These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_7549#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 732 fasta sequence [GCTCGAGGACTATGCGTGTTTGTCTTGAGCATGGTAACTATACATGTCGTTGTTAATACTAGTTTATGATGTGTCTGTTATAGGGTTAACAAATAAATTTCTGTTAACACAATCCGAAATTACTGATCAAATCATAAACAAAGTTTTAATGAATGTTGATGAGTAATATCTGAATAGTGCTANCCAGTTATTTCATTATTGTATGTTAATAGTGAATTGCCAATAGTATGATAAACGTTGTAATAGGATTTTTCTCAGATTTCATATTATTAATTAAGTTGTTGAATCCGTTTATTTGGTGCATGCAGTTTGTTTGTTAACACCAAATAACTAAATGAAATTCTAGGAGGGTTAGAAAATGAAGAGCATTGTTTACAACAAGTAAGACACTTATAGGCACATCGTGTCAGTGGCTGTTTCATTCACTCATTGAATTTGATACTGACAACGAAGTTTAATTGTTTGTTTCACAGTTGATTTGTTATTTTTTAGAATTGCATGAAGCTGAGAAGGTCCTTATACGTTCCCTGATATGCAATATATGGCTTCTGTCAAATAATTGATAGACTCAAATCCTTCTAATAATAAAGTCTATGCCGATGAACATTTTGAAGAATTTCTGAATATGGAAGATTATGTGGGGAAACAATTTACTAGTTGACGATAACTGAGTTTTATATT-GACCACTGCCACGTTTATTCATCTAATGAATTATCTAANNTA-AAATATAAC] [+] EMBL CD082077 [GCTCGAGGACTATGCGTGTTTGTCTTGAGCATGGTAACTATACATGTCGTTGTTAATACTAGTTTATGATGTGTCTGTTATAGGGTTAACAAATAAATTTCTGTTAACACAATCCGAAATTACTGATCAAATCATAAACAAAGTTTTAATGAATGTTGATGAGTAATATCTGAATAGTGCTTACCAGTTATTTCATTATTGTATGTTAATAGTGAATTGCCAATAGTATGATAAACGTTGTAATAGGATTTTTCTCAGATTTCATATTATTAATTAAGTTGTTGAATCCGTTTATTTGGTGCATGCAGTTTGTTTGTTAACACCAAATAACTAAATGAAATTCTAGGAGGGTTAGAAAATGAAGAGCATTGTTTACAACAAGTAAGACACTTATAGGCACATCGTGTCAGTGGCTGTTTCATTCACTCATTGAATTTGATACTGACAACGAAGTTTAATTGTTTGTTTCACAGTTGATTTGTTATTTTTTAGAATTGCATGAAGCTGAGAAGGTCCTTATACGTTCCCTGATATGCAATATATGGCTTCTGTCAAATAATTGATAGACTCNAATCCTTCTAATAAT AAGTCTATGCCGATGAACATTNTGAAGAATNTCTGAATATGGAAGATTATGTGGGGAAAACATNTACTAGNTGACGATNACTGAGTTTTATATTNGA CACTGNCACGTTTATTCATCTAATGAATNATCTAANNTA AANTATA ] [-] EMBL CD075925 [ GTTGATGAGTAATATCTGAATAGTGCTANCCAGTTATTTCATTATTGTATGTTAATAGTGAATTGCCAATAGTATGATAAACGTTGTAATAGGATTTTTCTCAGATTTCATATTATTAATTAAGTTGTTGAATCCGTTTATTTGGTGCATGCAGTTTGTTTGTTAACACCAAATAACTAAAGGAAATTCTAGGAGGGTTAGAAAATGAAGAGCATTGTTTACAACAAGTAAGACACTTATAGGCACATCGTGTCAGTGGCTGTTTCATTCACTCATTGAATTTGATACTGACAACGAAGTTTAATTGTTTGTTTCACAGTTGATTTGTTATTTTTTAGAATTGCATGAAGCTGAGAAGGTCCTTATACGTTCCCTGATATGCAATATATGGCTTCTGTCAAATAATTGATAGACTCAAATCCTTCTAATAATAAAGTCTATGCCGATGAACATTTTGAAGAATTTCTGAATATGGAAGATTATGTGGGGAAACAATTTACTAGTTGACGATAACTGAGTTTTATATT GACCACTGCCACGTTTATTCATCTAATGAATTATCTAA ATATAAATAT ] [-] EMBL CD075692 [ ANCCAGTATTTTCATTATGNTATGTTAATAGTGAATTGCCAATAGTATGATAAACGTTGTAATAGGATTTTTCTCAGATTTCATATTATTAATTAAGTTGTTGAATCCGTTTATTTGGTGCATGCAGTTTGTTTGTTAACACCAAATAACTAAATGAAATTCTAGGAGGGTTAGAAAATGAAGAGCATTGTTTACAACAAGTAAGACACTTATAGGCACATCGTGTCAGTGGCTGTTTCATTCACTCATTGAATTTGATACTGACAACGAAGTTTAATTGTTTGTTTCACAGTTGATTTGTTATTTTTTAGAATTGCATGAAGCTGAGAAGGTCCTTATACGTTCCCTGATATGCAATATATGGCTTCTGTCAAATAATTGATAGACTCAAATCCTTCTAATAATAAAGTCTATGCCGATGAACATTTTGAAGAATTTCTGAATATGGAAGATTATGTGGGGAAACAATTTACTAGTTGACGATAACTGAGTTTTATATT GACCACTGCCACGTTTATTCATCTAATGAATTATCTAAATAA AAATATAAC] consensusID : consensus_7549#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 639 fasta sequence [CGAAGCTTGTTTATAAAATGTCGGTTGAAGTAATTGATGCGTTAAACTATTTGCGCATGTTATATAACTTGCTAATATAAAGTCGTGAACAATTCTATCCATTATAAGTATCATCGTTTTCGACTGAACTGACACTATGTTACGTAAGGTATCTGAGAAAGAAAAGTTATATGAGTAACAATTGACGTTGATAGCATTTTCTGCCTGCTTTCCCATCATTTATAGGAATTGTATATAACATTACTGTGAGTGCCACATAAATTCGCCAAATATTCTTCATAAGTAATGCGATGCGTGTTTGTCTTGAGCATGGTAACTAAAACATGTCGTTGTTAATACTAGTTTATGATGTGTCTGTTATAGGGTTAACAAATAAATTTCTGTTAACACAATCCGAAATTACTGATCAAATCATAAACAAAGTTTTAATGAATGTTGATGAGTAATATCTGAATAGTGCTTACCAGTTATTTCATTATTGTATGTTAATAGTGAATTGCCAATAGTATGATAAACGTTGTAATAGGATTTTTCTCAGATTTCATATTATTAATTAAGTTGTTGAATCCGTTTATTTGGTGCATGCAGTTTGTTTGTTAACACCAAATAACTAAAGGAAATTCTANGANGGTTAGAAAA] [+] EMBL CD082326 [CGAAGCTTGTTTATAAAATGTCGGTTGAAGTAATTGATGCGTTAAACTATTTGCGCATGTTATATAACTTGCTAATATAAAGTCGTGAACAATTCTATCCATTATAAGTATCATCGTTTTCGACTGAACTGACACTATGTTACGTAAGGTATCTGAGAAAGAAAAGTTATATGAGTAACAATTGACGTTGATAGCATTTTCTGCCTGCTTTCCCATCATTTATAGGAATTGTATATAACATTACTGTGAGTGCCACATAAATTCGCCAAATATTCTTCATAAGTAATGCGATGCGTGTTTGTCTTGAGCATGGTAACTAAAACATGTCGTTGTTAATACTAGTTTATGATGTGTCTGTTATAGGGTTAACAAATAAATTTCTGTTAACACAATCCGAAATTACTGATCAAATCATAAACAAAGTTTTAATGAATGTTGATGAGTAATATCTGAATAGTGCTTACCAGTTATTTCATTATTGTATGTTAATAGTGAATTGCCAATAGTATGATAAACGTTGTAATAGGATTTTTCTCAGATTTCATATTATTAATTAAGTTGTTGAATCCGTTTATTTGGTGCATGCAGTTTGTTTGTTAACACCAAATAACTAAAGGAAATTCTANGANGGTTAGAAAA] consensusID : consensus_7549#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 535 fasta sequence [TATATCATTTTGTGTAAATAGTGAATTGCTAACGGTATCGTGAACGTTGTGATTGAATTTTTCTCAGATTTCATATTACTAATTAAAGTCTGATAATACGTTTATTTGGTGCCTGAAAATTGTTTGTTAACACCAAATAACTAGATGAAATTCTAGAAGGGTTAGAAAATGAAGAGCACTGTTTACAGCAAGTAAGACACTTATAGGTACATCCAATCAGCTGCTGTTTTATCTACTTATTGAATTTGATACTGATAATGAAAGTTAATATTTTGTTTTAGGACTAATTTGTTGTTTCTCAGAATTTTATTGAGTAAGCTATCCATACGTTTTCTGTCATACAACTTATGACTTCTGTCAACTAATTGAAAGGCTCTAACCTTTTCAATAATTAAGTCTATGCAGGTGAACAACTTAGCGAATTACTGAATATGGAAGATTATATGGAGAAACAATTTACAAATTGACGATAACTGTGTTTTATATTGACTAATGCCACGTTTATTTATCTAAGGAATTATCTAAATATAAATAT] [-] EMBL CD077025 [TATATCATTTTGTGTAAATAGTGAATTGCTAACGGTATCGTGAACGTTGTGATTGAATTTTTCTCAGATTTCATATTACTAATTAAAGTCTGATAATACGTTTATTTGGTGCCTGAAAATTGTTTGTTAACACCAAATAACTAGATGAAATTCTAGAAGGGTTAGAAAATGAAGAGCACTGTTTACAGCAAGTAAGACACTTATAGGTACATCCAATCAGCTGCTGTTTTATCTACTTATTGAATTTGATACTGATAATGAAAGTTAATATTTTGTTTTAGGACTAATTTGTTGTTTCTCAGAATTTTATTGAGTAAGCTATCCATACGTTTTCTGTCATACAACTTATGACTTCTGTCAACTAATTGAAAGGCTCTAACCTTTTCAATAATTAAGTCTATGCAGGTGAACAACTTAGCGAATTACTGAATATGGAAGATTATATGGAGAAACAATTTACAAATTGACGATAACTGTGTTTTATATTGACTAATGCCACGTTTATTTATCTAAGGAATTATCTAAATATAAATAT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_7549#0 GCTCGAGGACTATGCGTGTTTGTCTTGAGCATGGTAACTATACATGTCGTTGTTAATACT 60 consensus_7549#2 ------------------------------------------------------------ consensus_7549#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7549#0 AGTTTATGATGTGTCTGTTATAGGGTTAACAAATAAATTTCTGTTAACACAATCCGAAAT 120 consensus_7549#2 ------------------------------------------------------------ consensus_7549#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7549#0 TACTGATCAAATCATAAACAAAGTTTTAATGAATGTTGATGAGTAATATCTGAATAGTGC 180 consensus_7549#2 ------------------------------------------------------------ consensus_7549#1 -----------------------------CGAAGCTTGTTTATAAAATGTCGGTTGAAGT 31 consensus_7549#0 TANCCAGTTATTTCATTATTG-TATGTTAATAGTGAATTGCCAATAGTA--TGATAAACG 237 consensus_7549#2 -----------TATATCATTT-TGTGTAAATAGTGAATTGCTAACGGTA--TCGTGAACG 46 consensus_7549#1 AATTGATGCGTTAAACTATTTGCGCATGTTATATAACTTGCTAATATAAAGTCGTGAAC- 90 * * *** * * * **** ** * * * *** consensus_7549#0 TTGTAATAGGATTTTTCTCAGATTTCAT-ATTATTAATTAAGTTGTTG-AATCCGTT-TA 294 consensus_7549#2 TTGTGATTGAATTTTTCTCAGATTTCAT-ATTACTAATTAAAGTCTGATAATACGTT-TA 104 consensus_7549#1 ----AATTCTATCCATTATAAGTATCATCGTTTTCGACTGAA--CTGACACTATGTTACG 144 ** ** * * * **** ** * * * * * * *** consensus_7549#0 TTTGGTGCATGCAGTTTG-----TTTGTTAACACCAAATAAC-TAAATGAAATTCTAGGA 348 consensus_7549#2 TTTGGTGCCTGAAAATTG-----TTTGTTAACACCAAATAAC-TAGATGAAATTCTAGAA 158 consensus_7549#1 TAAGGTATCTGAGAAAGAAAAGTTATATGAGTAACAATTGACGTTGATAGCATTTTCTGC 204 * *** ** * * * * * *** * ** * ** *** * consensus_7549#0 GGGTTAGAAAATGAAGAGCATTGTTTACAACAAGTAAGACACTTATAGGCACATCGTGTC 408 consensus_7549#2 GGGTTAGAAAATGAAGAGCACTGTTTACAGCAAGTAAGACACTTATAGGTACATCCAATC 218 consensus_7549#1 CTGCTTTCCCATCATTTATAGGAATTGTATATAACATTACTGTGAGTGCCACATAAATTC 264 * * ** * * ** * * * ** * * * **** ** consensus_7549#0 AGTGGCTGTTTCATTCACTCATTG-AAT-----TTGATACTGACAACGAAGTTTAA--TT 460 consensus_7549#2 AGCTGCTGTTTTATCTACTTATTG-AAT-----TTGATACTGATAATGAAAGTTAA--TA 270 consensus_7549#1 GCCAAATATTCTTCATAAGTAATGCGATGCGTGTTTGTCTTGAGCATGGTAACTAAAACA 324 * ** * * ** ** ** * *** * * *** consensus_7549#0 GTTTGTT-TCACAGTTGATTTGTTATTTTTTAGAATTGCATGAAGCTGAGAAGGTCCTTA 519 consensus_7549#2 TTTTGTT-TTAGGACTAATTTGTTGTTTCTCAGAATTTTATTGAGT----AAGCTATCCA 325 consensus_7549#1 TGTCGTTGTTAATACTAGTTTATGATGTGTCTG----TTATAGGGT-------TAACAAA 373 * *** * * * *** * * * * * ** * * consensus_7549#0 TACGTTCCCTGATATGCAATATATGGCTTCTG-TCAAATAATTGA-TAGACTCAAATCCT 577 consensus_7549#2 TACGTTTTCTGTCATACAACTTATGACTTCTG-TCAACTAATTGA-AAGGCTCTAACCTT 383 consensus_7549#1 TAAATTTCTGTTAACACAATCCGAAATTACTGATCAAATCATAAACAAAGTTTTAATGAA 433 ** ** * *** * *** **** * ** * * * ** consensus_7549#0 T-CTAATAATAAA-GTCTATGCCG-ATGAACATTTTGAAGAATTTCTGAAT----ATGGA 630 consensus_7549#2 T-TCAATAATTAA-GTCTATGCAG-GTGAACAACTTAGCGAATTACTGAAT----ATGGA 436 consensus_7549#1 TGTTGATGAGTAATATCTGAATAGTGCTTACCAGTTATTTCATTATTGTATGTTAATAGT 493 * ** * ** *** * ** ** *** ** ** ** * consensus_7549#0 AGATT----ATGTGGGGAAACAATTTACTAGTTGACGATAACTGAGTTTTATATTG---A 683 consensus_7549#2 AGATT----ATATGGAGAAACAATTTACAAATTGACGATAACTGTGTTTTATATTG---A 489 consensus_7549#1 GAATTGCCAATAGTATGATAAACGTTGTAATAGGATTTTTCTCAGATTTCATATTATTAA 553 *** ** ** * * ** * ** * *** ***** * consensus_7549#0 CCAC--TGCCACGTTTATTCATCTAATGAATT--ATCTAANNTAAAATATAAC------- 732 consensus_7549#2 CTAA--TGCCACGTTTATTTATCTAAGGAATT--ATCTAAATATAAATAT---------- 535 consensus_7549#1 TTAAGTTGTTGAATCCGTTTATTTGGTGCATGCAGTTTGTTTGTTAACACCAAATAACTA 613 * ** * ** ** * * ** * * ** * consensus_7549#0 -------------------------- consensus_7549#2 -------------------------- consensus_7549#1 AAGGAAATTCTANGANGGTTAGAAAA 639 |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||