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Schistosoma mansoni
cluster # 9189 cluster # 9189       Sequences # 8       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_9189#0 length = 917 sequences # 7  
consensus_9189#1 length = 540 sequences # 1  

consensusID : consensus_9189#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 7
consensus length = 917
fasta sequence
                              [CCCAAGTGCATGAAAAGTTAATTGATTCTCACTTAATAAAAACAGCTCAAATATTGGAAGATACGTTAGATGAACAAATTAATCGTTTGGATAATTTAAATGATGATGACTTGGAAGCTATTCGACAACTTCGAATTAAGCAAATGAAAGAAGAATCAAAACAACGTTCTGAATGGTTAGCTTTAGGACATGGTGTTTATTCTGAATTATCAAGTGAAAAAGACTTTTTTACTGCCTGTAAAACATCATCATTTGGCCTTGTTTGTCATTTTTATCGTGATTCAACATTTCGATGTAAAATTCTAGATAAACATTTAAGCTTATTAGCTTCGAAACATATTGAATGTAGAATGGTGAAGATAAATGCGGAGAAAGCGCCATTTTTAACAAAACGATTAAATATTCTAGTTATACCAACTTTAATTCTTGTTAAAAATGAAAAAGTATGCGATCGTATTGTTGGATTTGATGAACTTGGTGGTCATGATGAATTCTCTACTGCTATGCTTGAATGGCGTTTAGCTGTTGGTAAAGTGATTAAATATTCCGGTGATTTAACAGTTCCACCAGATATG-ACCAAAAGAA-TCTACATGTAGTAATTTATCGAATATCACTAAAAAACTATATGACAATAAATCTATATATAGTGAATGTTTTGACAATAACGCTGATGATGATGACGAAGATAGTGATTAATTAAATATTGTTACGCTAGCTGTAACTTTCTCATTGTCTATGTAACAATCTAGTTTTACGTGGCATGTTCTTTAGAAAAAAAATTTGTGACCATTATCTTTATATTCACATGTAAATATACAGAAATACAAATGACGGATCATATCTTACTTCTGAATAATGTGTCTTTGAGTTTTTGACTTCTCNCATGTTCAAAAGAAAAATGAAGGAATACACCTTCT]

[+] EMBL CD071783             [CCCAAGTGCATGAAAAGTTAATTGATTTTCCCTTAATAAAAACAGCTCAAATATTGGAAGATACGTTAGATGAACAAATTAATCGTTTGGATAATTTAAATGATGATGACTTGGAAGCTATTCGACAACTTCGAATTAAGCAAATGAAAGAAGAATCAAAACAACGTTCTGAATGGTTAGCTTTAGGACATGGTGTTTATTCTGAATTATCAAGTGAAAAAGACTTTTTTACTGCCTGTAAAACATCATCATTTGGCCTTGTTTGTCATTTTTATCGTGATTCAACATTTCGATGTAAAATTCTAGATAAACATTTAAGCTTATTAGCTTCGAAACATATTGAATGTAGAATGGTGAAGATAAATGCGGAAAAAGCGCCATTTTTAACAANACGATTAAATATTCTAGTTATACCAACTTTAATTCTTGTTAAAAATG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[+] EMBL CD201275             [                    ATTGAGTCTCAGTTAATAAAAACAGCTCAAATATTGGAAGATACGTTAGATGAACAAATTAATCGTTTGGATAATTTAAATGATGATGACTTGGAAGCTATTCGACAACTTCGAATTAAGCAAATGAAAGAAGAATCAAAACAACGTTCTGAATGGTTAGCTTTAGGACATGGTGTTTATTCTGAATTATCAAGTGAAAAAGACTTTTTTACTGCCTGTAAAACATCATCATTTGGCCTTGTTTGTCATTTTTATCGTGATTCAACATTTCGATGTAAAATTCTAGATAAACATTTAAGCTTATTAGCTTCGAAACATATTGAATGTAGAATGGTGAAGAATAATGCGGAGAAAGCGCCATTTTT ACAAAACGATTAAATATTCTAGTTATACCna                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL CD201266             [                    ATTGATTCTCAATTAATAAAAACAGCTCGCATATTGGAAGATACGTTAGATGAACAGGTTAATCGTTTGGATAATTTAAATGATGATGACTTGGAAGCTATTCAACAACTTCGAATTAAGCAAATGAGACAAGAATCAAAACAACGTTCTGAATGGTTATCTTTAGGACATGGTGTTTATTCTGAATTATCAAGTGAAAAAGACTTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL CD201265             [                    gTTGATTCTCACTTAATAAAAACCGCTCGAATATTGGAAGATACGGTAGATGAACAAATTAATCGTTTGGATAATTTAAATGATGATGACTTGGAAGCTATTCGACAACTTCGAATTAAGCAAATGAAAGAAGAATCAAAACAACGTTCTGAATGGTTAGATTTAGGACATGGTGTTTATTCTGAATTATCAAGTGAAAAAGACTTTTTTACTGCCTGTAAAACATCATCATTTGGCCTTGTTTGTCATTTTTATCGTGATTNCACATTTCGATGTAAAATTCTAGATAAACATTTAAGCTTATTAGCTTCTAAACATA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL CD083712             [                                                       ggcacgaggGTTAGAT AACAAATTAATCGTTTGGAT ATTTAAATGATGATGACTTGGAAGCTATTCGACAACTTCGAATTAAGCAAATGAAAGAAGAATCAAAACAACGTTCTGAATGGTTAGCTTTAGGACATGGTGTTTATTCTGAATTATCAAGTGAAAAAGACTTTTTTACTGCCTGTAAAACATCATCATTTGGTCTTGTTTGTCATTTTTATCGTGATTCAACATTTCGATGTAAAATTCTAGATAAACATTTAAGCTTATTAGCTTCGAAACATATTGAATGTAGAATGGTGAAGATAAATGCGGAGAAAGCGCCATTTTTAACAAAACGATTAAATATTCTAGTTATACCAACTTTAATTCTTGTTAAAAATGAAAAAGTATGCGATCGTATTGTTGGATTTGATGAACTTGGTGGTCATGATGAATTCTCTACTGCTATGCTTGAATGGCGTTTAGCTGTTGGTAAAGTGATTAAATATTCCGGTGATTTAACAGTTCCACCAGATATG ACCAAAAGAA TCTAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ]
[+] EMBL CD201243             [                                                                                                                                                                                            CATGGTGTCCATTCTGAATTATCAAGTGAAAAAGACTTTTTTACTGCCTGTAAAACATCATCATTTGGTCTTGTTTGTCATTTTTATCGTGACTCAACATTTCGATGTAAAATTCTAGATAAACATTTAAGCTTATTAGCTTCGAAACATATTGAATGTAGAATGGTGAAGATAAATGCGGAGAAAGCGCCATTTTTAACAAAACGATTAAATATTCTAGTTATACCAACTTTAATTCTTGTTAAAAATGAAAAAGTATGCGATCGCATT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL CD196432             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TAATTCTTGTTAAAAATGAAAAAGTATGCGATCGTATTGTTGGATTTGATGAACTTGGTGGTCATGATGAATTCTCTACTGCTATGCTTGAATGGCGTTTAGCTGTTGGTAAAGTGATTAAATATTCCGGTGATTTAACAGTTCCACCAGATATGAACAAAAAGAAGTCTACATGTAGTAATTTATCGAATATCACTAAAAAACTATATGACAATAAATCTATATATAGTGAATGTTTTGACAATAACGCTGATGATGATGACGAAGATAGTGATTAATTAAATATTGTTACGCTAGCTGTAACTTTCTCATTGTCTATGTAACAATCTAGTTTTACGTGGCATGTTCTTTAGAAAAAAAATTTGTGACCATTATCTTTATATTCACATGTAAATATACAGAAATACAAATGACGGATCATATCTTACTTCTGAATAATGTGTCTTTGAGTTTTTGACTTCTCNCATGTTCAAAAGAAAAATGAAGGAATACACCTTCT]


>consensus_9189#0 CCCAAGTGCATGAAAAGTTAATTGATTCTCACTTAATAAAAACAGCTCAAATATTGGAAG ATACGTTAGATGAACAAATTAATCGTTTGGATAATTTAAATGATGATGACTTGGAAGCTA TTCGACAACTTCGAATTAAGCAAATGAAAGAAGAATCAAAACAACGTTCTGAATGGTTAG CTTTAGGACATGGTGTTTATTCTGAATTATCAAGTGAAAAAGACTTTTTTACTGCCTGTA AAACATCATCATTTGGCCTTGTTTGTCATTTTTATCGTGATTCAACATTTCGATGTAAAA TTCTAGATAAACATTTAAGCTTATTAGCTTCGAAACATATTGAATGTAGAATGGTGAAGA TAAATGCGGAGAAAGCGCCATTTTTAACAAAACGATTAAATATTCTAGTTATACCAACTT TAATTCTTGTTAAAAATGAAAAAGTATGCGATCGTATTGTTGGATTTGATGAACTTGGTG GTCATGATGAATTCTCTACTGCTATGCTTGAATGGCGTTTAGCTGTTGGTAAAGTGATTA AATATTCCGGTGATTTAACAGTTCCACCAGATATGACCAAAAGAATCTACATGTAGTAAT TTATCGAATATCACTAAAAAACTATATGACAATAAATCTATATATAGTGAATGTTTTGAC AATAACGCTGATGATGATGACGAAGATAGTGATTAATTAAATATTGTTACGCTAGCTGTA ACTTTCTCATTGTCTATGTAACAATCTAGTTTTACGTGGCATGTTCTTTAGAAAAAAAAT TTGTGACCATTATCTTTATATTCACATGTAAATATACAGAAATACAAATGACGGATCATA TCTTACTTCTGAATAATGTGTCTTTGAGTTTTTGACTTCTCNCATGTTCAAAAGAAAAAT GAAGGAATACACCTTCT



consensusID : consensus_9189#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 540
fasta sequence
                              [CTTCTCTTACTATGCGTACTGCGTTGAAGTGGCGGTTTAGCGTGGTCTGGGTAAAGGTGATTAAATATTCCGGGTGATTTAACGAGTTCCACCGAGATATGAACAAAAAGAAGTCTACATGTAGTAATTTATCGAATATCACTAAAAAACTATATGACAATAAATCTATATATAGTAAATGTTTTGACAATAACGCTGATGATGATGACGAAGATAGTGATTAATTAAATATTGTTACGCAGCTGTAACTTTCTCATTGTCTATGTAACAATCTAGTTTTACGTGGCATGTTCTTTAGAAAAAAATTTGTGGACAATATCTTATATTCACATGTAAATTTACAGGAATTCAATTGCGGTCTATCTTACTCTGAAAAAGGGGCTTTGAGTTTTGACTCTCCAATGTCAAAAGAAATGAGGGATACACCTTCAATGGTGATATCACTTTTGGAAAAGAGGAATTGTTTCCTCCAATTTATTGGAAAAAGGGTACACCTTGTTAAATTACAAAATCGAGTGGGGGAAATCCAAAAAGGAAATG]

[+] EMBL AI618995             [CTTCTCTTACTATGCGTACTGCGTTGAAGTGGCGGTTTAGCGTGGTCTGGGTAAAGGTGATTAAATATTCCGGGTGATTTAACGAGTTCCACCGAGATATGAACAAAAAGAAGTCTACATGTAGTAATTTATCGAATATCACTAAAAAACTATATGACAATAAATCTATATATAGTAAATGTTTTGACAATAACGCTGATGATGATGACGAAGATAGTGATTAATTAAATATTGTTACGCAGCTGTAACTTTCTCATTGTCTATGTAACAATCTAGTTTTACGTGGCATGTTCTTTAGAAAAAAATTTGTGGACAATATCTTATATTCACATGTAAATTTACAGGAATTCAATTGCGGTCTATCTTACTCTGAAAAAGGGGCTTTGAGTTTTGACTCTCCAATGTCAAAAGAAATGAGGGATACACCTTCAATGGTGATATCACTTTTGGAAAAGAGGAATTGTTTCCTCCAATTTATTGGAAAAAGGGTACACCTTGTTAAATTACAAAATCGAGTGGGGGAAATCCAAAAAGGAAATG]


>consensus_9189#1 CTTCTCTTACTATGCGTACTGCGTTGAAGTGGCGGTTTAGCGTGGTCTGGGTAAAGGTGA TTAAATATTCCGGGTGATTTAACGAGTTCCACCGAGATATGAACAAAAAGAAGTCTACAT GTAGTAATTTATCGAATATCACTAAAAAACTATATGACAATAAATCTATATATAGTAAAT GTTTTGACAATAACGCTGATGATGATGACGAAGATAGTGATTAATTAAATATTGTTACGC AGCTGTAACTTTCTCATTGTCTATGTAACAATCTAGTTTTACGTGGCATGTTCTTTAGAA AAAAATTTGTGGACAATATCTTATATTCACATGTAAATTTACAGGAATTCAATTGCGGTC TATCTTACTCTGAAAAAGGGGCTTTGAGTTTTGACTCTCCAATGTCAAAAGAAATGAGGG ATACACCTTCAATGGTGATATCACTTTTGGAAAAGAGGAATTGTTTCCTCCAATTTATTG GAAAAAGGGTACACCTTGTTAAATTACAAAATCGAGTGGGGGAAATCCAAAAAGGAAATG



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9189#0      CCCAAGTGCATGAAAAGTTAATTGATTCTCACTTAATAAAAACAGCTCAAATATTGGAAG 60
consensus_9189#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9189#0      ATACGTTAGATGAACAAATTAATCGTTTGGATAATTTAAATGATGATGACTTGGAAGCTA 120
consensus_9189#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9189#0      TTCGACAACTTCGAATTAAGCAAATGAAAGAAGAATCAAAACAACGTTCTGAATGGTTAG 180
consensus_9189#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9189#0      CTTTAGGACATGGTGTTTATTCTGAATTATCAAGTGAAAAAGACTTTTTTACTGCCTGTA 240
consensus_9189#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9189#0      AAACATCATCATTTGGCCTTGTTTGTCATTTTTATCGTGATTCAACATTTCGATGTAAAA 300
consensus_9189#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9189#0      TTCTAGATAAACATTTAAGCTTATTAGCTTCGAAACATATTGAATGTAGAATGGTGAAGA 360
consensus_9189#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9189#0      TAAATGCGGAGAAAGCGCCATTTTTAACAAAACGATTAAATATTCTAGTTATACCAACTT 420
consensus_9189#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9189#0      TAATTCTTGTTAAAAATGAAAAAGTATGCGATCGTATTGTTGGATTTGATGAACTTGGTG 480
consensus_9189#1      -----------------------------------------------------CTTCTC- 6
                                                                           ***    

consensus_9189#0      GTCATGATGAATTCTCTACTGCTATGCTTGAATGGCGTTTAGCTGTTGGTAAAG-TGATT 539
consensus_9189#1      -TTACTATGCGTACTGCGTTGAAGTGGCGGTTTAGCGT---GGTCTGGGTAAAGGTGATT 62
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consensus_9189#0      AGTAATTTATCGAATATCACTAAAAAACTATATGACAATAAATCTATATATAGTGAATGT 654
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consensus_9189#0      AAAAATTTGTGACCATTATCTTTATATTCACATGTAAATATACAGAAATACAAATGACGG 834
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Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)