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Schistosoma mansoni
cluster # 9377 cluster # 9377       Sequences # 9       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_9377#0 length = 1384 sequences # 8  
consensus_9377#1 length = 165 sequences # 1  

consensusID : consensus_9377#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 8
consensus length = 1384
fasta sequence
                              [AGCTGCAGCAACAATGGCTGCTATGGCCGCTATGACTGGACCAACTCAAGATATGACCTCGTTTGGTCAAACTGTGGCTTCTGTGTCTTATTCTGATTCTAAACCGCAAGTGTCCGCTACACATTTAGGAATACAAGAATATCCAGTTATTTGGCGAGGACGTCTTTCCCTGAAAAATGAAGAGGTTTTTGTTAATATGCATTATGTTAGTGGGAATCAAGATCTATTGAAAAGCTGTATGTGTGTTATAACAGAACAACAAGTAGCTCTTAGCAACATTGCTACAAGTTCTAGTTCGTTGGGGTCGTGCATGACTGGGGATGCTATTGGGCCTCCACACCATCCTTTAAGGATTGTTCAACGAATGCGTTTAGAAGCATCTCAACTTGAAGGGGTTCAGAGGAAATTAAGACAAA-TAAATGATTTTTGTATGTGCCTTACCCTAGCATCTGCTCCTCTACTAACCCCTGATGCTTCATTGAATAATGAACAAATACGGATGAACAGAATACTGTGTGATGGATTTATCAAATACATGCTTGAAAAGGGTGCCGCTGGAATAATAAATGTTTGTCATCCATGCACTCAACAAAATCTGTATGTCATCCATATATTTCCTCCCTGTGAATTTTCACGTTGCCAGTTACAAGCATGTGCTCCTGCCCTTTATCACAGTTTAGCGGAAAATTCCATACCTCACGTATTAACTGTGATCACAACAGTATGACCGTGATGCATTTAACTCCTGATTTGTTTCCTCAGTGGGTTTTGAAATGTCCTTTTATCACTTCGTTCAATATAATGGACCAAGTTTAATTCCGATAAATGTACTAATCAACGGGTATCTCAGTTAGTGCCTGTCTATCGAAATCTATATTTCTCTTCTCTCAGAACTTATGGCAGCCAATAAGCTTGAAGTAAATCCTTCTCTGAAATTATTTGTTCCCTGGCATCATCCATGTTTATTATGTTTAGTCTGCCTGTTTCTTGGTTTGAGTAGCATAATGCAAATATTCTGCCCGAATTTTCGCCTAATAAGGATAAATAAAATTTTAATTGCCTGTCCAAAGTTACGCACTGTGATTCTCTATTTTACTTGACCTTATTTTCAAAATGTCACTGATTGTATATATAGTGTATATGTTTGTGTGTGTCCATGATCCCTTCACCTTATTTGAGGCAGCTTAAACCAATAATTTTTGATATATTGTGTATGTACATACCTATGTTTTCCACATATTGATTTGTTTTAAATGAACAACAAGCCCATGTATATATGTTCAGTGGCGTGACTAGTCAGATTGTTTTTAAATGATATATTCATTCGGATTATATATTTTACTTTGTTGCTTTTTAATGGCTAAAAATTAAATATTAACTAATT]

[+] EMBL CD078843             [AGCTGCAGCAACAATGGCTGCTATGGCCGCTATGACTGGACCAACTCAAGATATGACCTCGTTTGGTCAAACTGTGGCTTCTGTGTCTTATTCTGATTCTAAACCGCAAGTGTCCGCTACACATTTAGGAATACAAGAATATCCAGTTATTTGGCGAGGACGTCTTTCCCTGAAAAATGAAGAGGTTTTTGTTAATATGCATTATGTTAGTGGGAATCAAGATCTATTGAAAAGCTGTATGTGTGTTATAACAGAACAACAAGTAGCTCTTAGCAACATTGCTACAAGTTCTAGTTCGTTGGGGTCGTGCATGACTGGGGATGCTATTGGGCCTCCACACCATCCTTTAAGGATTGTTCAACGAATGCGTTTAGAAGCATCTCAACTTGAAGGGGTTCAGAGGAAATTAAGACAAA TAAATGATTTTTGTATGTGCCTTACCCTAGCATCTGCTCCTCTACTAACCCCTGATGCTTCATTGAATAATGAACAAATACGGATGAACAGAATACTGTGTGATGGATTTATCANATACATGCTTGAAAAGGGTGCCGCTGGAATAATAAATGTTTGTCATCCATGCACTCNACANAATCTGTATGTCATCCATA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]
[-] EMBL CD201420             [                                                                                                                                                                                                                                                                             TTAGCAACATTGCTACAAGTTCTAGTTCGTTGGGGTCGTGCATGACTGGGGATGCTATTGGGCCTCCACACCATCCTTTAAGGATTGTTCAACGAATGCGTTTAGAAGCATCTCAACTTGAAGGGGTTCAGAGGAAATTAAGACAAA TAAATGATTTTTGTATGTGCCTTACCCTAGCATCTGCTCCTCTACTAACCCCTGATGCTTCATTGAATAATGAACAAATACGGATGAACAGAATACTGTGTGATGGATTTATCAAATACATGCTTGAAAAGGGTGCCGCTGGAATAATAAATGTTTGTCATCCATGCACTCAACAAAATCTGTATGTCATCCATATATTTCCTCCCTGTGAATTTTCACGTTGCCAGTTACAAGCATGTGCTCCTGCCCTTTATCACAGTTTAGCGGAAAATTCCATACCTCACGTATTAACTGTGATCACAACAGTATGACCGTGATGCATTTAACTCCTGA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL CD187206             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTGGGCCTCCACACCATCCTTTAAGGATTGTTCAACGAATGCGTTTAGAAGCATCTCAACTTGAAGGGGTTCAGAGGAAATTAAGACAAA TAAATGATTTTTGTATGTGCCTTACCCTAGCATCTGCTCCTCTACTAACCCCTGATGCTTCATTGAATAACGAACAAATACGGATGAACAGAATACTGTGTGATGGATTTATCAAATACATGCTTGAAAAGGGTGCCGCTGGAATAATAAATGTTTGTCATCCATGCACTCAACAAAATCTGTATGTCATCCATATATTTCCTCCCTGTGAATTTTCACGTTGCCAGTTACAAGCATGTGCTCCTGCCCTTTATCACAGTTTAGCGGAAAATTCCATACCTCACGTATTAACTGTGATCAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[-] EMBL CD187514             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGGGCCTCCACACCATCCTTTAAGGATTGTTCAACGAATGCGTTTAGAAGCATCTCAACTTGAAGGGGTTCAGAGGAAATTAAGACAAA TAAATGATTTTTGTATGTGCCTTACCCTAGCATCTGCTCCTCTACTAACCCCTGATGCTTCATTGAATAATGAACAAATACGGATGAACAGAATACTGTGTGATGGATTTATCAAATACATGCTTGAAAAGGGTGCCGCTGGAATAATAAATGTTTGTCATCCATGCACTCAACAAAATCTGTATGTCATCCATATATTTCCTCCCTGTGAATTTTCACGTTGCCAGTTACAAGCATGTGCTCCTGCCCTTTATCACAGTTTAGCGGAAAATTCCATACCTCACGTATTAACTGTGATCACA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[-] EMBL CD187163             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CATCTCAACTTGAAGGGGTTCAGAGGAAATTAAGACAAA TAAATGATTTTTGTATGTGCCTTACCCTAGCATCTGCTCCTCTACTAACCCCTGATGCTTCATTGAATAATGAACAAATACGGATGAACAGAATACTGTGTGATGGATTTATCAAATACATGCTTGAAAAGGGTGCCGCTGGAATAATAAATGTTTGTCATCCATGCACTCAACAAAATCTGTATGTCATCCATATATTTCCTCCCTGTGAATTTTCACGTTGCCAGTTACAAGCATGTGCTCCTGCCCTTTATCACAGTTTAGCGGAAAATTCCATACCTCACGTATTAACTGTGATCACA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL CD084406             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gAGGGGAAATTAAGACAAANTAAATGATTTTTGTATGTGCCTTACCCTAGCATCTGCTCCTCTACTAACCCCTGATGCTTCATTGAATAATGAACAAATACGGATGAACAGAATACTGTGTGATGGATTTATCAAATACATGCTTGAAAAGGGTGCCGCTGGAATAATAAATGTTTGTCATCCATGCACTCAAC AAATCTGTATGTCATCCATATATTTCCTCCCTGTGAATTTTCACGTTGCCAGTTACAAGCATGTGCTCCTGCCCTTTATCACAGTTTAGCGGAAAATTCCATACCTCACGTATTAACTGTGATCACAACAGTATGACCGTGATGCATTTAACTCCTGATTTGTTTCCTCAGTGGGTTTTGAAATGTCCTTTTATCACTTCGTTCAATATAATGGACCAAGTTTAATTCCGATAAATGTACTAATCAACGGGTATCTCAGTTAGTGCCTGTCTATCGAAATCTATATTTCTCTTCTCTCAGAACTTATGGCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ]
[-] EMBL CD073304             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TCTCAGTTAGTGCCTGTCTATCGAAATCTATATTTCTCTTCTCTCAGACCTTATGGCAGCCAATAAGCTTGAAGTAAATCCTTCTCTGAAATTATTTGTTCCCTGGCATCATCCATGTTTATTATGTTTAGTCTGCCTGTTTCTTGGTTTGAGTAGCATAATGCAAATATTCTGCCCGAATTTTCGCCTAATAAGGATAAATAAAATTTTAATTGCCTGTCCAAAGTTACGCACTGTGATTCTCTATTTTACTTGACCTTATTTTCAAAATGTCACTGATTGTATATATAGTGTATATGTTTGTGTGTGTCCATGATCCCTTCACCTTATTTGAGGCAGCTTAAACCAATAATTTTTGATATATTGTGTATGTACATACCTATGTTTTCCACATATTGATTTGTTTTAAATGAACAACAAGCCCATGTATATATGTTCAGTGGCGTGACTAGTCAGATTGTTTTTAAATGATATATTCATTCGGATTATATATTTTACTTTGTTGCTTTTTAATGGCTAAAAATTAAATATTAACTA   ]
[-] EMBL AI974980             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGTTTCTTGGTTTGAGTAGCATAATGCAAATATTCTGCCCGAATTTTCGCCTAATAAGGATAAATAAAATTTTAATTGCCTGTCC AAGTTACGCACTGTGATTCTCTATTTAACTTGACCTTATTTTCAAAATGTCACTGATTGTATATATAGTGTATATGTTTGTGTGTGTCCATGATCCCTTCCCCTCATTTGAGGCAGCTTAAACCAATAATTTTTGATAAATTGTGTATGTACACACCTATGTTTTCCACATATTGATTTGTTTTAAATGAACAACAAGCCCATGTATATATGTTCAGTGGCGTGACTAGTCAGATTGTTTTTAAATGATATATTCATTCGGATTATATATTTTACTTTGTTGCTTTTTAATGGCTAAAAATTAAATATTACCTAATT]


>consensus_9377#0 AGCTGCAGCAACAATGGCTGCTATGGCCGCTATGACTGGACCAACTCAAGATATGACCTC GTTTGGTCAAACTGTGGCTTCTGTGTCTTATTCTGATTCTAAACCGCAAGTGTCCGCTAC ACATTTAGGAATACAAGAATATCCAGTTATTTGGCGAGGACGTCTTTCCCTGAAAAATGA AGAGGTTTTTGTTAATATGCATTATGTTAGTGGGAATCAAGATCTATTGAAAAGCTGTAT GTGTGTTATAACAGAACAACAAGTAGCTCTTAGCAACATTGCTACAAGTTCTAGTTCGTT GGGGTCGTGCATGACTGGGGATGCTATTGGGCCTCCACACCATCCTTTAAGGATTGTTCA ACGAATGCGTTTAGAAGCATCTCAACTTGAAGGGGTTCAGAGGAAATTAAGACAAATAAA TGATTTTTGTATGTGCCTTACCCTAGCATCTGCTCCTCTACTAACCCCTGATGCTTCATT GAATAATGAACAAATACGGATGAACAGAATACTGTGTGATGGATTTATCAAATACATGCT TGAAAAGGGTGCCGCTGGAATAATAAATGTTTGTCATCCATGCACTCAACAAAATCTGTA TGTCATCCATATATTTCCTCCCTGTGAATTTTCACGTTGCCAGTTACAAGCATGTGCTCC TGCCCTTTATCACAGTTTAGCGGAAAATTCCATACCTCACGTATTAACTGTGATCACAAC AGTATGACCGTGATGCATTTAACTCCTGATTTGTTTCCTCAGTGGGTTTTGAAATGTCCT TTTATCACTTCGTTCAATATAATGGACCAAGTTTAATTCCGATAAATGTACTAATCAACG GGTATCTCAGTTAGTGCCTGTCTATCGAAATCTATATTTCTCTTCTCTCAGAACTTATGG CAGCCAATAAGCTTGAAGTAAATCCTTCTCTGAAATTATTTGTTCCCTGGCATCATCCAT GTTTATTATGTTTAGTCTGCCTGTTTCTTGGTTTGAGTAGCATAATGCAAATATTCTGCC CGAATTTTCGCCTAATAAGGATAAATAAAATTTTAATTGCCTGTCCAAAGTTACGCACTG TGATTCTCTATTTTACTTGACCTTATTTTCAAAATGTCACTGATTGTATATATAGTGTAT ATGTTTGTGTGTGTCCATGATCCCTTCACCTTATTTGAGGCAGCTTAAACCAATAATTTT TGATATATTGTGTATGTACATACCTATGTTTTCCACATATTGATTTGTTTTAAATGAACA ACAAGCCCATGTATATATGTTCAGTGGCGTGACTAGTCAGATTGTTTTTAAATGATATAT TCATTCGGATTATATATTTTACTTTGTTGCTTTTTAATGGCTAAAAATTAAATATTAACT AATT



consensusID : consensus_9377#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 165
fasta sequence
                              [CTACAATTAAAAGACTATATATTATGCCCGAATTTTCGCCTAATAAGAGATAAATAAAATTTTAATTGCCTGTCCAAAGTTACGCACTGTGATTCTCTATTTTACTTGACCTTATTTTCAAATGTCACTGATTGTATATATAGTGTAATGCTTCGTGTGTGTCCA]

[-] EMBL CD061966             [CTACAATTAAAAGACTATATATTATGCCCGAATTTTCGCCTAATAAGAGATAAATAAAATTTTAATTGCCTGTCCAAAGTTACGCACTGTGATTCTCTATTTTACTTGACCTTATTTTCAAATGTCACTGATTGTATATATAGTGTAATGCTTCGTGTGTGTCCA]


>consensus_9377#1 CTACAATTAAAAGACTATATATTATGCCCGAATTTTCGCCTAATAAGAGATAAATAAAAT TTTAATTGCCTGTCCAAAGTTACGCACTGTGATTCTCTATTTTACTTGACCTTATTTTCA AATGTCACTGATTGTATATATAGTGTAATGCTTCGTGTGTGTCCA



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9377#0      AGCTGCAGCAACAATGGCTGCTATGGCCGCTATGACTGGACCAACTCAAGATATGACCTC 60
consensus_9377#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9377#0      GTTTGGTCAAACTGTGGCTTCTGTGTCTTATTCTGATTCTAAACCGCAAGTGTCCGCTAC 120
consensus_9377#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9377#0      ACATTTAGGAATACAAGAATATCCAGTTATTTGGCGAGGACGTCTTTCCCTGAAAAATGA 180
consensus_9377#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9377#0      AGAGGTTTTTGTTAATATGCATTATGTTAGTGGGAATCAAGATCTATTGAAAAGCTGTAT 240
consensus_9377#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9377#0      GTGTGTTATAACAGAACAACAAGTAGCTCTTAGCAACATTGCTACAAGTTCTAGTTCGTT 300
consensus_9377#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9377#0      GGGGTCGTGCATGACTGGGGATGCTATTGGGCCTCCACACCATCCTTTAAGGATTGTTCA 360
consensus_9377#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9377#0      ACGAATGCGTTTAGAAGCATCTCAACTTGAAGGGGTTCAGAGGAAATTAAGACAAATAAA 420
consensus_9377#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9377#0      TGATTTTTGTATGTGCCTTACCCTAGCATCTGCTCCTCTACTAACCCCTGATGCTTCATT 480
consensus_9377#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9377#0      GAATAATGAACAAATACGGATGAACAGAATACTGTGTGATGGATTTATCAAATACATGCT 540
consensus_9377#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9377#0      TGAAAAGGGTGCCGCTGGAATAATAAATGTTTGTCATCCATGCACTCAACAAAATCTGTA 600
consensus_9377#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9377#0      TGTCATCCATATATTTCCTCCCTGTGAATTTTCACGTTGCCAGTTACAAGCATGTGCTCC 660
consensus_9377#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9377#0      TGCCCTTTATCACAGTTTAGCGGAAAATTCCATACCTCACGTATTAACTGTGATCACAAC 720
consensus_9377#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9377#0      AGTATGACCGTGATGCATTTAACTCCTGATTTGTTTCCTCAGTGGGTTTTGAAATGTCCT 780
consensus_9377#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9377#0      TTTATCACTTCGTTCAATATAATGGACCAAGTTTAATTCCGATAAATGTACTAATCAACG 840
consensus_9377#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9377#0      GGTATCTCAGTTAGTGCCTGTCTATCGAAATCTATATTTCTCTTCTCTCAGAACTTATGG 900
consensus_9377#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9377#0      CAGCCAATAAGCTTGAAGTAAATCCTTCTCTGAAATTATTTGTTCCCTGGCATCATCCAT 960
consensus_9377#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9377#0      GTTTATTATGTTTAGTCTGCCTGTTTCTTGGTTTGAGTAGCATAATGCAAATATTCTGCC 1020
consensus_9377#1      ------------------------------CTACAATTAAAAGACTAT--ATATTATGCC 28
                                                     *   * **  * * *    ***** ****

consensus_9377#0      CGAATTTTCGCCTAATAAG-GATAAATAAAATTTTAATTGCCTGTCCAAAGTTACGCACT 1079
consensus_9377#1      CGAATTTTCGCCTAATAAGAGATAAATAAAATTTTAATTGCCTGTCCAAAGTTACGCACT 88
                      ******************* ****************************************

consensus_9377#0      GTGATTCTCTATTTTACTTGACCTTATTTTCAAAATGTCACTGATTGTATATATAGTGTA 1139
consensus_9377#1      GTGATTCTCTATTTTACTTGACCTTATTTTCAAA-TGTCACTGATTGTATATATAGTGTA 147
                      ********************************** *************************

consensus_9377#0      TATGTTTGTGTGTGTCCATGATCCCTTCACCTTATTTGAGGCAGCTTAAACCAATAATTT 1199
consensus_9377#1      ATGCTTCGTGTGTGTCCA------------------------------------------ 165
                          ** ***********                                          

consensus_9377#0      TTGATATATTGTGTATGTACATACCTATGTTTTCCACATATTGATTTGTTTTAAATGAAC 1259
consensus_9377#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9377#0      AACAAGCCCATGTATATATGTTCAGTGGCGTGACTAGTCAGATTGTTTTTAAATGATATA 1319
consensus_9377#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9377#0      TTCATTCGGATTATATATTTTACTTTGTTGCTTTTTAATGGCTAAAAATTAAATATTAAC 1379
consensus_9377#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9377#0      TAATT 1384
consensus_9377#1      -----
                           




Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)