cluster # 8394

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Schistosoma mansoni
cluster # 8394 cluster # 8394 Sequences # 6 consensus # 2

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consensus_8394#0 length = 879 sequences # 5

consensus_8394#1 length = 404 sequences # 1

consensusID : consensus_8394#0
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Sequences nbr = 5
consensus length = 879
fasta sequence

                              [TGGGACAGGTGCTGTAGGACGTCTTATTGTAGCACCAAACGAGTTAACCGGAGCAGTACTATTATTAACTGTACTTGTGTTTGTCATTCCTTCTAATAATTGATTTGTTTGACTTGTATTACCGTTACTATTGAACTGTTTAACTGTTGTATTATTCATTCCT-CCAGGTAAACGAGAACTATGTGGTGGGATAGTCGGTGGTGTAATTGACGACTCAGTTGTTGATGTGTCATTGACTAA-TCGAAAAGGATTAGATTCGTTTAATATATCTGCAGCATTGGGAGGATAACGAAACATTGTTCGTGGTTTAGGATAAATACTTGGTTGATTTTGTTCTCTATTTAAACTTTTTGATTCAATATCTAAAGACGATGTGTTATTCTTATTTAATTCATTGTTAAATAAATTAACACGATTTGCTACTGTTGAACTAACTGAATTTTTATATGAAACAGTAGAACTAGTTGTAGTTTCCTTATCGTTAGTGGTCGATATTGCGGAGTAATTACTGAAGGGTGGCGAATTCGCATTCACTGTCAATGTAGTGTTTGTCAAACAGCTAGGTCTCGTTGTACTAATTGATTTGCGTCGAACTGGAGCAGCGCGATTGAATTGTGATGTTTCTCGATGCTGGACATGATTCATAGTTGATGTATCTTCACAACTGCTATTGGCTGGTGTTTGTTTTTCATTTGATGAAAATAAATAGCCTTTATGATTAAAATTAATATTAGGGGCAGCTGCTAAAGTAACACATGTCGGTGTCACTATGATTCCCGTTGATGTTGTTGTTGATGTTACGAATGCAGAAACGTGATTTTTACGTGTATGATAAAAGTGTTTATTTCTATGTGACTTATTAGATGAATGAGATAATTT]

[-] EMBL CD179181             [TGGGACAGGTGCTGTAGGACGTCTTATTGTAGCACCAAACGAGTTAACCGGAGCAGTACTATTATTAACTGTACTTGTGTTTGTCATTCCTTCTAATAATTGATTTGTTTGACTTGTATTACCGTTACTATTGAACTGTTTAACTGTTGTATTATTCATTCCT CCAGGTAAACGAGAACTATGTGGTGGGATAGTCGGTGGTGTAATTGACGACTCAGTTGTTGATGTGTCATTGACTAA TCGAAAAGGATTAGATTCGTTTAATATATCTGCAGCATTGGGAGGATAACGAAACATTGTTCGTGGTTTAGGATAAATACTTGGTTGATTTTGTTCTCTATTTAAACTTTTTGATTCAATATCTAAAGACGATGTGTTATTCTTATTTAATTCATTGTTAAATAAATTAACACGATTTGCTACTGTTGAACTAACTGAATTTTTATATGAAACAGTAGAACTAGTTGTAGTTTCCTTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[-] EMBL CD162376             [                 tgCGACTTATTGTAGCACCAAGCGAGTTAACCGGAGCAGTACTATTATTAACTGTACTTGTGTTTGTCATTCCTTCTAATAATTGATTTGTTTGACTTGTATTACCGTTACTATTGAACTGTTTAACTGTTGTATTATTCATTCCTCCCAGGTAAACGAGAACTATGTGGTGGGATAGTCGGTGGTGTAATTGACGACTCAGTTGTTGATGTGTCATTGANTAAGTCGcgg                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL CD166197             [                                                       GTACTATTATT ACTGTACTTGTGTTTGTCATTCCTTCTAATAATTGATTTG TTGACTTGTATTACCGTTACTATTGAACTGTTTAACTGTTGTATTATTCATTCCT CCAGGTAAACGAGAACTATGTGGTGGGATAGTCGGTGGTGTAATTGACGACTCAGTTGTTGATGTGTCATTGACTAA TCGAAAAGGATTAGATTCGTTTAATATATCTGCAGCATTGGGAGGATAACGAAACATTGTTCGTGG TTAGGATAAATACTTGGTTGATTTTGTTCTCTATTTAAACTTTTTGATTCAATATCTAAAGACGATGTGTTATTCTTATTTAATTCATTGTTAAATAAATTAACACGATTTGCTACTGTTGAACTAACTGAATTTTTATATGAAACAGTAGAACTAGTTGTAGTTTCCTTGTCGTTAGTGGTCGATATTGCGGAGTAAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]
[+] EMBL CD195007             [                                                                                                                                                                                                                 GACGACTCAGTTGTTGATGTGTCATTGACTAA TCGAAAAGGATTAGATTCGTTTAATATATCTGCAGCATTGGGAGGATAACGAAACATTGTTCGTGGTTTAGGATAAATACTTGGTTGATTTTGTTCTCTATTTAAACTTTTTGATTCAATATCTAAAGACGATGTGTTATTCTTATTTAATTCATTGTTAAATAAATTAACACGATTTGCTACTGTTGAACTAACTGAATTTTTATATGAAACAGTAGAACTAGTTGTAGTTTCCTTATCGTTAGTGGTCGATATTGCGGAGTAATTACTGAAGGGTGGCGAATTCGCATTCACTGTCAATGTAGTGTTTGTCAAACAGCTAGGTCTCGTTGTACTAATTGATTTGCGTCGAACTGGAGCAGCGCGATTGAATTGTGATGTTTCTCGATGCTGGACATGATTCATAGTTGATGTATCTTCACAACTGCTATTGGCTGGTGTTTGTTTTTCATTTGATGAA                                                                                                                                                                                   ]
[-] EMBL CD187517             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTTTGTCAAACAGCTAGGTCTCGTTGTACTAATTGATTTGCGTCGAACTGGAGCAGCGCGATTGAATTGTGATGTTTCTCGATGCTGGACATGATTCATAGTTGATGTATCTTCACAACTGCTATTGGCTGGTGTTTGTTTTTCATTTGATGAAAATAAATAGCCTTTATGATTAAAATTAATATTAGGGGCAGCTGCTAAAGTAACACATGTCGGTGTCACTATGATTCCCGTTGATGTTGTTGTTGATGTTACGAATGCAGAAACGTGATTTTTACGTGTATGATAAAAGTGTTTATTTCTATGTGACTTATTAGATGAATGAGATAATTT]




>consensus_8394#0
TGGGACAGGTGCTGTAGGACGTCTTATTGTAGCACCAAACGAGTTAACCGGAGCAGTACT
ATTATTAACTGTACTTGTGTTTGTCATTCCTTCTAATAATTGATTTGTTTGACTTGTATT
ACCGTTACTATTGAACTGTTTAACTGTTGTATTATTCATTCCTCCAGGTAAACGAGAACT
ATGTGGTGGGATAGTCGGTGGTGTAATTGACGACTCAGTTGTTGATGTGTCATTGACTAA
TCGAAAAGGATTAGATTCGTTTAATATATCTGCAGCATTGGGAGGATAACGAAACATTGT
TCGTGGTTTAGGATAAATACTTGGTTGATTTTGTTCTCTATTTAAACTTTTTGATTCAAT
ATCTAAAGACGATGTGTTATTCTTATTTAATTCATTGTTAAATAAATTAACACGATTTGC
TACTGTTGAACTAACTGAATTTTTATATGAAACAGTAGAACTAGTTGTAGTTTCCTTATC
GTTAGTGGTCGATATTGCGGAGTAATTACTGAAGGGTGGCGAATTCGCATTCACTGTCAA
TGTAGTGTTTGTCAAACAGCTAGGTCTCGTTGTACTAATTGATTTGCGTCGAACTGGAGC
AGCGCGATTGAATTGTGATGTTTCTCGATGCTGGACATGATTCATAGTTGATGTATCTTC
ACAACTGCTATTGGCTGGTGTTTGTTTTTCATTTGATGAAAATAAATAGCCTTTATGATT
AAAATTAATATTAGGGGCAGCTGCTAAAGTAACACATGTCGGTGTCACTATGATTCCCGT
TGATGTTGTTGTTGATGTTACGAATGCAGAAACGTGATTTTTACGTGTATGATAAAAGTG
TTTATTTCTATGTGACTTATTAGATGAATGAGATAATTT

consensusID : consensus_8394#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 404
fasta sequence

                              [GATCGCCACGATCGTCCCTTCAAGACGTTCCCTGGCTCTTCCGGTCGGTACATGCTGAATCGTTGACCGTTCTGGTAGATTACGACTGAATGGAAGATTTGGAGTAGCCTCTGTCGAATCAATTGTATAAGGAGAATTCGTAGGTGATTGATTTGTAGCCAATTTCACTAACGCCATTGGACCATAAGGAGGTAACTGATGGACGAACTAATTGATTATTTACTCGACCAAGTTGATGATGCAAGAGAATTGCATTAGTAGAGCTATTAACAGTTGTATGAGATGGCAATCTTAATGAATGATAAGCATAAGAAGTACGTGTTGCTGGATTAATAGAAACAGATGAATTAGGTCCAATATTATTTTGTGGGACAGGTGCTGTAGGACGTCTTATTGTAGCACCA]

[+] EMBL CD068211             [GATCGCCACGATCGTCCCTTCAAGACGTTCCCTGGCTCTTCCGGTCGGTACATGCTGAATCGTTGACCGTTCTGGTAGATTACGACTGAATGGAAGATTTGGAGTAGCCTCTGTCGAATCAATTGTATAAGGAGAATTCGTAGGTGATTGATTTGTAGCCAATTTCACTAACGCCATTGGACCATAAGGAGGTAACTGATGGACGAACTAATTGATTATTTACTCGACCAAGTTGATGATGCAAGAGAATTGCATTAGTAGAGCTATTAACAGTTGTATGAGATGGCAATCTTAATGAATGATAAGCATAAGAAGTACGTGTTGCTGGATTAATAGAAACAGATGAATTAGGTCCAATATTATTTTGTGGGACAGGTGCTGTAGGACGTCTTATTGTAGCACCA]




>consensus_8394#1
GATCGCCACGATCGTCCCTTCAAGACGTTCCCTGGCTCTTCCGGTCGGTACATGCTGAAT
CGTTGACCGTTCTGGTAGATTACGACTGAATGGAAGATTTGGAGTAGCCTCTGTCGAATC
AATTGTATAAGGAGAATTCGTAGGTGATTGATTTGTAGCCAATTTCACTAACGCCATTGG
ACCATAAGGAGGTAACTGATGGACGAACTAATTGATTATTTACTCGACCAAGTTGATGAT
GCAAGAGAATTGCATTAGTAGAGCTATTAACAGTTGTATGAGATGGCAATCTTAATGAAT
GATAAGCATAAGAAGTACGTGTTGCTGGATTAATAGAAACAGATGAATTAGGTCCAATAT
TATTTTGTGGGACAGGTGCTGTAGGACGTCTTATTGTAGCACCA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8394#0      TGGGACAGGTGCTGTAGGACGTCTTATTGTAGCACCAAACGAGTTAACCGGAGCAGTACT 60
consensus_8394#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8394#0      ATTATTAACTGTACTTGTGTTTGTCATTCCTTCTAATAATTGATTTGTTTGACTTGTATT 120
consensus_8394#1      ----------------------------GATCGCCACGATCG-TCCCTTCAAGACGT-TC 30
                                                    *    *  ** * *   **  *   ** * 

consensus_8394#0      ACCGTTACTATTGAACTGTTTAACTGTTGTATTATTCATTCCTCCAGGTAAACGAGAACT 180
consensus_8394#1      CCTGGCTCTTCCGGTCGGTACA--TGCTGAATCGTTGAC-CGTTCTGGTAGATTACGACT 87
                       * *   **   *  * **  *  ** ** **  ** *  * * * **** *  *  ***

consensus_8394#0      ATGTGGTGGGATAGTCGGTGGTGTAATTGACGACTCAGTTGTTGATGTGTCATTGACTAA 240
consensus_8394#1      G---AATGGAAGATTTGGAGTAGCCTCTGTCGAATCAATTGTATAAG-------GAGAAT 137
                            *** * * * ** *  *    ** *** *** ****  * *       **  * 

consensus_8394#0      TCGAAAAGGATTAGATTCGT--TTAATATATCTGCAGCATTGGGAGGATAACGAAACATT 298
consensus_8394#1      TCGTAGGTGATT-GATTTGTAGCCAATTTCACTAACGCCATTGGACCATAAGGAGGTAAC 196
                      *** *   **** **** **    *** *  **   **  * ***  **** **   *  

consensus_8394#0      GTTCGTGGTTTAGGATAAATACTTGGTTGATTTTGTTCTCTATTTAAACTTTTTGATTCA 358
consensus_8394#1      -----TGAT---GGACGAAC---TAATTGATTATTTACTCGACC--AAGTTGATGATGCA 243
                           ** *   ***  **    *  ****** * * *** *    ** **  **** **

consensus_8394#0      ATATCTAAAGACGATGTGTTATTCTTATTTAATTCATTGTTAAATAAATTAACACGATTT 418
consensus_8394#1      A-----GAGAAT--TGCATTAGTAGAGCT--ATTAACAGTTGTATGAGATGGCAATCTTA 294
                      *      *  *   **  *** *     *  *** *  ***  ** *  *  **   ** 

consensus_8394#0      GCTACTGTTGAACTAACTGAATTTTTATA--TGAAACAGTAGAACTAGTTGTAGTTTCCT 476
consensus_8394#1      ATGAATGATAAGCATAAGAAGTACGTGTTGCTGGATTAATAGAAACAGATGAATTAGGTC 354
                         * ** * * *  *   * *   * *   ** *  * *****  ** ** * *     

consensus_8394#0      TATCGTTAGTGGTCGATATTGCGGAGTAATTACTGAAGGGTGGCGAATTCGCATTCACTG 536
consensus_8394#1      CAATATTATT--------TTGTGGGACAGGTGCTGTAGGACGTCTTATT-GTAG-CACCA 404
                       *   *** *        *** **   *  * *** ***  * *  *** * *  ***  

consensus_8394#0      TCAATGTAGTGTTTGTCAAACAGCTAGGTCTCGTTGTACTAATTGATTTGCGTCGAACTG 596
consensus_8394#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8394#0      GAGCAGCGCGATTGAATTGTGATGTTTCTCGATGCTGGACATGATTCATAGTTGATGTAT 656
consensus_8394#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8394#0      CTTCACAACTGCTATTGGCTGGTGTTTGTTTTTCATTTGATGAAAATAAATAGCCTTTAT 716
consensus_8394#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8394#0      GATTAAAATTAATATTAGGGGCAGCTGCTAAAGTAACACATGTCGGTGTCACTATGATTC 776
consensus_8394#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8394#0      CCGTTGATGTTGTTGTTGATGTTACGAATGCAGAAACGTGATTTTTACGTGTATGATAAA 836
consensus_8394#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8394#0      AGTGTTTATTTCTATGTGACTTATTAGATGAATGAGATAATTT 879
consensus_8394#1      -------------------------------------------