These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_9342#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 7 consensus length = 782 fasta sequence [AAGCGTTATTGTCCCGATCTAAATCATATTGGTGACATGTAATCAAAGAGAGTAGAATTAGACGAAGTCAAGTAAAGATTAGAACAATCAGAAAGATAAAAACATTAAAAGAGATATAATAAAGCATTATTGCTTCTATCTTCCTTTCTTTTTTTTACATGACTTTATAATTAAGAATTTCTACGTTCATATTCATCACCTTCAATACCTTTACCAGTATAAAAACAACCAGATTCAATACTAGGTAATAATGAATTAATACGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATTTGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGTTAATTGTTCTTTAAG-TTTTTCATACGTTTTAATAAATCATTAATATCTTCAATTAATTTACTTCCACTACGATGTGATAGATCAGCAGTTTCTATTATACGTATAGTTTCATCATTAATTCCATTAACTATATGGGATATTTTTTGTATTTCAGGTAAAATATCTAATTCATGTTTTGTTTTTAAATCAGTTAATTTTTCATAGAATTTATCAAGAAGAATCTTATCGTTCGCAATTCTTTTTTCAATTCCACCAAGAATATTTTCAATTTGATTAGTTTGATTATGTAAATATTGTGCA] [+] EMBL CD169802 [AAGCGTTATTGTCCCGATCTAAATCATATTGGTGACATGTAATCAAAGAGAGTAGAATTAGACGAAGTCAAGTAAAGATTAGAACAATCAGAAAGATAAAAACATTAAAAGAGATATAATAAAGCATTATTGCTTCTATCTTCCTTTCTTTTTTTTACATGACTTTATAATTAAGAATTTCTACGTTCATATTCATCACCTTCAATACCTTTACCAGTATAAAAACAACCAGATTCAATACTAGGTAATAATGAATTAATACGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATTTGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGTTAATTGTTCTTTAAG TTTTTCATACGTTTTAATAAATCATTAATATCTTCAATTAATTTACTTCCACTACGATGTGATAGATCAGCAGTTTCTATTATACGTATAGTTTCATCATTAATTCCATTAACTATATGGGATATTNTTTGTATTTCAGGTAAAATATCTAATTCATGT ] [+] EMBL CD169312 [AAGCGTTATTGTCCCGATCTAAATCATATTGGTGACATGTAATCAAAGAGAGTAGAATTAGACGAAGTCAAGTAAAGATTAGAACAATCAGAAAGATAAAAACATTAAAAGAGATATAATAAAGCATTATTGCTTCTATCTTCCTTTCTTTTTTTTACATGACTTTATAATTAAGAATTTCTACGTTCATATTCATCTCCTTCAATACCTTTACCAGTATTAAAACAACCAGATTCAATACTAGGTAATAATGAATTAATGCGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATTTGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGTTAATTGTTCTTTAAG TTTTTCATACGTTTTAATAAATCATTAATATCTTCAATTAATTTACTTCCACTACGATGTGATAGATCAGCAGTTTCTATTATACGTATAGTTTCATCATTAATTCCATTAACTATATGGGATATT ] [+] EMBL CD169850 [AAGCGTTATTGTCCCGATCTAAATCATATTGGTGACATGTAATCAAAGAGAGTAGAATTAGACGAAGTCAAGTAAAGATTAGAACAATCAGAAAGATAAAAACATTAAAAGAGATATAATAAAGCATTATTGCTTCTATCTTCCTTTCTTTTTTTTACATGACTTTATAATTAAGAATTTCTACGTTCATATTCATCACCTTCAATACCTTTACCAGTATAAAAACAACCAGATTCAATACTAGGTAATAATGAATTAATACGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATTTGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAACGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGTTAATTGTTCTTTAAG TTTTTCATACGTTTTAATAAATCATTAATATCTTCAATTAATTTACTTCCACTACGATGTGATAGATCAGCAGTTTCTATTATACGT ] [-] EMBL CD168962 [ CCTTTCTTTTTTTTACATGACTTTATAATTAAGAATTTCTACGTTCATATTCATCACCTTCAATACCTTTACCAGTATAAAAACAACCAGATTCAATACTAGGTAATAATGAATTAATACGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATTTGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGTTAATTGTTCTTTAAGTTTTTTCATACGTTTTAATAAATCATTAATATCTTCAATTAATTTACTTCCACTACGATGTGATAGATCAGCAGTTTCTATTATACGTATAGTTTCATCATTAATTCCATTAACTATATGGGATATTTTTTGTATTTCAGGTAAAATATCTAATTCATGTTTTGTTTTTAAATCAGTTAATTTTTCATAGAATTTATCAAGAAGAATCTTATCGTTCGCAATTCTTTTTTCAATTCCACCAAGAATATTTTCAATTTGATTAGTTTGATTATGTAAATATTGTGCA] [-] EMBL CD169549 [ ATGACTTTATAATTAAGAATTTCTACGTTCATATTCATCACCTTCAATACCTTTACCAGTATAAAAACAACCAGATTCAATACTAGGTAATAATGAATTAATACGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATTTGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGTTAATTGTTCTTTAAG TTTTTCATACGTTTTAATAAATCATTAATATCTTCGATTAATTTACTTCCACTACGATGTGATAGATCAGCAGTTTCTATTATACGTATAGTTTCATCATTAATTCCATTAACTATATGGGATATTTTTTGTATTTCAGGTAAAATATCTAATTCATGTTTTGTTTTTAAATCAGTTAATTTTTCATAGAATTTATCAAGAAGAATCTTATCGTTCGCAATTCTTTTTTCAATTCCACCAAGAATATTTTCAATTTGATTAGTTTGATTATGTAAATATTGTGCA] [-] EMBL CD202933 [ CATTAATTGGTTAAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGTTAATTGTTCTTTAAGTTTTTTCATACGTTTTAATAAATCATTAATATCTTCAATTAATTTACTTCCATTACGATGTGATAGATCAGCAGTTTCTATTATACGTATAGTTTCATCATT ] [-] EMBL CD169596 [ GTTGTACGTGATTGGTTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGTTAATTGTTCTTTAAGTTTTTTCATACGTTTTAATAAATCATTAATATCTTCAATTAATTTACTTCCACTACGATGTGATAGATCAGCAGTTTTTATTATACGTATAGTTTCATCATTAATTCCATTAACTATATGGGATATTTTTTGTATTTCAGGTAAAATATCTAATTCATGTTTTGTTTTTAAATCAGTTAATTTTTCATAGAATTTATCAAGAAGAATCTTATCGTTCGCAATTCTTTTTTCAATTCCACCAAGAATATTTTCAATTTGATTAGTTTGATTATGTAAATATTGTGCA] consensusID : consensus_9342#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 549 fasta sequence [TTTCTTTTTTTTACATGACTTTATAATTAAGAATTTCTACGTTCATATTCATCACCTTCAATACCTTTACCAGTATAAAAACAACCAGATTCAATACTAGGTAATAATGAATTAATACGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATTTGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGCTATTCATTGAAAACAAACAACAACAACAACAGTATACGAGATATTAGTAACTATGTCAATTTATAGGTAAGGATAAATAAATGAAGGAGACATAGTTGTCGTTCAAAATAGTTATGATGGGATCTATGGATACATATATA-TCAGACAATTAAACATTTAAACAATTTANACAAAAGTCTAGTATACAGATTTGAAAGCTTTGAGTTGAATC] [+] EMBL CD085258 [TTTCTTTTTTTTACATGACTTTATAATTAAGAATTTCTACGTTCATATTCATCACCTTCAATACCTTTACCAGTATAAAAACAACCAGATTCAATACTAGGTAATAATGAATTAATACGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATTTGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGCTATTCATTGAAAACAAACAACAACAACAACAGTATACGAGATATTAGTAACTATGTCAATTTATAGGTAAGGATAAATAAATGAAGGAGACATAGTTGTCGTTCAAAATAGTTATGATGGGATCTATGGATACATATATA TCAGACAATTAAACATTTAAACAATTTANACAAAAGTCTAGTATACAGATTTGAAAGCTTTGAGTTGAATC] [+] EMBL CD085252 [TTTCTTTTTTTTACATGACTTTATAATTAAGAATTTCTACGTTCATATTCATCACCTTCAATACCTTTACCAGTATAAAAACAACCAGATTCAATACTAGGTAATAATGAATTAATACGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATTTGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGCTATTCATTGAAAACAAACAACAACAACAACAGTATACGAGATATTAGTAACTATGTCAATTTATAGGTAAGGATAAATAAATGAAGGAGACATAGTTGTCGTTCAAAATAGTTATGATGGGATCTATGGATACATATATANTCAGAC ATTAAACATTTAACCAATTTAAACAAAAGTCTAGTATACAGATTTGAAAGCTTTGAGTTGAATC] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_9342#0 AAGCGTTATTGTCCCGATCTAAATCATATTGGTGACATGTAATCAAAGAGAGTAGAATTA 60 consensus_9342#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9342#0 GACGAAGTCAAGTAAAGATTAGAACAATCAGAAAGATAAAAACATTAAAAGAGATATAAT 120 consensus_9342#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9342#0 AAAGCATTATTGCTTCTATCTTCCTTTCTTTTTTTTACATGACTTTATAATTAAGAATTT 180 consensus_9342#1 ------------------------TTTCTTTTTTTTACATGACTTTATAATTAAGAATTT 36 ************************************ consensus_9342#0 CTACGTTCATATTCATCACCTTCAATACCTTTACCAGTATAAAAACAACCAGATTCAATA 240 consensus_9342#1 CTACGTTCATATTCATCACCTTCAATACCTTTACCAGTATAAAAACAACCAGATTCAATA 96 ************************************************************ consensus_9342#0 CTAGGTAATAATGAATTAATACGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATT 300 consensus_9342#1 CTAGGTAATAATGAATTAATACGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATT 156 ************************************************************ consensus_9342#0 TGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTT 360 consensus_9342#1 TGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTT 216 ************************************************************ consensus_9342#0 AAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAA 420 consensus_9342#1 AAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAA 276 ************************************************************ consensus_9342#0 GCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCT 480 consensus_9342#1 GCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCT 336 ************************************************************ consensus_9342#0 GTTAATTGTTCTTTAAGTTTTTCATACGTTTTAATAAATCATTAATATCTTCAATTAATT 540 consensus_9342#1 GCTATTCATTGAAAACAAACAACAACAACAACAGTATACGA--GATATTAGTAACTATGT 394 * ** * ** * ** * ** * * **** ** ** * consensus_9342#0 TACTTCCACTACGATGTGATAGATCAGCAGTTTCTATTATACGTATAGTTTCATCATTAA 600 consensus_9342#1 CAATTTA--TAGGTAAGGATAAATAAATGAAGGAGAC-ATAGTTGTCGTT-CAAAATAGT 450 * ** ** * **** ** * * *** * * *** ** ** consensus_9342#0 TTCCATTAACTATATGGGATATTTTTTGTATTTCAGGTAAAATATCTAATTCATGTTTTG 660 consensus_9342#1 TATGATGGGATCTATGGA----TACATATATATCAGACAATTAAACATTTAAACAATTTA 506 * ** * ***** * * *** **** ** * * * * *** consensus_9342#0 TTTTTAAATCAGTTAATTTTTCATAGAATTTATCAAGAAGAATCTTATCGTTCGCAATTC 720 consensus_9342#1 NACAAAAGTCTAGTATACAGATTTGAAAGCT-TTGAGTTGAATC---------------- 549 ** ** ** * ** * * ** ***** consensus_9342#0 TTTTTTCAATTCCACCAAGAATATTTTCAATTTGATTAGTTTGATTATGTAAATATTGTG 780 consensus_9342#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9342#0 CA 782 consensus_9342#1 -- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||