These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_8816#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 6 consensus length = 471 fasta sequence [GGTTTTACTCTTGTGATTTGTTGCATGAAGACGTCATTTTGTACTGCATTCTATGTCTAAACGACCGTATTGGAGTACGTAATTAAGCTTGTCTGACATAAACCCACTCCAACTACACGCTCATAATATGGCCATTGCTTTTTTCCGTGGGGTTTCGAAATTTGGTTTGGTTGCAGCCTTTGGATATTTTTCAGTTGTTGAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGCTCTAATAATGCTACTAAGGTTAAAGAAGTCGTGCCGCACGTATTCTCCTTCCTCCAAAAGTTTCCAGATGAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCACTTGGACAAGGAGTAACCAATGCAGTAATTGC-AACATGAAACAATGTTTTAACTCGTTTGGATTATTTGGAAAGAAATCTTAGTTTATTTTGTAGTATACCTCCA-TTAAATATATATTTTAATTAGCAAA] [+] EMBL SM30176 [GGTTTTACTCTTGTGATTTGTTGCATGAAGACGTCATTTTGTACTGCATTCTATGTCTAAACGACCGTATTGGAGTACGTAATTAAGCTTGTCTGACATAAACCCACTCCAACTACACGCTCATAATATGGCCATTGCTTTTTTCCGTGGGGTTTCGAAATTTGGTTTGGTTGCAGCCTTTGGATATTTTTCAGTTGTTGAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGCTCTAATAATGCTACTAAGGTTAAAGAAGTCGTGCCGCACGTATTCTCCTTCCTCCAAAAGTTTCCAGATGAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCACTTGGACAAGGAGTAACCAATGCAGTAATTGC AACATGAAACAATGTTTTAACTCGTTTGGATTATTTGGAAAGAAATCTTAGTTTATTTTGTAGTATACCTCCA TTAAATATATATTTTAATTAGCAAA] [-] EMBL CD077098 [ TCATTTTGTACTGCATTCTATGTCTAAACGACCGTATTGGAGTACGTAATTAAGCTTGTCTGACATAAACCCACTCCAACTACACGCTCATAATATGGCCATTGCTTTTTTCCGTGGGGTTTCGAAATTTGGTTTGGTTGCAGCCTTTGGATATTTTTCAGTTGTTGAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGCTCTAATAATGCTACTAAGGTTAAAGAAGTCGTGCCGCACGTATTCTCCTTCCTCCAAAAGTTTCCAGATGAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCACTTGGACAAGGAGTAACCAATGCAGTAATTGC AACATGAAACAATGTTTTAACTCGTTTGGATTATTTGGAAAGAAATCTTAGTTTATTTTGTACTATACCTCCAGTTAAATATATATT ] [+] EMBL CD195964 [ CATTTTGTACTGCATTCTATGTCTAAACGACCGTATTGGAGTACGTAATTAAGCTTGTCTGACATAAACCCACTCCAACTACACGCTCATAATATGGCCATTGCTTTTTTCCGTGGGGTTTCGAAATTTGGTTTGGTTGCAGCCTTTGGATATTTTTCAGTTGTTGAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGCTCTAATAATGCTACTAAGGTTAAAGAAGTCGTGCCGCACGTATTCTCCTTCCTCC AAAGTTTCCAGATGAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCACTTGGACAAGGAGTAACCAATGCAGTAATTGCNNACATGAACAAATGTTTAAACTCGTTgg ] [+] EMBL CD144758 [ ccacGGAGTACGTAATTAAGCTTGTCTGACATAAACCCACTCCAACTACACGCTCATAATATGGCCATTGCTTTTTTCCGTGGGGTTTCGAAATTTGGTTTGGTTGCAGCCTTTGGATATTTTTCAGTTGTTGAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGCTCTAATAATGCTACTAAGGTTAAAGAAGTCGTGCCGCACGTATTCTCCTTCCTCCAAAAGTTTCCAGATGAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCACTTGGACAAGGAGTAACCAATGCAGTAATTGC AACATGAAACAATGTTTTAACTCGTTTGGATTATTTGGAAAGAAATCTTAGTTTATTTTGTAGTATACCTCCgtg ] [+] EMBL CD144734 [ ccacGGAGTACGTAATTAAGCTTGTCTGACATAAACCCACTCCAACTACACGCTCATAATATGGCCATTGCTTTTTTCCGTGGGGTTTCGAAATTTGGTTTGGTTGCAGCCTTTGGATATTTTTCAGTTGTTGAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGCTCTAATAATGCTACTAAGGTTAAAGAAGTCGTGCCGCACGTATTCTCCTTCCTCCAAAAGTTTCCAGATGAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCACTTGGACAAGGAGTAACCAATGCAGTAATTGC AACATGAAACAATGTTTTAACTCGTTTGGATTATTTGGAAAGAAATCTTAGTTTATTTTGTAGTATACCTCCgtg ] [-] EMBL CD073130 [ CCACTCCAAATACACGGTCATAATATGGCCATTGGTTTTTTCCGTGGGGTTTTTAAATTTGGTTTGGTTGCAGCCTTGGGATATTTTTCAGTTGTTAAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGGTATAATAATGTTATTAAGGTTAAAGAAGTTGTGCGGCAATTATTGTCATTCCTCCAAAAGTTTCCATATGAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCCCTTGGACAAGGAGTAACCAATGCAGTAATTGC AACATGAAACAATGTTTGAACTCGTTTGGATTATTTGGAAAGAAATATTAGTTTATTTTGTATTATACCTCCA TTAAATATATATT ] consensusID : consensus_8816#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 421 fasta sequence [TCGGATAACTAGCATTTTCGGTTGTCTAGAAGACGTCATTTTGTACTGCATTCTATGTCTAAACGACCGTATTGGAGTACGTAATTAAGCTTGTCTGACATAAACCCACTCCAACTACACGCTCATAATATGGCCATTGCTTTTTTCCGTGGGGTTTCGAAATTTGGTTTGGTTGCAGCCTTTGGATATTTCTCAGTTGTTGAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGCTCTAATAATGCTACTAAGGTTAAAGAAGTCGTGCCGCACGTATTCTCCTTCCTCCAAAAGTTTCCAGATGAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCACTTGGACAAGGAGTAACCAATGCAGTAATTGCAACATGAAACAATGTTTTAACCCGTTTGGATTATTTGGAAAGAAAT] [-] EMBL CD122237 [TCGGATAACTAGCATTTTCGGTTGTCTAGAAGACGTCATTTTGTACTGCATTCTATGTCTAAACGACCGTATTGGAGTACGTAATTAAGCTTGTCTGACATAAACCCACTCCAACTACACGCTCATAATATGGCCATTGCTTTTTTCCGTGGGGTTTCGAAATTTGGTTTGGTTGCAGCCTTTGGATATTTCTCAGTTGTTGAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGCTCTAATAATGCTACTAAGGTTAAAGAAGTCGTGCCGCACGTATTCTCCTTCCTCCAAAAGTTTCCAGATGAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCACTTGGACAAGGAGTAACCAATGCAGTAATTGCAACATGAAACAATGTTTTAACCCGTTTGGATTATTTGGAAAGAAAT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_8816#0 -GGTTTTACTCTTGTGATTTGTTGCAT-GAAGACGTCATTTTGTACTGCATTCTATGTCT 58 consensus_8816#1 TCGGATAACTAGCATTTTCGGTTGTCTAGAAGACGTCATTTTGTACTGCATTCTATGTCT 60 * * *** * * **** * ******************************** consensus_8816#0 AAACGACCGTATTGGAGTACGTAATTAAGCTTGTCTGACATAAACCCACTCCAACTACAC 118 consensus_8816#1 AAACGACCGTATTGGAGTACGTAATTAAGCTTGTCTGACATAAACCCACTCCAACTACAC 120 ************************************************************ consensus_8816#0 GCTCATAATATGGCCATTGCTTTTTTCCGTGGGGTTTCGAAATTTGGTTTGGTTGCAGCC 178 consensus_8816#1 GCTCATAATATGGCCATTGCTTTTTTCCGTGGGGTTTCGAAATTTGGTTTGGTTGCAGCC 180 ************************************************************ consensus_8816#0 TTTGGATATTTTTCAGTTGTTGAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGCTCTAATAAT 238 consensus_8816#1 TTTGGATATTTCTCAGTTGTTGAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGCTCTAATAAT 240 *********** ************************************************ consensus_8816#0 GCTACTAAGGTTAAAGAAGTCGTGCCGCACGTATTCTCCTTCCTCCAAAAGTTTCCAGAT 298 consensus_8816#1 GCTACTAAGGTTAAAGAAGTCGTGCCGCACGTATTCTCCTTCCTCCAAAAGTTTCCAGAT 300 ************************************************************ consensus_8816#0 GAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCACTTGGACAAGGAGTAAC 358 consensus_8816#1 GAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCACTTGGACAAGGAGTAAC 360 ************************************************************ consensus_8816#0 CAATGCAGTAATTGCAACATGAAACAATGTTTTAACTCGTTTGGATTATTTGGAAAGAAA 418 consensus_8816#1 CAATGCAGTAATTGCAACATGAAACAATGTTTTAACCCGTTTGGATTATTTGGAAAGAAA 420 ************************************ *********************** consensus_8816#0 TCTTAGTTTATTTTGTAGTATACCTCCATTAAATATATATTTTAATTAGCAAA 471 consensus_8816#1 T---------------------------------------------------- 421 * |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||