cluster # 9171

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Schistosoma mansoni
cluster # 9171 cluster # 9171 Sequences # 8 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_9171#0 length = 938 sequences # 3

consensus_9171#1 length = 716 sequences # 4
consensus_9171#2 length = 145 sequences # 1

consensusID : consensus_9171#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 938
fasta sequence

                              [TCGTATCATTTTCTTAGCTTTACTCCCCTACTTTCCTTTTATCTCTAAGTGTTTATCTTTATGTTGTAAGTCTATTCTTTCTTAATGTTTTATGTGTAAACATAGTTAGAAAGATACTATTTATATTTCTGGAAGAGATTATGTTATGTTCAATGGTCTATATTGTTTTCACTCTTGAAACTATATTGTATTTCAGAAATACTCCTTCGTTGTTAATGGTTTACATCTATATGTGTGATATATGTTTAAGTCTTTCGTTCTTTTCCTCTTCAATGTTTATCACCGCTTGTTCTTACATATTTTTCTGATGATTCGTAGATCTCCCTTTATCTCCTCTTCAGTGTCTTGTTGATTGTTTTTCTTTTCCAATGTTTATTTATGAATGAATGTTAAAACTTTATGGCAATATCACTATTTGCTTATTCTATCAGCTTACATATTTTCTAGCGCCATGTTATACTGTGATATTTACATCATACATATATATATATATATGCATCTTATTATTCAATTTCAGGGTCAACATAAATACATCCCATTCGCTATTTTCTAATTGGTTATCTAAGTGCGTGTGTGTATGCGTGTAGATAAGACCGCTTATTTTGAATACTCTTCTTTGATTGGTTGATTGGTTGCGTGTGTATGTGTTTATTTTAATTTGTCGTCAATGTCCTTCGCAAGGTCAAAAATGGTTTGTGTTTTTTTGCATTTTGTTGGTTTCTTATTGGTTAGTTAATCCTATATATATAAATGTACGTTAATAGTGCAAGCAGCTTACAAATTTTTTCTTACATTAAATTGTATTCTTCATATCTCCGTTTTTTGTGTGATCAACTAGAGAGTAATTAAGATATTCGATTTGTTGATGGCACATAAAAACATTGGTAATGATGATGTTGGTGTTGNTGNTGTTTCTATGCATTAAGTACTACTATTAA]

[+] EMBL CD080263             [TCGTATCATTTTCTTAGCTTTACTCCCCTACTTTCCTTTTATCTCTAAGTGTTTATCTTTATGTTGTAAGTCTATTCTTTCTTAATGTTTTATGTGTAAACATAGTTAGAAAGATACTATTTATATTTCTGGAAGAGATTATGTTATGTTCAATGGTCTATATTGTTTTCACTCTTGAAACTATATTGTATTTCAGAAATACTCCTTCGTTGTTAATGGTTTACATCTATATGTGTGATATATGTTTAAGTCTTTCGTTCTTTTCCTCTTCAATGTTTATCACCGCTTGTTCTTACATATTTTTCTGATGATTCGTAGATCTCCCTTTATCTCCTCTTCAGTGTCTTGTTGATTGTTTTTCTTTTCCAATGTTTATTTATGAATGAATGTTAAAACTTTATGGCAATATCACTATTTGCTTATTCTATCAGCTTACATATTTTCTAGCGCCATGTTATACTGTGATATTTACATCATACATATATATATATATATGCATCTTATTATTCAATTTCAGGGTCAACATAAATACATCCCATTCGCTATTNTCTAATTGGTTATCTAAGTGCGTGTGTGTATGCGTGTAGATAAGACCGCTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]
[+] EMBL CD078496             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATTGTTTTTCTTTTCCAATGTTTATTTATGAATGAATGTTAAAACTTTATGGCAATATCACTATTTGCTTATTCTATCAGCTTACATATTTTCTAGCGCCATGTTATACTGTGATATTTACATCATACATATATATATATATATGCATCTTATTATTCAATTTCAGGGTCAACATAAATACATCCCATTCGCTATTTTCTAATTGGTTATCTAAGTGCGTGTGTGTATGCGTGTAGATAAGACCGCTTATTTTGAATACTCTTCTTTGATTGGTTGATTGGTTGCGTGTGTATGTGTTTATTTTAATTTGTCGTCAATGTCCTTCGCAAGGTCAAAAATGGTTTGTGTTTTTTTGCATTTTGTTGGTTTCTTATTGGTTAGTTAATCCTATATATATAAATGTACGTTAATAGTGCAAGCAGCTTACAAATTTTTTCTTACATTAAATTGTATTCTTCATATCTCCGTTTTTTGTGTGATCAACTAGAGAGTAATTAAGATATTCGATTTGTTGATGGCACATAAAAACATTGGTAATGATGATGTTGGTGTTGNTGNTGTTTCTATGCATTAAGTACTACTATTAA]
[-] EMBL BF936135             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GTTTATTTATGAATGAATGTTAAAACTTTATGGCAATATCACTATTTGCTTATTCTATCAGCTTACATATTTTCTAGCGCCATGTTATACTGTGATATTTCCATCATACATATATATATATATATGCATCTTATTATTCAATTTCAGGGTCAACATAAATACATCCCATTCGCTATTTTCTAATTGGTTATCTAAGTGCGTGTGTGTATGCGTGTAGATAAGACCGCTTATTTTGAATACTCTTCTTTGATTGGTTGATTGGTTGCGTGTGTATGTGTTTATTTTAATTTGTCGTCAATGTCCTTCGCAAGGTCAAAAATGGTTTGTGTTTTTTTGCATTTTGTTGGTTTCTTATTGGTTAGTTAATCCTATATATATAAATGTACGTTAATAGTGCAAGCAGCTTACAAATTTTTTCTTACATTAAATTGTATTCTTCATATCTCCGTTTTTTGTGTGATCAACTAGAGAGTAATTAAGATATTCGATTTGTTGATGGCACATAAAAACATTGGTAATGATGATGTTGGTGTTGTTGTTGTTTCTATGCATTAAGT           ]




>consensus_9171#0
TCGTATCATTTTCTTAGCTTTACTCCCCTACTTTCCTTTTATCTCTAAGTGTTTATCTTT
ATGTTGTAAGTCTATTCTTTCTTAATGTTTTATGTGTAAACATAGTTAGAAAGATACTAT
TTATATTTCTGGAAGAGATTATGTTATGTTCAATGGTCTATATTGTTTTCACTCTTGAAA
CTATATTGTATTTCAGAAATACTCCTTCGTTGTTAATGGTTTACATCTATATGTGTGATA
TATGTTTAAGTCTTTCGTTCTTTTCCTCTTCAATGTTTATCACCGCTTGTTCTTACATAT
TTTTCTGATGATTCGTAGATCTCCCTTTATCTCCTCTTCAGTGTCTTGTTGATTGTTTTT
CTTTTCCAATGTTTATTTATGAATGAATGTTAAAACTTTATGGCAATATCACTATTTGCT
TATTCTATCAGCTTACATATTTTCTAGCGCCATGTTATACTGTGATATTTACATCATACA
TATATATATATATATGCATCTTATTATTCAATTTCAGGGTCAACATAAATACATCCCATT
CGCTATTTTCTAATTGGTTATCTAAGTGCGTGTGTGTATGCGTGTAGATAAGACCGCTTA
TTTTGAATACTCTTCTTTGATTGGTTGATTGGTTGCGTGTGTATGTGTTTATTTTAATTT
GTCGTCAATGTCCTTCGCAAGGTCAAAAATGGTTTGTGTTTTTTTGCATTTTGTTGGTTT
CTTATTGGTTAGTTAATCCTATATATATAAATGTACGTTAATAGTGCAAGCAGCTTACAA
ATTTTTTCTTACATTAAATTGTATTCTTCATATCTCCGTTTTTTGTGTGATCAACTAGAG
AGTAATTAAGATATTCGATTTGTTGATGGCACATAAAAACATTGGTAATGATGATGTTGG
TGTTGNTGNTGTTTCTATGCATTAAGTACTACTATTAA

consensusID : consensus_9171#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 716
fasta sequence

                              [CGGCACGAGCGTTTAATNNTTGTCGGCAATGTTCCTTCGCAAGGTCAAAAATGGTTTGTGTTTTTTTGCATTTTGTTGGTTTCTTATTGGTTAGTTAATCCTATATATATAAATGTACGTTAATAGTGCAAGCAGCTTACAAATTTTTTCTTACATTAAATTGTATTCTTCATATCTCCGTTTTTTGTGTGATCAACTAGAGAGTAATTAAGATATTCGATTTGTTGATGGCACATAAAAACATTGGTAATGATGATGTTGGTGTTGTTGTTGTTTCTATGCATTAAGTACTACTATTAAAGGAAGAAATAAAAAAAATGAAATTTGATGCCCTAATCAAACAACTTCTTTAGTAGTCATTTGTGTGTAAACAATATATATAATTGATGTTATTTATTTATATTGAATATTGCAATGATTATCCTTTTCTCTATCTTTGTTCACCCCCCCCCCAGCCCCAACACCAATTTTTCTCCAATCTATTTTTTTGTTGCTTCAGTTTATTAATTAAATGGTTATGATTATTTTCTTAAATGTTAATCAATGTGAATTGATTCGTTTGTTTGTTTATTTATTTATTTTTCTGTTTATTTGTTTATTTTGTTCGTGTGTGGGTGTGTGTACGTGCGTGCGTGCTTGTGTTTATGTCTGTGCATTTGAGTTGGGATAATTATTAGTAATAATAAACTCTTAAAACAAAAAAATAAAATGATTTA]

[+] EMBL CD081693             [CGGCACGAGCGTTTAATNNTTGTCGGCAATGTTCCTTCGCAAGGTCAAAAATGGTTTGTGTTTTTTTGCATTTTGTTGGTTTCTTATTGGTTAGTTAATCCTATATATATAAATGTACGTTAATAGTGCAAGCAGCTTACAAATTTTTTCTTACATTAAATTGTATTCTTCATATCTCCGTTTTTTGTGTGATCAACTAGAGAGTAATTAAGATATTCGATTTGTTGATGGCACATAAAAACATTGGTAATGATGATGTTGGTGTTGTTGTTGTTTCTATGCATTAAGTACTACTATTAAAGGAAGAAATAAAAAAAATGAAATTTGATGCCCTAATCAAACAACTTCTTTAGTAGTCATTTGTGTGTAAACAATATATATAATTGATGTTATTTATTTATATTGAATATTGCAATGATTATCCTTTTCTCTATCTTTGTTCACCCCCCCCCCAGCCCCAACACCAATTTTTCTCCAATCTATTTTTTTGTTGCTTCAGTTTATTAATTAAATGGTTATGATTATTTTCTTAAATGTTAATCAATGTGAATTGATTCGTTTGTTTGTTTATTTATTTATTTTTCTGTTTATTTGTTTATTTTGTTCGTGTGTGGGTGTGTGTACGTGCGTGCGTGCTTGTGTTTATGTCTGTGCATTTGAGTTGGGATAATTATTAGTAATAATAAACTCTTAAAACAAANAAATAAAATG     ]
[-] EMBL CD072967             [                                                                                                                                                                                                            TAATTAAGATATTCGATTTGTTGATGGCACATAAAAACATTGGTAATGATGATGTTGGTGTTGTTGTTGTTTNTATGCATTAAGTACTACTATTAAAGGAAGAAATAAAAAAAATGAAATTTGATGCCCTAATCAAACAACTTCTTTAGTAGTCATTTGTGTGTAAACAATATATATAATTGATGTTATTTATTTATATTGAATATTGCAATGATTATCCTTTTCTCTATNTTTGTTCACCCCCCCCCCAGCCCCAACACCAATTTTTCTCCAATCTATTTTTTTGTTGCTTCAGTTTATTAATTAAATGGTTATGATTATTTTCTTAAATGTTAATCAATGTGAATTGATTCGTTTGTTTGTTTATTTATTTATTTTTCTGTTTATTTGTTTATTTTGTTCGTGTGTGGGTGTGTGTACGTGCGTGCGTGCTTGTGTTTATGTCTGTGCATTTGAGTTGGGATAATTATTAGTAATAATAAACTCTTAAAACAAAAAAATAAAATGATTTA]
[-] EMBL CD074181             [                                                                                                                                                                                                                                           TAAAAACATTGGTAATGATGATGTTGGTGTTGTTGTTGTTTCTATGCATTAAGTACTNCTATTAAAGGAAGAAATAAAAAAAATGAAATTTGATGCCCTAATCAAACAACTTCTTTAGTAGTCATTTGTGTGTAACCAATATATATAATTGATGTTATTTATTTATATTGAATATTGCAATGATTATCCTTTTCTCTATCTTTGTTCACCCCCCCCCCAGCCCC ACACCAATTTTTCTCCAATCTATTTTTTTGTTGCTTCAGTTTATTAATTAAATGGTTATGATTATTTTCTTAAATGTTAATCAATGTGAATTGATTCGTTTGTTTGTTTATTTATTTATTTTTCTGTTTATTTGTTTATTTTGTTCGTGTGTGGGTGTGTGTACGTGCGTGCGTGCTTGTGTTTATGTCTGTGCATTTGAGTTGGGATAATTATTAGTAATAATAAACTCTTAAACCAAAAAAATAAAATGA    ]
[+] EMBL AA559662             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CTCCAATCTATTTTTTTGTTGCTTCAGTTTATNAATTAAATGGTTATGATTATTTNCTTAAATGTTAATCAATGTGAATTGATTCGTTTGTTTGTTTATTTATTTATTTTNCTGTTTATTTGTTTATTTTGTCCGTGTGTGGGTGTGTGTGCGTGCGTACGTGCTTGTGTTTATGTCTGTGCATTTGAGTTGGGATAATTATTAGTAATAATAAACTCTTAAAACAAAAAAATAAAATGATT  ]




>consensus_9171#1
CGGCACGAGCGTTTAATNNTTGTCGGCAATGTTCCTTCGCAAGGTCAAAAATGGTTTGTG
TTTTTTTGCATTTTGTTGGTTTCTTATTGGTTAGTTAATCCTATATATATAAATGTACGT
TAATAGTGCAAGCAGCTTACAAATTTTTTCTTACATTAAATTGTATTCTTCATATCTCCG
TTTTTTGTGTGATCAACTAGAGAGTAATTAAGATATTCGATTTGTTGATGGCACATAAAA
ACATTGGTAATGATGATGTTGGTGTTGTTGTTGTTTCTATGCATTAAGTACTACTATTAA
AGGAAGAAATAAAAAAAATGAAATTTGATGCCCTAATCAAACAACTTCTTTAGTAGTCAT
TTGTGTGTAAACAATATATATAATTGATGTTATTTATTTATATTGAATATTGCAATGATT
ATCCTTTTCTCTATCTTTGTTCACCCCCCCCCCAGCCCCAACACCAATTTTTCTCCAATC
TATTTTTTTGTTGCTTCAGTTTATTAATTAAATGGTTATGATTATTTTCTTAAATGTTAA
TCAATGTGAATTGATTCGTTTGTTTGTTTATTTATTTATTTTTCTGTTTATTTGTTTATT
TTGTTCGTGTGTGGGTGTGTGTACGTGCGTGCGTGCTTGTGTTTATGTCTGTGCATTTGA
GTTGGGATAATTATTAGTAATAATAAACTCTTAAAACAAAAAAATAAAATGATTTA

consensusID : consensus_9171#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 145
fasta sequence

                              [CAGCCAGAATTCTGCACGAGGCGCCATGTTATACTGTGATATTTACATCATACATATATATATATATATGCATCTTATTATTCAATTTCAGGGTCAACATAAATACATCCCATTCGCTATTTTCTAATTGGTTATCTAGCGGGGG]

[+] EMBL CD080810             [CAGCCAGAATTCTGCACGAGGCGCCATGTTATACTGTGATATTTACATCATACATATATATATATATATGCATCTTATTATTCAATTTCAGGGTCAACATAAATACATCCCATTCGCTATTTTCTAATTGGTTATCTAGCGGGGG]




>consensus_9171#2
CAGCCAGAATTCTGCACGAGGCGCCATGTTATACTGTGATATTTACATCATACATATATA
TATATATATGCATCTTATTATTCAATTTCAGGGTCAACATAAATACATCCCATTCGCTAT
TTTCTAATTGGTTATCTAGCGGGGG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9171#0      ---------TCGTATCATTTTCTTAGCTTTACTCCCCTACTTTCCTTTTATCTCTAAGTG 51
consensus_9171#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9171#1      CGGCACGAGCGTTTAATNNTTGTCGGCAATGTTCCTTCGCAAGGTCAAAAATGGTTTGTG 60
                                                                                  

consensus_9171#0      TTTATCTTTATGTTGTAAGTCTATTCTTTCTTAATGTTTTATGTGTAAACATAGTTAGAA 111
consensus_9171#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9171#1      TTTTTTTGCATTTTGTTGGTTTCTTATTGGTTAGTTAATCCTATATATATAAATGTACGT 120
                                                                                  

consensus_9171#0      AGATACTATTTATATTTCTGGAAGAGATT---ATGTTATGTTCAATGGTCTATATTGTTT 168
consensus_9171#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9171#1      TAATAGTGCAAGCAGCTTACAAATTTTTTCTTACATTAAATTGTATTCTTCATATCTCCG 180
                                                                                  

consensus_9171#0      TCACTCTTGAAACTATATTGTATTTCAGAAATACTCCTTCGTTGTTAATGGTTTACATCT 228
consensus_9171#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9171#1      TTTTTTGTGTGATCAACTAGAGAGTAATTAAGATATTCGATTTGTTGATGGCACATAAAA 240
                                                                                  

consensus_9171#0      ATATGTGTGATATATGTTTAAGTCTTTCGTTCTTTTCCTCTTCAATGTTTATCACCGCTT 288
consensus_9171#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9171#1      ACATTGGTAATGATGATGTTGGTGTTGTTGTTGTTTCTATGCATTAAGTACTACTATTAA 300
                                                                                  

consensus_9171#0      GTTCTTACATATTTTTCTGATGATTCGTAGATCTCCCTTTATCTCCTCTTCAGTGTCTTG 348
consensus_9171#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9171#1      AGGAAGAAATAAAAAAAATGAAATTTGATGCCCTAATCAAACAACTTCTTTAGTAGTCAT 360
                                                                                  

consensus_9171#0      TTGATTGTTTTTCTTTTCCAATGTTTAT-TTATGAATGAATGTTAAAACTTTATGGCAAT 407
consensus_9171#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9171#1      TTGTGTGTAAACAATATATATAATTGATGTTATTTATTTATATTGAATATTGCAATGATT 420
                                                                                  

consensus_9171#0      ATCACTATTTGCTTATTCTATCAGCTTACATATTTTCTA--GCGCCATGTTATACTGTGA 465
consensus_9171#2      ---------------------CAGCCAGAATTCTGCACGAGGCGCCATGTTATACTGTGA 39
consensus_9171#1      ATCCTTTTCTCTATCTTTGTTCACCCCCCCCCCAGCCCCAACACCAATTTTTCTCCAATC 480
                                           ** *                   * ** **   *     

consensus_9171#0      TATTTACATCATACATATATATATATAT---ATGCATCTTATTATTCAATTTCAGG---G 519
consensus_9171#2      TATTTACATCATACATATATATATATAT---ATGCATCTTATTATTCAATTTCAGG---G 93
consensus_9171#1      TATTTTTTTGTTGCTTCAGTTTATTAATTAAATGGTTATGATTATTTTCTTAAATGTTAA 540
                      *****   *  * * *   * ***  **   ***  * * ******   **  * *    

consensus_9171#0      TCAACATAAATACATCCCATTCGCTATTT-TCTAATTGGTTATCTAAGTGCGTGTGTGTA 578
consensus_9171#2      TCAACATAAATACATCCCATTCGCTATTT-TCTAATTGGTTATCTA-GCGGGGG------ 145
consensus_9171#1      TCAATGTGAATTGATTCGTTTGTTTGTTTATTTATTTATTTTTCTGTTTATTTGTTTATT 600
                      ****  * ***  ** *  **   * *** * ** **  ** ***        *      

consensus_9171#0      TGCGTGTAGATAAGACCGCTTATTTTGAATACTCTTCTTTGATTGGTTGATTGGTTGCGT 638
consensus_9171#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9171#1      TTGTTCGTGTGTGGGTGTGTGTACGTGCGTGCGTGCTTGTGTTTATGTCTGTGCATTTGA 660
                                                                                  

consensus_9171#0      GTGTATGTGTTTATTTTAATTTGTCGTCAATGTCCTTCGCAAGGTCAAAAATGGTTTGTG 698
consensus_9171#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9171#1      GTTGGGATAATTATTAGTAATAATAAACTCTTAAAACAAAAAAATAAAATGATTTA---- 716
                                                                                  

consensus_9171#0      TTTTTTTGCATTTTGTTGGTTTCTTATTGGTTAGTTAATCCTATATATATAAATGTACGT 758
consensus_9171#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9171#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9171#0      TAATAGTGCAAGCAGCTTACAAATTTTTTCTTACATTAAATTGTATTCTTCATATCTCCG 818
consensus_9171#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9171#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9171#0      TTTTTTGTGTGATCAACTAGAGAGTAATTAAGATATTCGATTTGTTGATGGCACATAAAA 878
consensus_9171#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9171#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9171#0      ACATTGGTAATGATGATGTTGGTGTTGNTGNTGTTTCTATGCATTAAGTACTACTATTAA 938
consensus_9171#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9171#1      ------------------------------------------------------------