cluster # 8796

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Schistosoma mansoni
cluster # 8796 cluster # 8796 Sequences # 7 consensus # 2

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consensus_8796#0 length = 1452 sequences # 6

consensus_8796#1 length = 623 sequences # 1

consensusID : consensus_8796#0
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Sequences nbr = 6
consensus length = 1452
fasta sequence

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>consensus_8796#0
CGGGCCAGAATTCGGCACGAGGGAGAAACAACCAATTAAAGCATTTAAGTACGTGACTAA
TTACTTCAAATTATACAATGAATGTCAGTGTCTAAGAGCTGGCCGCCGTTTAATGATTCA
TGAACAGCTGATGAAATTGTTTGACGGAGTGGAAAAAGGAGAAAATAATCACCGTAGTTC
ACAAAATGGTTATACTACCGCTGCTACTACCACTAACAATGTTACTAATAATAAACCATC
TAATGCTGATGATAAAAATAATGCTTCTGACCGTAATGGAATAAAAAATACAACCAGCCA
AGTGAAACGTAGAAAAATCCAAAAGCCTGTCAATATTCACGGTAAAGATTATGAGAATAA
CAATGATAGTACTGAAGGAATTTGTCGTACGAATGAATTTTTTATTGACAGTGAAAAAGA
AGAATCACTCACGGCGATACCTTCGCTTGTGATTAATATCAAAGAACCCCCTAAAGTTGA
AATTACTGCTCCTATCAATGCATCAGCTAAAGAAATTGGTACACATCGTCCACATTATGT
ATGGTTTGAAAATACTTCACCGAACAAACTTCAAGAACACCAATCACCTCAAGAGTCCAA
TACTTTGTTACTCACAGTTGAACAATGGACTGTACGCTATTATATGGCTAATAAAAATTT
TGAACACGTCAGCGCCAGTGAATCACAAATATATCATCTTTTATTCTGCATACTTTTTTA
TGATATTTTATTCGAAATATCACCATCTCCACCGGATGTCTTCTATTCATATCGTCAGTC
AGCGCCATTAGATTTATTTACAGATGAATTTTATCAGTCAAGAAAAGATTTAATCGATGC
TAGATTGCAATGGCTCTTGGCTGTTGACCAATCAGATGATCATTCTAATTCTTTGGCATT
TCGTATCCATACGTATTGGGAATTACATAATGGTGAACGTTGCTTGTGGGCTAATTGGAA
TTTATTAAAAAATTCACAGGAGCTTATAGACATATTTTGGTGCCTTGGACCTTCTGTAGT
TCACGATGTTTGTCGTAAATTAGCTACAGACTACAGAAATTGGAGGTCGGGTCTTCCTGA
TCTTTTATTATGGAGTCCCACAGAAACGCGAGCTAAGATTGTAGAAGTTAAAGGACCCGG
CGACCATTTATCCACTCAACAAATAATGTGGCTTGATGTACTTGTCCAGGCTGGTGCTGA
TGTAGAAATTTGCTTAATATCAGCTGAACCACTAAAATCGCTTCGTTCAAAATTCAACAA
TTGAAATGGAACAAAATAATAAGATTTAATTAATTTATTATTAGAAGTAAAAAGAAAAAA
CAACAACAACAGTATACCGTTGAATTAAATTTTTTACCACATCATTTCCATATCTGTCTT
TACATCACGATTCTCCTGTATTTTCAAATCTTAACAATAAATACTTTCAAAGATTTANAA
AAAAAAAAAAAA

consensusID : consensus_8796#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 623
fasta sequence

                              [CCAATCAGATGATCATTCTAATTCTTTGGCATTTCGTATCCATACGTATTGGGAATTACATAATGGTGAACGTTGCTTGTGGGCTAATTGGGATTTATTAAAAAATTCACAGGAGCTTATATGATAATTTATGGAGTAATAACAACTCCATAAATAAGGAATTATAGGAATTTTTTCATTTCAGGACATATTTTGGTGCCTTGGACCTTCTGTAGTTCACGATGTTTGTCGTAAATTAGCTACAGACTACAGAAATTGGAGGTCGGGTCTTCCTGATCTTTTATTATGGAGTCCCACAGAAACGCGAGCTAAGATTGTAGAAGTTAAAGGACCCGGCGACCATTTATCCACTCAACAAATAATGTGGCTTGATGTACTTGTCCAGGCTGGTGCTGATGTAGAAATTTGCTTAATATCAGCTGAACCACTAAAATCGCTTCGTTCAAAATTCAACAATTGAAATGGAACAAAATAATAAGATTTAATTAATTTATTATTAGAAGTAAAAAGAAAAAACAACAACAACAGTATACCGTTGAATTAAATTTTTTACCACATCATTTCCATATCTGTCTTTACATCACGATTCTCCTGTATTTTCAAATCTTAATAATAAATACTTT]

[-] EMBL CD076497             [CCAATCAGATGATCATTCTAATTCTTTGGCATTTCGTATCCATACGTATTGGGAATTACATAATGGTGAACGTTGCTTGTGGGCTAATTGGGATTTATTAAAAAATTCACAGGAGCTTATATGATAATTTATGGAGTAATAACAACTCCATAAATAAGGAATTATAGGAATTTTTTCATTTCAGGACATATTTTGGTGCCTTGGACCTTCTGTAGTTCACGATGTTTGTCGTAAATTAGCTACAGACTACAGAAATTGGAGGTCGGGTCTTCCTGATCTTTTATTATGGAGTCCCACAGAAACGCGAGCTAAGATTGTAGAAGTTAAAGGACCCGGCGACCATTTATCCACTCAACAAATAATGTGGCTTGATGTACTTGTCCAGGCTGGTGCTGATGTAGAAATTTGCTTAATATCAGCTGAACCACTAAAATCGCTTCGTTCAAAATTCAACAATTGAAATGGAACAAAATAATAAGATTTAATTAATTTATTATTAGAAGTAAAAAGAAAAAACAACAACAACAGTATACCGTTGAATTAAATTTTTTACCACATCATTTCCATATCTGTCTTTACATCACGATTCTCCTGTATTTTCAAATCTTAATAATAAATACTTT]




>consensus_8796#1
CCAATCAGATGATCATTCTAATTCTTTGGCATTTCGTATCCATACGTATTGGGAATTACA
TAATGGTGAACGTTGCTTGTGGGCTAATTGGGATTTATTAAAAAATTCACAGGAGCTTAT
ATGATAATTTATGGAGTAATAACAACTCCATAAATAAGGAATTATAGGAATTTTTTCATT
TCAGGACATATTTTGGTGCCTTGGACCTTCTGTAGTTCACGATGTTTGTCGTAAATTAGC
TACAGACTACAGAAATTGGAGGTCGGGTCTTCCTGATCTTTTATTATGGAGTCCCACAGA
AACGCGAGCTAAGATTGTAGAAGTTAAAGGACCCGGCGACCATTTATCCACTCAACAAAT
AATGTGGCTTGATGTACTTGTCCAGGCTGGTGCTGATGTAGAAATTTGCTTAATATCAGC
TGAACCACTAAAATCGCTTCGTTCAAAATTCAACAATTGAAATGGAACAAAATAATAAGA
TTTAATTAATTTATTATTAGAAGTAAAAAGAAAAAACAACAACAACAGTATACCGTTGAA
TTAAATTTTTTACCACATCATTTCCATATCTGTCTTTACATCACGATTCTCCTGTATTTT
CAAATCTTAATAATAAATACTTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8796#0      CGGGCCAGAATTCGGCACGAGGGAGAAACAACCAATTAAAGCATTTAAGTACGTGACTAA 60
consensus_8796#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8796#0      TTACTTCAAATTATACAATGAATGTCAGTGTCTAAGAGCTGGCCGCCGTTTAATGATTCA 120
consensus_8796#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8796#0      TGAACAGCTGATGAAATTGTTTGACGGAGTGGAAAAAGGAGAAAATAATCACCGTAGTTC 180
consensus_8796#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8796#0      ACAAAATGGTTATACTACCGCTGCTACTACCACTAACAATGTTACTAATAATAAACCATC 240
consensus_8796#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8796#0      TAATGCTGATGATAAAAATAATGCTTCTGACCGTAATGGAATAAAAAATACAACCAGCCA 300
consensus_8796#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8796#0      AGTGAAACGTAGAAAAATCCAAAAGCCTGTCAATATTCACGGTAAAGATTATGAGAATAA 360
consensus_8796#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8796#0      CAATGATAGTACTGAAGGAATTTGTCGTACGAATGAATTTTTTATTGACAGTGAAAAAGA 420
consensus_8796#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8796#0      AGAATCACTCACGGCGATACCTTCGCTTGTGATTAATATCAAAGAACCCCCTAAAGTTGA 480
consensus_8796#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8796#0      AATTACTGCTCCTATCAATGCATCAGCTAAAGAAATTGGTACACATCGTCCACATTATGT 540
consensus_8796#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8796#0      ATGGTTTGAAAATACTTCACCGAACAAACTTCAAGAACACCAATCACCTCAAGAGTCCAA 600
consensus_8796#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8796#0      TACTTTGTTACTCACAGTTGAACAATGGACTGTACGCTATTATATGGCTAATAAAAATTT 660
consensus_8796#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8796#0      TGAACACGTCAGCGCCAGTGAATCACAAATATATCATCTTTTATTCTGCATACTTTTTTA 720
consensus_8796#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8796#0      TGATATTTTATTCGAAATATCACCATCTCCACCGGATGTCTTCTATTCATATCGTCAGTC 780
consensus_8796#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8796#0      AGCGCCATTAGATTTATTTACAGATGAATTTTATCAGTCAAGAAAAGATTTAATCGATGC 840
consensus_8796#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8796#0      TAGATTGCAATGGCTCTTGGCTGTTGACCAATCAGATGATCATTCTAATTCTTTGGCATT 900
consensus_8796#1      ---------------------------CCAATCAGATGATCATTCTAATTCTTTGGCATT 33
                                                 *********************************

consensus_8796#0      TCGTATCCATACGTATTGGGAATTACATAATGGTGAACGTTGCTTGTGGGCTAATTGGAA 960
consensus_8796#1      TCGTATCCATACGTATTGGGAATTACATAATGGTGAACGTTGCTTGTGGGCTAATTGGGA 93
                      ********************************************************** *

consensus_8796#0      TTTATTAAAAAATTCACAGGAGCTTATA-------------------------------- 988
consensus_8796#1      TTTATTAAAAAATTCACAGGAGCTTATATGATAATTTATGGAGTAATAACAACTCCATAA 153
                      ****************************                                

consensus_8796#0      -------------------------------GACATATTTTGGTGCCTTGGACCTTCTGT 1017
consensus_8796#1      ATAAGGAATTATAGGAATTTTTTCATTTCAGGACATATTTTGGTGCCTTGGACCTTCTGT 213
                                                     *****************************

consensus_8796#0      AGTTCACGATGTTTGTCGTAAATTAGCTACAGACTACAGAAATTGGAGGTCGGGTCTTCC 1077
consensus_8796#1      AGTTCACGATGTTTGTCGTAAATTAGCTACAGACTACAGAAATTGGAGGTCGGGTCTTCC 273
                      ************************************************************

consensus_8796#0      TGATCTTTTATTATGGAGTCCCACAGAAACGCGAGCTAAGATTGTAGAAGTTAAAGGACC 1137
consensus_8796#1      TGATCTTTTATTATGGAGTCCCACAGAAACGCGAGCTAAGATTGTAGAAGTTAAAGGACC 333
                      ************************************************************

consensus_8796#0      CGGCGACCATTTATCCACTCAACAAATAATGTGGCTTGATGTACTTGTCCAGGCTGGTGC 1197
consensus_8796#1      CGGCGACCATTTATCCACTCAACAAATAATGTGGCTTGATGTACTTGTCCAGGCTGGTGC 393
                      ************************************************************

consensus_8796#0      TGATGTAGAAATTTGCTTAATATCAGCTGAACCACTAAAATCGCTTCGTTCAAAATTCAA 1257
consensus_8796#1      TGATGTAGAAATTTGCTTAATATCAGCTGAACCACTAAAATCGCTTCGTTCAAAATTCAA 453
                      ************************************************************

consensus_8796#0      CAATTGAAATGGAACAAAATAATAAGATTTAATTAATTTATTATTAGAAGTAAAAAGAAA 1317
consensus_8796#1      CAATTGAAATGGAACAAAATAATAAGATTTAATTAATTTATTATTAGAAGTAAAAAGAAA 513
                      ************************************************************

consensus_8796#0      AAACAACAACAACAGTATACCGTTGAATTAAATTTTTTACCACATCATTTCCATATCTGT 1377
consensus_8796#1      AAACAACAACAACAGTATACCGTTGAATTAAATTTTTTACCACATCATTTCCATATCTGT 573
                      ************************************************************

consensus_8796#0      CTTTACATCACGATTCTCCTGTATTTTCAAATCTTAACAATAAATACTTTCAAAGATTTA 1437
consensus_8796#1      CTTTACATCACGATTCTCCTGTATTTTCAAATCTTAATAATAAATACTTT---------- 623
                      ************************************* ************          

consensus_8796#0      NAAAAAAAAAAAAAA 1452
consensus_8796#1      ---------------