These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_8172#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 5 consensus length = 749 fasta sequence [TAAGTTAGTTGAATGGATTTCATTGCGTTTAGTCAAGGTTATGATATCAGAATGGTGGTACAGGTTTGTAATGATAAGTGTGTTTTGTGGTTTAGTGATGACTCGGTGTCCATATATTTATGGTTGGATAGGGTTTTTTGCATTTTTAGTTTGTTGTGTTTTGCCCTTATTTATTTCATTAATAGTTACACGCTTAAATGTCTCTGCTGTTGAGTTTTTTGGTAGTATGATTCCAGAAGGTAGTCCGATATGGATTCTTCCGTTTATT-CAGTATGTTGAGATAATAAGTTACATTATTCGTCCCTTTGTTACGGTTATTCGTCCCTTTGTGAAAGTTTCAGTAGGTATTCGTTTAGGTGTGAGGGTAGGTTGATTATGTATAGGTAGTTCTTTTTATATTTATTTTTTTATGGTTTTCTTGTTTATTTATGAGATACTTGTGGTATTTATTCATTGGTTTATCGTTAGAGAGATATTAAAGTTTAGTGTAGATCATTAGTAAATAAGCAGATTCTGTATATAGTAAAGAGGGGTGGTAAAGGTTTACGTGTCGCTATTGTTGGTGAGTCTTCTCTGTTTAATAACATTACTTAGAGGGGATATTATGA-TATTTTGGTTGTTTTTTGAGCTAGGTA-GGTTATCTTTAATTCCTTGTTTTATGTA-TGGAGGTAGTG-TTTCTGTATTTGATGGCTTACTAAGTTACATTTATGCTATTAGTATATCATCATCTTTGATGTTGGTTGGGGTAT] [+] EMBL BF936515 [TAAGTTAGTTGAATGGATTTCATTGCGTTTAGTCAAGGTTATGATATCAGAATGGTGGTACAGGTTTGTAATGATAAGTGTGTTTTGTGGTTTAGTGATGACTCGGTGTCCATATATTTATGGTTGGATAGGGTTTTTTGCATTTTTAGTTTGTTGTGTTTTGCCCTTATTTATTTCATTAATAGTTACACGCTTAAATGTCTCTGCTGTTGAGTTTTTTGGTAGTATGATTCCAGAAGGTAGTCCGATATGGATTCTTCCGTTTATT CAGTATGTTGAGATAATAAGTTACATTATTCGTCCCTTTGTTACGGTTATTCGTCCCTTTGTGAAAGTTTCAGTAGGTATTCGTTTAGGTGTGAGGGTAGGTTGATTATGTATAGGTAGTTCTTTTTATATTTATTTTTTTATGGTTTTCTTGTTTATTTATGAGATACTTGTGGTATTTATTCATTGGTTTATCGTTAGAGAGATATTAAAGTTTAGTGTAGATCATTAGTAAATAAGCAGATTCTGTATATAGTAAAGAGGGGTGGTAAAGGTTTACGTGTCGCTATTGTTGGTGAGTCTTCTCTGTTTAATAACATTACTTAGAGGGGATATTATGATTATTTTGGTTGTTTTTTGAGCTAGGTA GGTTATCTTTAATTCCTTGTTTTATGTATTGGAGGTAGTGTTTTCTGTATTTGATGGCTTACTAAGTTACATTTATGCTATTAGTATAT ] [+] EMBL BF936765 [ TTCATTGCGTTTAGTCAAGGTTATGATATCAGAATGGTGGTACAGGTTTGTAATGATAAGTGTGTTTTGTGGTTTAGTGATGACTCGGTGTCCATATATTTATGGTTGGATAGGGTTTTTTGCATTTTTAGTTTGTTGTGTTTTGCCCTTATTTATTTCATTAATAGTTACACGCTTAAATGTCTCTGCTGTTGAGTTTTTTGGTAGTATGATTCCAGAAGGTAGTCCGATATGGATTCTTCCGTTTATT CAGTATGTTGAGATAATAAGTTACATTATTCGTCCCTTTGTTACGGTTATTCGTCCCTTTGTGAAAGTTTCAGTAGGTATTCGTTTAGGTGTGAGGGTAGGTTGATTATGTATAGGTAGTTCTTTTTATATTTATTTTTTTATGGTTTTCTTGTTTATTTATGAGATACTTGTGGTATTTATTCATTGGTTTATCGTTAGAGAGATATTAAAGTTTAGTGTAGATCATTAGTAAATAAGCAGATTCTGTATATAGTAAAGAGGGGTGGTAAAGGTTTACGTGTCGCTATTGTTGGTGAATCTTCTCTGTTTAAT ACATTACTTAGAGGGGATATTATGA TATTTTGGTTGTTTTTTGAGCTAAGTAGGGGTATC TTAATTCCTTGTTTTATGTA TGGAAGTAGTG TTTCTGTATTTGATGGCTTACTAAGTTACATTTATGCTATTAGTATATCATCATCTTTGATGTTGGTTGGGG ] [+] EMBL BF936666 [ TGTTTTGCCCTTATTTATTTCATTAATAGTTACACGCTTAAATGTCTCTGCTGTTGAGTTTTTTGGTAGTATGATTCCAGAAGGTAGTCCGATATGGATTCTTCCGTTTATT CAGTATGTTGAGATAATAAGTTACATTATTCGTCCCTTTGTTACGGTTATTCGTCCCTTTGTGAAAGTTTCAGTAGGTATTCGTTTAGGTGTGAGGGTAGGTTGATTATGTATAGGTAGTTCTTTTTATATTTATTTTTTTATGGTTTTCTTGTTTATTTATGAGATACTTGTGGTATTTATTCATTGGTTTATCGTTAGAGAGATATTAAAGTTTAGTGTAGATCATTAGTAAATAAGCAGATTCTGTATATAGTAAAGAGGGGTGGTAAAGGTTTACGTGTCGCTATTGTTGGTGAGTCTTCTCTGTTTAATAACATTACTTAGAGGGGATATTATGA TATTTTGGTTGTTTTTTGAGCTAGGTA GGTTATCTTTAATTCCTTGTTTTATGTA TGGAGGTAGTG TTTCTGTATTTGATGGCTTACTAAGTTACATTTATGCTATTAGTATATCATCATCTTTGATGTTGGTTGGAGTAT] [-] EMBL SMRAP162 [ GTCTCTTCTGTTGAGTTTTTTGGTAGNATGATTCCAGAAGGTAGTCCGATATGGATTCTTCCGTTTATT CAGGATGTTGAGATAATAAGTTACATTAATCGTCCC TTGTT ] [-] EMBL AA999453 [ ATTACAGTATGTTGAGATGATAAGTTACATCATTCGTCCCTTTGTTACGATTATTCGTCCATTCGTGAAAGTTTCAGTAGGTATTCGTTTAGGTGTGAGAGTAGGTTGATTATGTATAGGTAGTTCATTTTATGTTTATCTCTTTATGGTTTTCCTGTTTATTTATGAGATACTTGTAGTATTTATTCATTGGTTTATCGTTAGAGAGATA ] consensusID : consensus_8172#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 206 fasta sequence [TCGGTGTCCATATATTTATGGTTGGATAGGGTTTTTTGCATTTTTAGTTTGTTGTGTTTGGCCTTTATTTATTTCATTGATAGTTACACGTTTAAATGTCTCTGTTGTTGAGTTTTTNGGTANTATGATNCCGGAAGGTANTCCGATATGGANCCTNCCGTTTATNCAGTATGTTNAAATNATAANTTACATCATCCGTCCCTTTG] [+] EMBL AA559561 [TCGGTGTCCATATATTTATGGTTGGATAGGGTTTTTTGCATTTTTAGTTTGTTGTGTTTGGCCTTTATTTATTTCATTGATAGTTACACGTTTAAATGTCTCTGTTGTTGAGTTTTTNGGTANTATGATNCCGGAAGGTANTCCGATATGGANCCTNCCGTTTATNCAGTATGTTNAAATNATAANTTACATCATCCGTCCCTTTG] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_8172#0 TAAGTTAGTTGAATGGATTTCATTGCGTTTAGTCAAGGTTATGATATCAGAATGGTGGTA 60 consensus_8172#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8172#0 CAGGTTTGTAATGATAAGTGTGTTTTGTGGTTTAGTGATGACTCGGTGTCCATATATTTA 120 consensus_8172#1 ------------------------------------------TCGGTGTCCATATATTTA 18 ****************** consensus_8172#0 TGGTTGGATAGGGTTTTTTGCATTTTTAGTTTGTTGTGTTTTGCCCTTATTTATTTCATT 180 consensus_8172#1 TGGTTGGATAGGGTTTTTTGCATTTTTAGTTTGTTGTGTTTGGCCTTTATTTATTTCATT 78 ***************************************** *** ************** consensus_8172#0 AATAGTTACACGCTTAAATGTCTCTGCTGTTGAGTTTTTTGGTAGTATGATTCCAGAAGG 240 consensus_8172#1 GATAGTTACACGTTTAAATGTCTCTGTTGTTGAGTTTTTNGGTANTATGATNCCGGAAGG 138 *********** ************* ************ **** ****** ** ***** consensus_8172#0 TAGTCCGATATGGATTCTTCCGTTTATTCAGTATGTTGAGATAATAAGTTACATTATTCG 300 consensus_8172#1 TANTCCGATATGGANCCTNCCGTTTATNCAGTATGTTNAAATNATAANTTACATCATCCG 198 ** *********** ** ******** ********* * ** **** ****** ** ** consensus_8172#0 TCCCTTTGTTACGGTTATTCGTCCCTTTGTGAAAGTTTCAGTAGGTATTCGTTTAGGTGT 360 consensus_8172#1 TCCCTTTG---------------------------------------------------- 206 ******** consensus_8172#0 GAGGGTAGGTTGATTATGTATAGGTAGTTCTTTTTATATTTATTTTTTTATGGTTTTCTT 420 consensus_8172#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8172#0 GTTTATTTATGAGATACTTGTGGTATTTATTCATTGGTTTATCGTTAGAGAGATATTAAA 480 consensus_8172#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8172#0 GTTTAGTGTAGATCATTAGTAAATAAGCAGATTCTGTATATAGTAAAGAGGGGTGGTAAA 540 consensus_8172#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8172#0 GGTTTACGTGTCGCTATTGTTGGTGAGTCTTCTCTGTTTAATAACATTACTTAGAGGGGA 600 consensus_8172#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8172#0 TATTATGATATTTTGGTTGTTTTTTGAGCTAGGTAGGTTATCTTTAATTCCTTGTTTTAT 660 consensus_8172#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8172#0 GTATGGAGGTAGTGTTTCTGTATTTGATGGCTTACTAAGTTACATTTATGCTATTAGTAT 720 consensus_8172#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8172#0 ATCATCATCTTTGATGTTGGTTGGGGTAT 749 consensus_8172#1 ----------------------------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||