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Schistosoma mansoni
cluster # 7945 cluster # 7945       Sequences # 6       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_7945#0 length = 1049 sequences # 6  

consensusID : consensus_7945#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 1049
fasta sequence
                              [TCGATTGGTGTCCCTCTTCACACTCTTGGTCCCATTGAAGGGCAAGATGGACTTAGTTTGACTAGACAAGAAATAAATCGACTCATCTTGGAGTATTTAGTTGTCGAAGGCTACAAAGATGTCGCTGAAAAATTCAGTCGTGAAACGGGAATTGTAGAGCCTTTAAATGAGTTGCAAGTTGCAGGTGCAAGTTTAAATGATCGCATGTGGATTCGTGAAGCAGTTTTGTTACGAAAAATCGAAGACGTTATTGATACAGTGAATCGACTATGGCCTGAACTCTTTGATAAAAACCCTTTTATCTACTTTCAGCTTCGACAGCTGCAAATGCTAGAACTTATTCGGAACAAACGTTTAGAAGAAGCCCTTATATTTGCCCAGTCGTATTTAGCGGATCCAGTAGCCAAACGGCTATCAGAACATCCTCAATTATTAAATGAAATGCAGAATACTATGGCACTATTAGCTTTTGACAATCCTGCTGAAAGTATTTACGGCAAGCTGCTTAGTCCTCAACACGCTGAAGTGGTTGCAGGAGCACTAAATCGAGCTATACTTCGACATATCGAATCATCAGGAGATGAAATCGATACTTCAGAAGAGGGTAAAGGCTCTGTGACTGCAAACTCTATGGGTTATTCCGGTGTTTCATCCACTGTACCACGATTGACAAAAATGATGGCACTGTTACTACATTTCCGTGA-TTTATCACAGCTTGAACTTCCACCCGAATTAGCCTCACTATAGATTAGTTGTTGAAAAGTGGAATAAACTCGTTATTATTCTCATCTTTTATGTTTCATAACTTCAACTGATTATTTTTCGTTAAAGGCAGCATGATGGTTGATTTCATGACATTTTGACTAATATACATGTACAAATTATATAACAAGCAAGATTGTGTATTAATAATATTAGCCAAAAATTTCAGGTAGTTGGCCCATTTTGGGAGACTTGTTTTACACTTATGTGACTTTTTAATCAGTATACAGCATTAAAGAGTTTAGTTAATTCTTATANCCCTTG-TTCCTTCAGAAATAAATTGTTTG]

[+] EMBL CD123332             [TCGATTGGTGTCCCTCTTCACACTCTTGGTCCCATTGAAGGGCAAGATGGACTTAGTTTGACTAGACAAGAAATAAATCGACTCATCTTGGAGTATTTAGTTGTCGAAGGCTACAAAGATGTCGCTGAAAAATTCAGTCGTGAAACGGGAATTGTAGAGCCTTTAAATGAGTTGCGAGTTGCAGGTGCAAGTTTAAATGATCGCATGTGGATTCGTGAAGCAGTTTTGTTACGAAAAATCGAAGACGTTATTGATACAGTGAATCGACTATGGCCTGAACTCTTTGATAAAAACCCTTTTATCTACTTTCAGCTTCGACAGCTGCAAATGCTAGAACTTATTCGGAACAAACGTTTAGAAGAAGCCCTTATATTTGCCCAGTCGTATTTAGCGGATCCAGTAGCCAAACGGCTATCAGAACATCCTCAATTATTAAATGAAATGCAGAATACTATGGCACTATTAGCTTTTGACAATCCTGCTGAAAGTATTTACGGCAAGCTGCTTAGTC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[-] EMBL CD123319             [ CGATTGGTGTCCCTCTTCACACTCTTGGTCCCATTGAAGGGCAAGATGGACTTAGTTTGACTAGACAAGAAATAAATCGACTCATCTTGGAGTATTTAGTTGTCGAAGGCTACAAAGATGTCGCTGAAAAATTCAGTCGTGAAACGGGAATTGTAGAGCCTTTAAATGAGTTGCAAGTTGCAGGTGCAAGTTTAAATGATCGCATGTGGATTCGTGAAGCAGTTTTGATACGAAAAATCGAAGACGTTATTGATACAGTGAATCGACTATGGCCTGAACTCTTTGATAAAAACCCTTTTATCTACTTTCAGCTTCGACAGCTGCAAATGCTAGAACTTATTCGGAACAAACGTTTAGAAGAAGCCCTTATATTTGCCCAGTCGTATTTAGCGGATCCAGTAGCCAAACGGCTATCAGAACATCCTCAATTATTAAATGAAATGCAGAATACTATGGCACTATTAGCTTTTGACAATCCTGCTGAAAGTATTTACGGCAAGCTGCTTAGTCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[-] EMBL CD167529             [                                                                                                                                                                  TTAAATGAGTTGCAAGTTGCAGGTGCAAGTTTAAATGATCGCATGTGGATTCGTGAAGCAGTTTTGTTACGAAAAATCGAAGACGTTATTGATACAGTGAATCGACTATGGCCTGAACTCTTTGATAAAAACCCTTTTATCTACTTTCAGCTTCGACAGCTGCAAATGCTAGAACTTATTCGGAACAAACGTTTAGAAGAAGCCCTTATATTTGCCCAGTCGTATTTAGCGGATCCAGTAGCCAAACGGCTATCAGAACATCCTCAATTATTAAATGAAATGCAGAATACTATGGCACTATTAGCTTTTGACAATCCTGCTGAAAGTATTTACGGCAAGCTGCTTAGTCCTCAACACGCTGAAGTGGTTGCAGGAGCACTAAATCGAGCTATACTTCGACATATCGAATCATCAGGAGATGAAATCGATACTTCAGAAGAGGGTAAAGGCTCTGTGACTGCAAACTCTATGGGTTATTCCGGTGTTTCATCCACTGTACCACGATTGAC AAAATGATGGCACTGTTACTACATTTCCGTGACTTTATCACAGCTTG ACTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ]
[+] EMBL CD137323             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATTAAATGAAATGCAGAATACTATGGCACTATTAGCTTTTGACAATCCTGCTGAAAGTATTTACGGCAAGCTGCTTAGTCCTCAACACGCTGAAGTGGTTGCAGGAGCACTAAATCGAGCTATACTTCGACATATCGAATCATCAGGAGATGAAATCGATACTTCAGAAGAGGGTAAAGGCTCTGTGACTGCAAACTCTATGGGTTATTCCGGTGTTTCATCCACTGTACCACGATTGACAAAAATGATGGCACTGTTACTACATTTCCGTGA TTTATCACAGCTTGAACTTCCACCCGAATTAGCCTCACTATAGATTAGTTGTTGAAAAGTGGAATAAACTCGTTATTATTCTCATCTTTTATGTTTCATAACTTCAACTGATTATTTTTCGTTAAAGGCAGCATGATGGTTGATTTCATGACATTTTGACTAATATACATGTACAAATTATATAACAAGCAAGATTGTGTATTAATAATATTAGCCAAAAATTTCAGGTAGTTGGCCCATTTTGGGAGACTTGTTTTACACTTATGTGACTTTTTAATCAGTATACAGCATTANAGAGTTTAGNTAATTCTTATANCCCTTG TTCCTTCAGAAATAAA       ]
[-] EMBL BF936374             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GCAGAATACTATGGCACTATTAGCTTTTGACAATCCTGCTGAAAGTATTTACGGCAAGCTGCTTAGTCCTCAACACGCTGAAGTGGTTGCAGGAGCACTAAATCGAGCTATACTTCGACATATCGAATCATCAGGAGATGAAATCGATACTTCAGAAGAGGGTAAAGGCTCTGTGACTGCAAACTCTATGGGTTATTCCGGTGTTTCATCCACTGTACCACGATTGACAAAAATGATGGCACTGTTACTACATTTCCGTGA TTTATCACAGCTTGAACTTCCACCCGAATTAGCCTCACTATAGATTAGTTGTTGAAAAGTGGAATAAACTCGTTATTATTCTCATCTTTTATGTTTCATAACTTCAACTGATTATTTTTCGTTAAAGGCAGCATGATGGTTGATTTCATGACATTTTGACTAATATACATGTACAAATTATATAACAAGCAAGATTGTGTATTAATAATATTAGCCAAAAATTTCAGGTAGTTGGCCCATTTTGGGAGACTTGTTTTACACTTATGTGACTTTTTAATCAGTATACAGCATTAAAGAGTTTAGTTAATTCTTATA CCCTTGTTTCCTTCAGAAATAAATTGTTTG]
[-] EMBL AI976804             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AAACTCGTTATAATTCTCATCTTTTATGTTTCATAACTTCAGCTGATTATTTTTCGTTAAAGGCAGCATGATGGTTGATTTCAAGACATTTTGAATAATATACATGTACAAATTATATAACAAGCAAGATTGTGTATTAATAATATTAGCCAAAAATTTCAGGTAGTTGGCCCATTTTGGCAAACTTGTTTAACACATATGTGACTTTTTAAACAGTATGCAGCATTAAAGAGTTTAGTT                                         ]


>consensus_7945#0 TCGATTGGTGTCCCTCTTCACACTCTTGGTCCCATTGAAGGGCAAGATGGACTTAGTTTG ACTAGACAAGAAATAAATCGACTCATCTTGGAGTATTTAGTTGTCGAAGGCTACAAAGAT GTCGCTGAAAAATTCAGTCGTGAAACGGGAATTGTAGAGCCTTTAAATGAGTTGCAAGTT GCAGGTGCAAGTTTAAATGATCGCATGTGGATTCGTGAAGCAGTTTTGTTACGAAAAATC GAAGACGTTATTGATACAGTGAATCGACTATGGCCTGAACTCTTTGATAAAAACCCTTTT ATCTACTTTCAGCTTCGACAGCTGCAAATGCTAGAACTTATTCGGAACAAACGTTTAGAA GAAGCCCTTATATTTGCCCAGTCGTATTTAGCGGATCCAGTAGCCAAACGGCTATCAGAA CATCCTCAATTATTAAATGAAATGCAGAATACTATGGCACTATTAGCTTTTGACAATCCT GCTGAAAGTATTTACGGCAAGCTGCTTAGTCCTCAACACGCTGAAGTGGTTGCAGGAGCA CTAAATCGAGCTATACTTCGACATATCGAATCATCAGGAGATGAAATCGATACTTCAGAA GAGGGTAAAGGCTCTGTGACTGCAAACTCTATGGGTTATTCCGGTGTTTCATCCACTGTA CCACGATTGACAAAAATGATGGCACTGTTACTACATTTCCGTGATTTATCACAGCTTGAA CTTCCACCCGAATTAGCCTCACTATAGATTAGTTGTTGAAAAGTGGAATAAACTCGTTAT TATTCTCATCTTTTATGTTTCATAACTTCAACTGATTATTTTTCGTTAAAGGCAGCATGA TGGTTGATTTCATGACATTTTGACTAATATACATGTACAAATTATATAACAAGCAAGATT GTGTATTAATAATATTAGCCAAAAATTTCAGGTAGTTGGCCCATTTTGGGAGACTTGTTT TACACTTATGTGACTTTTTAATCAGTATACAGCATTAAAGAGTTTAGTTAATTCTTATAN CCCTTGTTCCTTCAGAAATAAATTGTTTG



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)