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Schistosoma mansoni
cluster # 9382 cluster # 9382       Sequences # 9       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_9382#0 length = 836 sequences # 2  
consensus_9382#1 length = 682 sequences # 7  

consensusID : consensus_9382#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 836
fasta sequence
                              [CAGCCAANAATTTTGCACGAGGAGCGAATGGCAAAGTCAACTTCGAGTAATGAATTCTACAACACCATTGGATTTACATAATTATGGAAGTCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTTCATGGAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTTTAATAAAGCAACAGCTCTGCTAGCACATAATGAACGAATGCTTGATTTAACTTCAGGTGAAAGATTAGGACCGGGAAAATATCATATGGATAAGCGTAATTATCGAAATAATTTAGATCGTGTTGATACAAGTATTATTGTAGAATATGATGGATGTCAGTACTTGACAAAAGGTGCAGCCACTAAATTATTGATTGAGACAAGAGATTTAGAAGTATTGCCAATTATTGATTTTAAAGTACGTAATTTCGATAAACAAGGAACATGTTCATTAAGTGTAAATGTTGGTGCTGTATGCTATCGTACATAGGAACAAAGTAAATTTCCGGAAAAAAAATAAACTATATATTTAATTGAATAAATTCATATGTTCAATATTGAATGAACTATTATTCCTTATTGTTTTGCTTTTGTCTGTATGAATATACTTTCAATTTCAAATTAATTTAATAAAATCTAAGCTGTTTTTGTAATGCGCGCCAGAATTGATACAAATATACAATGTTCAATTAAAACAAATGTAAGTTTGAAAATTCACCAGTTAGGCATTTTATATCACTTACATGAGCATAGTNTTAAACATACAACATACATTCACCAAGATGCTGTCATGTGACNAATAAAAT]

[+] EMBL CD080791             [CAGCCAANAATTTTGCACGAGGAGCGAATGGCAAAGTCAACTTCGAGTAATGAATTCTACAACACCATTGGATTTACATAATTATGGAAGTCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTTCATGGAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTTTAATAAAGCAACAGCTCTGCTAGCACATAATGAACGAATGCTTGATTTAACTTCAGGTGAAAGATTAGGACCGGGAAAATATCATATGGATAAGCGTAATTATCGAAATAATTTAGATCGTGTTGATACAAGTATTATTGTAGAATATGATGGATGTCAGTACTTGACAAAAGGTGCAGCCACTAAATTATTGATTGAGACAAGAGATTTAGAAGTATTGCCAATTATTGATTTTAAAGTACGTAATTTCGATAAACAAGGAACATGTTCATTAAGTGTAAATGTTGGTGCTGTATGCTATCGTACATAGGAACAAAGTAAATTTCCGGAAAAAAAATAAACTATATATTTAATTGAATAAATTCATATGTTCAATATTGAATGAACTATTATTCCTTATTGTTTTGCTTTTGTCTGTATGAATATACTTTCAATTTCAAATTAATTTAATAAAATCTAAGCTGTTTTTGTAATGCGCGCCAGAATTGATACAAATATACAATGTTCAATTAAAACAAATGTAAGTTTGAAAATTCACCAGTTAGGCATTTTATATCACTTACATGAGCATAGTNTTAAACATACAACATACATTCACCAAGATGCTGTCATGTGACNAATAAAAT]
[-] EMBL CD136385             [                                                                                             TTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTTCATGGAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTTTAATAAAGCAACAGCTCTGCTAGCACATAATGAACGAATGCTTGATTTAACTTCAGGTGAAAGATTAGGACCGGGAAAATATCATATGGATAAGCGTAATTATCGAAATAATTTAGATCGTGTTGATACAAGTATTATTGTAGAATATGATGGATGTCAGTACTTGACA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]


>consensus_9382#0 CAGCCAANAATTTTGCACGAGGAGCGAATGGCAAAGTCAACTTCGAGTAATGAATTCTAC AACACCATTGGATTTACATAATTATGGAAGTCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCA ACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTTC ATGGAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTTTAATAAAGCAACAGCTCTGCTAGCACATAA TGAACGAATGCTTGATTTAACTTCAGGTGAAAGATTAGGACCGGGAAAATATCATATGGA TAAGCGTAATTATCGAAATAATTTAGATCGTGTTGATACAAGTATTATTGTAGAATATGA TGGATGTCAGTACTTGACAAAAGGTGCAGCCACTAAATTATTGATTGAGACAAGAGATTT AGAAGTATTGCCAATTATTGATTTTAAAGTACGTAATTTCGATAAACAAGGAACATGTTC ATTAAGTGTAAATGTTGGTGCTGTATGCTATCGTACATAGGAACAAAGTAAATTTCCGGA AAAAAAATAAACTATATATTTAATTGAATAAATTCATATGTTCAATATTGAATGAACTAT TATTCCTTATTGTTTTGCTTTTGTCTGTATGAATATACTTTCAATTTCAAATTAATTTAA TAAAATCTAAGCTGTTTTTGTAATGCGCGCCAGAATTGATACAAATATACAATGTTCAAT TAAAACAAATGTAAGTTTGAAAATTCACCAGTTAGGCATTTTATATCACTTACATGAGCA TAGTNTTAAACATACAACATACATTCACCAAGATGCTGTCATGTGACNAATAAAAT



consensusID : consensus_9382#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 7
consensus length = 682
fasta sequence
                              [CAAATAATGGAGAAAATCTACGAATGAGATATAAGAGATCAGCTGCAATACAAACTGAAGAAACACTTGAACAAATTAATCAAAATATATTTGGACGTGTAGATGCACTGAATAAGAAAGTACGTTCAAGACGTTATGCAACTGGTTTAAGTCCCCAAAATCCAGCACGGACATGTAAAGATGTTAGATTAACAAATAAATTTGCTCAGAATGATACTTATTGGGTCGATCCAAATGAAGGATCAAATAAAGATGCAATTAGAGCGAAGTGTACATTTTTTGATGATGGCACTGTTGAGACATGTGTTGATTCAAGCATGGATCAAGGAATACTAGTTACATATCTGAAACCATTACCAAGTGATAGTGAATGGCAAAGTCAACTTCGAGTAATGAATTCTACAACACCATTGGATTTACATAATTATGGAAGTCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTTCATGGAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTTTAATAAAGCAACAGCTCTGCTAGCACATAATGAACGAATG-CTTGATTTAACTTCAGGTGAAAGATTAGGACCGGGAAAATATCATATGGATAAGCGTAATTATCGAAATAATTTAGATCGTGTTGATAC]

[+] EMBL CD145846             [CAAATAATGGAGAAAATCTACGAATGAGATATAAGAGATCAGCTGCAATACAAACTGAAGAAACACTTGAACAAATTAATCAAAATATATTTGGACGTGTAGATGCACTGAATAAGAAAGTACGTTCAAGACGTTATGCAACTGGTTTAAGTCCCCAAAATCCAGCACGGACATGTAAAGATGTTAGATTAACAAATAAATTTGCTCAGAATGATACTTATTGGGTCGATCCAAATGAAGGATCAAATAAAGATGCAATTAGAGCGAAGTGTACATTTTTTGATGATGGCACTGTTGAGACATGTGTTGATTCAAGCATGGATCAAGGAATACTAGTTACATATCTGAAACCATTACCAAGTGATAGTGAATGGCAAAGTCAACTTCGAGTAATGAATTCTACAACACCATTGNATTTACATAATTATGGAAGTCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATT                                                                                                                                                                                              ]
[+] EMBL CD084307             [                                                                                                                                                            acgaggCAGCACGGACATGT AAGATGTTAGATTAACAAATAAATTTGCTCAGAATGATACTTATTGGGTCGATCCAAATGAAGGATCAAATAAAGATGCAATTAGAGCGAAGTGTACATTTTTTGATGATGGCACTGTTGAGACATGTGTTGATTCAAGCATGGATCAAGGAATACTAGTTACATATCTGAAACCATTACCAAGTGATAGTGAATGGCAAAGTCAACTTCGAGTAATGAATTCTACAACACCATTGGATTTACATAATTATGGAAGTCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTTCATGGAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTTTAATAAAGCAACAGCTCTGCTAGCACATAATGAACGAATG CTTGATTTAACTTCAGGTGAAAGATTAGGACCGGGAAAATATCATATGGATAAGCGTAATTATCGAAATAATTTAGATCGTGTTGATAC]
[+] EMBL CD190247             [                                                                                                                                                                                  AGATGTTAGATTAACAAATAAATTTGCTCAGAATGATACTTATTGGGTCGATCCAAATGAAGGATCAAATAAAGATGCAATTAGAGCGAAGTGTACATTTTTTGATGATGGCACTGTTGAGACATGTGTTGATTCAAGCATGGATCAAGGAATACTAGTTACATATCTGAAACCATTACCAAGTGATAGTGAATGGCAAAGTCAACTTCGAGTAATGAATTCTACAACACCATTGGATTTACATAATTATGGAAGTCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCCATGGTTCATGGAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTTTAATAAAGCAACAGCTCTGCTAGCACATAATGAACGAATG CTTGATTTAACTTCAGGTGA                                                                     ]
[-] EMBL CD133355             [                                                                                                                                                                                                                                                      ATAAAGATGCAATTAGAGCGAAGTGTACATTTTTTGATGATGGCACTGTTGAGACATGTGTTGATTCAAGCATGGATCAAGGAATACTAGTTACATATCTGAAACCATTACCAAGTGATAGTGAATGGCAAAGTCAACTTCGAGTAATGAATTCTACAACACCATTGGATTTACATAATTATGGAAGTCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTTCATGAAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTTTAATAAAGCAACAGCTCTGCTAGCACATAATGAACGAATG CTTGATTTAACTTCAGGTGAA                                                                    ]
[-] EMBL CD062026             [                                                                                                                                                                                                                                                                         GAAGTGTACATTTTTTGATGATGGCACTGTTGAGACATGTGTTGATTCAAGCATGGATCAAGGAATACTAGCTACATATCTGAAACCATTACCAAGTGATAGTGAATGGCAAAGTCAACTTCGAGTAATGAATTTTACAACACCATTGGATTTACATAATTATGGAAGTCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTTCATGGAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTTTAATAAAGCAACAGCTCTGCTAGCACATAATGAACGAATG CTTGATTTAACTTCAGGTGAAAGATTAGGACCGGG                                                      ]
[+] EMBL CD166486             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TACATAATTATGGAAGTCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTTCATGGAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTTTAATAAAGCAACA                                                                                                                     ]
[+] EMBL SMAA69223            [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTTCATGGAATTCACGTACAAGACAATCAGATTTTAATAAAAGAACAGCTCTGCTAGCACATAATGAA GAAAGANTTGATTTAACTT AGGTGAAAGATTAGGACCGGGAA                                                    ]


>consensus_9382#1 CAAATAATGGAGAAAATCTACGAATGAGATATAAGAGATCAGCTGCAATACAAACTGAAG AAACACTTGAACAAATTAATCAAAATATATTTGGACGTGTAGATGCACTGAATAAGAAAG TACGTTCAAGACGTTATGCAACTGGTTTAAGTCCCCAAAATCCAGCACGGACATGTAAAG ATGTTAGATTAACAAATAAATTTGCTCAGAATGATACTTATTGGGTCGATCCAAATGAAG GATCAAATAAAGATGCAATTAGAGCGAAGTGTACATTTTTTGATGATGGCACTGTTGAGA CATGTGTTGATTCAAGCATGGATCAAGGAATACTAGTTACATATCTGAAACCATTACCAA GTGATAGTGAATGGCAAAGTCAACTTCGAGTAATGAATTCTACAACACCATTGGATTTAC ATAATTATGGAAGTCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCAC AAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTTCATGGAATTCACGTACAA GTCAATCAGATTTTAATAAAGCAACAGCTCTGCTAGCACATAATGAACGAATGCTTGATT TAACTTCAGGTGAAAGATTAGGACCGGGAAAATATCATATGGATAAGCGTAATTATCGAA ATAATTTAGATCGTGTTGATAC



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9382#0      CAGCCAANAATTTTGCACGAGGAGCGAATGGCAAAGTCAACTTCGAGTAATGAATTCTAC 60
consensus_9382#1      ------------------------CAAATAATGGAG--AAAATCTACGAATGAGATATAA 34
                                              * ***     **  **  ** *  *****  * ** 

consensus_9382#0      AACACCATTGGATTTACATAATTATGGAAGTCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCA 120
consensus_9382#1      GAGATCAGCTGCAATACAAACTGAAGAAACACTTGAACAAATTAAT-CAAAATATATTTG 93
                       * * **   *   **** * * * * **  * *  **** *****     *  ****  

consensus_9382#0      -ACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTT 179
consensus_9382#1      GACGTGTAGATGCACTGAATAAGAAAGTACGTTCAAGACGTTATGCAACTGGTTTAAGTC 153
                       ** *  * *****    *  *    * *  ** * *   *    **      *   ** 

consensus_9382#0      CATGGAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTTTAATAAAGCAACAGCTCTGCTAGCACATA 239
consensus_9382#1      CCCAAAATCCA-GCACGGACATGTAAAGATGT--TAGATTAACAAATAAATTTGCTCAGA 210
                      *    *** ** * **       * *   * *  ** *  ****  *    * ** ** *

consensus_9382#0      ATGAACGAATGCTTGATTTAACTTCAGGTGAAAGATTAGGACCGGGAAAATATCATATGG 299
consensus_9382#1      ATGAT--ACTTATTGGGTCGA-TCCAAATGAAGGATCAA-ATAAAGATGCAATTAGAGCG 266
                      ****   * *  ***  *  * * **  **** *** *  *    **    ** * *  *

consensus_9382#0      ATAAGCGTAATTATCGAAATAATTTAGATCGTGTTGATACAAGTATTATTGTAGAATATG 359
consensus_9382#1      A--AGTGTACATTTTTTGATGAT---GGCACTGTTGAGACATGTGTTGATTCAAGCATGG 321
                      *  ** ***  * *    ** **   *    ****** *** ** **  *  *      *

consensus_9382#0      ATGGATGTCAGTACTTGACAAA-AGGTGCAGCCACTAAATTATTGATTGAGACAAGAGAT 418
consensus_9382#1      ATCAAGG--AATACTAGTTACATATCTGAAACCA-----TTACCAAGTGATAGTGAATGG 374
                      **  * *  * **** *  * * *  ** * ***     ***   * *** *    *   

consensus_9382#0      TTAGAAGTATTGCCAATTATTGATTTTAAAGTACGT---AATTTCGATAAACAAGGAACA 475
consensus_9382#1      CAAAGTCAACTTCGAGTAATGAATTCTACAACACCATTGGATTTACATAATTATGGAAGT 434
                        *     * * * * * **  *** ** *  **      ****  ****  * ****  

consensus_9382#0      TGTTCATTAAGTGTAAATGTTG-GTGCTGTATGCTATCGTACATAGGAACAAAGTAAATT 534
consensus_9382#1      CATTCAC-AAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATT 493
                        ****  ****  * *****  **  *  *        * ***   ** **  * ****

consensus_9382#0      TCC--GGAAAAAAAATAAACTATATATTTAATTGAATAAATTCATATGT---TCAATATT 589
consensus_9382#1      TTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTTCATGGAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTT 553
                      *    *  *   **   ** * ***  ** ** ****  *   * * **   ***   **

consensus_9382#0      GAATGAACTATTATTCCTTATTGTTTTGCTTTTGTCTGTATGAATATACT-TTCAATTTC 648
consensus_9382#1      TAATAAAGCAACAGCTCTG-----CTAGCACATAA-TGAACGAATGCTTGATTTAACTTC 607
                       *** **  *  *   **       * **   *   ** * ****      ** ** ***

consensus_9382#0      AAATTAATTTAATAAAATCTAAGCTGTTTTTGTAATGCGCGCCAGAATTGATACAAATAT 708
consensus_9382#1      AGGTGAAA--GATTAGGACCGGGAAAATATCATATGGATAAGCGTAATT-ATCGAAATAA 664
                      *  * **    ** *   *   *    * *  **  *     *  **** **  ***** 

consensus_9382#0      ACAATGTTCAATTAAAACAAATGTAAGTTTGAAAATTCACCAGTTAGGCATTTTATATCA 768
consensus_9382#1      TTTAGATCGTGTTGATAC------------------------------------------ 682
                         *  *    ** * **                                          

consensus_9382#0      CTTACATGAGCATAGTNTTAAACATACAACATACATTCACCAAGATGCTGTCATGTGACN 828
consensus_9382#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9382#0      AATAAAAT 836
consensus_9382#1      --------
                              




Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)