cluster # 9052

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 9052 cluster # 9052 Sequences # 8 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_9052#0 length = 708 sequences # 5

consensus_9052#1 length = 649 sequences # 3

consensusID : consensus_9052#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 708
fasta sequence

                              [TCACGGAACTTAATGAAACATT-ACTCG-TGTTTACGTGGTCTACCTGGACATAGAGAAATTAGTGAAGCTACTTATTTAATTGAACAGAAACGTTCTCAATTAATTCAATATTCACAACCGAATCAAATTAATTTAACAGCACGATTTGTTGAACCAAATGAATATCAACGTAAACAAACAGATTTAACTCAAGCAGCTGTTGAATTTAATCAAGCTACTGGAGATTTACTCTCTTCATATTCACCTGGTTCATTTAAACGAACAACACGTCGTTTTACTGGAGCCTATGATTGCTTAACTGATAAAGGCATTGAATTATCTATATGCAATGAAATCCCATCAAATAATCAACAATTTGAACCAGTTGTTAATACTGATCTACTAAATGGACTTATTAATGTTTCAGATCAAAGTTATGTTTTAATGAATGAAGCTAGTCGAGTTTGTGGTCAACCAGAAGCAGAAAATTTAAGAGGAAAATTCCAATCAGCAGCTAGAGACGTCACAGAAAGCATAAGTCAGTTATTGACAATTTGCACTTCAGGTGTTAGTCCTGATCAACGAGAATGCGAAGCAGCGATTCGACGCTTGGATTCATTTCGTCCATTATTGTTAAATCCAAATAGACCATTAAATCAGCATAGTTATTATGATTGTGTGGATACTGTGGCGAAAAGTCTTGAGCCATTGGCGGAAAGTTTAAGGACG]

[+] EMBL CD065512             [TCACGGAACTTAATGAAACATT ACTCG TGTTTACGTGGTCTACCTGGACATAGAGAAATTAGTGAAGCTACTTATTTAATTGAACAGAAACGTTCTCAATTAATTCAATATTCACAACCGAATCAAATTAATTTAACAGCACGATTTGTTGAACCAAATGAATATCAACGTAAACAAACAGATTTAACTCAAGCAGCTGTTGAATTTAATCAAGCTACTGGAGATTTACTCTCTTCATATTCACCTGGTTCATTTAAACGAACAACACGTCGTTTTACTGGAGCCTATGATTGCTTAACTGATAAAGGCATTGAATTATCTATATGCAATGAAATCCCATCAAATAATCAACAATTTGAACCAGTTGTTAATACTGATCTACTAAATGGACTTATTAATGTTTCAGATCAAAGTTATGTTTTAATGAATGAAGCTAGTCGAGTTTGTGGTCAAACAGAAGCAGAAAATTTAAG                                                                                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL CD065523             [                   ATTAACTCGTTGTTTACGTGGTCTACCTGGACATAGAGAAATTAGTGAAGCTACTTATTTAATTGAACAGAAACGTTCTCAATTAATTCAATATTCACAACCGAATCAAATTAATTTAACAGCACGATTTGTTGAACCAAATGAATATCAACGTAAACAAACAGATTTGACTCAAGCAGCTGTTGAATTTAATCAAGCTACTGGAGATTTACTCTCTTCATATTCACCTGGTTCATTTAAACGAACAACACGTCGTTTTACTGGAGCCTATGATTGCTTAACTGATAAAGGCATTGAATTATCTATATGCAATGAAATCCCATCAAATAATCAACAATTTGAACCAGTTGTTAATACTGATCTACTAAATGGACTTATTAAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]
[+] EMBL CD116169             [                                                              AGTGAAGCTACTTATTTAATTGAACAGAAACGTTCTCAATTAATTCAATATTCACAACCGAATCGAATTAATTTAACAGCACGATTTGTTGAACCAAATGAATATCAACGTAAACAAACAGATTTAACTCAAGCAGCTGTTGAATTTAATCAAGCTACTGGAGATTTACTCTCTTCATATTCACCTGGATCATTTAAGCGAACAACACGTCGTTTTACTGGAGCCTATGATTGCTTAACTGATAAAGGCATTGAATTATCTATATGCAATGAAATCCCATCAAATAATCAACAATTTGAACCAGTTGTTAATACTGATCTACTAAATGGACTTATTAATGTTTCAGATCAAAGTTATGTTTTAATGAATGAAGCTAGTCGAGTTTGTGGTCAACCAGAAGCAGAAAATTTAAGAGGAAAATTCCAATCAGCAGCTAGAGACGTCACAGAAAGCATAAGTCAGTTATTGACAATTTGCACTTCAGGTGTTAGTCCTG                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL CD116268             [                                                              AGTGAAGCTACTTATTTAATTGAACAGAAACGTTCTCAATTAATTCAATATTCACAACCGAATCAAATTAATTTAACAGCACGATTTGTTGAACCAAATGAATATCAACGTAAACAAACAGATTTAACTCAAGCAGCTGTTGAATTTAATCAAGCTACTGGAGATTTACTCTCTTCATATTCACCTGGTTCATTTAAACGAACAACACGTCGTTTTACTGGAGCCTATGATTGCTTAACTGATAAAGGCATTGAATTATCCATATGCAATGAAATCCCATCAAATAATCAACAATTTGAACCAGTTGTTAATACTGATCTACTAAATAGACTTATTAATGTTTCAGATCAAAGTTATGTTTTAATGAATGAAGCTAGTCGAGTTTGTGGTCAACCAGAAGCAGAAAATTTAAGAGGAAAATTCCATTCA                                                                                                                                                                                                                           ]
[-] EMBL CD181241             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gCAGAAGCTAGAGATGTCACAGAAAGCATAAGTCAGTTATTGACAATTTGCACTTCAGGTGTTAGTCCTGATCAACGAGAATGCGAAGCAGCGATTCGACGCTTGGATTCATTTCGTCCATTATTGTTAAATCCAAATAGACCATTAAATCAGCATAGTTATTATGATTGTGTGGATACTGTGGCGAAAAGTCTTGAGCCATTGGCGGAAAGTTTAAGGACG]




>consensus_9052#0
TCACGGAACTTAATGAAACATTACTCGTGTTTACGTGGTCTACCTGGACATAGAGAAATT
AGTGAAGCTACTTATTTAATTGAACAGAAACGTTCTCAATTAATTCAATATTCACAACCG
AATCAAATTAATTTAACAGCACGATTTGTTGAACCAAATGAATATCAACGTAAACAAACA
GATTTAACTCAAGCAGCTGTTGAATTTAATCAAGCTACTGGAGATTTACTCTCTTCATAT
TCACCTGGTTCATTTAAACGAACAACACGTCGTTTTACTGGAGCCTATGATTGCTTAACT
GATAAAGGCATTGAATTATCTATATGCAATGAAATCCCATCAAATAATCAACAATTTGAA
CCAGTTGTTAATACTGATCTACTAAATGGACTTATTAATGTTTCAGATCAAAGTTATGTT
TTAATGAATGAAGCTAGTCGAGTTTGTGGTCAACCAGAAGCAGAAAATTTAAGAGGAAAA
TTCCAATCAGCAGCTAGAGACGTCACAGAAAGCATAAGTCAGTTATTGACAATTTGCACT
TCAGGTGTTAGTCCTGATCAACGAGAATGCGAAGCAGCGATTCGACGCTTGGATTCATTT
CGTCCATTATTGTTAAATCCAAATAGACCATTAAATCAGCATAGTTATTATGATTGTGTG
GATACTGTGGCGAAAAGTCTTGAGCCATTGGCGGAAAGTTTAAGGACG

consensusID : consensus_9052#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 649
fasta sequence

                              [TAGAAACTAGTCTAATGCAAGGTACACTAACTCCAATACCTGAACAAAAGGTTGAAGATTGTTGTCATTTAGTAAATATCAGTGTCCATGATGGAACTGAGTCAGCGAAAAAATTAGATTCCATTATAAATTCCATGGCTAAAATGGATTCAGCTGTATTAAATCAACCGGAATTAGCAGGTCAGTCAGCTGATCGTTTAGCATCAGCTATGACTGGACTTGTACATGCAACTCGTGGTATAATAGCTGATCAAAATAGTCTTATTATTAATGGTAGTAATAGTAATAATAATACATCAGCTGCTGAGTCAACACGCCGAGCTGTTATTCAAGATATTCGACAAGCTGTTCAATTATCATATGAATTAGTAAGAGCAGTAAAAGATACACGAATAGCATGTGATGCTAAACAACCAGCTAATGCAGCAACAGTTCAAAGTCATAGTCAACAATTAACTACACAATTAATTGAAACATTAACTCGTTGTTTACGTGGTCTACCTGGACATAGAGAAATTAGTGAAGCTACTTATTTAATTGAACAGAAACGTTCTCAATTAATTCAATATTCACAACCGAATCAAATTATTTTAACAGCACGATTTGTTGAACCAGATGAATATGCACGTAAACAAACAGATTTAACTCG]

[-] EMBL CD188454             [TAGAAACTAGTCTAATGCAAGGTACACTAACTCCAATACCTGAACAAAAGGTTGAAGATTGTTGTCATTTAGTAAATATCAGTGTCCATGATGGAACTGAGTCAGCGAAAAAATTAGATTCCATTATAAATTCCATGGCTAAAATGGATTCAGCTGTATTAAATCAACCGGAATTAGCAGGTCAGTCAGCTGATCGTTTAGCATCAGCTATGACTGGACTTGTACATGCAACTCGTGGTATAATAGCTGATCAAAATAGTCTTATTATTAATGGTAGTAATAGTAATAATAATACATCAGCTGCTGAGTCAACACGCCGAGCTGTTATTCAAGATATTCGACAAGCTGTTCAATTATCATATGAATTAGTAAGAGCAGTAAAAGATACACGAATAGCATGTGATGCTAAACAACCAGCTAATGCAGCAACAGTTCAAAGTCATAGTCAACAATTAACTACACAATTAATTGAAACATTAACTCGTTGTTTA                                                                                                                                                              ]
[+] EMBL CD189805             [                                                                                                                                                                                                            CAGCTATGACTGGACTTGTACATGCAACTCGTGGTATAATAGCTGATCAAAATAGTCTTATTATTAATGGTAGTAATAGTAATAATAATACATCAGCTGCTGAGTCAACACGCCGAGCTGTTATTCAAGATATTCGACAAGCTGTTCAATTATCATATGAATTAGTAAGAGCAGTAAAAGATACACGAATAGCATGTGATGCGAAACAACCAGCTAATGCAGCAACAGTTCAAAGTCATAGTCAACAATTAACTACACAATTAATTGAAACATTAACTCGTTGTTT                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL CD181547             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CAAGATATTCGACAGGCTGTTCAATTATCATATGAATTAGTAAGAGCAGTAAAAGATACGCGAATAGCTTGTGATGCTAAACAACCAGCTAATGCAGCAACAGTTCAAAGTCATAGTCAACAATTAACTACACAATTATTTGAAACATTAACTCGTTGTTTACGTGGTCTACCTGGACATAGAGAAATTAGTGAAGCTACTTATTTAATTGAACAGAAACGTTCTCAATTAATTCAATATTCACAACCGAATCAAATTATTTTAACAGCACGATTTGTTGAACCAGATGAATATGCACGTAAACAAACAGATTTAACTCG]




>consensus_9052#1
TAGAAACTAGTCTAATGCAAGGTACACTAACTCCAATACCTGAACAAAAGGTTGAAGATT
GTTGTCATTTAGTAAATATCAGTGTCCATGATGGAACTGAGTCAGCGAAAAAATTAGATT
CCATTATAAATTCCATGGCTAAAATGGATTCAGCTGTATTAAATCAACCGGAATTAGCAG
GTCAGTCAGCTGATCGTTTAGCATCAGCTATGACTGGACTTGTACATGCAACTCGTGGTA
TAATAGCTGATCAAAATAGTCTTATTATTAATGGTAGTAATAGTAATAATAATACATCAG
CTGCTGAGTCAACACGCCGAGCTGTTATTCAAGATATTCGACAAGCTGTTCAATTATCAT
ATGAATTAGTAAGAGCAGTAAAAGATACACGAATAGCATGTGATGCTAAACAACCAGCTA
ATGCAGCAACAGTTCAAAGTCATAGTCAACAATTAACTACACAATTAATTGAAACATTAA
CTCGTTGTTTACGTGGTCTACCTGGACATAGAGAAATTAGTGAAGCTACTTATTTAATTG
AACAGAAACGTTCTCAATTAATTCAATATTCACAACCGAATCAAATTATTTTAACAGCAC
GATTTGTTGAACCAGATGAATATGCACGTAAACAAACAGATTTAACTCG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9052#0      TCACGGAACTTAATGAAACATTACTCGTGTTTACGTGGTCTACCTGGACATAGAGAAATT 60
consensus_9052#1      ---TAGAAACTAGTCTAATGCAAGGTACACTAACTCCAA-TACCTGAACA---AAAGGTT 53
                           ***  ** *  **    *       * **      ****** ***   * *  **

consensus_9052#0      AGTGAAGCTACTTATTTAATTGAACAGAAACGTTCTCAATTAATTCAATATTCACAACCG 120
consensus_9052#1      GAAGATTGTTGTCATTTAGT-AAATATCAGTGTCCATGATGGAACTGA-GTCAGCGAAAA 111
                         **   *  * ***** *  ** *  *  ** *   **  *    *  *   * *   

consensus_9052#0      AATCAAATTAATTTAACAGCACGATTTGTTGAACCAAATGAATATCAACGTAAACAAACA 180
consensus_9052#1      AATTAGATTCCATTATAA-----ATTCCATGGCTAAAATGGATTCAGCTGTA-------- 158
                      *** * ***   ***  *     ***   **    ***** **      ***        

consensus_9052#0      GATTTAACTCAAGCAGCTGTTGAATTTAATCAAGCTACTGGAGATTTACTCTCTTCATAT 240
consensus_9052#1      ---TTAAATCAACCGGAATTAGCA---GGTCAGTCAGCTGATCGTTTAG---CATCAGCT 209
                         **** **** * *   * * *     ***  *  ***    ****    * ***  *

consensus_9052#0      TCACCTGGTTCATTTAAACGAACAACACGTCGTTTTACTGGAGCCTATGATTGCTTAACT 300
consensus_9052#1      ATGACTGG---ACTTGTACATGCAACTCGTGGTATAATAGCTGATCAAAATAGTCTTATT 266
                          ****   * **  **   **** *** ** * *  *  *   *  ** *  * * *

consensus_9052#0      GATAAAGGCATTGAATTATCTATATGCAATGAAATCCCATCAAATAATCAACAATTTGAA 360
consensus_9052#1      ATTAATGGTAGTA--------ATA-GTAATAATAATACATCAGCTGCTGAGTCAACACGC 317
                        *** ** * *         *** * *** * *   *****  *  * *   *      

consensus_9052#0      CCAGTTGTTAATACTGATCTACTAAATGGACTTATTAATGTTTCAGATCAAAGTTATGTT 420
consensus_9052#1      CGAGCTGTTATT--CAAGATATTCGACAAGCTGTTCAAT-TATCATATGAATTAGTAAGA 374
                      * ** ***** *    *  ** *  *    **  * *** * *** ** **         

consensus_9052#0      TTAATGAATGAAGCTAGTCGAGTTTGTGGTCAACCAGAAGCAGAAAATTTAAGAGGAAAA 480
consensus_9052#1      GCAGTAAAAGATACACGAATAGCATGTGATGCTAAACAACCAGCTAATGCAGCA--ACAG 432
                        * * ** **  *  *   **  **** *     * ** ***  ***  *  *  * * 

consensus_9052#0      TTCCAATCAGCAGCTAGAGACGTCACAGAAAGCATAAGTCAGTTATTGACAATTTGCACT 540
consensus_9052#1      TTCAAAGTCATAGTCAACAAT-TAACTACACAATTAATTGAAACATT---AACTCGTTGT 488
                      *** **     **  *   *  * **   *    *** * *   ***   ** * *   *

consensus_9052#0      TCAGGTGTTAGTCCTGATCAACGAGAATGCGAAGCAGCGATTCGACGCTTGGATTCATTT 600
consensus_9052#1      TTACGTGGTCTACCTGGACATAGAGAAATTAGTGAAGCTACTTA----TTTAATTGAACA 544
                      * * *** *   ****  **  *****      * *** * *      **  *** *   

consensus_9052#0      CGTCCATTATTGTTAAATCCAA-ATAGACCATTAAATCAGCATAGTTATTATGATTGTGT 659
consensus_9052#1      GAAACGTTCTCAATTAATTCAATATTCACAACCGAATCA----AATTATTTTAACAGCAC 600
                          * ** *   * *** *** **  ** *   *****    * ***** * *  *   

consensus_9052#0      GGATACTGTGGCGAAAAGTCTTGAGCCATTGGCGGAAAGTTTAAGGACG 708
consensus_9052#1      GATTTGTTGAACCAGATGAATATGCACGTAAACAAACAGATTTAACTCG 649
                      *  *  *    * * * *  *     * *   *  * ** ** *   **