cluster # 7485

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Schistosoma mansoni
cluster # 7485 cluster # 7485 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_7485#0 length = 576 sequences # 1

consensus_7485#1 length = 554 sequences # 4

consensusID : consensus_7485#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 576
fasta sequence

                              [CGAGCGAATAGTCTACTGAATATGCTTAGTATTCAATGGAGTTCTATTTTATATTTTCTTATATTTAATAACTGTGCCAATAAACTTGATGGTTTAAAATTATCAAAATTATGTACAACTCTCACAGTCAATCTACAAAGTCAAATAAGCATGAATCGAAATGTAAGCTTGATGGCATCATTGTCATCAGATATGCAACCTGACTTAGATCAATTTAAGTATCAAGATAAAGTAATGATGGATGATAATGGATTTGGATTACGTCTTCGAAGAGTAAATGATGGTGCTATGATCGATCAATGGTATGAACCTGGAAGAAAATATTATGTAATACTGACAAATCGATTTCACTCAGTAGGATTCCTTGATGGATTAATATGGATTGAACCTAGTATGAATAAGGAAAAAATGATGATGAATATAAAAATGGATTCACCAATTCCCGTGGATAGTAAATCAATTAATGGACGACTCAATCCAAACAAGTTAACAGATAACATGAACAATTGCTCTTCTAAAGAGTTAGGTGAATGGATTCATTTAACTAATCGAGATTCAAATGAAAATATTTTATCA]

[+] EMBL CD123059             [CGAGCGAATAGTCTACTGAATATGCTTAGTATTCAATGGAGTTCTATTTTATATTTTCTTATATTTAATAACTGTGCCAATAAACTTGATGGTTTAAAATTATCAAAATTATGTACAACTCTCACAGTCAATCTACAAAGTCAAATAAGCATGAATCGAAATGTAAGCTTGATGGCATCATTGTCATCAGATATGCAACCTGACTTAGATCAATTTAAGTATCAAGATAAAGTAATGATGGATGATAATGGATTTGGATTACGTCTTCGAAGAGTAAATGATGGTGCTATGATCGATCAATGGTATGAACCTGGAAGAAAATATTATGTAATACTGACAAATCGATTTCACTCAGTAGGATTCCTTGATGGATTAATATGGATTGAACCTAGTATGAATAAGGAAAAAATGATGATGAATATAAAAATGGATTCACCAATTCCCGTGGATAGTAAATCAATTAATGGACGACTCAATCCAAACAAGTTAACAGATAACATGAACAATTGCTCTTCTAAAGAGTTAGGTGAATGGATTCATTTAACTAATCGAGATTCAAATGAAAATATTTTATCA]




>consensus_7485#0
CGAGCGAATAGTCTACTGAATATGCTTAGTATTCAATGGAGTTCTATTTTATATTTTCTT
ATATTTAATAACTGTGCCAATAAACTTGATGGTTTAAAATTATCAAAATTATGTACAACT
CTCACAGTCAATCTACAAAGTCAAATAAGCATGAATCGAAATGTAAGCTTGATGGCATCA
TTGTCATCAGATATGCAACCTGACTTAGATCAATTTAAGTATCAAGATAAAGTAATGATG
GATGATAATGGATTTGGATTACGTCTTCGAAGAGTAAATGATGGTGCTATGATCGATCAA
TGGTATGAACCTGGAAGAAAATATTATGTAATACTGACAAATCGATTTCACTCAGTAGGA
TTCCTTGATGGATTAATATGGATTGAACCTAGTATGAATAAGGAAAAAATGATGATGAAT
ATAAAAATGGATTCACCAATTCCCGTGGATAGTAAATCAATTAATGGACGACTCAATCCA
AACAAGTTAACAGATAACATGAACAATTGCTCTTCTAAAGAGTTAGGTGAATGGATTCAT
TTAACTAATCGAGATTCAAATGAAAATATTTTATCA

consensusID : consensus_7485#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 554
fasta sequence

                              [TTTTACAT-TTAAGGATAAATTCATCTGAAATTAACATTGAAATTCGAGCGAATAGTCTACTGAATATGCTTAGTATTCAATGGAGTTCTATTTTATATTTTCTTATATTTAATAACTGTGCCAATAAACTTGATGGTTTAAAATTATCAAAATTATGTACAACTCTCACAGTCAATCTACAAAGTCAAATAAGCATGAATCGAAATGTAAGCTTGATGGCATCATTGTCATCAGATATGCAACCTGACTTAGATCAATTTAAGTATCAAGATAAAGTAATGATGGATGATAATGGATTTGAATTACGTCTTCGAAGAGTAAATGATGGTGCTATGATTGATCAATGGTATGAACCTGGAAGAAAATATTATGTAATACTGACAAATCGATTTCACTCAGTAGGATTCCTTGATGGATTAATATGGATTGAACCTAGTATGAATAAGGAAAAAATGATGATGAATATAAAAATGGATTCACCAATTCCCGTGGATAGTAAATCAATTAATGGACGACTCAATCCAAACAAGGTACGTCTAAAGTTTCGTGAATAC]

[+] EMBL CD121202             [TTTTACAT TTAAGGATAAATACATCTGAAATTAACATTGAAATTCGAGCGAATAGTCTACTGAATATGCTTAGTATTCAATGGAGTTCTATTTTATATTTTCTTATATTTAATAACTGTGCCAATAAACTTGATGGTTTAAAATTATCAAAATTATGTACAACTCTCACAGTCAATCTACAAAGTCAAATAAGCATGAATCGAAATGTAAGCTTGATGGCATCATTGTCATCAGATATGCAACCTGACTTAGATCAATTTAAGTATCAAGATAAAGTAATGATGGATGATAATGGATTTGAATTACGTCTTCGAAGAGTAAATGATGGTGCTATGATTGATCAATGGTATGAACCTGGAAGAAAATATTATGTAATACTGACAAATCGATTTCACTCAGTAGGATTCCTTGATGGATTAATATGGATTGAACCTAGTATGAATAAGGAAAAAATGATGATGAATATAAAAATGGATTCACCAATTCCCGTGGATAGTAAATCAATTAATGGACGACTCAATCCAAACAAGGTACGTCTAAAGTTTCGTGAATA ]
[+] EMBL CD121270             [TTTTACAT TTAAGGATAAATTCATCTGAAATTAACATTGAAATTCGAGCGAATAGTCTACTGAATATGCTTAGTATTCAATGGAGTTCTATTTTATATTTTCTTGTATTTAATAACTGTGCCAATAAACTTGATGGTTTAAAATTATCAAAATTATGTACAACTCTCACAGTCAATCTACAAAGTCAAATAAGCATGAATCGAAATGTAAGCTTGATGGCATCATTGTCATCAGATATGCAACCTGACTTAGATCAATTTAAGTATCAAGATAAAGTAATGATGGATGATAATGGATTTGAATTACGTCTTCGAAGAGTAAATGATGGTGCTATGATTGATCAATGGTATGAACCTGGAAGAAAATATTATGTAATACTGACAAATCGATTTCACTCAGTAGGATTCCTTGATGGATTAATATGGATTGAACCTAGTATGAATAAGGAAAAAATGATGATGAATATAAAAATGGATTCACCAATTCCCGTGGATAGTAAATCAATTAATGGACGACTCAATCCAAACAAGGTACGTCTAAAGTTTCGTGAATA ]
[+] EMBL CD121168             [TTTTACAT TTAAGGATAAATTCATCTGAAATTAACATTGAAATTCGAGCGAATAGTCTACTGAATATGCTTAGTATTCAATGGAGTTCTATTTTATATTTTCTTATATTTAATAACTGTGCCAGTAAACTTGATGGTTTAAAATTATCAAAATTATGTACAACTCTCACAGTCAATCTACAAAGTCAAATAAGCATGAATCGAAATGTAAGCTTGATGGCATCATTGTCATCAGATAAGCAACCTGACTTAGATCAATTTAAGTATCAAGATAAAGTAATGATGGATGATAATGGATTTGAATTACGTCTTCGAAGAGTAAATGATGGTGCTATGATTGATCAATGGTATGAACCTGGAAGAAAATATTATGTAATACTGACAAATCGATTTCACTCAGTAGGATTCCTTGATGGATTAATATGGATTGAACCTAGTATGAATAAGGAAAAAATGATGATGAATATAAAAATGGATTCACCAATTCCCGTGGATAGTAAATCAATTAATGGACGACTCAATCCAAACAAGGTACGTCTAAAGTTTCGTGAATA ]
[-] EMBL CD121176             [  TTACATNNTAAGGATAAATTCATCTGAAATTACCATTGAAATTCGAGCGAATAGTCTACTGAATATGCTTAGTATTCAATGGAGTTCTATTTTATATTTTCTTATATTTAATAACTGTGCCAATAAACTTGATGGTTTAAAATTATCAAAATTATGTACAACTCTCACAGTCAATCTACAAAGTCAAATAAGCATGAATCGAAATGTAAGCTTGATGGCATCATTGTCATCAGATATGCAACCTGACTTAGATCAATTTAAGTATCAAGATAAAGTAATGATGGATGATAATGGATTTGAATTACGTCTTCGAAGAGTAAATGATGGTGCTATGATTGATCAATGGTATGAACCTGGAAGAAAATATTATGTAATACTGACAAATCGATTTCACTCAGTAGGATTCCTTGATGGATTAATATGGATTGAACCTAGTATGAATAAGGAAAAAATGATGATGAATATAAAAATGGATTCACCAATTCCCGTGGATAGTAAATCAATTAATGGACGACTCAATCCAAACAAGGTACGTCTAAAGTTTCGTGAATAC]




>consensus_7485#1
TTTTACATTTAAGGATAAATTCATCTGAAATTAACATTGAAATTCGAGCGAATAGTCTAC
TGAATATGCTTAGTATTCAATGGAGTTCTATTTTATATTTTCTTATATTTAATAACTGTG
CCAATAAACTTGATGGTTTAAAATTATCAAAATTATGTACAACTCTCACAGTCAATCTAC
AAAGTCAAATAAGCATGAATCGAAATGTAAGCTTGATGGCATCATTGTCATCAGATATGC
AACCTGACTTAGATCAATTTAAGTATCAAGATAAAGTAATGATGGATGATAATGGATTTG
AATTACGTCTTCGAAGAGTAAATGATGGTGCTATGATTGATCAATGGTATGAACCTGGAA
GAAAATATTATGTAATACTGACAAATCGATTTCACTCAGTAGGATTCCTTGATGGATTAA
TATGGATTGAACCTAGTATGAATAAGGAAAAAATGATGATGAATATAAAAATGGATTCAC
CAATTCCCGTGGATAGTAAATCAATTAATGGACGACTCAATCCAAACAAGGTACGTCTAA
AGTTTCGTGAATAC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7485#0      --------------------------------------------CGAGCGAATAGTCTAC 16
consensus_7485#1      TTTTACATTTAAGGATAAATTCATCTGAAATTAACATTGAAATTCGAGCGAATAGTCTAC 60
                                                                  ****************

consensus_7485#0      TGAATATGCTTAGTATTCAATGGAGTTCTATTTTATATTTTCTTATATTTAATAACTGTG 76
consensus_7485#1      TGAATATGCTTAGTATTCAATGGAGTTCTATTTTATATTTTCTTATATTTAATAACTGTG 120
                      ************************************************************

consensus_7485#0      CCAATAAACTTGATGGTTTAAAATTATCAAAATTATGTACAACTCTCACAGTCAATCTAC 136
consensus_7485#1      CCAATAAACTTGATGGTTTAAAATTATCAAAATTATGTACAACTCTCACAGTCAATCTAC 180
                      ************************************************************

consensus_7485#0      AAAGTCAAATAAGCATGAATCGAAATGTAAGCTTGATGGCATCATTGTCATCAGATATGC 196
consensus_7485#1      AAAGTCAAATAAGCATGAATCGAAATGTAAGCTTGATGGCATCATTGTCATCAGATATGC 240
                      ************************************************************

consensus_7485#0      AACCTGACTTAGATCAATTTAAGTATCAAGATAAAGTAATGATGGATGATAATGGATTTG 256
consensus_7485#1      AACCTGACTTAGATCAATTTAAGTATCAAGATAAAGTAATGATGGATGATAATGGATTTG 300
                      ************************************************************

consensus_7485#0      GATTACGTCTTCGAAGAGTAAATGATGGTGCTATGATCGATCAATGGTATGAACCTGGAA 316
consensus_7485#1      AATTACGTCTTCGAAGAGTAAATGATGGTGCTATGATTGATCAATGGTATGAACCTGGAA 360
                       ************************************ **********************

consensus_7485#0      GAAAATATTATGTAATACTGACAAATCGATTTCACTCAGTAGGATTCCTTGATGGATTAA 376
consensus_7485#1      GAAAATATTATGTAATACTGACAAATCGATTTCACTCAGTAGGATTCCTTGATGGATTAA 420
                      ************************************************************

consensus_7485#0      TATGGATTGAACCTAGTATGAATAAGGAAAAAATGATGATGAATATAAAAATGGATTCAC 436
consensus_7485#1      TATGGATTGAACCTAGTATGAATAAGGAAAAAATGATGATGAATATAAAAATGGATTCAC 480
                      ************************************************************

consensus_7485#0      CAATTCCCGTGGATAGTAAATCAATTAATGGACGACTCAATCCAAACAAGTTAACAGATA 496
consensus_7485#1      CAATTCCCGTGGATAGTAAATCAATTAATGGACGACTCAATCCAAACAAGGTACGTCTAA 540
                      ************************************************** **      *

consensus_7485#0      ACATGAACAATTGCTCTTCTAAAGAGTTAGGTGAATGGATTCATTTAACTAATCGAGATT 556
consensus_7485#1      AGTTTCGTGAATAC---------------------------------------------- 554
                      *  *     * * *                                              

consensus_7485#0      CAAATGAAAATATTTTATCA 576
consensus_7485#1      --------------------