cluster # 7413

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Schistosoma mansoni
cluster # 7413 cluster # 7413 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_7413#0 length = 769 sequences # 4

consensus_7413#1 length = 434 sequences # 1

consensusID : consensus_7413#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 769
fasta sequence

                              [AAGAGCTTCTAAAGATTCCCGATTTTCTGCTTCCCAAATAGCACGTTCATCTTCAAATTCTTGTCTGCGTTTCTCAAACTCGGTTAACTGTATTAATATGTGTTTTTCTGATTGTTCAGCACGTTCCACAAGATCACGTTCTGTTTCAATTAATTTATTTGTACGTTCATGAACCTTTTGTTCAAAAACATTCTCCATTTCAGACTCTAATTTAGCCAATTTACGCTGATGCGCTAAACGTTCCGTTTCTAATTGACTCAAAGGTTCACGACTATCTTCTGTGGCTAAAAATTTACTTGCTTCAGCAATACTTGTTAAACGTGATGAAAAATAATTTGTATAGTGTACATGATGTGTCACATCGATTAAATCCTGCAAATGAACACTCATTAGTAAATGCTTTAATGCCTTAAAGTCATTGTGTGCAAGATTGTCACATTCAACAACCCCCCATGGATAAGATCGGCCGTTTACCTTCCTTCCATCCGGTAGAGTAACAAGATTATTACTGGTAACCACTGCAAATGGTTGACGTCCTCGAGCGTGACGAATTTCATTGATTGAATATGATTCATCAGCACCGCCTAATTTAGCAACCGATTCAGGAAAATCGTATAATTTAATATTGTGATTGTGTAACTCTTGTAGTATTGTTTGTTTAAATTGAGAGCATTCATCTGGTGTAAGACTATCGGCTTTACCAATAATAACGACTATGTTTACTCTGTTGTGTAGCTGTTTAAGTGTCTCGATATCTAGTTGATGCAAA]

[+] EMBL CD188755             [AAGAGCTTCTAAAGATTCCCGATTTTCTGCTTCCCAAATAGCACGTTCATCTTCAAATTCTTGTCTGCGTTTCTCAAACTCGGTTAACTGTATTAATATGTGTTTTTCTGATTGTTCAGCACGTTCCACAAGATCACGTTCTGTTTCAATTAATTTATTTGTACGTTCATGAACCTTTTGTTCAAAAACATTCTCCATTTCAGACTCTAATTTAGCCAATTTACGCTGATGCGCTAAACGTTCCGTTTCTAATTGACTCAAAGGTTCACGACTATCTTCTGTGGCTAAAAATTTACTTGCTTCAGCAATACTTGTTAAACGTGATGAAAAATAATTTGTATAGTGTACATGATGTGTCACATCGATTAAATCCTGCAAATGAACACTCATTAGTAAATGCTTTAATGCCTTAAAGTCATTGTGTGCAAGATTGTCACATT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[-] EMBL CD187668             [ AGAGCTTCTAAAGATTCCCGATTTTCTGCTTCCCAAATAGCACGTTCATCTTCAAATTCTTGTCTGCGTTTCTCAAACTCGGTTAACTGTATTAATATGTGTTTTTCTGATTGTTCAGCACGTTCCACAAGATCACGTTCTGTTTCAATTAATTTATTTGTACGTTCATGAACCTTTTGTTC AAAACATTCTCCATTTCAGACTCTAATTTAGCCAATTTACGCTGATGCGCTAAACGTTCCGTTTCTAATTGACTCAAAGGTTCACGACTATCTTCTGTGGCTAAAAATTTACTTGCTTCAGCAATAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL CD188702             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ACTCATTAGTAAATGCTTTAATGCCTTAAAGTCATTGTGTGCAAGATTGTCACATTCAACAACCCCCCATGGATAAGATCGGCCGTTTACCTTCCTTCCATCCGGTAGAGTAACAAGATTATTACTGGTAACCACTGCAAATGGTTGACGTCCTCGAGCGTGACGAATTTCATTGATTGAATATGATTCATCAGCACCGCCTAATTTAGCAACCGATTCAGGAAAATCGTATAATTTAATATTGTGATTGTGTAACTCTTGTAGTATTGTTTGTTTAAATTGAGAGCATTCATCTGGTGTAAGACTATCGGCTTTACCAATAATAACGACTATGTTTACTCTGTTGTGTAGCTGTTTAAGTGTCTCGA                 ]
[+] EMBL CD196264             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GTAAATGCTTTAATGCCTTAAAGTCATTGTGTGCAAGATTGTCACATTCAACAACCCCCCATGGATAAGATCGGCCGTTTACCTTCCTTCCATCCGGTAGAGTAACAAGATTATTACTGGTAACCACTGCAAATGGTTGACGTCCTCGAGCGTGACGAATTTCATTGATTGAATATGATTCATCAGCACCGCCTAATTTAGCAACCGATTCAGGAAAATCGTATAATTTAATATTGTGATTGTGTAACTCTTGTAGTATTGTTTGTTTAAATTGAGAGCATTCATCTGGTGTAAGACTATCGGCTTTACCAATAATAACGACTACGTTTACTCTGTTGTGTAGCTGTTTAAGTGTTTCGATATCTAGTTGATGCAAA]




>consensus_7413#0
AAGAGCTTCTAAAGATTCCCGATTTTCTGCTTCCCAAATAGCACGTTCATCTTCAAATTC
TTGTCTGCGTTTCTCAAACTCGGTTAACTGTATTAATATGTGTTTTTCTGATTGTTCAGC
ACGTTCCACAAGATCACGTTCTGTTTCAATTAATTTATTTGTACGTTCATGAACCTTTTG
TTCAAAAACATTCTCCATTTCAGACTCTAATTTAGCCAATTTACGCTGATGCGCTAAACG
TTCCGTTTCTAATTGACTCAAAGGTTCACGACTATCTTCTGTGGCTAAAAATTTACTTGC
TTCAGCAATACTTGTTAAACGTGATGAAAAATAATTTGTATAGTGTACATGATGTGTCAC
ATCGATTAAATCCTGCAAATGAACACTCATTAGTAAATGCTTTAATGCCTTAAAGTCATT
GTGTGCAAGATTGTCACATTCAACAACCCCCCATGGATAAGATCGGCCGTTTACCTTCCT
TCCATCCGGTAGAGTAACAAGATTATTACTGGTAACCACTGCAAATGGTTGACGTCCTCG
AGCGTGACGAATTTCATTGATTGAATATGATTCATCAGCACCGCCTAATTTAGCAACCGA
TTCAGGAAAATCGTATAATTTAATATTGTGATTGTGTAACTCTTGTAGTATTGTTTGTTT
AAATTGAGAGCATTCATCTGGTGTAAGACTATCGGCTTTACCAATAATAACGACTATGTT
TACTCTGTTGTGTAGCTGTTTAAGTGTCTCGATATCTAGTTGATGCAAA

consensusID : consensus_7413#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 434
fasta sequence

                              [TATTGGTACGTTCATGAACCTTTTGTTCAAAAACATTCTCCATTTCAGACTCTAATTTAGCCAATTTACGCTGATGCGCTAAACGTTCCGTTTCTAATTGACTCAAAGGTTCACGACTATCTTCTGTGGCTAAAAATTTACTTGCTTCAGCAATACTTGTTAAACGTGATGAAAAATAATTTGTATAGTGTACATGATGTGTCACATCGATTAAATCCTGCAAATGAACACTCATTAGTAAATGCTTTAATGCCTTAAAGTCATTGTGTGCAAGATTGTCACATTCAACAACCCCCCATGGATAAGATCGGCCGTTTACCTTCCTTCCATCCGGTAGAGTAACAAGATTATTACTGGTAACCACTGCAAATGGTTGACGTCCTCGAGCGTGACGAATTTCACCTCGTGCCGAATTCTGTCCTGAGGGCCAAATT]

[-] EMBL CD083453             [TATTGGTACGTTCATGAACCTTTTGTTCAAAAACATTCTCCATTTCAGACTCTAATTTAGCCAATTTACGCTGATGCGCTAAACGTTCCGTTTCTAATTGACTCAAAGGTTCACGACTATCTTCTGTGGCTAAAAATTTACTTGCTTCAGCAATACTTGTTAAACGTGATGAAAAATAATTTGTATAGTGTACATGATGTGTCACATCGATTAAATCCTGCAAATGAACACTCATTAGTAAATGCTTTAATGCCTTAAAGTCATTGTGTGCAAGATTGTCACATTCAACAACCCCCCATGGATAAGATCGGCCGTTTACCTTCCTTCCATCCGGTAGAGTAACAAGATTATTACTGGTAACCACTGCAAATGGTTGACGTCCTCGAGCGTGACGAATTTCACCTCGTGCCGAATTCTGTCCTGAGGGCCAAATT]




>consensus_7413#1
TATTGGTACGTTCATGAACCTTTTGTTCAAAAACATTCTCCATTTCAGACTCTAATTTAG
CCAATTTACGCTGATGCGCTAAACGTTCCGTTTCTAATTGACTCAAAGGTTCACGACTAT
CTTCTGTGGCTAAAAATTTACTTGCTTCAGCAATACTTGTTAAACGTGATGAAAAATAAT
TTGTATAGTGTACATGATGTGTCACATCGATTAAATCCTGCAAATGAACACTCATTAGTA
AATGCTTTAATGCCTTAAAGTCATTGTGTGCAAGATTGTCACATTCAACAACCCCCCATG
GATAAGATCGGCCGTTTACCTTCCTTCCATCCGGTAGAGTAACAAGATTATTACTGGTAA
CCACTGCAAATGGTTGACGTCCTCGAGCGTGACGAATTTCACCTCGTGCCGAATTCTGTC
CTGAGGGCCAAATT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7413#0      AAGAGCTTCTAAAGATTCCCGATTTTCTGCTTCCCAAATAGCACGTTCATCTTCAAATTC 60
consensus_7413#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7413#0      TTGTCTGCGTTTCTCAAACTCGGTTAACTGTATTAATATGTGTTTTTCTGATTGTTCAGC 120
consensus_7413#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7413#0      ACGTTCCACAAGATCACGTTCTGTTTCAATTAATTTATTTGTACGTTCATGAACCTTTTG 180
consensus_7413#1      -----------------------------------TATTGGTACGTTCATGAACCTTTTG 25
                                                         **** ********************

consensus_7413#0      TTCAAAAACATTCTCCATTTCAGACTCTAATTTAGCCAATTTACGCTGATGCGCTAAACG 240
consensus_7413#1      TTCAAAAACATTCTCCATTTCAGACTCTAATTTAGCCAATTTACGCTGATGCGCTAAACG 85
                      ************************************************************

consensus_7413#0      TTCCGTTTCTAATTGACTCAAAGGTTCACGACTATCTTCTGTGGCTAAAAATTTACTTGC 300
consensus_7413#1      TTCCGTTTCTAATTGACTCAAAGGTTCACGACTATCTTCTGTGGCTAAAAATTTACTTGC 145
                      ************************************************************

consensus_7413#0      TTCAGCAATACTTGTTAAACGTGATGAAAAATAATTTGTATAGTGTACATGATGTGTCAC 360
consensus_7413#1      TTCAGCAATACTTGTTAAACGTGATGAAAAATAATTTGTATAGTGTACATGATGTGTCAC 205
                      ************************************************************

consensus_7413#0      ATCGATTAAATCCTGCAAATGAACACTCATTAGTAAATGCTTTAATGCCTTAAAGTCATT 420
consensus_7413#1      ATCGATTAAATCCTGCAAATGAACACTCATTAGTAAATGCTTTAATGCCTTAAAGTCATT 265
                      ************************************************************

consensus_7413#0      GTGTGCAAGATTGTCACATTCAACAACCCCCCATGGATAAGATCGGCCGTTTACCTTCCT 480
consensus_7413#1      GTGTGCAAGATTGTCACATTCAACAACCCCCCATGGATAAGATCGGCCGTTTACCTTCCT 325
                      ************************************************************

consensus_7413#0      TCCATCCGGTAGAGTAACAAGATTATTACTGGTAACCACTGCAAATGGTTGACGTCCTCG 540
consensus_7413#1      TCCATCCGGTAGAGTAACAAGATTATTACTGGTAACCACTGCAAATGGTTGACGTCCTCG 385
                      ************************************************************

consensus_7413#0      AGCGTGACGAATTTCATTGATTGAATATGATTC-ATCAGCACCGCCTAATTTAGCAACCG 599
consensus_7413#1      AGCGTGACGAATTTCACC--TCGTGCCGAATTCTGTCCTGAGGGCCAAATT--------- 434
                      ****************    * *      ****  **   *  *** ****         

consensus_7413#0      ATTCAGGAAAATCGTATAATTTAATATTGTGATTGTGTAACTCTTGTAGTATTGTTTGTT 659
consensus_7413#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7413#0      TAAATTGAGAGCATTCATCTGGTGTAAGACTATCGGCTTTACCAATAATAACGACTATGT 719
consensus_7413#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7413#0      TTACTCTGTTGTGTAGCTGTTTAAGTGTCTCGATATCTAGTTGATGCAAA 769
consensus_7413#1      --------------------------------------------------