cluster # 8601

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Schistosoma mansoni
cluster # 8601 cluster # 8601 Sequences # 7 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_8601#0 length = 468 sequences # 3

consensus_8601#1 length = 404 sequences # 4

consensusID : consensus_8601#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 468
fasta sequence

                              [ACTAAGTTTTTCTGT-ACAATTTCGAACCAGACTGCCGGGCGGAATATTAGGATCACTTAAATTCCAGCCACTGAAATCATTTCACATGTAATTTTTACCTTTAGAACACGTCTTGGTATTTCAGATATTTCGTTGTCAGTTTGTAATCATAAAGGTAGTAGCTACTTAATAAGCTTTAAGCGTATTGTTGGGTTTCGAGGAAGTGTTTGTAACAATTTCGAATGCAGACGATTTGCTCTCAAAAGATCGTTCTGTTCTAAAATCCCTTAAAATTTAATCTATGCCGCCTCAAATAATTGTTAGCCTTGTAGTTATCAATGCCAATATTACACTTGATAGCTTCAAATAAATTTGGCATTGGTTAGTAAGTTAATAATATCTTTTTGTGATATTCCTTCGTACTATTTAAACTCATGTTAACTTTGTTTCGGTTATTTATTTACTATAAAAAAGTGACTTACATTAAGT]

[+] EMBL CD087243             [ACTAAGTTTTTCTGT ACAATTTCGAACCAGACTGCCGGGCGGAATATTAGGATCACTTAAATTCCAGCCACTGAAATCATTTCACATGTAATTTTTACCTTTAGAACACGTCTTGGTATTTCAGATATTTCGTTGTCAGTTTGTAATCATAAAGGTAGTAGCTACTTAATAAGCTTTAAGCGTATTGTTGGGTTTCGAGGAAGTGTTTGTAACAATTTCGAATGCAGACGATTTGCTCTCAAAAGATCGTTCTGTTCTAAAATCCCTTAAAATTTAATCTATGCCGCCTCAAATAATTGTTAGCCTTGTAGTTATCAATGCCAATATTACACTTGATAGCTTCAAATAAATTTGGCATTGGTTAGTAAGTTAATAATATCTTTTTGTGATATTCCTTCGTACTATTTAAACTCATGTTAACTTTGTTTCGGTTATTTATTTACTATAAAAAAGTGACTTACATTAAGT]
[+] EMBL CD087237             [ACTAAGTTTTTCTGT ACAATTTCGAACCAGACTGCCGGGCGGAATATTAGGATCACTTAAATTCCAGCCACTGAAATCATTTCACATGTAATTTTTACCTTTAGAACACGTCTTGGTATTTCAGATATTTCGTTGTCAGTTTGTAATCATAAAGGTAGTAGCTACTTAATAAGCTTTAAGCGTATTGTTGGGTTTCGAGGAAGTGTTTGTAACAATTTCGAATGCAGACGATTTGCTCTCAAAAGATCGTTCTGTTCTAAAGTCCCTTAAAATTTAGTCTAGGCCGCCTCAAATAATTGTTAGCCTTGTAGTTATCAATGCCAATATTAGACTTGATAGCTTCAAATAAATTTGGCATTGGTTAGTAAGTTAATAATATCTTTTTGTGATATTCCTTCGTACTATTTAAACTCATGTTAACTTTGTTTCGGGTATTTATTTACTATAAAAAAGTGACT          ]
[+] EMBL CD087333             [ACTAAGTTTTTGGGTGGCAATTTCTAACCAGACTGCCGGGCGGAATATTAGGATCACTTAAATTCCAGCCACTGAAATCATTTCACATGTAATTTTTACCTTTAGAACACGTCTTGGTATTTCAGATATTTCGTTGTCAGTTTGTAATCATAAAGGTAGTAGCTACTTAATAAGCTTTAAGCGTATTGTTGGGTTTCGAGGAAGTGTTTGTAACAATTTCCAATGCAGACGATTTGCTCTCAAAAGATCGTTCTGTTCTAAAATCCCTTAAAATc                                                                                                                                                                                                  ]




>consensus_8601#0
ACTAAGTTTTTCTGTACAATTTCGAACCAGACTGCCGGGCGGAATATTAGGATCACTTAA
ATTCCAGCCACTGAAATCATTTCACATGTAATTTTTACCTTTAGAACACGTCTTGGTATT
TCAGATATTTCGTTGTCAGTTTGTAATCATAAAGGTAGTAGCTACTTAATAAGCTTTAAG
CGTATTGTTGGGTTTCGAGGAAGTGTTTGTAACAATTTCGAATGCAGACGATTTGCTCTC
AAAAGATCGTTCTGTTCTAAAATCCCTTAAAATTTAATCTATGCCGCCTCAAATAATTGT
TAGCCTTGTAGTTATCAATGCCAATATTACACTTGATAGCTTCAAATAAATTTGGCATTG
GTTAGTAAGTTAATAATATCTTTTTGTGATATTCCTTCGTACTATTTAAACTCATGTTAA
CTTTGTTTCGGTTATTTATTTACTATAAAAAAGTGACTTACATTAAGT

consensusID : consensus_8601#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 404
fasta sequence

                              [GACAGAGTTAGCTGGATGAGGAATCTACGCACGCACGTAGGCTGCGTGAGCATAACCAGGATAACCAAGGTGAGCAGTAACAAAATGATGAGGATAACCTGCCATTACTAAACGAAGTGAAACCTGAAGGATGTCAACACGATTGGTTGATGTACGTCAATTTAGTTGTTTTAACTAGTTTTGGGCGATTGTAAACATAAAGTGAAGAGTGGGAGAATGTATTACCTATACTCAAAAGAAGCACCAGGGAAAAAAAGACAAACAATTATTTGTCACTCATAACTTGAACAAAAAACCAAAACTAACAAATAATAAATATTTTTTGATATCCCAGAGTGTAGAAAATTGTATTTCAGATGTTTTGTGACTTAATGTAAGTCACTTTTTTATAGTAAATAAATAAC]

[+] EMBL CD087346             [GACAGAGTTAGCTGGATGAGGAATCTACGCAGGCACGTAGGCTGCGTGAGCATAACCAGGATAACCAAGGTGAGCAGTAACAAAATGATGAGGATAACCTGCCATTACTAAACGAAGTGAAACCTGAAGGATGTCAACACGATTGGTTGATGTACGTCAATTTAGTTGTTTTAACTAGTTTTGGGCGATTGTAAACATAAAGTGAAGAGTGGGAGAATGTATTAGCTATACTCAAAAGAAGCACCAGGGAAAAAAAGACAAACAATTATTTGTCACTCATAACTTGAACAAAAAACCAAAACTAACAAATAATAAATATTTTTTGATATCCCAGAGTGTAGAAAATTGTATTTCAGATGTTTTGTGACTTAATGTAAGTCACTTTTTTATAGTAAATAAATAAC]
[+] EMBL CD087354             [GACAGAGTTAGCTGGATTAGGAATCGACTCACGCACGTATGCTGCGTGAGCGTAACCAGGATAACCAAGGTGAGCAGTAACAAAATGATGAGGATAACCTGCCATTACTAAACGAAGTGAAACCTGAAGGATGTCAACACGATTGGTTGATGTACGTCAATTTAGTTGTTATAACTAGTTTTGGGCGATTGTAAACATAAAGTGAAGAGTGGGAGAATGTATTACCTATAC                                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL CD087281             [  CAGAGTTACCTGGATCAAGAATCCACGCACGCACTTATGCTGCGTGAGCATAACCATGATAACCAAGGTGAGCTGTAACAAAATGATGAGGATAACCTGGCATTACTAAACGAAGTGAAACCTGTAGGATGTCAACACGATTGGTTGATGTA                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL CD087341             [                   GGAATCTACGCATGCACGTAGGCTGCCTGAGCATAACCAGGATAACCAAGGTGAGCAGTAACAAAATGATGAGGATAACCTGCCATTACTAAACGAAGTGAAACCTGAAGGATGTCAACACGATTGGTTGATGTACGTCAATTTAGTTGTTTTAACTAGTTTTGGGCGATTGTAAACATAAAGTGAACAGTGGGACAATGTATTAC                                                                                                                                                                                   ]




>consensus_8601#1
GACAGAGTTAGCTGGATGAGGAATCTACGCACGCACGTAGGCTGCGTGAGCATAACCAGG
ATAACCAAGGTGAGCAGTAACAAAATGATGAGGATAACCTGCCATTACTAAACGAAGTGA
AACCTGAAGGATGTCAACACGATTGGTTGATGTACGTCAATTTAGTTGTTTTAACTAGTT
TTGGGCGATTGTAAACATAAAGTGAAGAGTGGGAGAATGTATTACCTATACTCAAAAGAA
GCACCAGGGAAAAAAAGACAAACAATTATTTGTCACTCATAACTTGAACAAAAAACCAAA
ACTAACAAATAATAAATATTTTTTGATATCCCAGAGTGTAGAAAATTGTATTTCAGATGT
TTTGTGACTTAATGTAAGTCACTTTTTTATAGTAAATAAATAAC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8601#0      ACTAAGTTTTTCTGTACAATTTCGAACCAGACTGCCGGGCGGAATATTAGGATCACTTAA 60
consensus_8601#1      -------------------------------------GACAGAG--TTAGCTGGATGAGG 21
                                                           * * **   ****    *     

consensus_8601#0      ATTCCAGCCACTGAAATCATTTCACATGTAATTTTTACCTTTAGAACACGTCTTGGTATT 120
consensus_8601#1      AATCTACGCACGCACGTAGGCT---GCGTGAGCATAACCAGGATAACCAAGGTGAGCAGT 78
                      * ** *  ***  *  *    *     ** *   * ***   * ***     *  * * *

consensus_8601#0      TCAGATATTTCGTTGTCAGTTTGTAATCA-TAAAGGTAGTAGCTACTTAATAAGCTTTAA 179
consensus_8601#1      AACAAAATGATGAGGATAACCTGCCATTACTAAACGAAGTGAAACCTGAAGGATGTCAAC 138
                          * **   *  *  *   **  ** * **** * ***     ** **  *  *  * 

consensus_8601#0      GCGTATTGTTGGGTTTCGAGGAAGTGTTTGTAACAATTTCGAATGCAGACGATTTGCTCT 239
consensus_8601#1      ACGATTGGTTGATGTACGTCAATTTAGTTGTTTTAACT--AGTTTTGGGCGATT-GTAAA 195
                       **  * ****   * **   *  *  ****   ** *     *   * ***** *    

consensus_8601#0      CAAAAGATCGTTCTGTTCTAAAATCCCTTAAAATTTAATCTATGCCGCCTCAAATAATTG 299
consensus_8601#1      CATAAAGT-GAAGAGTGGGAGAATGTATTACC-TATACTCAAAAGAAGCACCAGGGAAAA 253
                      ** **  * *    **   * ***   ***   * ** ** *      * * *   *   

consensus_8601#0      TTAGCCTTGTAGTTATCAATGCCAATATTACACTTGATAGCTTCAAATAAATTTGGCATT 359
consensus_8601#1      AAAGACAAACAATTATT--TGTCACTCATA-ACTTGA-ACAAAAAACCAAAACTAACAAA 309
                        ** *    * ****   ** ** *  ** ****** *     **  ***  *  **  

consensus_8601#0      GGTTAGTAAGTTAATAATATCTTTTTGTGATATTCCTTCGTACTATTTAAACTCATGTTA 419
consensus_8601#1      TAATAAATATTTTTTGATATCCCAGAGTG-TAGAAAATTGTATT--TCAGATGTTTTGTG 366
                         **   * **  * *****     *** **     * *** *  * * *    *  * 

consensus_8601#0      ACTTTGTTTCGGTTATTTATTTACTATAAAAAAGTGACTTACATTAAGT 468
consensus_8601#1      ACTTAATGTAAGTCACTTTTTTATAGTAAATAAATAAC----------- 404
                      ****  * *  ** * ** ****   **** ** * **