cluster # 8602

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Schistosoma mansoni
cluster # 8602 cluster # 8602 Sequences # 7 consensus # 4

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_8602#0 length = 525 sequences # 1
consensus_8602#1 length = 481 sequences # 2

consensus_8602#2 length = 452 sequences # 2
consensus_8602#3 length = 424 sequences # 2

consensusID : consensus_8602#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 525
fasta sequence

                              [TCATGTGTGTTTAAAATGGATTTTAGTAATTTGCACTGCTTTGTCGGCAAGGGTATGATTTCTACTGCCTCCTCTGCTACCATCAATACAAATACCAGTGAACAAGATTGTAAAATTGGTCAACAGCAATATCAGCAACAACAGTTGTTCCGTCAAAATACTCCTTATAATTTTAGTTCCTGGGATTGGAATGCTGTGAATATCATTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATGTTAACGGGACTCAACAACCAATTTGCAAACCTTTATTTCCTGAAAACGACGTCATGAAGATGATCAACTTTATAAAACAGGAAAATTATGCTCCTACAATGATTAATCCAGCCAGCTTCAGTCATGAAAATAATAATAAACAAAGGTTTGTACGGGAAACTCAACCATCATTGGATAAATTAATTGAAATGGGTTATCCGAATCAGCATTGCCCTTATCCTTTAGATCATTTGCATTCACAATTTCAATTCAATCAAAGTAGATGCCCATCAACTACAACA]

[+] EMBL AI067567             [TCATGTGTGTTTAAAATGGATTTTAGTAATTTGCACTGCTTTGTCGGCAAGGGTATGATTTCTACTGCCTCCTCTGCTACCATCAATACAAATACCAGTGAACAAGATTGTAAAATTGGTCAACAGCAATATCAGCAACAACAGTTGTTCCGTCAAAATACTCCTTATAATTTTAGTTCCTGGGATTGGAATGCTGTGAATATCATTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATGTTAACGGGACTCAACAACCAATTTGCAAACCTTTATTTCCTGAAAACGACGTCATGAAGATGATCAACTTTATAAAACAGGAAAATTATGCTCCTACAATGATTAATCCAGCCAGCTTCAGTCATGAAAATAATAATAAACAAAGGTTTGTACGGGAAACTCAACCATCATTGGATAAATTAATTGAAATGGGTTATCCGAATCAGCATTGCCCTTATCCTTTAGATCATTTGCATTCACAATTTCAATTCAATCAAAGTAGATGCCCATCAACTACAACA]




>consensus_8602#0
TCATGTGTGTTTAAAATGGATTTTAGTAATTTGCACTGCTTTGTCGGCAAGGGTATGATT
TCTACTGCCTCCTCTGCTACCATCAATACAAATACCAGTGAACAAGATTGTAAAATTGGT
CAACAGCAATATCAGCAACAACAGTTGTTCCGTCAAAATACTCCTTATAATTTTAGTTCC
TGGGATTGGAATGCTGTGAATATCATTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAT
AATGTTAACGGGACTCAACAACCAATTTGCAAACCTTTATTTCCTGAAAACGACGTCATG
AAGATGATCAACTTTATAAAACAGGAAAATTATGCTCCTACAATGATTAATCCAGCCAGC
TTCAGTCATGAAAATAATAATAAACAAAGGTTTGTACGGGAAACTCAACCATCATTGGAT
AAATTAATTGAAATGGGTTATCCGAATCAGCATTGCCCTTATCCTTTAGATCATTTGCAT
TCACAATTTCAATTCAATCAAAGTAGATGCCCATCAACTACAACA

consensusID : consensus_8602#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 481
fasta sequence

                              [GNATGTGCAAATAGTAGGTACTGCAATTAAATTGTAAGTTGTTGTTCTCATGTGTATACCTAGAGGAATAGGTCTCCTAGTGCTTGTTTACGAGTCTGTTACTTATCACCTATCCTAAAAATGGGCTTCATTGTTTGCTATGTATATTAGTACAAGGAATATCGACTAGAATTCCATCCGTATAGTCTCCTGACTTTTGTTTGAATTTTGATTTAGAGTATAAAAGTGCTTACTGTGTAGCTCGGCACAGAGCATGATTTGTCTAAATATCACTTCATCTTGGTTATTTTTTAAACAGTTGATTGACTTGTAACAATTCTAAGTACAGTCGCTTTTAAACATTTCTGCATTTTATCTCAAGTTCAAACCGATCGCTTCCACAACAGTCAAGCCAAGTCAGCGACCTCGTTATGTTTTACCACCGGATATAAACACTTTTGCATCTAACACTCCGACCAGCGTTACCAACATACCTACCTAT]

[+] EMBL CD127547             [GNATGTGCAAATAGTAGGTACTGCAATTAAATTGTAAGTTGTTGTTCTCATGTGTATACCTAGAGGAATAGGTCTCCTAGTGCTTGTTTACGAGTCTGTTACTTATCACCTATCCTAAAAATGGGCTTCATTGTTTGCTATGTATATTAGTACAAGGAATATCGACTAGAATTCCATCCGTATAGTCTCCTGACTTTTGTTTGAATTTTGATTTAGAGTATAAAAGTGCTTACTGTGTAGCTCGGCACAGAGCATGATTTGTCTAAATATCACTTCATCTTGGTTATTTTTTAAACAGTTGATTGACTTGTAACAATTCTAAGTACAGTCGCTTTTAAACATTTCTGCATTTTATCTCAAGTTCAAACCGATCGCTTCCACAACAGTCAAGCCAAGTCAGCGACCTCGTTATGTTTTACCACCGGATATAAACACTTTTGCATCTAACACTCCGACCAGCG                    ]
[+] EMBL CD127081             [                                                                                                                                                                                                                                             TAGCTCGGCACACATCCTGACTTGCCTAAATATCACTTCATCTTGGTTATTTTTTAAACAGTTGATTGACTTGTAACAATTCTAAGTACAGGCGCTTTTAAACATTTCTGCATTTTATCTCAAGGTCAAACCGATCGCTTCCACAACAGTCAAGCCAAGTCAGCGACCTCGTTATGTTTTACCACCGGATATAAACACTTTTGCATCTAACACTCCGACCAGCGTTACCAACATACCTACCTAT]




>consensus_8602#1
GNATGTGCAAATAGTAGGTACTGCAATTAAATTGTAAGTTGTTGTTCTCATGTGTATACC
TAGAGGAATAGGTCTCCTAGTGCTTGTTTACGAGTCTGTTACTTATCACCTATCCTAAAA
ATGGGCTTCATTGTTTGCTATGTATATTAGTACAAGGAATATCGACTAGAATTCCATCCG
TATAGTCTCCTGACTTTTGTTTGAATTTTGATTTAGAGTATAAAAGTGCTTACTGTGTAG
CTCGGCACAGAGCATGATTTGTCTAAATATCACTTCATCTTGGTTATTTTTTAAACAGTT
GATTGACTTGTAACAATTCTAAGTACAGTCGCTTTTAAACATTTCTGCATTTTATCTCAA
GTTCAAACCGATCGCTTCCACAACAGTCAAGCCAAGTCAGCGACCTCGTTATGTTTTACC
ACCGGATATAAACACTTTTGCATCTAACACTCCGACCAGCGTTACCAACATACCTACCTA
T

consensusID : consensus_8602#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 452
fasta sequence

                              [GTGATACTAACTAACAAACAAAACTTAAACAAATGGAGGAGTAAAAGAATTTACTGCTTATGACTCTCTGTTGAATGTCGGGTGTGTAAACCGATTAGAACAACACATGTAAGCGAACAATTGTTTTCAATTAGATCATCATCAGGTTTTACTCTAATTAGCTACATTCCATGATTACTTTTTAATCAATTCATATAGACTTATTGCAAGTTTATTTTTTAGATATCAGTGTTTGTTTAAACGCAACTTTCTTGATTTTAGAGGAAAATTATGCTCCTACAATGATTAATCCAGCCAGCTTCAGTCATGAAAATAATAATAAACAAAGGTTTGTATGGGAAACTCAACCATCATTGGATAAATTAATTGAAATGGGTTATCCGAATCAGCATTGCCCTTATCCTGTAGATCATTTGCATTCACAATTTCAATTCAATCAAAGTATGATGCCC]

[-] EMBL CD059467             [GTGATACTAACTAACAAACAAAACTTAAACAAATGGAGGAGTAAAAGAATTTACTGCTTATGACTCTCTGTTGAATGTCGGGTGTGTAAACCGATTAGAACAACACATGTAAGCGAACAATTGTTTTCAATTAGATCATCATCAGGTTTTACTCTAATTAGCTACATTCCATGATTACTTTTTAATCAATTCATATAGACTTATTGCAAGTTTATTTTTTAGATATCAGTGTTTGTTTAAACGCAACTTTCTTGATTTTAGAGGAAAATTATGCTCCTACAATGATTAATCCAGCCAGCTTCAGTCATGAAAATAATAATAAACAAAGGTTTGTATGGGAAACTCAACCATCATTGGATAAATTAATTGAAATGGGTTATCCGAATCAGCATTGCCCTTATCCTGTAGATCATTTGCATTCACAATTTCAATTCAATCAAAGTATGATGCCC]
[+] EMBL CD153126             [                                                                                  TGTGTAAACCGATTAGAACAACACATGTAAGCGAACAATTGTTTTCAATTAGATCATCATCAGGTTTTACTCTAATTAGCTACATTCCATGATTACTTTTTAATCAATTCATATAGACTTATTGCAAGTTTATTTTTTAGATATCAGTGTTTGTTTAAACGCAACTTTCTTGATTTTAGAGGAAAATTATGCTCCTACAATGATTAATCCAGCCAGCTTCAGTCATGAAAATAATAATAAACAAAGGTTTGTACGGGAAACTCAACCATCATTGGATAAATTAATTGAAATGGGTTATCCGAATCAGCATTGCCCTTATCCTTTAGATCATTTGCATTCACAATTTCAATTCAATCAAAGTA GATGC  ]




>consensus_8602#2
GTGATACTAACTAACAAACAAAACTTAAACAAATGGAGGAGTAAAAGAATTTACTGCTTA
TGACTCTCTGTTGAATGTCGGGTGTGTAAACCGATTAGAACAACACATGTAAGCGAACAA
TTGTTTTCAATTAGATCATCATCAGGTTTTACTCTAATTAGCTACATTCCATGATTACTT
TTTAATCAATTCATATAGACTTATTGCAAGTTTATTTTTTAGATATCAGTGTTTGTTTAA
ACGCAACTTTCTTGATTTTAGAGGAAAATTATGCTCCTACAATGATTAATCCAGCCAGCT
TCAGTCATGAAAATAATAATAAACAAAGGTTTGTATGGGAAACTCAACCATCATTGGATA
AATTAATTGAAATGGGTTATCCGAATCAGCATTGCCCTTATCCTGTAGATCATTTGCATT
CACAATTTCAATTCAATCAAAGTATGATGCCC

consensusID : consensus_8602#3
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 424
fasta sequence

                              [TGATGACGATCTAATTGAAAACGATTGTTCGCTTACATGTGTTGTTCTAGATAAAATTTAAATTTCTCAGTTTAAGAAGTTGTAAGGATTTACGAAAATGTTTACATGTTAACTTGGCTTTAAACTAAACATCCACTCTGAACTGTGAGTGGAGGCATTAATCAATTAAAGATGAGAGCATCTATTTACACCTTGTCGTAATTATGTAAATGGTTTTTTTGAAAACAATCTATTTTCTAAGAGGATCATTTTCGAGTATTTGAAAATTTCACTGCAATTAAATTGTAAGTTGTTGTTCTCATGTGTATACCTAGAGGAATAGGTCTCCTAGTGCTTGTTTACGAGTCTGTTACTTATCACTCATCCTAAAAATGGGCTTCATTGTTTGCTATGTATATTAGTACAAGGAATATCGACTAGAATT]

[+] EMBL CD122027             [TGATGACGATCTAATTGAAAACGATTGTTCGCTTACATGTGTTGTTCTAGATAAAATTTAAATTTCTCAGTTTAAGAAGTTGTAAGGATTTACGAAAATGTTTACATGTTAACTTGGCTTTAAACTAAACATCCACTCTGAACTGTGAGTGGAGGCATTAATCAATTAAAGATGAGAGCATCTATTTACACCTTGTCGTAATTATGTAAATGGTTTTTTTGAAAACAATCTATTTTCTAAGAGGATCATTTTCGAGTATTTGAAAATTTCACTGCAATTAAATTGTAAGTTGTTGTTCTCATGTGTATACCTAGAGGAATAGGTCTCCTAGTGCTTGTTTACGAGTCTGTTACTTATCACTCATCCTAAAAATGGGCTTCATTGTTTGCTATGTATATTAGTACAAGGAATATCGACTAGAATT]
[+] EMBL CD121837             [TGATGACGATCTAATTGAAAACGATTGTTCGCTTACATGTGTTGTTCTAGATAAAATTTAAATTTCTCAGTTTAAGAAGTTGTAAGGATTTACGAAAATGTTTACATGTTAACTTGGCTTTAAACTAAACATCCACTCTGAACTGTGAGTGGAGGCATTAATCAATTAAAGATGAGAGCATCTATTTACACCTTGTCGTAATTATGTAAATGGTTTTTTTGAAAACAATCTATTTTCTAAGAGGATCATTTTCGAGTATTTGAAAATTTCACTGCAATTAAATTGTAAGTTGTTGTTCTCATGTGTATACCTAGAGGAATAGGTCTCCTAGTGCTTGTTTACGAGTCTGTTACTTATCACCTATTCTAAAAATGGGCTTCATTGTTTGCTATGTATATTAGTACAAGGAATATCGACTAGAATT]




>consensus_8602#3
TGATGACGATCTAATTGAAAACGATTGTTCGCTTACATGTGTTGTTCTAGATAAAATTTA
AATTTCTCAGTTTAAGAAGTTGTAAGGATTTACGAAAATGTTTACATGTTAACTTGGCTT
TAAACTAAACATCCACTCTGAACTGTGAGTGGAGGCATTAATCAATTAAAGATGAGAGCA
TCTATTTACACCTTGTCGTAATTATGTAAATGGTTTTTTTGAAAACAATCTATTTTCTAA
GAGGATCATTTTCGAGTATTTGAAAATTTCACTGCAATTAAATTGTAAGTTGTTGTTCTC
ATGTGTATACCTAGAGGAATAGGTCTCCTAGTGCTTGTTTACGAGTCTGTTACTTATCAC
TCATCCTAAAAATGGGCTTCATTGTTTGCTATGTATATTAGTACAAGGAATATCGACTAG
AATT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8602#1      ------------------------------------------GNATGTGCAAATAGTAGG 18
consensus_8602#3      -----------------------------------------------------------T 1
consensus_8602#0      TCATGTGTGTTTAAAATGGATTTTAGTAATTTGCACTGCTTTGTCGGCAAGGGTATGATT 60
consensus_8602#2      ----------------------------------------------------------GT 2
                                                                                  

consensus_8602#1      TACTGCAATTAAATTGTAAGTTGTTGTTCTCATGTGTATACCTAGAGGAATAGGTCTCCT 78
consensus_8602#3      GATGACGATCTAATTGAAAACGATTGTTCGCTTACATGTGTTGTTCTAGATAAAATTTAA 61
consensus_8602#0      TCTACTGCCTCCTCTGCTACCATCAATACAAATACCAGTGAACAAGATTGTAAAATTGGT 120
consensus_8602#2      GATACTAACTAACAAACAAAACTTAA-ACAAATGGAGGAGTAAAAGAATTTACTGCTTAT 61
                                        *         *   *                 **    *   

consensus_8602#1      AGTGCTT-GTTTACGAGTCTGTTA---------CTTATCACCTATCCTAAAAATGGGCTT 128
consensus_8602#3      ATTTCTCAGTTTAAGAAGTTGTAAG------GATTTACGAAAATGTTTACATGTTAACTT 115
consensus_8602#0      CAACAGCAATATCAGCAACAACAGT-TGTTCCG-TCAAAATACTCCTTATAATTTTAGTT 178
consensus_8602#2      GACTCTCTGT-TGAATGTCGGGTGTGTAAACCGATTAGAACAACACATGTAAGCGAA--C 118
                               * *                      * *  *       *  *         

consensus_8602#1      CATTGTTTGCTATGTATATTAGTACAAGGAATATCGACTAGAAT--TCCATCCGTATAGT 186
consensus_8602#3      GGCTTTAAACTAAACATCC----ACTCTGAACTGTGAGTGGAGGCATTAATCAATTAAAG 171
consensus_8602#0      CCTGGGATTGGAATGCTGTGAATATCATTAATAATAATAATAAT----AATAATAATAAT 234
consensus_8602#2      AATTGTTTTCAATTA----GATCATCATCAGGTTTTACTCTAAT----TAGCTACATTCC 170
                                 *           *     *      *    *       *          

consensus_8602#1      CTCCTGACTTTTGTTTGAATTTTGATTTAGAGTATAAAAGTGCTTACTGTGTAGCTCGGC 246
consensus_8602#3      ATGAGAGCATCTATTTACACCTTGTCGTA-ATTATGTAAATGGTTTTTTTGAAA------ 224
consensus_8602#0      AATAATAATGTTAACGGGACTCA-ACAACCAATTTGCAAACCTTTATTTCCTGA------ 287
consensus_8602#2      ATGATTACTTTTTAATCAATTCATATAGACTTATTGCAAGTTTAT-TTTTTAGA------ 223
                                 *      *               *  **     *  *            

consensus_8602#1      ACAGAGCATGA-TTTGTCTAAATATCACTTCATCTTGGTTATTTTTTAAACAGTTG-ATT 304
consensus_8602#3      --ACAATCTAT-TTTCTAAGAGGATCATTTTCGAGTATTTGAAAATTTCACTGC-A-ATT 279
consensus_8602#0      AAACGACGTCA---TGAAGATGATCAACTTTATAAAACAGGAAAATTATGCTCCTACAAT 344
consensus_8602#2      TATCAGTGTTTGTTTAAACGCAACTTTCTTGATTTTAGAGGAAAATTATGCTCCTACAAT 283
                              *     *             **               **   *      * *

consensus_8602#1      GACTTGT--AA-CAATTCTAAGTACAGTCGCTTTTAAACATTTCTGCATTTTATCTCAAG 361
consensus_8602#3      AAATTGT--AAGTTGTTGTTCTCATGTGTATACCTAGAGGAATAGGTCTCCTAGTGCTTG 337
consensus_8602#0      GATTAATCCAGCCAGCTTCAGTCATGAAAATAATAATAAACAAAGGT-TTGTACGGGAAA 403
consensus_8602#2      GATTAATCCAGCCAGCTTCAGTCATGAAAATAATAATAAACAAAGGT-TTGTATGGGAAA 342
                       * *  *  *      *      *           * *       *  *  **       

consensus_8602#1      TTCAAACCGATCGCTTCCACAACAGTCAAGCCAAGTCAGCGACCTCGTTATGTTTTACCA 421
consensus_8602#3      TTTA--CGAGTCTGTTACTTATCACTCATCCTAAA-----------AATGGGCTTCATTG 384
consensus_8602#0      CTCA-----ACCATCATTGGATAAATTAATTGAAATGGGTTATCCGAATCAGCATTGCCC 458
consensus_8602#2      CTCA-----ACCATCATTGGATAAATTAATTGAAATGGGTTATCCGAATCAGCATTGCCC 397
                       * *       *        *  * * *    **              *  *  *     

consensus_8602#1      CCGGATATAAACACTTTTGCATCTAACACTCCGACCAGCGTTACCAA-CATACCTACCTA 480
consensus_8602#3      TTTGCTATGTATATTAGTACAAGGAATAT--CGACTAGAATT------------------ 424
consensus_8602#0      TTATCCTTTAGATCATTTGCATTCACAATTTCAATTCAATCAAAGTA-GATGCCCATCAA 517
consensus_8602#2      TTATCCTGTAGATCATTTGCATTCACAATTTCAATTCAATCAAAGTATGATGCCC----- 452
                                       * **   *  *   * *                          

consensus_8602#1      T------- 481
consensus_8602#3      --------
consensus_8602#0      CTACAACA 525
consensus_8602#2      --------