cluster # 7943

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Schistosoma mansoni
cluster # 7943 cluster # 7943 Sequences # 6 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_7943#0 length = 786 sequences # 5

consensus_7943#1 length = 573 sequences # 1

consensusID : consensus_7943#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 786
fasta sequence

                              [GTTTATTTTGTTATTCTTTTAAACATACTTCCATTCATTCCAACTATAATTGGAACTAGAATGATATCTACAAATTTTCAAGCCTCAAACTATATACAATGTTTAATGATATCATTTTAGACAAATAAACCTGAATTCCTATCCTCATATTTCACATGTATTGTTTTTATTAATGACTAAATAAATAGGAAAACAAAGAGGTAGGAAAGTTTCTTTGTGATTAATTTCCGAATTACATTACCTTTAATGTTATTTTAACTTGATAAATTAGTGTTTTGTGGCTATGAATGCTTTTCGTAAAACATACTTTCGAGATTCTAATTTATTTGTATAGAATTTGTTAACTATTTGGATTTTATAAGCAAAGATGGTTAGTGGCTAGCAGTGGAATCCAGCACACGCGTTTCATCCTATTTGGGACTCGTCAGCTGGATGTACCTGTATCTCAGAGTTGATGTTCACTCTAGGACTCGAACTCAGTACCTTTCGCTTCGAACGCCATCGCGTTATCCACTCAGCTAATGAGTCCTGATAGCCACTTGCTTGTGCAAT-GGGGTGAAGTTTAAATTCACTTAATATTGATTCTTTGAATCTTCCCATTGATGTTGAGGGCTGCAACTGGTCAGTCTCTTATTGGCCATATGTGCATACTGTTTGTATTAACTTATTAGTATTGTTCAGTAGTATATTATGCACAAATATTGACAATAATAGTAGAACTTTTTACATGTTATATAAGCATACTAGAATTGTCAATAAATTGCAATTAATGAGGGAAGTAGTTTC]

[+] EMBL CD125319             [GTTTATTTTGTTATTCTTTTAAACATACTTCCATTCATTCCAACTATAATTGGAACTAGAATGATATCTACAAATTTTCAAGCCTCAAACTATATACAATGTTTAATGATATCATTTTAGACAAATAAACCTGAATTCCTATCCTCATATTTCACATGTATTGTTTTTATTAATGACTAAATAAATAGGAAAACAAAGAGGTAGGAAAGTTTCTTTGTGATTAATTTCCGAATTACATTACCTTTAATGTTATTTTAACTTGATAAATTAGTGTTTTGTGGCTATGAATGCTTTTCGTAAAACATACTTTCGAGATTCTAATTTATTTGTATAGAATTTGTTAACTATTTGGATTTTATAAGCAAAGATGGTTAGTGGCTAGCAGTGGAATCCAGCACACGCGTTTCATCCTATTTGGGACTCGTCAGCTGGATGTACCTGTATCTCAGAGTTGATGTTCACTCTAGGACTCGAACTCAGTACCTTTCGCTTCGAACGCCATCGCGTTATCCACTCAGCTAATGAGTCCTGATAGCCACTTGCTTGTGCAAT GGGGTGAAGTTTAAATTCACTTAATATTGATTCTTTGAATCTTCCCATTGATGTTGAGGGCTGCAACTGGTCAGTCTCTTATTGGCCATATGTGCATACTGTTTGTATTAACTTATTAGTATTGTTCAGTAGTATATTATGCAC                                                                                          ]
[+] EMBL CD125300             [GTTTATTTTGTTATTCTTTTAAACATACTTCCATTCATTCCAACTATAATTGGAACTAGAATGATATCTACAAATTTTCAAGCCTCAAACTATATACAATGTTTAATGATATCATTTTAGACAAATAAACCTGAATTCCTATCCTCATATTTCACATGTATTGTTTTTATTAATGACTAAATAAATAGGAAAACAAAGAGGTAGGAAAGTTTCTTTGTGATTAATTTCCGAATTACATTACCTTTAATGTTATTTTAACTTGATAAATTAGTGTTTTGTGGCTATGAATGCTTTTCGTAAAACATACTTTCGAGATTCTAATTTATTTGTATAGAATTTGTTAACTATTTGGATTTTATAAGCAAAGATGGTTAGTGGCTAGCAGTGGAATCCAGCACACGCGTTTCATCCTATTTGGGACTCGTCAGCTGGATGTACCTGTATCTCAGAGTTGATGTTCACTCTAGGACTCGAACTCAGTACCTTTCGCTTCGAACGCCATCGCGTTATCCACTCAGCTAATGAGTCCTGATAGCCACTTGCTTGTGCAAT GGGGTGAAGTTTAAATTCACTTAATATTGATTCTTTGAATCTTCCCATTGATGTTGAGGGCTGCAACTGGTCAGTCTCTTATTGGCCATATGTGCATACTGTT                                                                                                                                   ]
[+] EMBL CD125293             [GTTTATTTTGTTATTCTTTTAAACATACTTCCATTCATTCCAACTATAATTGGAACTAGAATGATATCTACAAATTTTCAAGCCTCAAACTATATACAATGTTTAATGATATCATTTTAGACAAATAAACCTGAATTCCTATCCTCATATTTCACATGTATTGTTTTTATTAATGACTAAATAAATAGGAAAACAAAGAGGTAGGAAAGTTTCTTTGTGATTAATTTCCGAATTACATTACCTTTAATGTTATTTTAACTTGATAAATTAGTGTTTTGTGGCTATGAATGCTTTTCGTAAAACATACTTTCGAGATTCTAATTTATTTGTATAGAATTTGTTAACTATTTGGATTTTATAAGCAAAGATGGTTAGTGGCTAGCAGTGGAATCCAGCACACGCGTTTCATCCTATTTGGGACTCGTCAGCTGGATGTACCTGTATCTCAGAGTTGATGTTCACTCTAGGACTCGAACTCAGTACCTTTCGCTTCGAACGCCATCGCGTTATCCACTCAGCTAATGAGTCCTGATAGCCACTTGCTTGTGCAATGGGGGTGAAGTTTAAATTCACTTA                                                                                                                                                                                                                   ]
[+] EMBL CD125341             [GTTTATTTTGTTATTCTTTTAAACATACTTCCATTCATTCCAACTATAATTGGAACTAGAATGATATCTACAAATTTTCAAGCCTCAAACTATATACAATGTTTAATGATATCATTTTAGACAAATAAACCTGAATTCCTATCCTCATATTTCACATGTATTGTTTTTATTAATGACTAAATAAATAGGAAAACAAAGAGGTAGGAAAGTTTCTTTGTGATTAATTTCCGAATTACATTACCTTTAATGTTATTTTAACTTGATAAATTAGTGTTTTGTGGCTATGAATGCTTTTCGTAAAACATACTTTCGAGATTCTAATTTATTTGTATAGAATTTGTTAACTATTTGGATTTTATAAGCAAAGATGGTTAGTGGCTAGCAGTGGAATCCAGCACACGCGTTTCATCCTATTTGGGACTCGTCAGCTGGATGTACCTGTATCTCAGAGTTGATGTTCACTCTAGGACTCGAACTCAGTACCTTTCGCTTCGAACGCCATCGCGTTATCCACTCAGCTAATGAGTCCTGATAGCCACTTGCTTGTGCAAT GGGGgt                                                                                                                                                                                                                                    ]
[-] EMBL CD125259             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTTCGAGATTCTAATTTATTTGTATAGAATTTGTTAACTATTTGGATTTTATAAGCAAAGATGGTTAGTGGCTAGCAGTGGAATCCAGCACACGCGTTTCATCCTATATGGGACTCGTCAGCTGGATGTACCTGTATCTCAGAGTTGATGTTCACTCTAGGACTCGAACTCAGTACCTTTCGCTTCGAACGCCATCGCGTTATCCACTCAGCTAATGAGTCCTGATAGCCACTTGCTTGTGCAAT GGGGTGAAGTTTAAATTCACTTAATATTGATTCTTTGAATCTTCCCATTGATGTTGAGGGCTGCAACTGGTCAGTCTCTTATTGGCCATATGTGCATACTGTTTGTATTAACTTATTAGTATTGTTCAGTAGTATATTATGCACAAATATTGACAATAATAGTAGAACTTTTTACATGTTATATAAGCATACTAGAATTGTCAATAAATTGCAATTAATGAGGGAAGTAGTTTC]




>consensus_7943#0
GTTTATTTTGTTATTCTTTTAAACATACTTCCATTCATTCCAACTATAATTGGAACTAGA
ATGATATCTACAAATTTTCAAGCCTCAAACTATATACAATGTTTAATGATATCATTTTAG
ACAAATAAACCTGAATTCCTATCCTCATATTTCACATGTATTGTTTTTATTAATGACTAA
ATAAATAGGAAAACAAAGAGGTAGGAAAGTTTCTTTGTGATTAATTTCCGAATTACATTA
CCTTTAATGTTATTTTAACTTGATAAATTAGTGTTTTGTGGCTATGAATGCTTTTCGTAA
AACATACTTTCGAGATTCTAATTTATTTGTATAGAATTTGTTAACTATTTGGATTTTATA
AGCAAAGATGGTTAGTGGCTAGCAGTGGAATCCAGCACACGCGTTTCATCCTATTTGGGA
CTCGTCAGCTGGATGTACCTGTATCTCAGAGTTGATGTTCACTCTAGGACTCGAACTCAG
TACCTTTCGCTTCGAACGCCATCGCGTTATCCACTCAGCTAATGAGTCCTGATAGCCACT
TGCTTGTGCAATGGGGTGAAGTTTAAATTCACTTAATATTGATTCTTTGAATCTTCCCAT
TGATGTTGAGGGCTGCAACTGGTCAGTCTCTTATTGGCCATATGTGCATACTGTTTGTAT
TAACTTATTAGTATTGTTCAGTAGTATATTATGCACAAATATTGACAATAATAGTAGAAC
TTTTTACATGTTATATAAGCATACTAGAATTGTCAATAAATTGCAATTAATGAGGGAAGT
AGTTTC

consensusID : consensus_7943#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 573
fasta sequence

                              [GGAAGTGGATCGGGCATACATTAAGGAAATCACAAATGTGCATCACGACTCAATCCCTAACTTGGAGTCCGGAAGGGAAGCCGAAAAGAGGAAGGCAAAAGAACACACTACGCCGGGAAATAGAAGCAGATATGAAAAGGATGAATAACAACTATAAAGGATTTCCCAGGACAGAGTTGTATGGAGAATGCTGGTGAGCGGCCTATGCTCCTCGACGAGGGGTAACAGGCGTAAGTAAGTACGTACTATTATATAACTGGAGTGATAAAAAAGCAATAACTTACCTAAAAATCATCATAACTAAAGATAGTCTGTGGAAACCAAAGAGATATACTCATTATTTCTATTATTATCTATTATCTATTGAAGCTGTGTTTTGAGCATATTTTAATTAAATGAAATCAATTGAATGGTAACTCTTTTTATTTATGGAACAACTATCTAGTATTTCTTAACTTTAAATGCTTATCAAAGGTCAATTCATAATGTTAACTACAAAACTCAACAATCTTCATTAACTTCTTACTTCTAGTACTTGGTTGAATATTTTATAAATCAACAATGCTGTTCAAT]

[+] EMBL CD168191             [GGAAGTGGATCGGGCATACATTAAGGAAATCACAAATGTGCATCACGACTCAATCCCTAACTTGGAGTCCGGAAGGGAAGCCGAAAAGAGGAAGGCAAAAGAACACACTACGCCGGGAAATAGAAGCAGATATGAAAAGGATGAATAACAACTATAAAGGATTTCCCAGGACAGAGTTGTATGGAGAATGCTGGTGAGCGGCCTATGCTCCTCGACGAGGGGTAACAGGCGTAAGTAAGTACGTACTATTATATAACTGGAGTGATAAAAAAGCAATAACTTACCTAAAAATCATCATAACTAAAGATAGTCTGTGGAAACCAAAGAGATATACTCATTATTTCTATTATTATCTATTATCTATTGAAGCTGTGTTTTGAGCATATTTTAATTAAATGAAATCAATTGAATGGTAACTCTTTTTATTTATGGAACAACTATCTAGTATTTCTTAACTTTAAATGCTTATCAAAGGTCAATTCATAATGTTAACTACAAAACTCAACAATCTTCATTAACTTCTTACTTCTAGTACTTGGTTGAATATTTTATAAATCAACAATGCTGTTCAAT]




>consensus_7943#1
GGAAGTGGATCGGGCATACATTAAGGAAATCACAAATGTGCATCACGACTCAATCCCTAA
CTTGGAGTCCGGAAGGGAAGCCGAAAAGAGGAAGGCAAAAGAACACACTACGCCGGGAAA
TAGAAGCAGATATGAAAAGGATGAATAACAACTATAAAGGATTTCCCAGGACAGAGTTGT
ATGGAGAATGCTGGTGAGCGGCCTATGCTCCTCGACGAGGGGTAACAGGCGTAAGTAAGT
ACGTACTATTATATAACTGGAGTGATAAAAAAGCAATAACTTACCTAAAAATCATCATAA
CTAAAGATAGTCTGTGGAAACCAAAGAGATATACTCATTATTTCTATTATTATCTATTAT
CTATTGAAGCTGTGTTTTGAGCATATTTTAATTAAATGAAATCAATTGAATGGTAACTCT
TTTTATTTATGGAACAACTATCTAGTATTTCTTAACTTTAAATGCTTATCAAAGGTCAAT
TCATAATGTTAACTACAAAACTCAACAATCTTCATTAACTTCTTACTTCTAGTACTTGGT
TGAATATTTTATAAATCAACAATGCTGTTCAAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7943#0      GTTTATTTTGTTATTCTTTTAAACATACTTCCATTCATTCCAACTATAATTGGAACTAGA 60
consensus_7943#1      ---------------------------------------------GGAAGTGGATCGGGC 15
                                                                     ** **** *  * 

consensus_7943#0      ATGATATCTACAAATTTTCAAGCCTCAAACTATATACAATGTTTAATGATATCATTTTAG 120
consensus_7943#1      AT-ACATTAAGGAAATCACAAATGTGCATCACGACTCAATCCCTAAC--TTGGAGTCCGG 72
                      ** * **  *  ** *  ***   *  * *   *  ****   ***   *   * *   *

consensus_7943#0      ACAAATAAACCTGAATTCCTATCCTCATATTTCACATGTATTGTTTTTATTAATGACTAA 180
consensus_7943#1      A-AGGGAAGCCGAAAAGAGGAAGGCAAAA----GAACACACTACGCCGGGAAATAG--AA 125
                      * *   ** **  **     *     * *      *   * *         ***    **

consensus_7943#0      ATAAATAGGAAAACAAAGAGGTAGGAAAGTTTCTTTGTGATTAATTTCCGAATTACATTA 240
consensus_7943#1      GCAGATATGAAAAGGATGAA-TAACAA-------CTATAAAGGATTTCCCAGG-ACAGAG 176
                        * *** *****  * **  **  **        * * *   ****** *   ***   

consensus_7943#0      CCTTTAATGTTATTTTAACTTGATAAATTAGTGTTTTGTGGCTATGAATGCTTTTCGTAA 300
consensus_7943#1      TTGTATGGAGAATGCTGG--TGAGCGGCCTATGCTCCTCGACGAGGGGTAACAGGCGTAA 234
                         *       **  *    ***        ** *    * * * *  *      *****

consensus_7943#0      A-ACATACTTTCGAGATTCTAATTTATTTG-TATAGAATTTGTTAACTATTTGGA---TT 355
consensus_7943#1      GTAAGTACGTACTATTATATAACTGGAGTGATAAAAAAGCAATAACTTACCTAAAAATCA 294
                        *  *** * * *   * *** *    ** ** * **    * *  **  *  *     

consensus_7943#0      TTATAAGCAAAGATGGTTAGTGGCTAGCAGTGGAATCCAGCACACGCGTTTCATCCTATT 415
consensus_7943#1      TCATAACTAAAGATAGTCTGTGGAAACCAAAGAGAT-----ATACTCATT--ATTTCTAT 347
                      * ****  ****** **  ****  * **  *  **     * ** * **  **     *

consensus_7943#0      TGGGACTCGTCAGCTGGATGTACCTGTATCTCAGAGTTGATGTTCACTCTAGGACTCGAA 475
consensus_7943#1      TATTATCTATTATCTAT-TGAAGCTGTGTTTT-GAGCATATTTTAATTAAATGAAATCAA 405
                      *   *    * * **   ** * **** * *  ***   ** ** * *  * **    **

consensus_7943#0      CTCAGTACCTTTCGCTTCGAACGCCATCGCGTTATCCACTCAGCTAATGAGTCCTGATAG 535
consensus_7943#1      TTGAATGGTAACTCTTTTTATT-------TATGGAACAACTATCTAGTATTTCTTAACT- 457
                       * * *         **  *           *    **   * *** *   ** * *   

consensus_7943#0      CCACTTGCTTGTGCAATGGGGTGAAGTTTAAATTCACTTAATATTGATTCTTTGAATCTT 595
consensus_7943#1      TTAAATGCTTAT-CAAAGG---------TCAATTCA--TAATGTTAA--CTACAAAACT- 502
                        *  ***** * *** **         * ******  **** ** *  **   ** ** 

consensus_7943#0      CCCATTGATGTTGAGGGCTGCAACTGGTCAGTCTCTTATTGGCCATATGTGCATACTGTT 655
consensus_7943#1      --CAACAATCTTCA-------------TTAACTTCTTACTTCTAGTACTTGGTTGAATAT 547
                        **   ** ** *             * *   ***** *     **  **  *     *

consensus_7943#0      TGTATTAACTTATTAGTATTGTTCAGTAGTATATTATGCACAAATATTGACAATAATAGT 715
consensus_7943#1      TTTATAAA-TCAACAATGCTGTTCAAT--------------------------------- 573
                      * *** ** * *  * *  ****** *                                 

consensus_7943#0      AGAACTTTTTACATGTTATATAAGCATACTAGAATTGTCAATAAATTGCAATTAATGAGG 775
consensus_7943#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7943#0      GAAGTAGTTTC 786
consensus_7943#1      -----------