cluster # 8077

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 8077 cluster # 8077 Sequences # 6 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_8077#0 length = 858 sequences # 5

consensus_8077#1 length = 256 sequences # 1

consensusID : consensus_8077#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 858
fasta sequence

                              [ATTACTTTATTTCATTTAACATCAATGAACATCAGTATTTGATTATGAAAGTTAAATGTATTAGATATTGTTTCCATGACTATCTTATATCAAATCGGGGAACATGTGTATGATTGCATCTAACGATTTGTATTTAATCAATTGTTCTGTTAATTGTGTCATCTGATGATGAGAATTAACACAAGGGTAATCTATTCCATTGGGTATCTCCACATTCAAAAACTTACATAATGGTTCCCAACCATCACCAAGACGAAGTACTAGAAGACGATCTGATGGTACAGTTTCTTGTACCAATCTATTATATTCATCATAACATTCAAGGAGTACTTGATCATCATCAAAATTAAGATCATCTTTTTGAAATGCAAACTTTAATGAGTCTTCAGTTAATTTATAGAAATCTGAATTAAGTCCTAAGACTTTATCACCTTCTTCAATTTTTAATTTCCATGGATCATTTGATTTGGGTAATACTACTTTACGTAAACTATGTAACCAATCATATTTATCACGTATTGTTAATAGAACTTTAGCATTAGGATATATATTCATTAAATCTTTATAGAAACCACATGTTGGTAAATCCGTAGTTGCTATGTAACCATCCAATAACTCCTTTAATTTATCATATATTGCTATGGTTTTTGTTGTTAGTAGTGGTGGTGTTGTTATCATATGACTATCATGAATGAGGTTTTGCCATTTAATGATGTCTGATTGTTTATTAAATATAATTTCAAACATATGATAACATGGTTTATGATAAATAATTTCTAAGGCATTCTTTAAACTTTTTGTTCCAGTTCTCGGTAGACCAGCTGAGATAACTTGGATTGTTGTTGAAGATTCGATCAT]

[+] EMBL CD077244             [ATTACTTTATTTCATTTAACATCAATGAACATCAGTATTTGATTATGAAAGTTAAATGTATTAGATATTGTTTCCATGACTATCTTATATCAAATCGGGGAACATGTGTATGATTGCATCTAACGATTTGTATTTAATCAATTGTTCTGTTAATTGTGTCATCTGATGATGAGAATTAACACAAGGGTAATCTATTCCATTGGGTATCTCCACATTCAAAAACTTACATAATGGTTCCCAACCATCACCAAGACGAAGTACTAGAAGACGATCTGATGGTACAGTTTCTTGTACCAATCTATTATATTCATCATAACATTCAAGGAGTACTTGATCATCATCAAAATTAAGATCATCTTTTTGAAATGCAAACTTTAATGAGTCTTCAGTTAATTTATAGAAATCTGAATTAAGTCCTAAGACTTTATCACCTTCTTCAATTTTTAATTTCCATGGATCATTTGATTTGGGTAATACTACTTTACGTAAACTATGTAACCAATCATATTTATCACGTATTGTTAATAGAACTTTAGCATTAGGATATATATTCATTAAATCTTTATAGAAACCACATGTTGGTAAATCCGTAGTTGCTATGTAACCATCCAATAACTCCTTTAATTTATCATATATTGCTATGGTTTTTGTTGTTAGTAG                                                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL CD073434             [ATTACTTTATTTCATTTAACATCAATGAACATCAGTATTTGATTATGAAAGTTAAATGTATTAGATATTGTTTCCATGACTATCTTATATCAAATCGGGGAACATGTGTATGATTGCATCTAACGATTTGTATTTAATCAATTGTTCTGTTAATTGTGTCATCTGATGATGAGAATTAACACAAGGGTAATCTATTCCATTGGGTATCTCCACATTCAAAAACTTACATAATGGTTCCCAACCATCACCAAGACGAAGTACTAGAAGACGATCTGATGGTACAGTTTCTTGTACCAATCTATTATATTCATCATAACATTCAAGGAGTACTTGATCATCATCAAAATTAAGATCATCTTTTTGAAATGCAAACTTTAATGAGTCTTCAGTTAATTTATAGAAATCTGAATTAAGTCCTAAGACTTTATCACCTTCTTCAATTTTTAATTTCCATGGATCATTTGATTTGGGTAATACTACTTTACGTAAACTATGTAACCAATCATATTTATCACGTATTGTTAATAGAACTTTAGCATTAGGATATATATTCATTAAATCTTTATAGAAACCACATGTTGGTAAATC                                                                                                                                                                                                                                                                              ]
[+] EMBL CD073378             [ATTACTTTATTTCATTTAACATCAATGAACATCAGTATTTGATTATGAAAGTTAAATGTATTAGATATTGTTTCCATGACTATCTTATATCAAATCGGGGAACATGTGTATGATTGCATCTAACGATTTGTATTTAATCAATTGTTCTGTTAATTGTGTCATCTGATGATGAGAATTAACACAAGGGTAATCTATTCCATTGGGTATCTCCACATTCAAAAACTTACATAATGGTTCCCAACCATCACCAAGACGAAGTACTAGAAGACGATCTGATGGTACAGTTTCTTGTACCAATCTATTATATTCATCATAACATTCAAGGAGTACTTGATCATCATCAAAATTAAGATCATCTTTTTGAAATGCAAACTTTAATGAGTCTTCAGTTAATTTATAGAAATCTGAATTAAGTCCTAAGACTTTATCACCTTCTTCAATTTTTAATTTCCATGGATCATTTGATTTGGGTAATACTACTTTACGTAAACTATGTAACCAATCATATTTATCACGTATTGTTAATAGAACTTTAGCATTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[-] EMBL CD078921             [                                                                                                                                                                                                                                                ACCATCACCAAGACGAAGTACTAGAAGACGATCTGATGGTACAGTTTCTTGTACCAATCTATTATATTCATCATAACATTCAAGGAGTACTTGATCATCATCAAAATTAAGATCATCTTTNTGAAATGCAAACTTTAATGAGTCTTCAGTTAATTTATAGAAATCTGAATTAAGTCCTAAGACTTTATCACCTTCTTCAATTTTTAATTTCCATGGATCATTTGATTTGGGTAATACTACTTTACGTAAACTATGTAACCAATCATATTTATCACGTATTGTTAATAGAACTTTAGCATTAGGATATATATTCATTAAATCTTTATAGAAACCACATGTTGGTAAATCCGTAGTTGCTATGTAACCATCCAATAACTCCTTTAATTTATCATATATTGCTATGGTTTTTGTTGTTAGTAGTGGTGGTGTTGTTATCATATGACTATCATGAATGAGGTTTTGCCATTTAATGATGTCTGATTGTTTATTAAATATAATTTCAAACATATGATAACATGGTTTATGATAAATAATTTCTAAGGCATTCTTTAAACTTTTTGTTCCAGTTCTCGGTAGACCAGCTGAGATAACTTGGATTGTTGTTGAAGATTCGATCAT]
[-] EMBL CD078983             [                                                                                                                                                                                                                                                   ATCACCAAGACGAAGTACTAGAAGACGATCTGATGGTACAGTTTCTTGTACCAATCTATTATATTCATCATAACATTCAAGGAGTACTTGATCATCATCAAAATTAAGATCATCTTTTTGAAATGCAAACTTTAATGAGTCTTCAGTTAATTTATAGAAATCTGAATTAAGTCCTAAGACTTTATCACCTTCTTCAATTTTTAATTTCCATGGATCATTTGATTTGGGTAATACTACTTTACGTAAACTATGTAACCAATCATATTTATCACGTATTGTTAATAGAACTTTAGCATTAGGATATATATTCATTAAATCTTTATAGAAACCACATGTTGGTAAATCCGTAGTTGCTATGTAACCATCCAATAACTCCTTTAATTTATCATATATTGCTATGGTTTTTGTTGTTAGTAGTGGTGGTGTTGTTATCATATGACTATCATGAATGAGGTTTTGCCATTTAATGATGTCTGATTGTTTATTAAATATAATTTCAAACATATGATAACATGGTTTATGATAAATAATTTCTAAGGCATTCTTTAAACTTTTTGTTCCAGTTCTCGGTAGACCAGCTGAGATAACTTGGATTGTTGTTGAAGATTCG     ]




>consensus_8077#0
ATTACTTTATTTCATTTAACATCAATGAACATCAGTATTTGATTATGAAAGTTAAATGTA
TTAGATATTGTTTCCATGACTATCTTATATCAAATCGGGGAACATGTGTATGATTGCATC
TAACGATTTGTATTTAATCAATTGTTCTGTTAATTGTGTCATCTGATGATGAGAATTAAC
ACAAGGGTAATCTATTCCATTGGGTATCTCCACATTCAAAAACTTACATAATGGTTCCCA
ACCATCACCAAGACGAAGTACTAGAAGACGATCTGATGGTACAGTTTCTTGTACCAATCT
ATTATATTCATCATAACATTCAAGGAGTACTTGATCATCATCAAAATTAAGATCATCTTT
TTGAAATGCAAACTTTAATGAGTCTTCAGTTAATTTATAGAAATCTGAATTAAGTCCTAA
GACTTTATCACCTTCTTCAATTTTTAATTTCCATGGATCATTTGATTTGGGTAATACTAC
TTTACGTAAACTATGTAACCAATCATATTTATCACGTATTGTTAATAGAACTTTAGCATT
AGGATATATATTCATTAAATCTTTATAGAAACCACATGTTGGTAAATCCGTAGTTGCTAT
GTAACCATCCAATAACTCCTTTAATTTATCATATATTGCTATGGTTTTTGTTGTTAGTAG
TGGTGGTGTTGTTATCATATGACTATCATGAATGAGGTTTTGCCATTTAATGATGTCTGA
TTGTTTATTAAATATAATTTCAAACATATGATAACATGGTTTATGATAAATAATTTCTAA
GGCATTCTTTAAACTTTTTGTTCCAGTTCTCGGTAGACCAGCTGAGATAACTTGGATTGT
TGTTGAAGATTCGATCAT

consensusID : consensus_8077#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 256
fasta sequence

                              [TAAACTATGTAACCGATCATATTTATCACGTATTGTTAATAGAACCTTCGCATTCGGATATATATTCATTAATTCTTTATAAAATCCACATGCTGGTACATCGGTTACTGCTCCATAATTATTTAAGATCTCTTTCAGTCCATCCCGAATTATTAATTCATTAGTTGATTCCATTTTCAATGCTTCATCAAATAGTTTTTGCCATTTATCTATATCATTTTGTTGTTTAATTATAATTTCAGTCATATGATAACAT]

[+] EMBL CD162649             [TAAACTATGTAACCGATCATATTTATCACGTATTGTTAATAGAACCTTCGCATTCGGATATATATTCATTAATTCTTTATAAAATCCACATGCTGGTACATCGGTTACTGCTCCATAATTATTTAAGATCTCTTTCAGTCCATCCCGAATTATTAATTCATTAGTTGATTCCATTTTCAATGCTTCATCAAATAGTTTTTGCCATTTATCTATATCATTTTGTTGTTTAATTATAATTTCAGTCATATGATAACAT]




>consensus_8077#1
TAAACTATGTAACCGATCATATTTATCACGTATTGTTAATAGAACCTTCGCATTCGGATA
TATATTCATTAATTCTTTATAAAATCCACATGCTGGTACATCGGTTACTGCTCCATAATT
ATTTAAGATCTCTTTCAGTCCATCCCGAATTATTAATTCATTAGTTGATTCCATTTTCAA
TGCTTCATCAAATAGTTTTTGCCATTTATCTATATCATTTTGTTGTTTAATTATAATTTC
AGTCATATGATAACAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8077#0      ATTACTTTATTTCATTTAACATCAATGAACATCAGTATTTGATTATGAAAGTTAAATGTA 60
consensus_8077#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8077#0      TTAGATATTGTTTCCATGACTATCTTATATCAAATCGGGGAACATGTGTATGATTGCATC 120
consensus_8077#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8077#0      TAACGATTTGTATTTAATCAATTGTTCTGTTAATTGTGTCATCTGATGATGAGAATTAAC 180
consensus_8077#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8077#0      ACAAGGGTAATCTATTCCATTGGGTATCTCCACATTCAAAAACTTACATAATGGTTCCCA 240
consensus_8077#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8077#0      ACCATCACCAAGACGAAGTACTAGAAGACGATCTGATGGTACAGTTTCTTGTACCAATCT 300
consensus_8077#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8077#0      ATTATATTCATCATAACATTCAAGGAGTACTTGATCATCATCAAAATTAAGATCATCTTT 360
consensus_8077#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8077#0      TTGAAATGCAAACTTTAATGAGTCTTCAGTTAATTTATAGAAATCTGAATTAAGTCCTAA 420
consensus_8077#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8077#0      GACTTTATCACCTTCTTCAATTTTTAATTTCCATGGATCATTTGATTTGGGTAATACTAC 480
consensus_8077#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8077#0      TTTACGTAAACTATGTAACCAATCATATTTATCACGTATTGTTAATAGAACTTTAGCATT 540
consensus_8077#1      ------TAAACTATGTAACCGATCATATTTATCACGTATTGTTAATAGAACCTTCGCATT 54
                            ************** ****************************** ** *****

consensus_8077#0      AGGATATATATTCATTAAATCTTTATAGAAACCACATGTTGGTAAATCCGTAGTTGCTAT 600
consensus_8077#1      CGGATATATATTCATTAATTCTTTATAAAATCCACATGCTGGTACATCGGTTACTGCTCC 114
                       ***************** ******** ** ******* ***** *** **   ****  

consensus_8077#0      GTAACCATCCAATAACTCCTTTAATTTATCATATATTGCTATGGTTTTTGTTGTTAGTAG 660
consensus_8077#1      ATAATTATTTAAGATCTCTTTCAGTCCATCCCGAATTATTAAT-------TCATTAGT-- 165
                       ***  **  ** * *** ** * *  ***    ***  **         *  *****  

consensus_8077#0      TGGTGGTGTTGTTATCATATGACTATCATGAATGAGGTTTTGCCATTTAATGATGTCTGA 720
consensus_8077#1      ---TGATTCCATTTTCA-ATGCT--TCATCAAATAGTTTTTGCCATTTATCTATATCATT 219
                         ** *    ** *** ***    **** **  ** ************   ** **   

consensus_8077#0      TTGTTTATTAAATATAATTTCAAACATATGATAACATGGTTTATGATAAATAATTTCTAA 780
consensus_8077#1      TTGTTGTTTAATTATAATTTCAGTCATATGATAACAT----------------------- 256
                      *****  **** **********  *************                       

consensus_8077#0      GGCATTCTTTAAACTTTTTGTTCCAGTTCTCGGTAGACCAGCTGAGATAACTTGGATTGT 840
consensus_8077#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8077#0      TGTTGAAGATTCGATCAT 858
consensus_8077#1      ------------------