cluster # 8292

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Schistosoma mansoni
cluster # 8292 cluster # 8292 Sequences # 6 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_8292#0 length = 651 sequences # 4

consensus_8292#1 length = 386 sequences # 1
consensus_8292#2 length = 374 sequences # 1

consensusID : consensus_8292#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 651
fasta sequence

                              [CGATGGTGTATTTAAATTTACTGGAAAACAGAATTCTATAGGAAACTTTCAAAGTCCAACAGTGAAATTATTTCAGTTATCCTATAGACGTCGTTATGAATTATTTTCGAATAAACATAAAGAATTCAATTTCTATTATCAGGATTTAATTGGTATTGCAGAACGTTTATCTACAACTTTATCTGGTGATAAAATTGATGATAATAAACCTCAATAAACATCTAGATTACTTTCTGTTCAATCACTTCATGCACCGGGTGATTTCATTATGGATAATAATAATAATCATCATCCCAACCATACTACTAATAATACTACTATCATTAATCATTCTGTAGGAATGATACGTTTAATTGCTTTTATATGGAAATTTTCTGAATCTATTATTCGTATTGGTCTATTTGATTTGGATCGATGGTATCATGCCCAAATGCCAACTTATATCAGATCTGATGACACGTTTGTCTCTATTTTTGATGCATTAATTCCAAATCAAAAAGTACAGTTATTGCACACCTATTTAATTGAATCAAGTTTAATGTCATTTTGGAGTCGTATCGTTCAACGTGAATCAAATTTAATTAAATCATGTCAACTATATCCTATTCAATTCAAACCTAATCATATTAATCATTATCATTATAAAAGATC]

[+] EMBL CD067301             [CGATGGTGTATTTAAATTTACTGGAAAACAGAATTCTATAGGAAACTTTCAAAGTCCAACAGTGAAATTATTTCAGTTATCCTATAGACGTCGTTATGAATTATTTTCGAATAAACATAAAGAATTCAATTTCTATTATCAGGATTTAATTGGTATTGCAGAACGTTTATCTACAACTTTATCTGGTGATAAAATTGATGATAATAAACCTCAATAAACATCTAGATTACTTTCTGTTCAATCACTTCATGCACCGGGTGATTTCATTATGGATAATAATAATAATCATCATCCCAACCATACTACTAATAATACTACTATCATTAATCATTCTGTAGGAATGATACGTTTAATTGCTTTTATATGGAAATTTTCTGAATCTATTATTCGTATTGGTCTATTTGATTTGGATCGATGGTATCATGCCCAAATGCCAACTTATATCAAATCTGATGACACGTTTGTCTCTATTTTTGA                                                                                                                                                                              ]
[+] EMBL CD066916             [CGATGGTGTATTTAAATTTACTGGAAAACAGAATTCTATAGGAAACTTTCAAAGTCCAACAGTGAAATTATTTCAGTTATCCTATAGACGTCGTTATGAATTATTTTCAAATAAACATAAAGAATTCAATTTCTATTATCAGGATTTAATTGGTATTGCAGAACGTTTATCTACAACTTTATCTGGTGATAAAATTGATGATAATAAACCTCAATAAACATCTAGATTACTTTCTGTTCAATCACTTCATGCACCGGGTGATTTCATTATGGATAATAATAATAATCATCATCCCAACCATACTACTAATAATACTACTATCATTAATCATTCTGTAGGAATGATACGTTTAATTGCTTTTATATGGAAATTTTCTGAATCTATTATTCGTATTGGTCTATTCGATTTGGATCGATGGTATCATGCCCAAATGCCAACTTATATCAGA                                                                                                                                                                                                           ]
[-] EMBL CD067409             [                                                                                                                                                                                                                                                                                    TAATAATAATCATCATCCCAACCATACTACTAATAATACTACTATCATTAATCATTCTGTAGGAATGATACGTTTAATTGCTTTTATATGGAAATTTTCTGAATCTATTATTCGTATTGGTCTATTTGATTTGGATCGATGGTATCATGCCCAAATGCCAACTTATATCAGATTTGATGACACGTTTGTCTCTATTTTTGATGCATTAATTCCAAATCAAAAAGTACAGTTATTGCACACCTATTTAATTGAATCAAGTTTAATGTCATTTTGGAGTCGTATCGTTCAACGTGAATCAAATTTAATTAAATCATGTCAACTATATCCTATTCAATTCAAACCTAATCATATTAATCATTATCATTATAAAAGATC]
[-] EMBL CD066846             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CTGAATCTATTATTCGTATTGGTCTATTCGATTTGGATCGATGGTATCATGCCCAAATGCCAACTTATATCAGATCTGATGACACGTTTGTCTCTATTTTTGATGCATTAATTCCAAATCAAAAAGTACAGTTATTGCACACCTATTTAATTGAATCGAGTTTAATGTCATTTTGGAGTCGTATTGTTCAACGTGAATCAAATTTAATTAAATCATGTCAACTATATCCTATTCAATTCAAACCTAATCATATTAATCATTATCATTATAAAAGATC]




>consensus_8292#0
CGATGGTGTATTTAAATTTACTGGAAAACAGAATTCTATAGGAAACTTTCAAAGTCCAAC
AGTGAAATTATTTCAGTTATCCTATAGACGTCGTTATGAATTATTTTCGAATAAACATAA
AGAATTCAATTTCTATTATCAGGATTTAATTGGTATTGCAGAACGTTTATCTACAACTTT
ATCTGGTGATAAAATTGATGATAATAAACCTCAATAAACATCTAGATTACTTTCTGTTCA
ATCACTTCATGCACCGGGTGATTTCATTATGGATAATAATAATAATCATCATCCCAACCA
TACTACTAATAATACTACTATCATTAATCATTCTGTAGGAATGATACGTTTAATTGCTTT
TATATGGAAATTTTCTGAATCTATTATTCGTATTGGTCTATTTGATTTGGATCGATGGTA
TCATGCCCAAATGCCAACTTATATCAGATCTGATGACACGTTTGTCTCTATTTTTGATGC
ATTAATTCCAAATCAAAAAGTACAGTTATTGCACACCTATTTAATTGAATCAAGTTTAAT
GTCATTTTGGAGTCGTATCGTTCAACGTGAATCAAATTTAATTAAATCATGTCAACTATA
TCCTATTCAATTCAAACCTAATCATATTAATCATTATCATTATAAAAGATC

consensusID : consensus_8292#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 386
fasta sequence

                              [ATCTAGATAACTTTCTGTTCAATCACTTCATGCACCGGGTGATTTCATTATGGATAATAATAATAATCATCATCCCAACCATACTACTAATAATACTACTATCACTAATCATTCTGTAGGAATGATACGTTTAATTGCTTTTATATGGAAATTTTCTGAATCTATTATTCGTATTGGTCTATTTGATTTGGATCGATGGGTTCATGCCCAAATGAGTCCGACGCAGCAACCAATAAAAGAGGGGATCGCCCCCCTCGGTCCCGAGTTCATCACAAAAAGGGCAGTGCTTGCACCCCCTTTTAATTGAATCAAAGTTTAATGTCGGTTTGGAGTCGGATTGTTCAACGTGAATCAAATTTAATTAAATCATGTCAACTATATCCTAT]

[-] EMBL CD116892             [ATCTAGATAACTTTCTGTTCAATCACTTCATGCACCGGGTGATTTCATTATGGATAATAATAATAATCATCATCCCAACCATACTACTAATAATACTACTATCACTAATCATTCTGTAGGAATGATACGTTTAATTGCTTTTATATGGAAATTTTCTGAATCTATTATTCGTATTGGTCTATTTGATTTGGATCGATGGGTTCATGCCCAAATGAGTCCGACGCAGCAACCAATAAAAGAGGGGATCGCCCCCCTCGGTCCCGAGTTCATCACAAAAAGGGCAGTGCTTGCACCCCCTTTTAATTGAATCAAAGTTTAATGTCGGTTTGGAGTCGGATTGTTCAACGTGAATCAAATTTAATTAAATCATGTCAACTATATCCTAT]




>consensus_8292#1
ATCTAGATAACTTTCTGTTCAATCACTTCATGCACCGGGTGATTTCATTATGGATAATAA
TAATAATCATCATCCCAACCATACTACTAATAATACTACTATCACTAATCATTCTGTAGG
AATGATACGTTTAATTGCTTTTATATGGAAATTTTCTGAATCTATTATTCGTATTGGTCT
ATTTGATTTGGATCGATGGGTTCATGCCCAAATGAGTCCGACGCAGCAACCAATAAAAGA
GGGGATCGCCCCCCTCGGTCCCGAGTTCATCACAAAAAGGGCAGTGCTTGCACCCCCTTT
TAATTGAATCAAAGTTTAATGTCGGTTTGGAGTCGGATTGTTCAACGTGAATCAAATTTA
ATTAAATCATGTCAACTATATCCTAT

consensusID : consensus_8292#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 374
fasta sequence

                              [TGATTGGCAATCATAACAAGAGACTGAAAGCGATGGTGTATTTAAATTTACTGGAAAACAGAATTCTATAGGAAACTTTCAAAGTCCAACAGTGAAATTATTTCAGTTATCCTATAGACGTCGTTATGAATTATTTTCAAATAAACATAAAGAATTCAATTTCTATTATCAGCCTCAGTTCTTCGATGGAATGATTTCACATATAAATCTGTCAGTGGTAAAACATTATCTTCAATCCCATCTGCTGGTGTCTACGTGTCAGCCTTAAGTTATATTCCACAACTTCAAGGTCTTGCTGTCGGCTTCAGTTTCGGTGGTTGGCAATTATGGTCATTGGATCGACTTAATAGTGGAATTTTGTTTGCGACAAGCTA]

[-] EMBL CD196431             [TGATTGGCAATCATAACAAGAGACTGAAAGCGATGGTGTATTTAAATTTACTGGAAAACAGAATTCTATAGGAAACTTTCAAAGTCCAACAGTGAAATTATTTCAGTTATCCTATAGACGTCGTTATGAATTATTTTCAAATAAACATAAAGAATTCAATTTCTATTATCAGCCTCAGTTCTTCGATGGAATGATTTCACATATAAATCTGTCAGTGGTAAAACATTATCTTCAATCCCATCTGCTGGTGTCTACGTGTCAGCCTTAAGTTATATTCCACAACTTCAAGGTCTTGCTGTCGGCTTCAGTTTCGGTGGTTGGCAATTATGGTCATTGGATCGACTTAATAGTGGAATTTTGTTTGCGACAAGCTA]




>consensus_8292#2
TGATTGGCAATCATAACAAGAGACTGAAAGCGATGGTGTATTTAAATTTACTGGAAAACA
GAATTCTATAGGAAACTTTCAAAGTCCAACAGTGAAATTATTTCAGTTATCCTATAGACG
TCGTTATGAATTATTTTCAAATAAACATAAAGAATTCAATTTCTATTATCAGCCTCAGTT
CTTCGATGGAATGATTTCACATATAAATCTGTCAGTGGTAAAACATTATCTTCAATCCCA
TCTGCTGGTGTCTACGTGTCAGCCTTAAGTTATATTCCACAACTTCAAGGTCTTGCTGTC
GGCTTCAGTTTCGGTGGTTGGCAATTATGGTCATTGGATCGACTTAATAGTGGAATTTTG
TTTGCGACAAGCTA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8292#0      CGATGGTGTATTTAAATTTACTGGAAAACAGAATTCTATAGGAAACTTTCAAAGTCCAAC 60
consensus_8292#1      ------------------------------------------------------------
consensus_8292#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8292#0      AGTGAAATTATTTCAGTTATCCTATAGACGTCGTTATGAATTATTTTCGAATAAACATAA 120
consensus_8292#1      ------------------------------------------------------------
consensus_8292#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8292#0      AGAATTCAATTTCTATTATCAGGATTTAATTGGTATTGCAGAACGTTTATCTACAACTTT 180
consensus_8292#1      ------------------------------------------------------------
consensus_8292#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8292#0      ATCTGGTGATAAAATTGATGATAATAAACCTCAATAAACATCTAGATTACTTTC-TGTTC 239
consensus_8292#1      ---------------------------------------ATCTAGATAACTTTC-TGTTC 20
consensus_8292#2      ------------------------------------------TGATTGGCAATCATAACA 18
                                                                *   *  *  ** *    

consensus_8292#0      AATCACTTCATGCACCGGGTGATTTCATTATGGATAATAATAATAATCATCATCCCAACC 299
consensus_8292#1      AATCACTTCATGCACCGGGTGATTTCATTATGGATAATAATAATAATCATCATCCCAACC 80
consensus_8292#2      AGAGACTGAAAGCGATGGTGTATTTAAATTTACTGGAAAACAGAATTC--TATAGGAAAC 76
                      *   ***  * **   **   **** * * *     * ** *  * **   **   ** *

consensus_8292#0      ATACTA---CTAATAATACTACTATCATTAATCATTCTGTAGGAATGATACGTTTAATTG 356
consensus_8292#1      ATACTA---CTAATAATACTACTATCACTAATCATTCTGTAGGAATGATACGTTTAATTG 137
consensus_8292#2      TTTCAAAGTCCAACAGTGAAATTATT-TCAGTTATCCTATAG--ACGTCGTTATGAATTA 133
                       * * *   * ** * *   * ***    * * ** ** ***  * *      * **** 

consensus_8292#0      CTTTTATATGGAAATTTTCTGAATCTATTATTCGTATTGGTCTATTTGATTTGGATCGAT 416
consensus_8292#1      CTTTTATATGGAAATTTTCTGAATCTATTATTCGTATTGGTCTATTTGATTTGGATCGAT 197
consensus_8292#2      TTTTCAAATAAACATAAAG-AATTCAATTTCTATTATCAGCCTCAGTTCTTCGATGGAAT 192
                       *** * **  * **      * ** ***  *  ***  * **   *  ** *     **

consensus_8292#0      GGTATCATGCCCAAATGCCAACTTATATCAGATCTGATGACACGTTTG-TCTCTATTTTT 475
consensus_8292#1      GGGTTCATGCCCAAATGA-GTCCGACGCAGCAACCAATAAAAGAGGGGATCGCCCCCCTC 256
consensus_8292#2      GATTTCACATATAAATCT-GTCAGTGGTAA-----AACATTATCTTCAATCCCATCTGCT 246
                      *   ***     ****     *              *    *       ** *       

consensus_8292#0      GAT-GCATTAATTCCAAATCAAA--AAGTACAGTTATTGCACACCTATTTAATTGAATCA 532
consensus_8292#1      GGT-CC--CGAGTTCATCACAAA--AAGGGCAGTGCTTGCACCCCCTTTTAATTGAATCA 311
consensus_8292#2      GGTGTCTACGTGTCAGCCTTAAGTTATATTCCACAACTTCAAGGTCTTGCTGTCGGCTTC 306
                      * *  *      *       **   *    *      * **      *    * *  *  

consensus_8292#0      A-GTTTAATGTCATTTTGGAGTCGTATCGTTCAACGTGAATCAAATTTAATTAAATCATG 591
consensus_8292#1      AAGTTTAATGTCGGTTTGGAGTCGGATTGTTCAACGTGAATCAAATTTAATTAAATCATG 371
consensus_8292#2      A-GTTT--CGGTGGTTGGCAATTATGGTCATTGGATCGACTTAA---TAGTGGAATTTTG 360
                      * ****   *    ** * * *        *      ** * **   ** *  ***  **

consensus_8292#0      TCAACTATATCCTATTCAATTCAAACCTAATCATATTAATCATTATCATTATAAAAGATC 651
consensus_8292#1      TCAACTATATCCTAT--------------------------------------------- 386
consensus_8292#2      TTTGCGACAAGCTA---------------------------------------------- 374
                      *   * * *  ***