cluster # 8183

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Schistosoma mansoni
cluster # 8183 cluster # 8183 Sequences # 6 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_8183#0 length = 549 sequences # 4

consensus_8183#1 length = 520 sequences # 2

consensusID : consensus_8183#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 549
fasta sequence

                              [GCTTATTTCATTTTATTACTTTTGTTTTATTAATAAGTAAACATACATCGTTTCTTCAAAAAGGAAATAATTGACAAGAATAATTAAAAAGCAACAAAACTATTA-CTTCTATTACTACTACCACTACTACTACTATTGCATCAAAATCAATTCTTTAAATAAGCAAATTAATTATAAGTAGCATATAAGTAGTATATATATGTATATAG--CATTTTTGATAAGCATATAAGCTCTACAGTAT-AAAAAACCCATAGAGAAATTAAGATAAATATAAGTAATA-TCGTAGTAATAATCACTATTACTACAATTGATCCAATCAAATGGTTAATAATAGTAAAAAATAAAGTTTGATCAGTTAAGTTTATTCGAAAGTATTACAGAAATCGAAAGGGATTACAAAATGGGCGATATTAATGAGGACAGCACAAGTGAACTTTGATGGTTGACAACACACACACAAGAATAAACGGCACAAATACCATGTAGAACGACAAGCCGGAGGGGGGCCGGTACAATTCGGCAAAAGGGAGCGTATCAACATGGCGTCGT]

[-] EMBL AA559575             [GCTTACTTCATTTTATTACTTTTGTTTTATTAATAAGTAAACATACATNGTTTTTTCAAAAAGGAAATAATTGACAAGGATAATTAAAAAGCAACNAAACTATTA CTTNTATTACTACTACCACTACTACTACTATTGCATCAAAATCAATTCTTTAAATAAGCAAATTAATTATAAGTAGCATATAAGTAGTATATATATGTATATAG  CATTTTTGATAAGCATATA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]
[+] EMBL AI639543             [    ATTTCATTTTATTACTTTTGTTTTATTAATAAGTAAACATACATCGTTTCTTCAAAAAGAAAATAATTGACAAGAATAATTAAAAAGCAACAAAACTATTA CTTCTATTACTACTACCACTACTACTACTATTGCATCAAAATCAATTCTTTAAATAAGCAAATTAATTATAAGTAGCATATAAGTAGTATATATATGTATATAG  CATTTTTGATAAGCATATAAGCTCTACAGTAT AAAAAACCCATAGAGAAATTAAGATAAATATAAGTAATA TCGTAGTAATAATCACTATTACTACAATTGATCCAATCAAATGGTTAATAATAGTAAAAAATAAAGTTTGATCAGTTAAGTTTATTCGAAAGTATTACAGAAATCGAAAGGGATTACAAAATGGGCGATATTAATGAGGACAGCACAAGTGAACTTTGATGGTTGACAACACACACACAAGAATAAACGGCACAAATACCATGTAGAACGACAAGCCGGAGGGGGGCCGGTACAATTCGGCAAAAGGGAGCGTATCAACATGGCGTCGT]
[+] EMBL AA999287             [    ATTTCAATTTATTACTTTTGTTTTATTAATAAGTAAACATACATCGTTTCTTCAAACAGAAAATAATTGACAAGAATAATTAANGAGCAACAAAACTATTA CTTCCATTACTACTACCACTACTACTACTATTGCATCAAAATCAATTCTTTAAATAAGCCAATTAATTATAAGNCGCATATAAGCCGCATATATATGAATATAG  CATTTTTGATAAGCATATAAGCTCTACAGTATAAAAAAACCCATAGAGAAATTAAGATAAATATAAGTAATATTCGGAGTAATAACCGCTATTACTACAATTGGTCCAATCAAAGGGTTAATAATAGTAAAACATAAAGTTTGATCAGTTAAGTTTATTCGAAAGTAT                                                                                                                                                                              ]
[-] EMBL AI559048             [           TTTAATAC TTTG TTTAATAATAAGTAAACATACATCGTTTCTTC AAAAGGAAATTATTGACAGGATTAATTAAAAGGCAACAAAACTATTACCTTCTATTACTACTACCACTACTACTACTATTGCATCAAAATCAATTCTTTAAATAAGCAAATTAATTATAAGTAGCATATAAGTAGTATATATATGTATATTGCACATTTTTGATAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ]




>consensus_8183#0
GCTTATTTCATTTTATTACTTTTGTTTTATTAATAAGTAAACATACATCGTTTCTTCAAA
AAGGAAATAATTGACAAGAATAATTAAAAAGCAACAAAACTATTACTTCTATTACTACTA
CCACTACTACTACTATTGCATCAAAATCAATTCTTTAAATAAGCAAATTAATTATAAGTA
GCATATAAGTAGTATATATATGTATATAGCATTTTTGATAAGCATATAAGCTCTACAGTA
TAAAAAACCCATAGAGAAATTAAGATAAATATAAGTAATATCGTAGTAATAATCACTATT
ACTACAATTGATCCAATCAAATGGTTAATAATAGTAAAAAATAAAGTTTGATCAGTTAAG
TTTATTCGAAAGTATTACAGAAATCGAAAGGGATTACAAAATGGGCGATATTAATGAGGA
CAGCACAAGTGAACTTTGATGGTTGACAACACACACACAAGAATAAACGGCACAAATACC
ATGTAGAACGACAAGCCGGAGGGGGGCCGGTACAATTCGGCAAAAGGGAGCGTATCAACA
TGGCGTCGT

consensusID : consensus_8183#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 520
fasta sequence

                              [ACTCATTCTTTGCTTCAAAATC-AAT-TTTTAATTAGCAAATTAATTTTAAGTGCCTTTTAAGTAGTATATATATGTATATAGCATTTTTGATTAGCTATATAAGCTCTACAGTTTTAAAAAACCCCTTGGGGAAATTAAGTTAATTATAAGTAATATTCGTAGTAATAATCACTATTACTACAATTGATCCAATCAAATGGTTGATTATTGTTAAAAATAAAGTTTGATCAGTTAAGTTTATTCGAAAGTATTACAGAAATCAAAAGTGATTACATAATGGCGATTATATAATGATGATAGCACATAGTGAAACATTGATTGTTGTCAACAACAACAACAACAAAGAGAAAAAACAGCACAAATTAACCATGAAAGAATCTACTCATCAGTAGTTGCTATGGTGAATAATAGATAACCTGAGGGGGGTGGATGGGTGGTTGTTTAAAAGAGAATGAAAATAAAGTAAAGTATTTGGTACTTATCAACGAATATAACAGAAAAACCAAGTTTCTCTTTTCTC]

[-] EMBL BE431262             [ACTCATTCTTTGCTTCAAAATC AAT TTTTAATTAGCAAATTAATTTTAAGTGCCTTTTAAGTAGTATATATATGTATATAGCATTTTTGATTAGCTATATAAGCTCTACAGTTTTAAAAAACCCCTTGGGGAAATTAAGTTAATTATAAGTAATATTCGTAGTAATAATCACTATTACTACAATTGATCCAATCAAATGGTTGATTATTGTTAAAAATAAAGTTTGATCAGTTAAGTTTATTCGAAAGTATTACAGAAATCAAAAGTGATTACATAATGGCGATTATATAATGATGATAGCACATAGTGAAACATTGATTGTTGTCAACAACAACAACAACAAAGAGAAAAAACAGCACAAATTAACCATGAAAGAATCTACTCATCAGTAGTTGCTATGGTGAATAATAGATAACCTGAGGGGGGTGGATGGGTGGTTGTTTAAAAGAGAATGAAAATAAAGTAAAGTATTTGGTACTTATCAACGAATATAACAGAAAAAC                 ]
[-] EMBL AI975982             [              TCAAAATCAAATCTTTAAATAAGCAAATTAATTATAAGTAGCATATAAGTAGTATATATATGTATATAGCATTTTTGATAAGC ATATAAGCTCTACAG TATAAAAAAACCCATAGAGAAATTAAGATAAATATAAGTAATATTCGTAGTAATAATCACTATTACTACAATTGATCCAATCAAATGGTTAATAATAGTAAAAAATAAAGTTTGATCAGTTAAGTTTATTCGAAAGTATTACAGAAATCAAAAGTGATTACATAATGGTGATTATATAATGATGATAGCACATAGTGAAACATTGATTGTTGT      CAACAACAACAAAGAAAAAAAACAGCACAAATTACCCATGAAAGAATCTACTCATCAGTAGTTGCTATGGTGAATAATAGATAACCTGAGGGGGGTGGATGGGTGGTTGTTTAAAAGAGAATGAAAATAAAGTAAAGTATTTGGTACTTATCAACGAAAATAACAGAAAAACCAAGTTTCTCTTTTCTC]




>consensus_8183#1
ACTCATTCTTTGCTTCAAAATCAATTTTTAATTAGCAAATTAATTTTAAGTGCCTTTTAA
GTAGTATATATATGTATATAGCATTTTTGATTAGCTATATAAGCTCTACAGTTTTAAAAA
ACCCCTTGGGGAAATTAAGTTAATTATAAGTAATATTCGTAGTAATAATCACTATTACTA
CAATTGATCCAATCAAATGGTTGATTATTGTTAAAAATAAAGTTTGATCAGTTAAGTTTA
TTCGAAAGTATTACAGAAATCAAAAGTGATTACATAATGGCGATTATATAATGATGATAG
CACATAGTGAAACATTGATTGTTGTCAACAACAACAACAACAAAGAGAAAAAACAGCACA
AATTAACCATGAAAGAATCTACTCATCAGTAGTTGCTATGGTGAATAATAGATAACCTGA
GGGGGGTGGATGGGTGGTTGTTTAAAAGAGAATGAAAATAAAGTAAAGTATTTGGTACTT
ATCAACGAATATAACAGAAAAACCAAGTTTCTCTTTTCTC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8183#0      GCTTATTTCATTTTATTACTTTTGTTTTATTAATAAGTAAACATACATCGTTTCTTCAAA 60
consensus_8183#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8183#0      AAGGAAATAATTGACAAGAATAATTAAAAAGCAACAAAACTATTACTTCTATTACTACTA 120
consensus_8183#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8183#0      CCACTACTACTACTATTGCATCAAAATCAATTCTTTAAATAAGCAAATTAATTATAAGTA 180
consensus_8183#1      -----ACTCATTCT-TTGCTTCAAAATCAATTTTT--AATTAGCAAATTAATTTTAAGTG 52
                           ***  * ** **** ************ **  *** ************ ***** 

consensus_8183#0      GCATATAAGTAGTATATATATGTATATAGCATTTTTGATAAGC-ATATAAGCTCTACAGT 239
consensus_8183#1      CCTTTTAAGTAGTATATATATGTATATAGCATTTTTGATTAGCTATATAAGCTCTACAGT 112
                       * * ********************************** *** ****************

consensus_8183#0      ATAAAAAA--CCCATAGAGAAATTAAGATAAATATAAGTAATAT-CGTAGTAATAATCAC 296
consensus_8183#1      TTTAAAAAACCCCTTGGGGAAATTAAGTTAATTATAAGTAATATTCGTAGTAATAATCAC 172
                       * *****  *** * * ********* *** ************ ***************

consensus_8183#0      TATTACTACAATTGATCCAATCAAATGGTTAATAATAGTAAAAAATAAAGTTTGATCAGT 356
consensus_8183#1      TATTACTACAATTGATCCAATCAAATGGTTGATTATTGTTAAAAATAAAGTTTGATCAGT 232
                      ****************************** ** ** ** ********************

consensus_8183#0      TAAGTTTATTCGAAAGTATTACAGAAATCGAAAGGGATTACAAAATGGGCGATAT-TAAT 415
consensus_8183#1      TAAGTTTATTCGAAAGTATTACAGAAATCAAAAGTGATTACATAATGGCGATTATATAAT 292
                      ***************************** **** ******* *****    *** ****

consensus_8183#0      GAGGACAGCACA-AGTGAA-CTTTGATGGTTGACAACACACACAC-------AAGAATAA 466
consensus_8183#1      GATGATAGCACATAGTGAAACATTGATTGTTGTCAACAACAACAACAACAAAGAGAAAAA 352
                      ** ** ****** ****** * ***** **** *****   ***         **** **

consensus_8183#0      ACGGCACAAAT--ACCATGTAGAA--CGACAAGCCGGAGGGGGGC-CGGTACA-ATTCGG 520
consensus_8183#1      ACAGCACAAATTAACCATGAAAGAATCTACTCATCAGTAGTTGCTATGGTGAATAATAGA 412
                      ** ********  ****** *  *  * **    * *  *  *    ***  * * * * 

consensus_8183#0      CAAAAGGGAGCGTATCAACATGGCGTCGT------------------------------- 549
consensus_8183#1      TAACCTGAGGGGGGTGGATGGGTGGTTGTTTAAAAGAGAATGAAAATAAAGTAAAGTATT 472
                       **   *  * *  *  *   *  ** **                               

consensus_8183#0      ------------------------------------------------
consensus_8183#1      TGGTACTTATCAACGAATATAACAGAAAAACCAAGTTTCTCTTTTCTC 520