cluster # 8256

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Schistosoma mansoni
cluster # 8256 cluster # 8256 Sequences # 6 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_8256#0 length = 631 sequences # 4

consensus_8256#1 length = 494 sequences # 1
consensus_8256#2 length = 253 sequences # 1

consensusID : consensus_8256#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 631
fasta sequence

                              [TGCACTTCCCAATGCTTTTATTCATTA-ATT--AT-TA-TT-A-CTATCATGTT-AAAAAGATAATGATACAGCGTTTAATGCGTAAAATTCAGGAATGTCATTTCAATTTACTTATCCTTCCTAATCGACGTGTAATGTGTTCATCTACCTCTTTAGACTGTAATAGTCTAATTATCATTAATTGTAAGCACAAATATGCG-TATCTG-ATAAGGCATCTCCAGAGAT-TCATTTAAAGCTTCAAATATCCTCTCGATTTTTACTATTCATGCTGTTTACTTAAATCTGATCAAGTTCCCTTTTATTCTATCTCTTCTTACTCCGGTATTTCAATAATTACTTTTATTCACTTCAATGTTGATTTCTGTTCAGGTAAATCGCTTTATTTAAATTTTAAGAATTTTATCCACTTACGTATTTGTTTTCCTTATATCAGTTTGGCGAGTATATCCTACTTATCTTCGATGGTATGCTCAAGCAGCTACTTATTTTTTTTTCTGTTTAAGAGGAGATTCCCATCTATATATGCAGGAAAGTGTCCACTCAGGAATTTGGTCAAACATACCAGTTCGCTGATTATTGTCATTTATTTTTTATTCTTGTCATTTATTAATTTATCACTGACAAAAAAGTATTGTGT]

[+] EMBL CD078501             [TGCACTTCCCAATGCTTTTATTCATTA ATT  AT TA TT A CTATCATGTT AAAAAGATAATGATACAGCGTTTAATGCGTAAAATTCAGGAATGTCATTTCAATTTACTTATCCTTCCTAATCGACGTGTAATGTGTTCATCTACCTCTTTAGACTGTAATAGTCTAATTATCATTAATTGTAAGCACAAATATGCG TATCTG ATAAGGCATCTCCAGAGAT TCATTTAAAGCTTCAAATATCCTCTCGATTTTTACTATTCATGCTGTTTACTTAAATCTGATCAAGTTCCCTTTTATTCTATCTCTTCTTACTCCGGTATTTCAATAATTACTTTTATTCACTTCAATGTTGATTTCTGTTCAGGTAAATCGCTTTATTTAAATTTTAAGAATTTTATCCACTTACGTATTTGTTTTCCTTATATCAGTTTGGCGAGTATATCCTACTTATCTTCGATGGTATGCTCAAGCAGCTACTTATTTTTTTTTCTGTTTAAGAGGAGATTCCCATCTATATATGCAGGANAGTGTCCACTCAGGAATTTGGTCAAACATACCAGTTCGCTGATTATTGNCATTTA                                                   ]
[+] EMBL AA917195             [                gtttacgATTATATTTCATGTAGTTGAGCTATCATGTTCAAAAAGATAATGATACAGCGTTTAATGCGTAAAATTCAGGAATGTCATTTCAATTTACTTATCCTTCCTAATCGACGTGTAATGTGTTCATCTACCTCTTTAGACTGTAATAGTCTAATTATCATTAATTGTAAGCACAAATATGCGTTATCTGTATAAGGCATCTCCTGAGATATC TATTAAGCTTCAAtac                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[-] EMBL CD072973             [                                                                                                                                                                                                               TG ATAAGGCATCTCCAGAGAT TCATTTAAAGCTTCAAATATCCTCTCGATTTTTACTATTCATGCTGTTTACTTAAATCTGATCAAGTTCCCTTTTATTCTATCTCTTCTTACTCCGGTATTTCAATAATTACTTTTATTCACTTCAATGTTGATTTCTGTTCAGGTAAATCGCTTTATTTAAATTTTAAGAATTTTATCCACTTACGTATTTGTTTTCCTTATATCAGTTTGGCGAGTATATCCTACTTATCTTCGATGGTATGCTCAAGCAGCTACTTATTTTTTTTTCTGTTTAAGAGGAGATTCCCATCTATATATGCAGGAAAGTGTCCACTCAGGAATTTGGTCAAACATACCAGTTCGCTGATTATTGTCATTTATTTTTTATTCTTGTCATTTATTAATTTATCACTGACAAAAAAGTATTGTGT]
[-] EMBL AA999411             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ACTCCGGTATTTCAATAATCACTCTTATTCACTTCAATGTTGATTTCTGTTCAGGTAAATCGCTTTATTTAAATTTTAAGAATTTTATCCACTTACGTATTTGTTTACCTTATATCAGTTTGGCGAGTATATCCTACTTATCTTCGATGGTATGCTCAAGCAGCTACTTATTTTTTTTTCTGTTTAAGAGGAGATTCCCATCTATATATGCAGGAAAGTGTCCACTCAGGAATTTGATCAAACATACCAGTTCGCTGATTATTGTCATTTATTTTTTATTCTTGTCATTTATTAATTTATCACTGACAAAAAAGTATTGTGT]




>consensus_8256#0
TGCACTTCCCAATGCTTTTATTCATTAATTATTATTACTATCATGTTAAAAAGATAATGA
TACAGCGTTTAATGCGTAAAATTCAGGAATGTCATTTCAATTTACTTATCCTTCCTAATC
GACGTGTAATGTGTTCATCTACCTCTTTAGACTGTAATAGTCTAATTATCATTAATTGTA
AGCACAAATATGCGTATCTGATAAGGCATCTCCAGAGATTCATTTAAAGCTTCAAATATC
CTCTCGATTTTTACTATTCATGCTGTTTACTTAAATCTGATCAAGTTCCCTTTTATTCTA
TCTCTTCTTACTCCGGTATTTCAATAATTACTTTTATTCACTTCAATGTTGATTTCTGTT
CAGGTAAATCGCTTTATTTAAATTTTAAGAATTTTATCCACTTACGTATTTGTTTTCCTT
ATATCAGTTTGGCGAGTATATCCTACTTATCTTCGATGGTATGCTCAAGCAGCTACTTAT
TTTTTTTTCTGTTTAAGAGGAGATTCCCATCTATATATGCAGGAAAGTGTCCACTCAGGA
ATTTGGTCAAACATACCAGTTCGCTGATTATTGTCATTTATTTTTTATTCTTGTCATTTA
TTAATTTATCACTGACAAAAAAGTATTGTGT

consensusID : consensus_8256#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 494
fasta sequence

                              [GTTACTTGTACCCGGATCTATTAATCAGGACCTTCAATGTGATGATGCTTTCTAAATTGTTTTTTGCGAGGTTTGTTGCATCTTGTTTTCATTGTTTTTTAGTTTAGTTAGTTTTATTCTGATTTCTTTGGAACTCCTGTTTTCGACTTATTTTTTCGATAATTTTCACTTGTTTAAGGTGTTTTTCTATTTAACTTTTATTCACTTCAATGTTGATTTCTGTTCAGGTAAATCGCTTTATTTAAATTTTAAGAATTTTATCCACTTACGTATTTGTTTTCCTTATATCAGTTTGGCGAGTATATCCTACTTATCTTCGATGGTATGCTCAAGCAGCTACTTATTTTTTTTTCTGTTTAAGAGGAGATTCCCATCTATATATGCAGGAAAGTGTCCACTCAGGAATTTGGTCAAACATACCAGTTCGCTGATTATTGTCATTTATTTTTTATTCTTGNCATTTATTAATTTATCACTGACAAAAAAGTATTGTG]

[+] EMBL CD079170             [GTTACTTGTACCCGGATCTATTAATCAGGACCTTCAATGTGATGATGCTTTCTAAATTGTTTTTTGCGAGGTTTGTTGCATCTTGTTTTCATTGTTTTTTAGTTTAGTTAGTTTTATTCTGATTTCTTTGGAACTCCTGTTTTCGACTTATTTTTTCGATAATTTTCACTTGTTTAAGGTGTTTTTCTATTTAACTTTTATTCACTTCAATGTTGATTTCTGTTCAGGTAAATCGCTTTATTTAAATTTTAAGAATTTTATCCACTTACGTATTTGTTTTCCTTATATCAGTTTGGCGAGTATATCCTACTTATCTTCGATGGTATGCTCAAGCAGCTACTTATTTTTTTTTCTGTTTAAGAGGAGATTCCCATCTATATATGCAGGAAAGTGTCCACTCAGGAATTTGGTCAAACATACCAGTTCGCTGATTATTGTCATTTATTTTTTATTCTTGNCATTTATTAATTTATCACTGACAAAAAAGTATTGTG]




>consensus_8256#1
GTTACTTGTACCCGGATCTATTAATCAGGACCTTCAATGTGATGATGCTTTCTAAATTGT
TTTTTGCGAGGTTTGTTGCATCTTGTTTTCATTGTTTTTTAGTTTAGTTAGTTTTATTCT
GATTTCTTTGGAACTCCTGTTTTCGACTTATTTTTTCGATAATTTTCACTTGTTTAAGGT
GTTTTTCTATTTAACTTTTATTCACTTCAATGTTGATTTCTGTTCAGGTAAATCGCTTTA
TTTAAATTTTAAGAATTTTATCCACTTACGTATTTGTTTTCCTTATATCAGTTTGGCGAG
TATATCCTACTTATCTTCGATGGTATGCTCAAGCAGCTACTTATTTTTTTTTCTGTTTAA
GAGGAGATTCCCATCTATATATGCAGGAAAGTGTCCACTCAGGAATTTGGTCAAACATAC
CAGTTCGCTGATTATTGTCATTTATTTTTTATTCTTGNCATTTATTAATTTATCACTGAC
AAAAAAGTATTGTG

consensusID : consensus_8256#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 253
fasta sequence

                              [ATGTGATGATGCTTTCTAAATTGTTTTTTGCGAAGGTTGTTGCATCTTGTTTTCATTGTTTTTTTGTTTAGTTAGGTTTATTCTGATTTCTTTGGAACTCCTGTTTTCGACTTATTTTTTCGATAATTTTCACTTGTTTAAGGTGTTTTTCTATTTAACTTTGTTTACTTATATCTGATTTGTTGGTTACTGTATATTGCTTCTATTTAAATTATTTTTAATTCCATCGAATGTATTCACTGCACTATTTCTT]

[+] EMBL CD066451             [ATGTGATGATGCTTTCTAAATTGTTTTTTGCGAAGGTTGTTGCATCTTGTTTTCATTGTTTTTTTGTTTAGTTAGGTTTATTCTGATTTCTTTGGAACTCCTGTTTTCGACTTATTTTTTCGATAATTTTCACTTGTTTAAGGTGTTTTTCTATTTAACTTTGTTTACTTATATCTGATTTGTTGGTTACTGTATATTGCTTCTATTTAAATTATTTTTAATTCCATCGAATGTATTCACTGCACTATTTCTT]




>consensus_8256#2
ATGTGATGATGCTTTCTAAATTGTTTTTTGCGAAGGTTGTTGCATCTTGTTTTCATTGTT
TTTTTGTTTAGTTAGGTTTATTCTGATTTCTTTGGAACTCCTGTTTTCGACTTATTTTTT
CGATAATTTTCACTTGTTTAAGGTGTTTTTCTATTTAACTTTGTTTACTTATATCTGATT
TGTTGGTTACTGTATATTGCTTCTATTTAAATTATTTTTAATTCCATCGAATGTATTCAC
TGCACTATTTCTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8256#1      ------------------------------------------------------------
consensus_8256#2      ------------------------------------------------------------
consensus_8256#0      TGCACTTCCCAATGCTTTTATTCATTAATTATTATTACTATCATGTTAAAAAGATAATGA 60
                                                                                  

consensus_8256#1      ------------------------------------------------------------
consensus_8256#2      ------------------------------------------------------------
consensus_8256#0      TACAGCGTTTAATGCGTAAAATTCAGGAATGTCATTTCAATTTACTTATCCTTCCTAATC 120
                                                                                  

consensus_8256#1      ---------------------------------------GTTACTTGTACCCGGATCTAT 21
consensus_8256#2      ------------------------------------------------------------
consensus_8256#0      GACGTGTAATGTGTTCATCTACCTCTTTAGACTGTAATAGTCTAATTATCATTAATTGTA 180
                                                                                  

consensus_8256#1      TAATCAGGACCTTCAATGTGATGATGCTTTCTAAATTGTTTTTTGCGAGGTTTGTTGCAT 81
consensus_8256#2      ---------------ATGTGATGATGCTTTCTAAATTGTTTTTTGCGAAGGTTGTTGCAT 45
consensus_8256#0      AGCACAAATATGCGTATCTGATAAGGCATCTCCAGAGATTCATT-TAAAGCTTCAAATAT 239
                                     ** **** * ** *    *    **  **   * * **     **

consensus_8256#1      CTT----GTTTTCATTGTTTTT-TAGTTTAGTTAGTTTTATTCTGATTTCTTTGGAACTC 136
consensus_8256#2      CTT----GTTTTCATTGTTTTT-TTGTTTAGTTAGGTTTATTCTGATTTCTTTGGAACTC 100
consensus_8256#0      CCTCTCGATTTTTACTATTCATGCTGTTTACTTAAATCTGATCAAGTTCCCTTTTATTCT 299
                      * *     **** * * **  *   ***** ***  * *  **   ** * **  *    

consensus_8256#1      --CTGTTTTCGACTTATTTTTTCGATAATT---TTCACTTGTTT-AAGGTGTTTTTCTAT 190
consensus_8256#2      --CTGTTTTCGACTTATTTTTTCGATAATT---TTCACTTGTTT-AAGGTGTTTTTCTAT 154
consensus_8256#0      ATCTCTTCTTACTCCGGTATTTCAATAATTACTTTTATTCACTTCAATGTTGATTTCTGT 359
                        ** ** *        * **** ******   ** * *   ** ** **   ***** *

consensus_8256#1      TTAACT---TTTATTCACTTCAATGTTGAT--TTCTGTTCAG--GTAAATCGCTT-TATT 242
consensus_8256#2      TTAACT---TT-GTTTACTTATATCTGATT--TGTTGGTTACT-GTATATTGCTTCTATT 207
consensus_8256#0      TCAGGTAAATCGCTTTATTTAAATTTTAAGAATTTTATCCACTTACGTATTTGTTTTCCT 419
                      * *  *   *   ** * **  ** *      *  *    *       **   ** *  *

consensus_8256#1      TAAATT-TTAA-------------GAATTTTATCCACTTACGTATTTG--TTTT-CCTTA 285
consensus_8256#2      TAAATTATTTT-------------TAATTCCATCGA---ATGTATTCA--CTGC-ACT-A 247
consensus_8256#0      TATATCAGTTTGGCGAGTATATCCTACTTATCTTCGATGGTATGCTCAAGCAGCTACTTA 479
                      ** **   *                * **   *         *  *          ** *

consensus_8256#1      TATCAGTTTGGCGAGTATATCCTACTTATCTTCGATGGTATGCTCAAGCAGCTACTTATT 345
consensus_8256#2      TTTCTT------------------------------------------------------ 253
consensus_8256#0      TTTTTTTTTCTGTTTAAGAGGAGATTCCCATCTATATATGCAGGAAAGTGTCCACTCAGG 539
                      * *                                                         

consensus_8256#1      TTTTTTTCTGTTTAAGAGGAGATTCCCATCTATATATGCAGGAAAGTGTCCACTCAGGAA 405
consensus_8256#2      ------------------------------------------------------------
consensus_8256#0      AATTTGGTCAAACATACCAGTTCGCTGATTATTGTCATTTATTTTTTATTCTTGTCATTT 599
                                                                                  

consensus_8256#1      TTTGGTCAAACATACCAGTTCGCTGATTATTGTCATTTATTTTTTATTCTTGNCATTTAT 465
consensus_8256#2      ------------------------------------------------------------
consensus_8256#0      ATTAATTTATCACTGACAAAAAAGTATTGTGT---------------------------- 631
                                                                                  

consensus_8256#1      TAATTTATCACTGACAAAAAAGTATTGTG 494
consensus_8256#2      -----------------------------
consensus_8256#0      -----------------------------