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Schistosoma mansoni
cluster # 7409 cluster # 7409       Sequences # 5       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_7409#0 length = 959 sequences # 4  
consensus_7409#1 length = 340 sequences # 1  

consensusID : consensus_7409#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 959
fasta sequence
                              [TCCATATTTGTCGTACAATTTCCCCAACTTACAAATTTGAATGAAGCAAGAATAAATAATGTAGCAGAATAACATTCTATTTTGAAACTTCTCGTTAGCTGCTTACAACCTAAACATAATATTGTTATATACTAGGAAAAAGTAAGTACTGATAACTTACGGGACCTCTTATTACACTATTATTCTATTTATATTCCTATGGTATAACTATTCGGTAACTGGATTATCTAAGTCTATATTCATCTTATTATTAGCTTCATTTTGACCTATTGATTATTATTATATGATTTATTG-TTCCTAAATTATACTCGGTTTATTGAGTACTGTCTCCCACGCTTCCAGCCACGTTTGGCTTGATTTTGTACAAATATTATTTTCTATTTTATGGTATGATGTGGCCTGTCTGTCTGATATATAAACAAAGTATGCTTGAAATAAACGATTCGTATTGCCGAGGCTGATATTGGTGTTTTGGACTCAAGTGGACGGGTTGGGCGGATAAGGACCAATAAGGACGCTAGGTTACTCATACTAGTCGAACGTCATTGTCACAGTGTGAAGGTCGTAGAAGTCGTATTCTATTGGTGGATAATTTACGCGAATTACGTCCTTGTTAAATTCGTAAGGTCATAACGAATCAGCGACGACCTTGGTCAAGTCATAACAATTGGCTATAGCCTAGGTCAAATCATAACAAATTGGCGACGGGGATTTCGGTAAAAAAAAATATACAAGAATTGGGACGTGATTCTGGAAAAAAATACAGCAGTCGGTGACGTCATTTTGGAATTAAATAATCCATAATATTTGCCGGTGTTTTTTTTGGATTTATTATTATTATTCTCATTTTAAAAAAATAAAAAAATGTCAATTTCTCCAGAACAGCTACAGTTAATATTGCAGCAGCAGCAGCAACAGGTGTTAGCTTGTCAACAACAACTCCTGGAAGCACTTTTGGG]

[+] EMBL CD121237             [TCCATATTTGTCGTACAATTTCCCCAACTTACAAATTTGAATGAAGCAAGAATAAATAATGTAGCAGAATAACATTCTATTTTGAAACTTCTCGTTAGCTGCTTACAACCTAAACATAATATTGTTATATACTAGGAAAAAGTAAGTACTGATAACTTACGGGACCTCTTATTACACTATTATTCTATTTATATTCCTATGGTATAACTATTCGGTAACTGGATTATCTAAGTCTATATTCATCTTATTATTAGCTTCATTTTGACCTATTGATTATTATTATATGATTTATTG TTCCTAAATTATACTCGGTTTATTGAGTACTGTCTCCCACGCTTCCAGCCACGTTTGGCTTGATTTTGTACAAATATTATTTTCTATTTTATGGTATGATGTGGCCTGTCTGTCTGATATATAAACAAAGTATGCTTGAAATAAACGATTCGTATTGCCGAGGCTGATATTGGTGTTTTGGACTCAAGTGGACGGGTTGGGCGGATAAGGACCAATAAGGACGCTAGGTTACTCATACTAGTCGAACGTCATTGTCACAGTGTGAAGGTCGTAAAAGTC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ]
[+] EMBL AA559379             [                                                                                                                                   cnAGGAAAAAGTNANTACTGATAACTTACGGGACCTCTTATTAGACTATTAATCTATTTATATTCCTATGGTATAACTATTCAGTAACTGGATTATCTATATCTATATTCATCTTATTACTACCTTCATTTTGACCTATTGATTATTATTATATGATTTATTGTTTCCTAAATTATNCTCGGTTTATTGAGTACTGTCTCCCACGCTTCCAGCCACGTTTGGCTTGATTTTGTACAAATATTATTTTCTATTTTATGGTATGATGTGGCCTGTCTGTCTGATATATAAACAAAGTATGCTTGAAATAAACNATTCGTATT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[-] EMBL CD121267             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GGCATGATGTGGCCTGTCTGTCTGATATATAAACAAAGTATGCTTGAAATAAACGATTCGTATTGCCGAGGCTGATATTGGTGTTTTGGACTCAAGTGGACGGGTTGGGCGGATAAGGACCAATAAGGACGCTAGGTTACTCATACTAGTCGAACGTCATTGTCACAGTGTGAAGGTCGTAGAAGTCGTATTCTATTGGTGGATAATTTACGCGAATTACGTCCTTGTTAAATTCGTAAGGTCATAACGAATCAGCGACGACCTTGGTCAAGTCATAACAATTGGCTATAGCCTAGGTCAAATCATAACAAATTGGCGACGGGGATTTCGGTAAAAAAAAATATACAAGAATTGGGACGTGATTCTGGAAAAAAATACAGCAGTCGGTGACGTCATTTTGGAATTAAATAATCCATAATATTTGCCGGTGTTTTTTTTGGATTTATTATTATTATTCTCATTTTAAAAAAATAAAAAAATGTCAATTTCTCCAGAACAGCTACAGTTAATATTGCAGCAGCAGCAGCAACAGGTGTTAGCTTGTCAACAACAACTCCTGGAAGCACTTTTGGG]
[-] EMBL CD121194             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGTGGCCTGTCTGTCTGATATATAANCAAAGTATGCTTGAAATAAACGATTCGTATTGCCGAGGCTGATATTGGTGTTTTGGACTCAAGTGGACGGGTTGGGCGGATAAGGACCAATAAGGACGCTAGGTTACTCATACTAGTCGAACGTCATTGTCACAGTGTGAAGGTCGTAGAAGTCGTATTCTATTGGTGGATAATTTACGCGAATTACGTCCTTGTTAAATTCGTAAGGTCATAACGAATCAGCGACGACCTTGGTCAAGTCATAACAATTGGCTATAGCCTAGGTCAAATCATAACAAATTGGCGACGGGGATTTCGGTAAAAAAAAATATACAAGAATTGGGACGTGATTCTGGAAAAAAATACAGCAGTCGGTGACGTCATTTTGGAATTAAATAATCCATAATATTTGCCGGTGTTTTTTTTGGATTTATTATTATTATTCTCATTTTAAAAAAATAAAAAAATGTCAATTTCTCCAGAACAGCTACAGTTAATATTGCAGCAGCAGCAGCAACAGGTGTTAGCTTGTCAACAACAACTCCTGGAAGCACTTTTGGG]


>consensus_7409#0 TCCATATTTGTCGTACAATTTCCCCAACTTACAAATTTGAATGAAGCAAGAATAAATAAT GTAGCAGAATAACATTCTATTTTGAAACTTCTCGTTAGCTGCTTACAACCTAAACATAAT ATTGTTATATACTAGGAAAAAGTAAGTACTGATAACTTACGGGACCTCTTATTACACTAT TATTCTATTTATATTCCTATGGTATAACTATTCGGTAACTGGATTATCTAAGTCTATATT CATCTTATTATTAGCTTCATTTTGACCTATTGATTATTATTATATGATTTATTGTTCCTA AATTATACTCGGTTTATTGAGTACTGTCTCCCACGCTTCCAGCCACGTTTGGCTTGATTT TGTACAAATATTATTTTCTATTTTATGGTATGATGTGGCCTGTCTGTCTGATATATAAAC AAAGTATGCTTGAAATAAACGATTCGTATTGCCGAGGCTGATATTGGTGTTTTGGACTCA AGTGGACGGGTTGGGCGGATAAGGACCAATAAGGACGCTAGGTTACTCATACTAGTCGAA CGTCATTGTCACAGTGTGAAGGTCGTAGAAGTCGTATTCTATTGGTGGATAATTTACGCG AATTACGTCCTTGTTAAATTCGTAAGGTCATAACGAATCAGCGACGACCTTGGTCAAGTC ATAACAATTGGCTATAGCCTAGGTCAAATCATAACAAATTGGCGACGGGGATTTCGGTAA AAAAAAATATACAAGAATTGGGACGTGATTCTGGAAAAAAATACAGCAGTCGGTGACGTC ATTTTGGAATTAAATAATCCATAATATTTGCCGGTGTTTTTTTTGGATTTATTATTATTA TTCTCATTTTAAAAAAATAAAAAAATGTCAATTTCTCCAGAACAGCTACAGTTAATATTG CAGCAGCAGCAGCAACAGGTGTTAGCTTGTCAACAACAACTCCTGGAAGCACTTTTGGG



consensusID : consensus_7409#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 340
fasta sequence
                              [TATGTATATCTATGTTCATCTTATTGTAAGCTTCATTTTGACCCATTGATTATTATTATTATATGATTTACTGTTCCTAAGTTATATTCAGTTTATTGATTATTGTCTCCCACGCTTACGGCCACATTTGGCTTGGTTTTGTACAAATATTATTTTCTATTTTATGGTGTGATGTGGCCTGTCTGTCTGATATATAAACAAAGTATGCTTGAAATAAACGATCCATGTTGCCGAGGTTGCTATTGGTGTTCTGGACTCAAGTGGACGGGCTAGGCGGATTAAGGACCATAAGGACGCTAGATTACTCATACTAATCGACGTCATTGTCACAGTGTGAATG]

[-] EMBL CD064381             [TATGTATATCTATGTTCATCTTATTGTAAGCTTCATTTTGACCCATTGATTATTATTATTATATGATTTACTGTTCCTAAGTTATATTCAGTTTATTGATTATTGTCTCCCACGCTTACGGCCACATTTGGCTTGGTTTTGTACAAATATTATTTTCTATTTTATGGTGTGATGTGGCCTGTCTGTCTGATATATAAACAAAGTATGCTTGAAATAAACGATCCATGTTGCCGAGGTTGCTATTGGTGTTCTGGACTCAAGTGGACGGGCTAGGCGGATTAAGGACCATAAGGACGCTAGATTACTCATACTAATCGACGTCATTGTCACAGTGTGAATG]


>consensus_7409#1 TATGTATATCTATGTTCATCTTATTGTAAGCTTCATTTTGACCCATTGATTATTATTATT ATATGATTTACTGTTCCTAAGTTATATTCAGTTTATTGATTATTGTCTCCCACGCTTACG GCCACATTTGGCTTGGTTTTGTACAAATATTATTTTCTATTTTATGGTGTGATGTGGCCT GTCTGTCTGATATATAAACAAAGTATGCTTGAAATAAACGATCCATGTTGCCGAGGTTGC TATTGGTGTTCTGGACTCAAGTGGACGGGCTAGGCGGATTAAGGACCATAAGGACGCTAG ATTACTCATACTAATCGACGTCATTGTCACAGTGTGAATG



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7409#0      TCCATATTTGTCGTACAATTTCCCCAACTTACAAATTTGAATGAAGCAAGAATAAATAAT 60
consensus_7409#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7409#0      GTAGCAGAATAACATTCTATTTTGAAACTTCTCGTTAGCTGCTTACAACCTAAACATAAT 120
consensus_7409#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7409#0      ATTGTTATATACTAGGAAAAAGTAAGTACTGATAACTTACGGGACCTCTTATTACACTAT 180
consensus_7409#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7409#0      TATTCTATTTATATTCCTATGGTATAACTATTCGGTAACTGGATTATCTAAGTCTATATT 240
consensus_7409#1      --------------------------------------------TATGTATATCTATGTT 16
                                                                  *** **  ***** **

consensus_7409#0      CATCTTATTATTAGCTTCATTTTGACCTATTGATTATTATTAT---ATGATTTATTGTTC 297
consensus_7409#1      CATCTTATTGTAAGCTTCATTTTGACCCATTGATTATTATTATTATATGATTTACTGTTC 76
                      ********* * *************** ***************   ******** *****

consensus_7409#0      CTAAATTATACTCGGTTTATTGAGTACTGTCTCCCACGCTTCCAGCCACGTTTGGCTTGA 357
consensus_7409#1      CTAAGTTATATTCAGTTTATTGATTATTGTCTCCCACGCTTACGGCCACATTTGGCTTGG 136
                      **** ***** ** ********* ** ************** * ***** ********* 

consensus_7409#0      TTTTGTACAAATATTATTTTCTATTTTATGGTATGATGTGGCCTGTCTGTCTGATATATA 417
consensus_7409#1      TTTTGTACAAATATTATTTTCTATTTTATGGTGTGATGTGGCCTGTCTGTCTGATATATA 196
                      ******************************** ***************************

consensus_7409#0      AACAAAGTATGCTTGAAATAAACGATTCGTATTGCCGAGGCTGATATTGGTGTTTTGGAC 477
consensus_7409#1      AACAAAGTATGCTTGAAATAAACGATCCATGTTGCCGAGGTTGCTATTGGTGTTCTGGAC 256
                      ************************** * * ********* ** ********** *****

consensus_7409#0      TCAAGTGGACGGGTTGGGCGGATAAGGACCAATAAGGACGCTAGGTTACTCATACTAGTC 537
consensus_7409#1      TCAAGTGGACGGGCTAGGCGGATTAAGGACCATAAGGACGCTAGATTACTCATACTAATC 316
                      ************* * ******* * *  * ************* ************ **

consensus_7409#0      GAACGTCATTGTCACAGTGTGAAGGTCGTAGAAGTCGTATTCTATTGGTGGATAATTTAC 597
consensus_7409#1      GA-CGTCATTGTCACAGTGTGAATG----------------------------------- 340
                      ** ******************** *                                   

consensus_7409#0      GCGAATTACGTCCTTGTTAAATTCGTAAGGTCATAACGAATCAGCGACGACCTTGGTCAA 657
consensus_7409#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7409#0      GTCATAACAATTGGCTATAGCCTAGGTCAAATCATAACAAATTGGCGACGGGGATTTCGG 717
consensus_7409#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7409#0      TAAAAAAAAATATACAAGAATTGGGACGTGATTCTGGAAAAAAATACAGCAGTCGGTGAC 777
consensus_7409#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7409#0      GTCATTTTGGAATTAAATAATCCATAATATTTGCCGGTGTTTTTTTTGGATTTATTATTA 837
consensus_7409#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7409#0      TTATTCTCATTTTAAAAAAATAAAAAAATGTCAATTTCTCCAGAACAGCTACAGTTAATA 897
consensus_7409#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7409#0      TTGCAGCAGCAGCAGCAACAGGTGTTAGCTTGTCAACAACAACTCCTGGAAGCACTTTTG 957
consensus_7409#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7409#0      GG 959
consensus_7409#1      --
                        




Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)