTA 180
consensus_7323#1      ATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTA 179
                      ************************************************************

consensus_7323#0      TAGTGTCCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATTTGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCG 240
consensus_7323#1      TAGTGTCC-TTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCG 238
                      ******** *********************  ****************************

consensus_7323#0      TTTGAGAC---------------------------------GATAGGGGGAGTTGTTTGG 267
consensus_7323#1      TTTGAGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGG 298
                      ********                                 *******************

consensus_7323#0      ACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGAT 327
consensus_7323#1      ACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCGGAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGAT 358
                      ************************************************************

consensus_7323#0      GGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTNGTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCG 387
consensus_7323#1      GGTGTCGTTTGAGACGATAGGGGGAGTTGTTTGGACAGGTTATAGTGTCCTTATTTTCCG 418
                      ****************************  ******************************

consensus_7323#0      GAATTGTGAATCGGACATTGCGACGTGGTGTGATGGTGTCGTTTGAGACTATCGGGGG 445
consensus_7323#1      GAATTGTGAATCGGACATTGCGACGT-------------------------------- 444
                      **************************