These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_8326#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 531 fasta sequence [CAAAGTGACCATTGGTGTAGTAGACATAAAATGACCACCAGCACTAACAATCATTTGATGTTGTGGTTGTGGTTGTTGTAAAATTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGAACAGATTGTTGACTGAACTGTTGTTGGAATTGTTGTTGTTGCTGCTGGTGTTGTTGTTGTTGTTGCAGAAGAAATGTTTGTTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGTAGTACTTGTTGCTGTAAGACTTGTTGTTGATGTTGTAATTGTAAATCCGTTGTACAATTTGTAAATGTTATACCAGTTGTATTATTTGTAGTAATACCAGTTACATTCATAATTTGTTGTATGGAGGTAGTTTGTTGTAATGATTGTTCCATTGAATTATTAATATTATTGGATGATTTTTTACGTTTAGGTTTTGCTTTAGATTTTACTTTACCATCAGCGGATACACCATTTGAAGCTTGAGAAACTGTTGTAACATTACCACTATCAACTTGACTTGAAACAATTCCATTCACTAAAGTTCCATCACCAGAATTTAC] [+] EMBL CD164845 [CAAAGTGACCATTGGTGTAGTAGACATAAAATGACCACCAGCACTAACAATCATTTGATGTTGTGGTTGTGGTTGTTGTAAAATTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGAACAGATTGTTGACTGAACTGTTGTTGGAATTGTTGTTGTTGCTGCTGGTGTTGTTGTTGTTGTTGCAGAAGAAATGTTTGTTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGTAGTACTTGTTGCTGTAAGACTTGTTGTTGATGTTGTAATTGTAAATCCGTTGTACAATTTGTAAGTGTTATACCAGTTGTATTATTTGTAGTAATACCAGTTACATTCATAATTTGTTGTATGGAGGTAGTTTGTTGTAATGATTGTTCCATTGAATTATTAATATTATTGGATGATTTTTTACGTTTAGGTTTTGCTTTAGATTTTACTTTACCATCAGCGGATACACCATTTGAAGCTTGAGAAACTGTTGTAACATCACCACTATCAACTTGACTTGAAACAATTCCATTCACTAAAGTTCCATCACCAGAATTTAC] [+] EMBL CD164813 [CAAAGTGACCATTGGTGTAGTAGACATAAAATGACCACCAGCACTAACAATCATTTGATGTTGTGGTTGTGGTTGTTGTAAAATTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGAACAGATTGTTGACTGAACTGTTGTTGGAATTGTTGTTGTTGCTGCTGGTGTTGTTGTTGTTGTAGCAGAAGAAATGTTTGTTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGTAGTACTTGTTGCTGTAAGACTTGTTGTTGATGTTGTAATTGTAAATCCGTTGTACAATTTGTAAATGTTATACCAGTTGTATTATTTGTAGTAATACCAGTTACATTCATAATTTGTTGTATGGAGGTAGTTTGTTGTAATGATTGTTCCATTGAATTATTAATATTATTGGATGATTTTTTACGTTTAGGTTTTGCTTTAGATTTTACTTTACCATCAGCGGATACACCATTTGAAGCTTGAGAAACTGTTGTAACATTACCACTATCAACTTGACTTGAAACAATTCCATTCACTAAAGTTCCATCACCAGAATTTAC] [+] EMBL CD164826 [CAAAGTGACCATTGGTGTAGTAGACATAAAATGACCACCAGCACTAACAATCATTTGATGTTGTGGTTGTGGTTGTTGTAAAATTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGAACAGATTGTTGACTGAACTGTTGTTGGAATTGTTGTTGTTGCTGCTGGTGTTGTTGTTGTTGTTGCAGAAGAAATGTTTGTTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGTAGTACTTGTTGCTGTAAGACTTGTTGTTGATGTTGTAATTGTAAATCCGTTGTACAATTTGTAAATGTTATACCAGTTGTATTATTTGTAGTAATACCAGTTACATTCATAATTTGTTGTATGGAGGTAGTTTGTTGTAATGATTGTTCCATTGAATTATTAATATTATTGGATGATTTTTTACGTTTAGGTTTTGCTTTAGATTTTACTTTACCATCAGCGGATACACCATTTGAAGCTTGAGAAACTGTTGTAACATTACCACTATCAACTTGACTTGAAACAATTCCATTCACTAAAGTTCCATCACCAGAATTTAC] [+] EMBL CD145555 [ TTGTTGACTGAACTGTTGTTGGAATTGTTGTTGTTGCTGCTGGTGTTGTTGTTGTTGTTGCAGAAGAAATGTTTGTTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGTAGTACTTGTTGCTGTAAGACTTGTTGTTGATGTTGTAATTGTAAATCCGTTGTACAATTTGTAAATGTTATACCAGTTGTATTATTTGTAGTAATACCAGTTACATTCATAATTTGTTGTATGGAGGTAGTTTGTTGTAATGATTGTTCCATTGAATTATTAATATTATTGGATGATTTTTTACGTTTAGGTTTTGCTTTAGAT ] consensusID : consensus_8326#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 274 fasta sequence [CAAAGTGACCATTGGTGTAGTAGACATAAAATGACCACCAGCACTAACAATCATTTGATGTTGTGGTTGTGGTTGTTGTAAAATTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGAACAGATTGTTGACTGAACTGTTGTTGGAATTGTTGTTGTTGCTGCTGGTGTTGTTGTTGTTGTTGCAGAAGAAATGTTTGTTGTTGTTGTTGGTCGGATAATAATAAACTTGTGAAATTCGAAGCAGGACAACCAACAGGAAGTAGATGATATGAGGTTCCTGCACCG] [+] EMBL CD164758 [CAAAGTGACCATTGGTGTAGTAGACATAAAATGACCACCAGCACTAACAATCATTTGATGTTGTGGTTGTGGTTGTTGTAAAATTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGAACAGATTGTTGACTGAACTGTTGTTGGAATTGTTGTTGTTGCTGCTGGTGTTGTTGTTGTTGTTGCAGAAGAAATGTTTGTTGTTGTTGTTGGTCGGATAATAATAAACTTGTGAAATTCGAAGCAGGACAACCAACAGGAAGTAGATGATATGAGGTTCCTGCACC ] [-] EMBL CD164873 [ AAAGTGACCATTGGCGTAGTAGACATAAAATGACCACCAGCACTAACAATCATTTGATGTTGTGGTTGTGGTTGTTGTAAAATTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGAACAGATTGTTGACTGAACTGTTGTTGGAATTGTTGTTGTTGCTGCTGGTGTTGTTGTTGTTGTTGCAGAAGAAATGTTTGTTGTTGTTGTTGGTCGGATAATAATAAACTTGTGAAATTCGAAGCAGGACAACCAACAGGAAGTAGATGATATGAGGTTCCTGCACCG] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_8326#0 CAAAGTGACCATTGGTGTAGTAGACATAAAATGACCACCAGCACTAACAATCATTTGATG 60 consensus_8326#1 CAAAGTGACCATTGGTGTAGTAGACATAAAATGACCACCAGCACTAACAATCATTTGATG 60 ************************************************************ consensus_8326#0 TTGTGGTTGTGGTTGTTGTAAAATTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGAACAGATTGTTGACT 120 consensus_8326#1 TTGTGGTTGTGGTTGTTGTAAAATTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGAACAGATTGTTGACT 120 ************************************************************ consensus_8326#0 GAACTGTTGTTGGAATTGTTGTTGTTGCTGCTGGTGTTGTTGTTGTTGTTGCAGAAGAAA 180 consensus_8326#1 GAACTGTTGTTGGAATTGTTGTTGTTGCTGCTGGTGTTGTTGTTGTTGTTGCAGAAGAAA 180 ************************************************************ consensus_8326#0 TGTTTGTTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGTAGTACTTGTTGCTGTAAGACTTGTTGTTG 240 consensus_8326#1 TGTTTGTTGTTGTTGTTGGT-CGGATAATAATAAACTTGT------GAAATTCGAAGCAG 233 ****************** * * * * * ****** * * * * * * consensus_8326#0 ATGTTGTAATTGTAAATCCGTTGTACAATTTGTAAATGTTATACCAGTTGTATTATTTGT 300 consensus_8326#1 GACAACCAACAGGAAGT-----AGATGATATGAGGTTCCTGCACCG-------------- 274 ** * ** * * ** ** * * *** consensus_8326#0 AGTAATACCAGTTACATTCATAATTTGTTGTATGGAGGTAGTTTGTTGTAATGATTGTTC 360 consensus_8326#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8326#0 CATTGAATTATTAATATTATTGGATGATTTTTTACGTTTAGGTTTTGCTTTAGATTTTAC 420 consensus_8326#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8326#0 TTTACCATCAGCGGATACACCATTTGAAGCTTGAGAAACTGTTGTAACATTACCACTATC 480 consensus_8326#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8326#0 AACTTGACTTGAAACAATTCCATTCACTAAAGTTCCATCACCAGAATTTAC 531 consensus_8326#1 --------------------------------------------------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||