cluster # 7442

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Schistosoma mansoni
cluster # 7442 cluster # 7442 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_7442#0 length = 845 sequences # 3

consensus_7442#1 length = 673 sequences # 2

consensusID : consensus_7442#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 845
fasta sequence

                              [ATATCCTATGGTTTAACGTATTCGCCATCAAACATAGATGATGACTGAATATTTGCGAGTGTTTCACTAACCATGTCACATTTGAATAGAGTGGATATTTAACATCATCCTTTCTCGAAATTCATTTAATGGATTCTCGTTGATTCCTTAAAGTTGTTTTGATGTGAACTGTTCAGAACTCCATACTTCTCTAGATGACTGACGCTCATTCTTCAACAGTTAGGCTATGATAATGCCAGATCACTTGATTGATATTCATAAGCTTTGTCGATTCATGCAGTATTAAAATTTGCTGCGTGTTAACAATTGTTTACTCAGTCAAATCAGACTGTTGCATTTAATTTTTTGGGCAATTTCGAATAATTTTCCGTATCATTGCTCATCAGATTCACTTCCGCTTTCTGAATTTGACAATAACGTTTTTTCAAACAGTTTATATCATCAGTCGATTGAAGATAGACCACCATGGGGAACCTGGAAGCACTGGAAGAACATTACGTCCTATCGTCGGACTCCTCAGCAGTGCGCAACCACGTCTTTTGTTTAATGAAATTTAGCCTTGCATTTAGGTGAATTCTACTTTTCTAAGCTGTTAGCCAAGGACTTCAATCTATTTAAATTCAGTCTTTAATTCGTTATTCATCACAACCTTGTGATGGTTTGTCATGTATATTTCAGCAAACTCTTTCCGATTAGACTATACGTAATTTTCACTAAAGTAATTCATACTACATTTAGCTTGTTTAGATCAAGTATGTTGAGTGGAGTTTTAATTCAGTTTGTGTTATTCGTTTCAAACTTCTCTTTCATGAATACGATTGCAGTTGGTCAGTCTTTTATTGACA]

[+] EMBL CD112812             [ATATCCTATGGTTTAACGTATTCGCCATCAAACATAGATGATGACTGAATATTTGCGAGTGTTTCACTAACCATGTCACATTTGAATAGAGTGGATATTTAACATCATCCTTTCTCGAAATTCATTTAATGGATTCTCGTTGATTCCTTAAAGTTGTTTTGATGTGAACTGTTCAGAACTCCATACTTCTCTAGATGACTGACGCTCATTCTTCAACAGTTAGGCTATGATAATGCCAGATCACTTGATTGATATTCATAAGCTTTGTCGATTCATGCAGTATTAAAATTTGCTGCGTGTTAACAATTGTTTACTCAGTCAAATCAGACTGTTGCATTTAATTTTTTGGGCAATTTCGAATAATTTTCCGTATCATTGCTCATCAGATTCACTTCCGCTTTCTGAATTTGACAATAACGTTTTTTCAAACAGTTTATATCATCAGTCGATTGAAGATAGACCACCATGGGG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL CD151640             [                                                                                                                                                                                                                                                    TTGATTGATATTCATAAGCTTTGTCGATTCATGCAGTATTAAAATTTGCTGCGTGTTAACAATTGTTTACTCAGTCAAATCAGACTGTTGCATTTAATTTTTTGGGCAATTTCGAATAATTTTCCGTATCATTGCTCATCAGATTCACTTCCGCTTTCTGAATTTGACAATAACGTTTTTTCAAACAGTTTATATCATCAGTCGATTGAAGATAGACCACCATGGGGAACCTGGAAGCACTGGAAGAACATTACGTCCTATCGTCGGACTCCTCAGCAGTGCGCAACCACGTCTTTTGTTTAATGAAATTTAGCCTTGCATTTAGGTGAATTCTACTTTTCTAAGCTGTTAGCCAAGGACTTCAATCTATTTAAATTCAGTCTTTAATTCGTTATTCATCACAACCTTGTGATGGTTTGTCATGTATATTTCAGCAAACTCTTTCCGATTAGACTATACGTAATTTTCACTAAAGTAATTCATACTACATTTAGCTTGTTTAGATCAAGTATGTTGAGTGGAGTTTTAATTCAGTTTGTGTTATTCGTTTCAAACTTCTCTTTCATGAATACGATTGCAGTTGGTCAGTCTTTTATTGACA]
[-] EMBL CD118036             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CAAGGACTTCAATGTATTTAAATTCAGTCTTTAATTCGTTATTCATCACAACCTTGTGATGGTTTGTCATGTATATTTCAGCAAACTCTTTCCGATTAGACTATACGTAATTTTCACTAAAGTAATTCATCCTACCCCTAGGTTGTTTAGATCA                                                                                              ]




>consensus_7442#0
ATATCCTATGGTTTAACGTATTCGCCATCAAACATAGATGATGACTGAATATTTGCGAGT
GTTTCACTAACCATGTCACATTTGAATAGAGTGGATATTTAACATCATCCTTTCTCGAAA
TTCATTTAATGGATTCTCGTTGATTCCTTAAAGTTGTTTTGATGTGAACTGTTCAGAACT
CCATACTTCTCTAGATGACTGACGCTCATTCTTCAACAGTTAGGCTATGATAATGCCAGA
TCACTTGATTGATATTCATAAGCTTTGTCGATTCATGCAGTATTAAAATTTGCTGCGTGT
TAACAATTGTTTACTCAGTCAAATCAGACTGTTGCATTTAATTTTTTGGGCAATTTCGAA
TAATTTTCCGTATCATTGCTCATCAGATTCACTTCCGCTTTCTGAATTTGACAATAACGT
TTTTTCAAACAGTTTATATCATCAGTCGATTGAAGATAGACCACCATGGGGAACCTGGAA
GCACTGGAAGAACATTACGTCCTATCGTCGGACTCCTCAGCAGTGCGCAACCACGTCTTT
TGTTTAATGAAATTTAGCCTTGCATTTAGGTGAATTCTACTTTTCTAAGCTGTTAGCCAA
GGACTTCAATCTATTTAAATTCAGTCTTTAATTCGTTATTCATCACAACCTTGTGATGGT
TTGTCATGTATATTTCAGCAAACTCTTTCCGATTAGACTATACGTAATTTTCACTAAAGT
AATTCATACTACATTTAGCTTGTTTAGATCAAGTATGTTGAGTGGAGTTTTAATTCAGTT
TGTGTTATTCGTTTCAAACTTCTCTTTCATGAATACGATTGCAGTTGGTCAGTCTTTTAT
TGACA

consensusID : consensus_7442#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 673
fasta sequence

                              [ACTAACACATCCACCATATCCTATTATCCAACGTATTTGCTATCAAACATAGATAGATTACTGAATATTCGAGAGCGTCTCAGTAACCATGTGACATTTGAATGTTGTTGATATTTAACATTGTCATTTCTAGAAATTCATTGAATGGATTCTCGTTGATTTCTTTAAGCAACTTTGTTTTTGATGTGAACTGTTCAGAACTCTATATTTCTCTAGGCGACGGACTGACATTCTTCTACAGTTGGGCTATTATAATGCCAGATCACTTGATTGATCATTATAAACTTCATCGATTCATGTAGTATTAAATTTTGCTGCGTGTTAATAATTGCTTGCCTAGTCTATTCAGACTGTCGCATTTAAATTTCCGAGCAATTTCAAATAATTTTCAACATCGTTGCTAATTGGATTCACTTCAGTTTTCTAGATTTGACAATAACATTTTTTAACGGTTTAGGTCATTAGTCGATTGAAGCTATACCATCAAGCAAAACCTGGGAGCACTGGACGGCCGTTTCATCTTATTCTGGGACTTCTCAGCAGTGTGCATCCACGTTTTTCGTTTAATGATATTTAGACTTGCATTTAGGTGAATTCTACTTTCCTAAGCTGTTAGCCAAGGAATTTGATCTATTTATCTTCAGTCTTTAATTCGTTATTCATCACAACGTTG]

[-] EMBL CD152388             [ACTAACACATCCACCATATCCTATTATCCAACGTATTTGCTATCAAACATAGATAGATTACTGAATATTCGAGAGCGTCTCAGTAACCATGTGACATTTGAATGTTGTTGATATTTAACATTGTCATTTCTAGAAATTCATTGAATGGATTCTCGTTGATTTCTTTAAGCAACTTTGTTTTTGATGTGAACTGTTCAGAACTCTATATTTCTCTAGGCGACGGACTGACATTCTTCTACAGTTGGGCTATTATAATGCCAGATCACTTGATTGATCATTATAAACTTCATCGATTCATGTAGTATTAAATTTTGCTGCGTGTTAATAATTGCTTGCCTAGTCTATTCAGACTGTCGCATTTAAATTTCCGAGCAATTTCAAATAATTTTCAACATCGTTGCTAATTGGATTCACTTCAGTTTTCTAGATTTGACAATAACATTTTTTAACGGTTTAGGTCATTAGTCGATTGAAGCTATACCATCAAGCAAAACCTGGGAGCACTGGACGGCCGTTTCATCTTATTCTGGGACTTCTCAGCAGTGTGCATCCACGTTTTTCGTTTAATGA                                                                                                       ]
[-] EMBL CD150659             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GTATTAAATTNTGCTGCGTGTTAATAATTGCCTGCCTAGTCTATTCAGACTGTCGCATTTAAATTTCCGAGCAATTTTAAATAATTTTCAACATCGTTGCTAATTGGATTCACTTCAGTTTTCTAGATTTGACAATAACATTTTTTAACGGTTTAGGTCATTAGTCGATTGAAGCTATACCATCAAGCAAAACCTGGGAGCACTGGACGGCCGTTTCATCTTATTCTGGGACTTCTCAGCAGTGTGCATCCACGTTTTTCGTTTAATGATATTTAGACTTGCATTTAGGTGAATTCTACTTTCCTAAGCTGTTAGCCAAGGAATTTGATCTATTTATCTTCAGTCTTTAATTCGTTATTCATCACAACGTTG]




>consensus_7442#1
ACTAACACATCCACCATATCCTATTATCCAACGTATTTGCTATCAAACATAGATAGATTA
CTGAATATTCGAGAGCGTCTCAGTAACCATGTGACATTTGAATGTTGTTGATATTTAACA
TTGTCATTTCTAGAAATTCATTGAATGGATTCTCGTTGATTTCTTTAAGCAACTTTGTTT
TTGATGTGAACTGTTCAGAACTCTATATTTCTCTAGGCGACGGACTGACATTCTTCTACA
GTTGGGCTATTATAATGCCAGATCACTTGATTGATCATTATAAACTTCATCGATTCATGT
AGTATTAAATTTTGCTGCGTGTTAATAATTGCTTGCCTAGTCTATTCAGACTGTCGCATT
TAAATTTCCGAGCAATTTCAAATAATTTTCAACATCGTTGCTAATTGGATTCACTTCAGT
TTTCTAGATTTGACAATAACATTTTTTAACGGTTTAGGTCATTAGTCGATTGAAGCTATA
CCATCAAGCAAAACCTGGGAGCACTGGACGGCCGTTTCATCTTATTCTGGGACTTCTCAG
CAGTGTGCATCCACGTTTTTCGTTTAATGATATTTAGACTTGCATTTAGGTGAATTCTAC
TTTCCTAAGCTGTTAGCCAAGGAATTTGATCTATTTATCTTCAGTCTTTAATTCGTTATT
CATCACAACGTTG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7442#0      ---------------ATATCCTATGGTTTAACGTATTCGCCATCAAACATAGAT-GATGA 44
consensus_7442#1      ACTAACACATCCACCATATCCTATTATCCAACGTATTTGCTATCAAACATAGATAGATTA 60
                                     *********  *  ******** ** ************* *** *

consensus_7442#0      CTGAATATTTGCGAGTGTTTCACTAACCATGTCACATTTGAATAGAGTGGATATTTAACA 104
consensus_7442#1      CTGAATATTCGAGAGCGTCTCAGTAACCATGTGACATTTGAATGTTGTTGATATTTAACA 120
                      ********* * *** ** *** ********* **********   ** ***********

consensus_7442#0      TCATCCTTTCTCGAAATTCATTTAATGGATTCTCGTTGATTCCTTAAAG-----TTGTTT 159
consensus_7442#1      TTGTCATTTCTAGAAATTCATTGAATGGATTCTCGTTGATTTCTTTAAGCAACTTTGTTT 180
                      *  ** ***** ********** ****************** *** ***     ******

consensus_7442#0      T-GATGTGAACTGTTCAGAACTCCATACTTCTCTAGATGACTGACGCTCATTCTTCAACA 218
consensus_7442#1      TTGATGTGAACTGTTCAGAACTCTATATTTCTCTAGGCGACGGACTGACATTCTTCTACA 240
                      * ********************* *** ********  *** ***   ******** ***

consensus_7442#0      GTTAGGCTATGATAATGCCAGATCACTTGATTGATATTCATAAGCTTTGTCGATTCATGC 278
consensus_7442#1      GTTGGGCTATTATAATGCCAGATCACTTGATTGATCATTATAAACTTCATCGATTCATGT 300
                      *** ****** ************************  * **** ***  ********** 

consensus_7442#0      AGTATTAAAATTTGCTGCGTGTTAACAATTGTTTACTCAGTCAAATCAGACTGTTGCATT 338
consensus_7442#1      AGTATTAAATTTTGCTGCGTGTTAATAATTGCTTGCCTAGTCTATTCAGACTGTCGCATT 360
                      ********* *************** ***** ** *  **** * ********* *****

consensus_7442#0      TAATTTTTTGGGCAATTTCGAATAATTTTCCGTATCATTGCTCATCAGATTCACTTCCGC 398
consensus_7442#1      TAAATTTCCGAGCAATTTCAAATAATTTTCAACATCGTTGCTAATTGGATTCACTTCAGT 420
                      *** ***  * ******** **********   *** ***** **  ********** * 

consensus_7442#0      TTTCTGAATTTGACAATAACGTTTTTTCAAACAGTTTATATCATCAGTCGATTGAAGATA 458
consensus_7442#1      TTTCTAGATTTGACAATAACATTTTTT--AACGGTTTAGGTCATTAGTCGATTGAAGCTA 478
                      *****  ************* ******  *** *****  **** ************ **

consensus_7442#0      GACCACCATGGGGAACCTGGAAGCACTGGAAGAACATTACGTCCTATCGTCGGACTCCTC 518
consensus_7442#1      TACCATCAAGCAAAACCTGGGAGCACTGGACGGCCGTTTCATCTTATTCTGGGACTTCTC 538
                       **** ** *   ******* ********* *  * ** * ** ***  * ***** ***

consensus_7442#0      AGCAGTGCGCAACCACGTCTTTTGTTTAATGAAATTTAGCCTTGCATTTAGGTGAATTCT 578
consensus_7442#1      AGCAGTGTGCATCCACGTTTTTCGTTTAATGATATTTAGACTTGCATTTAGGTGAATTCT 598
                      ******* *** ****** *** ********* ****** ********************

consensus_7442#0      ACTTTTCTAAGCTGTTAGCCAAGGACTTCAATCTATTTAAATTCAGTCTTTAATTCGTTA 638
consensus_7442#1      ACTTTCCTAAGCTGTTAGCCAAGGAATTTGATCTATTTATCTTCAGTCTTTAATTCGTTA 658
                      ***** ******************* **  *********  *******************

consensus_7442#0      TTCATCACAACCTTGTGATGGTTTGTCATGTATATTTCAGCAAACTCTTTCCGATTAGAC 698
consensus_7442#1      TTCATCACAACGTTG--------------------------------------------- 673
                      *********** ***                                             

consensus_7442#0      TATACGTAATTTTCACTAAAGTAATTCATACTACATTTAGCTTGTTTAGATCAAGTATGT 758
consensus_7442#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7442#0      TGAGTGGAGTTTTAATTCAGTTTGTGTTATTCGTTTCAAACTTCTCTTTCATGAATACGA 818
consensus_7442#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7442#0      TTGCAGTTGGTCAGTCTTTTATTGACA 845
consensus_7442#1      ---------------------------