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Schistosoma mansoni
cluster # 8535 cluster # 8535       Sequences # 7       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_8535#0 length = 1065 sequences # 6  
consensus_8535#1 length = 839 sequences # 1  

consensusID : consensus_8535#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 1065
fasta sequence
                              [TGGGTTTCAGATATCCTAGATTGCAGTGTTTTCAGCTTATAGGATATAAACAACATCCTTAGCTAAGTGTTCACAATACACTAGTTGACGATGTATGATTCTCGCCACATTTCTATTCCATTAAAGTGATTACTTTTTAAATTTGATCTACATCATAGCCACAACTAATTCGAGTGTGGTATTTCAGCCTTCGCAACTAC-TGTG-TA-CAAATGAAACTTTACTGAATTACTTGATATACGTTATGAACACAGAAGTGGGTAGATTAAATGCGTACAAAGAAAAAACTAAAGTTGACGGTGAAGAGCTAGTACTCAATGTCTTTCCAAAACGTGTATTTGAAATGGAAGACATATTAGCGTCGGACATGTTTTTTCTAGAGGGGAAGTATGTCCATTCTGATGTGAATGTACCTTATCCTGTTAATCCACATAATTCGTTACATTCTGGTGGTGATATGGATTCTGATTTATCCAATGCTGCAGATAAGCTGACCAATGATAAACAACAGTTTCCTAGTAAAGGTTCTTTTGTCTACGCCTTACCAAATGGTTCTGTGTCATACAATAAACATATCAAAGCTATGATAGAGAAAACTAAACCGTGTTTAACTCAACTTATGATCGAAGCTCAACTTGTTCGTTTATGGGTTCAATTTAATATACCACGAATTGAAGATGGAAATAATTTCGGTGTAGGAATTCAAGAAGAGATTTTAGGTGAAGCATCGGGTATCGAGAGGGATGCATGTACTTTCTTGGATCAAGTCACAAGATATTATGCCTCAAGAGGAAAATTAGTGGGTAAAGTGGCAAAATATCCACATATTGAAGACTATCGTGAATGTATCCGTGATATGGATGAGAAA-CAAGCAATAACAATGCGTTATATTATTATGGAAAT-CCGTAATCACTATGCTACCTTACATGATAT-AATAATAAAAAATTTGGATCGTATAAAAATG-CCTCGTTCCAATAATGCAATCAATATGTACTAATTGATAAAACCCAGA-TTTAGTTCTGTGTTTGCTCATATTATGAAATTTTGATTGTATGTAAATACATACGT]

[+] EMBL CD078919             [TGGGTTTCAGATATCCTAGATTGCAGTGTTTTCAGCTTATAGGATATAAACAACATCCTTAGCTAAGTGTTCACAATACACTAGTTGACGATGTATGATTCTCGCCACATTTCTATTCCATTAAAGTGATTACTTTTTAAATTTGATCTACATCATAGCCACAACTAATTCGAGTGTGGTATTTCAGCCTTCGCAACTACATGTG TATCAAACGAAACTTTACTGAATTACTTGATATACGTTATGAACACAGAAGTGGGTAGATTAAATGCGTACAAAGAAAAAACTAAAGTTGACGGTGAAGAGCTAGTACTCAATGTCTTTCCAAAACGTGTATTTGAAATGGAAGACATATTAGCGTCGGACATGTTTTTTCTAGAGGGGAAGTATGTCCATTCTGATGTGAATGTACCTTATCCTGTTAATCCACATAATTCGTTACATTCTGGTGGTGATATGGATTCTGATTTATCCAATGCTGCAGATAAGCTGACCAATGATAAACAACAGTTTCCTAGTAAAGGTTCTTTTGTCTACGCCTTACCAAATGGTTCTGTGTCATACAATAAACATATCANAGCTATGATAGAGAAAACTAAACCGTGTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[+] EMBL CD079917             [                                                                                                                                                                                                 CAAGCAC TGTGCTA CACGTGAAACTTTACTGAATTACTTGATATACGTTATGAACACAGAAGTGGGTAGATTAAATGCGTACAAAGAAAAAACTAAAGTTGACGGTGAAGAGCTAGTACTCAATGTCTTTCCAAAACGTGTATTTGAAATGGAAGACATATTAGCGTCGGACATGTTTTTTCTAGAGGGGAAGTATGTCCATTCTGATGTGAATGTACCTTATCCTGTTAATCCACATAATTCGTTACATTCTGGTGGTGATATGGATTCTGATTTATCCAATGCTGCAGATAAGCTGACCAATGATAAACAACAGTTTCCTAGTAAAGGTTCTTTTGTCTACGCCTTACCAAATGGTTCTGTGTCATACAATAAACATATCAAAGCTATGATAGAGAAAACTAAACCGTGTTTAACTCAACTTATGATCGAAGCTCAACTTGTTCGTTTATGGGTTCAATTTAATATACCACGAATTGAAGATGGAAATAATTTCGGTGTAGGAATTCAAGAAGAGATTTTAGGTGAAGCATCGGGTATCGAGAGGGATGCATGTACTTTCTTGGATCAAGTCACAAGATATTATGCCTCAAGAGGAAAATTAGTGGGTAAAGTGGCAAAATATCCACATATTGAAGACTATCGTGAATGTATCCGTGATATGGATGAGAAANNCAGC ATANNCATGCGTTATATTATTATGGAAATNCCGT ATCACTATGCTACCTTACATGATATNNAT ATAAAAAATTGGNATCGTAT AAAATGCCCTCGTCCCCAT ATGC ATC ATATGTACTATTTGAT  AACCC GATTTTAG TCTG GGTTGCTCATA TATGAAATTTTGA TG ATG AANTACAT    ]
[+] EMBL CD140310             [                                                                                                                                                                                                                    ATGAAACTTTACTGAATTACTTGATATACGTTATGAACACAGAAGTGGGTAGATTAAATGCGTACAAAGAAAAAACTAAAGTTGACGGTGAAGAGCTAGTACTCAATGTCTTTCCAAAACGTGTATTTGAAATGGAAGACATATTAGCGTCGGACATGTTTTTTCTAGAGGGGAAGTATGTCCATTCTGATGTGAATGTACCTTATCCTGTCAATCCACATAATTCGTTACATTCTGGTGGTGATATGGATTCTGATTTATCCAATGCTGCAGATAAGCTGACCAATGATAAACAACAGTTTCCTAGTAAAGGTCCTTTTGTCTACGCCTTACCAAATGGTTCTGTGTCATACAATAAACATATCAAAGCTATGATAGAGAAAACTAAACCGTGTTTAACTCAACTTATGATCGAAGCTCAACTTGT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ]
[-] EMBL CD074114             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GGATTCTGATTTATCCAATGCTGCAGATAAGCTGACCAATGATAAACAACAGTTTCCTAGTAAAGGTTCTTTTGTCTACGCCTTACCAAATGGTTCTGTGTCATACAATAAACATATCAAAGCTATGATAGAGAAAACTAAACCGTGTTTAACTCAACTTATGATCGAAGCTCAACTTGTTCGTTTATGGGTTCAATTTAATATACCACGAATTGAAGATGGAAATAATTTCGGTGTAGGAATTCAAGAAGAGATTTTAGGTGAAGCATCGGGTATCGAGAGGGATGCATGTACTTTCTTGGATCAAGTCACAAGATATTATGCCTCAAGAGGAAAATTAGTGGGTAAAGTGGCAAAATATCCACATATTGAAGACTATCGTGAATGTATCCGTGATATGGATGAGAAA CAAGCAATAACAATGCGTTATATTATTATGGAAAT CCGTAATCACTATGCTACCTTACATGATAT AATAATAAAAAATTTGGATCGTATAAAAATG CCTCGTTCCAATAATGCAATCAATATGTACTAATTGATAAAACCCAGA TTTAGTTCTGTGTTTGCTCATATTATGAAATTTTGATTGTATGTAAATACATACGT]
[-] EMBL CD073376             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ATAAACAACAGTTTCCTAGTAAAGGTTCTTTTGTCTACGCCTTACCAAATGGTTCTGTGTCATACAATAAACATATCAAAGCTATGATAGAGAAAACTAAACCGTGTTTAACTCAACTTATGATCGAAGCTCAACTTGTTCGTTTATGGGTTCAATTTAATATACCACGAATTGAAGATGGAAATAATTTCGGTGTAGGAATTCAAGAAGAGATTTTAGGTGAAGCATCGGGTATCGAGAGGGATGCATGTACTTTCTTGGATCAAGTCACAAGATATTATGCCTCAAGAGGAAAATTAGTGGGTAAAGTGGCAAAATATCCACATATTGAAGACTATCGTGAATGTATCCGTGATATGGATGAGAAA CAAGCAATAACAATGCGTTATATTATTATGGAAAT CCGTAATCACTATGCTCCCTTACATGATAT AATAATAAAAAATTTGGATCGTATAAAAATG CCTCGTTCCAATAATGCAATCAATATGTACTAATTGATAAAACCCAGA TTTAGTTCTGTGTTTGCTCATATTATGAAATTTTGATTGTATGTAAATACATACGT]
[-] EMBL CD075252             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATAAACATATCAAAGCTATGATAGAGAAAACTAAACCGTGTTTAACTCAACTTATGATCGAAGCTCAACTTGTTCGTTTATGGGTTCAATTTAATATACCCCGAATTGAAGATGGAAATAATTTCGGTGTAGGAATTCAAGAAGAGATTTTAGGTGAAGCATCGGGTATCGAGAGGGATGCATGTACTTTCTTGGATCAAGTCACAAGATATTATGCCTCAAGAGGAAAATTAGTGGGTAAAGTGGCAAAATATCCACATATTGAAGACTATCGTGAATGTATCCGTGATATGGATGAGAAA CAAGCAATAACAATGCGTTATATTATTATGGAAAT CCGTAATCACTATGCTCCCTTACATGATAT AATAATAAAAAATTTGGATCGTATAAAAATG CCTCGTTCCAATAATGCAATCAATATGTACTAATTGATAAAACCCAGA TTTAGTTCTGTGTTTGCTCATATTATGAAATTTTGATTGTATGTAAATACATACGT]


>consensus_8535#0 TGGGTTTCAGATATCCTAGATTGCAGTGTTTTCAGCTTATAGGATATAAACAACATCCTT AGCTAAGTGTTCACAATACACTAGTTGACGATGTATGATTCTCGCCACATTTCTATTCCA TTAAAGTGATTACTTTTTAAATTTGATCTACATCATAGCCACAACTAATTCGAGTGTGGT ATTTCAGCCTTCGCAACTACTGTGTACAAATGAAACTTTACTGAATTACTTGATATACGT TATGAACACAGAAGTGGGTAGATTAAATGCGTACAAAGAAAAAACTAAAGTTGACGGTGA AGAGCTAGTACTCAATGTCTTTCCAAAACGTGTATTTGAAATGGAAGACATATTAGCGTC GGACATGTTTTTTCTAGAGGGGAAGTATGTCCATTCTGATGTGAATGTACCTTATCCTGT TAATCCACATAATTCGTTACATTCTGGTGGTGATATGGATTCTGATTTATCCAATGCTGC AGATAAGCTGACCAATGATAAACAACAGTTTCCTAGTAAAGGTTCTTTTGTCTACGCCTT ACCAAATGGTTCTGTGTCATACAATAAACATATCAAAGCTATGATAGAGAAAACTAAACC GTGTTTAACTCAACTTATGATCGAAGCTCAACTTGTTCGTTTATGGGTTCAATTTAATAT ACCACGAATTGAAGATGGAAATAATTTCGGTGTAGGAATTCAAGAAGAGATTTTAGGTGA AGCATCGGGTATCGAGAGGGATGCATGTACTTTCTTGGATCAAGTCACAAGATATTATGC CTCAAGAGGAAAATTAGTGGGTAAAGTGGCAAAATATCCACATATTGAAGACTATCGTGA ATGTATCCGTGATATGGATGAGAAACAAGCAATAACAATGCGTTATATTATTATGGAAAT CCGTAATCACTATGCTACCTTACATGATATAATAATAAAAAATTTGGATCGTATAAAAAT GCCTCGTTCCAATAATGCAATCAATATGTACTAATTGATAAAACCCAGATTTAGTTCTGT GTTTGCTCATATTATGAAATTTTGATTGTATGTAAATACATACGT



consensusID : consensus_8535#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 839
fasta sequence
                              [GAATTCGGCACGAGGGCTTGATATACGTTATGAACACAGAAGTGGGTAGATTAAATGCGTACAAAGAAAAAACTAAAGTTGACGGTGAAGAGCTAGTACTCAATGTCTTTCCAAAACGTGTATTTGAAATGGAAGACATATTAGCGTCGGACATGTTTTTTCTAGAGGGGAAGTATGTCCATTCTGATGTGAATGTACCTTATCCTGTTAATCCACATAATTCGTTACATTCTGGTGGTGATATGGATTCTGATTTATCCAATGCTGCAGATAAGCTGACCAATGATAAACAACAGTTTCCTAGTAAAGGTTCTTTTGTCTACGCCTTACCAAATGGTTCTGTGTCATACAATAAACATATCAAAGCTATGATAGAGAAAACTAAACCGTGTTTAACTCAACTTATGATCGAAGCTCAACTTGTTCGTTTATGGGTTCAATTTAATATACCACGAATTGAAGATGGAAATAATTTCGGTGTAGGAATTCAAGAAGAGATTTTAGGTGAAGCATCGGGTATCGAGAGGGATGCATGTACTTTCTTGGATCAAGTCACAAGATATTATGCCTCAAGAGGAAAATTAGTGGGTAAAGTGGCAAAATATCCACATATTGAAGACTATCGTGAATGTATCCGTGATATGGATGAGAANACAGCANTNNACATGCGTTATATTATTATGGAAATCCGNTATCACTATGCTACCTTACATGATANTAATATAAAAAATTTGGATCGTATAAAANTGCCTCGTTCCATAATGGCATCATATGTACTAATGATAAACCAGATNTAGNTCTGTGTTGCTATATATGAAATTTGATGGATGTAATACTAC]

[+] EMBL CD081426             [GAATTCGGCACGAGGGCTTGATATACGTTATGAACACAGAAGTGGGTAGATTAAATGCGTACAAAGAAAAAACTAAAGTTGACGGTGAAGAGCTAGTACTCAATGTCTTTCCAAAACGTGTATTTGAAATGGAAGACATATTAGCGTCGGACATGTTTTTTCTAGAGGGGAAGTATGTCCATTCTGATGTGAATGTACCTTATCCTGTTAATCCACATAATTCGTTACATTCTGGTGGTGATATGGATTCTGATTTATCCAATGCTGCAGATAAGCTGACCAATGATAAACAACAGTTTCCTAGTAAAGGTTCTTTTGTCTACGCCTTACCAAATGGTTCTGTGTCATACAATAAACATATCAAAGCTATGATAGAGAAAACTAAACCGTGTTTAACTCAACTTATGATCGAAGCTCAACTTGTTCGTTTATGGGTTCAATTTAATATACCACGAATTGAAGATGGAAATAATTTCGGTGTAGGAATTCAAGAAGAGATTTTAGGTGAAGCATCGGGTATCGAGAGGGATGCATGTACTTTCTTGGATCAAGTCACAAGATATTATGCCTCAAGAGGAAAATTAGTGGGTAAAGTGGCAAAATATCCACATATTGAAGACTATCGTGAATGTATCCGTGATATGGATGAGAANACAGCANTNNACATGCGTTATATTATTATGGAAATCCGNTATCACTATGCTACCTTACATGATANTAATATAAAAAATTTGGATCGTATAAAANTGCCTCGTTCCATAATGGCATCATATGTACTAATGATAAACCAGATNTAGNTCTGTGTTGCTATATATGAAATTTGATGGATGTAATACTAC]


>consensus_8535#1 GAATTCGGCACGAGGGCTTGATATACGTTATGAACACAGAAGTGGGTAGATTAAATGCGT ACAAAGAAAAAACTAAAGTTGACGGTGAAGAGCTAGTACTCAATGTCTTTCCAAAACGTG TATTTGAAATGGAAGACATATTAGCGTCGGACATGTTTTTTCTAGAGGGGAAGTATGTCC ATTCTGATGTGAATGTACCTTATCCTGTTAATCCACATAATTCGTTACATTCTGGTGGTG ATATGGATTCTGATTTATCCAATGCTGCAGATAAGCTGACCAATGATAAACAACAGTTTC CTAGTAAAGGTTCTTTTGTCTACGCCTTACCAAATGGTTCTGTGTCATACAATAAACATA TCAAAGCTATGATAGAGAAAACTAAACCGTGTTTAACTCAACTTATGATCGAAGCTCAAC TTGTTCGTTTATGGGTTCAATTTAATATACCACGAATTGAAGATGGAAATAATTTCGGTG TAGGAATTCAAGAAGAGATTTTAGGTGAAGCATCGGGTATCGAGAGGGATGCATGTACTT TCTTGGATCAAGTCACAAGATATTATGCCTCAAGAGGAAAATTAGTGGGTAAAGTGGCAA AATATCCACATATTGAAGACTATCGTGAATGTATCCGTGATATGGATGAGAANACAGCAN TNNACATGCGTTATATTATTATGGAAATCCGNTATCACTATGCTACCTTACATGATANTA ATATAAAAAATTTGGATCGTATAAAANTGCCTCGTTCCATAATGGCATCATATGTACTAA TGATAAACCAGATNTAGNTCTGTGTTGCTATATATGAAATTTGATGGATGTAATACTAC



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8535#0      TGGGTTTCAGATATCCTAGATTGCAGTGTTTTCAGCTTATAGGATATAAACAACATCCTT 60
consensus_8535#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8535#0      AGCTAAGTGTTCACAATACACTAGTTGACGATGTATGATTCTCGCCACATTTCTATTCCA 120
consensus_8535#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8535#0      TTAAAGTGATTACTTTTTAAATTTGATCTACATCATAGCCACAACTAATTCGAGTGTGGT 180
consensus_8535#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8535#0      ATTTCAGCCTTCGCAACTACTGTGTACAAATGAAACTTTACTGAATTACTTGATATACGT 240
consensus_8535#1      --------------------------------GAATTCGGCACGAGGGCTTGATATACGT 28
                                                       ** *   *   *   ************

consensus_8535#0      TATGAACACAGAAGTGGGTAGATTAAATGCGTACAAAGAAAAAACTAAAGTTGACGGTGA 300
consensus_8535#1      TATGAACACAGAAGTGGGTAGATTAAATGCGTACAAAGAAAAAACTAAAGTTGACGGTGA 88
                      ************************************************************

consensus_8535#0      AGAGCTAGTACTCAATGTCTTTCCAAAACGTGTATTTGAAATGGAAGACATATTAGCGTC 360
consensus_8535#1      AGAGCTAGTACTCAATGTCTTTCCAAAACGTGTATTTGAAATGGAAGACATATTAGCGTC 148
                      ************************************************************

consensus_8535#0      GGACATGTTTTTTCTAGAGGGGAAGTATGTCCATTCTGATGTGAATGTACCTTATCCTGT 420
consensus_8535#1      GGACATGTTTTTTCTAGAGGGGAAGTATGTCCATTCTGATGTGAATGTACCTTATCCTGT 208
                      ************************************************************

consensus_8535#0      TAATCCACATAATTCGTTACATTCTGGTGGTGATATGGATTCTGATTTATCCAATGCTGC 480
consensus_8535#1      TAATCCACATAATTCGTTACATTCTGGTGGTGATATGGATTCTGATTTATCCAATGCTGC 268
                      ************************************************************

consensus_8535#0      AGATAAGCTGACCAATGATAAACAACAGTTTCCTAGTAAAGGTTCTTTTGTCTACGCCTT 540
consensus_8535#1      AGATAAGCTGACCAATGATAAACAACAGTTTCCTAGTAAAGGTTCTTTTGTCTACGCCTT 328
                      ************************************************************

consensus_8535#0      ACCAAATGGTTCTGTGTCATACAATAAACATATCAAAGCTATGATAGAGAAAACTAAACC 600
consensus_8535#1      ACCAAATGGTTCTGTGTCATACAATAAACATATCAAAGCTATGATAGAGAAAACTAAACC 388
                      ************************************************************

consensus_8535#0      GTGTTTAACTCAACTTATGATCGAAGCTCAACTTGTTCGTTTATGGGTTCAATTTAATAT 660
consensus_8535#1      GTGTTTAACTCAACTTATGATCGAAGCTCAACTTGTTCGTTTATGGGTTCAATTTAATAT 448
                      ************************************************************

consensus_8535#0      ACCACGAATTGAAGATGGAAATAATTTCGGTGTAGGAATTCAAGAAGAGATTTTAGGTGA 720
consensus_8535#1      ACCACGAATTGAAGATGGAAATAATTTCGGTGTAGGAATTCAAGAAGAGATTTTAGGTGA 508
                      ************************************************************

consensus_8535#0      AGCATCGGGTATCGAGAGGGATGCATGTACTTTCTTGGATCAAGTCACAAGATATTATGC 780
consensus_8535#1      AGCATCGGGTATCGAGAGGGATGCATGTACTTTCTTGGATCAAGTCACAAGATATTATGC 568
                      ************************************************************

consensus_8535#0      CTCAAGAGGAAAATTAGTGGGTAAAGTGGCAAAATATCCACATATTGAAGACTATCGTGA 840
consensus_8535#1      CTCAAGAGGAAAATTAGTGGGTAAAGTGGCAAAATATCCACATATTGAAGACTATCGTGA 628
                      ************************************************************

consensus_8535#0      ATGTATCCGTGATATGGATGAGAAACAAGCAATAACAATGCGTTATATTATTATGGAAAT 900
consensus_8535#1      ATGTATCCGTGATATGGATGAGAANACAGCANTNNACATGCGTTATATTATTATGGAAAT 688
                      ************************   **** *    ***********************

consensus_8535#0      CCGTAATCACTATGCTACCTTACATGATATAATAATAAAAAATTTGGATCGTATAAAAAT 960
consensus_8535#1      CCGNTATCACTATGCTACCTTACATGATANTAATATAAAAAATTTGGATCGTATAAAANT 748
                      ***  ************************  *  ************************ *

consensus_8535#0      GCCTCGTTCCAATAATGCAATCAATATGTACTAATTGATAAAACCCAGATTTAGTTCTGT 1020
consensus_8535#1      GCCTCGTTCCA-TAATGGCATCA-TATGTACTAAT-GATAAA--CCAGATNTAGNTCTGT 803
                      *********** *****  **** *********** ******  ****** *** *****

consensus_8535#0      GTTTGCTCATATTATGAAATTTTGATTGTATGTAAATACATACGT 1065
consensus_8535#1      GTT-GCT-ATAT-ATGAAATTTGA--TGGATGTAA-TAC-TAC-- 839
                      *** *** **** *********    ** ****** *** ***  




Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)