cluster # 9413

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 9413 cluster # 9413 Sequences # 9 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_9413#0 length = 1243 sequences # 8

consensus_9413#1 length = 183 sequences # 1

consensusID : consensus_9413#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 8
consensus length = 1243
fasta sequence

                              [ATATCATTGTATACAATCTCTTATTACCATGAATAGTAATGAATACATCGTCTTCTTTTAAATAGTTGAAATAAGAAAAGTATAAATGAGAAGAAATATAATCAAATAAGCATGCAAATGTTGATCAGTATTAATTTTTGAAGATGTCGATGACTTCAATTCATTCTTTGTGTTATTGATGTTGGCAGTCTAAGAGAAGTAACATGAGAGATGATTCATCATTATTCAATTATAAAGAAAGAAACACAAAAAGTATGCTTTCCTTTAAATGAATACTTAGGTATATATGCATATCTATATCTATATGATTATCATTATTTAGGTAAATGTCGTCTAGTTCTATAACCACGAAATGTTGCTTGTATTTTAGTTGCAGCTAATTCAGGATCATACAGACTATAGGTATTCATATGACTATTACTGTTATCCCTTTCTTGTTGAATAGTTTTATAGTCTAAATAATTTTGATTTTCTTTATTTGATATTAAATGATGTTGATTATGATGATGATGATTTAATAATGGTGCTAATGATTTTCTTGTTTTATAACCACGATAACCAGCTTGAATTTTAGTTACCGCTTTAACTTTTCCATCAATATCATCATCATTATTATTATCAATATTATGATCGATATTGGTTTTATTGATTTTATCATTAGAATAATAGGGAACATTTTTGATTGGTTTATATTGTTTTTGTGTAATATTATCATTATCATCACGTAATGCTTTCCTAGTTAAATAACCACGGTAACTAGCTTGTATCCGTGTAGCTGCATTCTCTAAATCATTATTATTATTATTGTTATTGTTTCTTAATGGTGATTGATGTATAGTATATGATTGTCTGGTAGATATTGAA-GGATAATTTGATGATGGTAATGATGAATTCAATGATAAATTACCATATTTTTTACGTGTACAATAACCACGATAACCAGCTTGAATTTTTGTTGCAGCTAATGATTCTTTATCAGGATGTTCATAGGAATAGGCTGTTGTGGTTGTTGTTTTAGTAGTTGTAGTGGTAGTGCTAGTTGTTCTTGATATTGGTGTTGATCTATTTGAATGAGTTGATGACATATTATAATGATTATAGAAATTAAAAGTAGCTGGTATAGTTTTATTAATGAATAATGTGGAAATTTTGTTTGTATGAAATCGTTTTGTCCAAACAAATTTATTATACTGTAGGGTATTTTTCTTTTTCTTTTCTTTCTATNTTTTTTTCTATTTTTTTT]

[+] EMBL CD179398             [ATATCATTGTATACAATCTCTTATTACCATGAATAGTAATGAATACATCGTCTTCTTTTAAATAGTTGAAATAAGAAAAGTATAAATGAGAAGAAATATAATCAAATAAGCATGCAAATGTTGATCAGTATTAATTTTTGAAGATGTCGATGACTTCAATTCATTCTTTGTGTTATTGATGTTGGCAGTCTAAGAGAAGTAACATGAGAGATGATTCATCATTATTCAATTATAAAGAAAGAAACACAAAAAGTATGCTTTCCTTTAAATGAATACTTAGGTATATATGCATATCTATATCTATATGATTATCATTATTTAGGTAAATGTCGTCTAGTTCTATAACCACGAAATGTTGCTTGTATTTTAGTTGCAGCTAATTCAGGATCATACA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ]
[+] EMBL CD185481             [                                                                                                                                                                                  ATGTTGGCAGTCTAAGAGAAGTAACATGAGAGATGATTCATCATTATTCAATTATAAAGAAAGAAACACAAAAAGTATGCTTTCCTTTAAATGAATACTTAGGTATATATGCATATCTATATCTATATGATTATCATTATTTAGGTAAATGTCGTCTAGTTCTATAACCACGAAATGTTGCTTGTATTTTAGTTGCAGCTAATTCAGGATCATACAGACTATAGGTATTCATATGACTATTACTGTTATCCCTTTCTTGTTGAATAGTTTTATAGTCTAAATAATTTTGATTTTCTTTATTTGATATTAAATGATGTTGATTATGATGATGATGATTTAATAATGGTGCTAATGATTTTCTTGTTTTATAACCACGATAACCAGCTTGAATTTTAGTTACCGCTTTAACTTTTCCATCAATATCATCATCATTATTATTATCAATATTATGATCGATATTGGTTNTATTGATTTTATCATTAGAATAATAGGGAACATTTTTGATTGGTTTATATTGTTTTTGTGTAATATTATCATTATCATCACGTAATGCTNTCCTAGTTAAATAACCACGGTAACTAGCTTGTATCCGTGTAGCTGCATTCTCTAAATCATTATNATTATNATTGGTATTGGTTCTTAATGGTGATTGATGTATAGTATATGATGGTCTGGTAGATATTGAAGGGATATTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]
[+] EMBL CD185611             [                                                                                                                                                                                  ATGTTGGCAGTCTAAGAGAAGTAACATGAGAGATGATTCATCATTATTCAATTATAAAGAAAGAAACACAAAAAGTATGCTTTCCTTTAAATGAATACTTAGGTATATATGCATATCTATATCTATATGATTATCATTATTTAGGTAAATGTCGTCTAGTTCTATAACCACGAAATGTTGCTTGTATTTTAGTTGCAGCTAATTCAGGATCATACAGACTATAGGTATTCATATGACTATTACTGTTATCCCTTTCTTGTTGAATAGTTTTATAGTCTAAATAATTTTGATTTTCTTTATTTGATATTAAATGATGTTGATTATGATGATGATGATCTAATAATGGTGCTAATGATTTTCTTGTTTTATAACCACGATAACCAGCTTGAATTTTAGTTACCGCTTTAACTTTTCCATCAATATCATCATCATTATTATTATCAATATTATGATCGATATTGGTTTTATTGATTTTATCATTAGAATAATAGGGAACATTTTTGATTGGTTTATATTGTTTTTGTGTAATATTATCATTATCATCACGTAATGCTTTCCTAGTTAAATAAacc                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ]
[+] EMBL CD185533             [                                                                                                                                                                                  ATGTTGGCAGTCTAAGAGAAGTAACATGAGAGATGATTCATCATTATTCAATTATAAAGAAAGAAACACAAAAAGTATGCTTTCCTTTAAATGAATACTTAGGTATATATGCATATCTATATCTATATGATTATCATTATTTAGGTAAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]
[-] EMBL CD196584             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTCTTGTTTTATAACCACGATAACCAGCTTGAATTTTAGTTACCGCTTTAACTTTTCCATCAATATCATCATCATTATTATTATCAATATTATGATCGATATTGGTTTTATTGATTTTATCATTAGAATAATAGGGAACATTTTTGATTGGTTTATATTGTTTTTGTGTAATATTATCATTATCATCACGTAATGCTTTCCTAGCTAAATAACCACGGTAACTAGCTTGTATCCGTGTAGCTGCATTCTCTAAATCATTATTATTATTATTGTTATTGTTTCTTAATGGTGATTGATGTATAGTATATGATTGCCTGGTAGATATTGAA GGATAATTTGATGATGGTAATGATGAATTCAATGATAAATTACCATATTTTTTACGTGTACAATAACCACGATAACCAGCTTGAATTTTTGTTGCAGCTAATGATTCTTTATCAGCATGTTCAT                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[-] EMBL CD196313             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tatgCTAGTTAAATAACCACGGTAACTAGCTTGTATCCGTGTAGCTGCATTCTCTAAATCATTATTATTATTATTGTTATTGTTTCTTAATGGTGATTGATGTATAGTATATGATTGTCTGGTAGATATTGAA GGATAATTTGATGATGGTAATGATGAATTCAATGATAAATTCCCATATTTTTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL CD190210             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AA GGATAATTTGATGATGGTAATGATGAATTCAATGATAAATTACCATATTTTTTACGTGTACAATAACCACGATAACCAGCTTGAATTTTTGTTGCAGCTAATGATTCTTTATCAGGATGTTCATAGGAATAGGCTGTTGTGGTTGTTGTTTTAGTAGTTGTAGTGGTAGTGCTAGTTGTTCTTGATATTGGTGTTGATCTATTTGAATGAGTTGATGACATATTATAATGATTATAGAAATTAAAAGTAGCTGGTATAGTTTTATTAATGAATAATGTGGAAATTTTGTTTGTATGAAATCGTTTTGTCCAAACAAATTTATTATACTGTAGGGTATT                                         ]
[+] EMBL CD190239             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AA GGATAATTTGATGATGGTAATGATGAATTCAATGATAAATTACCATATTTTTTACGTGTACAATAACCACGATAACCAGCTTGAATTTTTGTTGCAGCTAATGATTCTTTATCAGGATGTTCATAGGAATAGGCTGTTGTGGTTGTTGTTTTAGTAGTTGTAGTGGTAGTGCTAGTTGTTCTTGATATTGGTGTTGATCTATTTGAATGAGTTGATGACATATTATAATGATTATAGAAATTAAAAGTAGTTGGTATAGTTTTATTAATGAATAATGTGGAAATTTTGTTTGTATGAAATCGTTTTGTCCAAACAAATTTATTATACTGTAGGGTATTTTTCTTTTTCTTTTCTTTCTATNTTTTTTTCTATTTTTTTT]




>consensus_9413#0
ATATCATTGTATACAATCTCTTATTACCATGAATAGTAATGAATACATCGTCTTCTTTTA
AATAGTTGAAATAAGAAAAGTATAAATGAGAAGAAATATAATCAAATAAGCATGCAAATG
TTGATCAGTATTAATTTTTGAAGATGTCGATGACTTCAATTCATTCTTTGTGTTATTGAT
GTTGGCAGTCTAAGAGAAGTAACATGAGAGATGATTCATCATTATTCAATTATAAAGAAA
GAAACACAAAAAGTATGCTTTCCTTTAAATGAATACTTAGGTATATATGCATATCTATAT
CTATATGATTATCATTATTTAGGTAAATGTCGTCTAGTTCTATAACCACGAAATGTTGCT
TGTATTTTAGTTGCAGCTAATTCAGGATCATACAGACTATAGGTATTCATATGACTATTA
CTGTTATCCCTTTCTTGTTGAATAGTTTTATAGTCTAAATAATTTTGATTTTCTTTATTT
GATATTAAATGATGTTGATTATGATGATGATGATTTAATAATGGTGCTAATGATTTTCTT
GTTTTATAACCACGATAACCAGCTTGAATTTTAGTTACCGCTTTAACTTTTCCATCAATA
TCATCATCATTATTATTATCAATATTATGATCGATATTGGTTTTATTGATTTTATCATTA
GAATAATAGGGAACATTTTTGATTGGTTTATATTGTTTTTGTGTAATATTATCATTATCA
TCACGTAATGCTTTCCTAGTTAAATAACCACGGTAACTAGCTTGTATCCGTGTAGCTGCA
TTCTCTAAATCATTATTATTATTATTGTTATTGTTTCTTAATGGTGATTGATGTATAGTA
TATGATTGTCTGGTAGATATTGAAGGATAATTTGATGATGGTAATGATGAATTCAATGAT
AAATTACCATATTTTTTACGTGTACAATAACCACGATAACCAGCTTGAATTTTTGTTGCA
GCTAATGATTCTTTATCAGGATGTTCATAGGAATAGGCTGTTGTGGTTGTTGTTTTAGTA
GTTGTAGTGGTAGTGCTAGTTGTTCTTGATATTGGTGTTGATCTATTTGAATGAGTTGAT
GACATATTATAATGATTATAGAAATTAAAAGTAGCTGGTATAGTTTTATTAATGAATAAT
GTGGAAATTTTGTTTGTATGAAATCGTTTTGTCCAAACAAATTTATTATACTGTAGGGTA
TTTTTCTTTTTCTTTTCTTTCTATNTTTTTTTCTATTTTTTTT

consensusID : consensus_9413#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 183
fasta sequence

                              [CACTACTACCGGCGGGGCCGTGTCTGGTAGATATTGAAGGATAATTTGATGATGGTAATGATGAATTCAATGATAAATTACCATATTTTTTTACGTGTACAATAACCACGATAACCAGCTTGAATTTTTGTTGCAGCTAATGATTCTTTATCAGGATGTTCATAGGAATAGGCTGTTGTGGTT]

[+] EMBL CD187875             [CACTACTACCGGCGGGGCCGTGTCTGGTAGATATTGAAGGATAATTTGATGATGGTAATGATGAATTCAATGATAAATTACCATATTTTTTTACGTGTACAATAACCACGATAACCAGCTTGAATTTTTGTTGCAGCTAATGATTCTTTATCAGGATGTTCATAGGAATAGGCTGTTGTGGTT]




>consensus_9413#1
CACTACTACCGGCGGGGCCGTGTCTGGTAGATATTGAAGGATAATTTGATGATGGTAATG
ATGAATTCAATGATAAATTACCATATTTTTTTACGTGTACAATAACCACGATAACCAGCT
TGAATTTTTGTTGCAGCTAATGATTCTTTATCAGGATGTTCATAGGAATAGGCTGTTGTG
GTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9413#0      ATATCATTGTATACAATCTCTTATTACCATGAATAGTAATGAATACATCGTCTTCTTTTA 60
consensus_9413#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9413#0      AATAGTTGAAATAAGAAAAGTATAAATGAGAAGAAATATAATCAAATAAGCATGCAAATG 120
consensus_9413#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9413#0      TTGATCAGTATTAATTTTTGAAGATGTCGATGACTTCAATTCATTCTTTGTGTTATTGAT 180
consensus_9413#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9413#0      GTTGGCAGTCTAAGAGAAGTAACATGAGAGATGATTCATCATTATTCAATTATAAAGAAA 240
consensus_9413#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9413#0      GAAACACAAAAAGTATGCTTTCCTTTAAATGAATACTTAGGTATATATGCATATCTATAT 300
consensus_9413#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9413#0      CTATATGATTATCATTATTTAGGTAAATGTCGTCTAGTTCTATAACCACGAAATGTTGCT 360
consensus_9413#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9413#0      TGTATTTTAGTTGCAGCTAATTCAGGATCATACAGACTATAGGTATTCATATGACTATTA 420
consensus_9413#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9413#0      CTGTTATCCCTTTCTTGTTGAATAGTTTTATAGTCTAAATAATTTTGATTTTCTTTATTT 480
consensus_9413#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9413#0      GATATTAAATGATGTTGATTATGATGATGATGATTTAATAATGGTGCTAATGATTTTCTT 540
consensus_9413#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9413#0      GTTTTATAACCACGATAACCAGCTTGAATTTTAGTTACCGCTTTAACTTTTCCATCAATA 600
consensus_9413#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9413#0      TCATCATCATTATTATTATCAATATTATGATCGATATTGGTTTTATTGATTTTATCATTA 660
consensus_9413#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9413#0      GAATAATAGGGAACATTTTTGATTGGTTTATATTGTTTTTGTGTAATATTATCATTATCA 720
consensus_9413#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9413#0      TCACGTAATGCTTTCCTAGTTAAATAACCACGGTAACTAGCTTGTATCCGTGTAGCTGCA 780
consensus_9413#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9413#0      TTCTCTAAATCATTATTATTATTATTGTTATTGTTTCTTAATGGTGATTGATGTATAGTA 840
consensus_9413#1      ---------------------------------------------CACTACTAC-CGGCG 14
                                                                    * *  *     *  

consensus_9413#0      TATGATTGTCTGGTAGATATTGAAGGATAATTTGATGATGGTAATGATGAATTCAATGAT 900
consensus_9413#1      GGGCCGTGTCTGGTAGATATTGAAGGATAATTTGATGATGGTAATGATGAATTCAATGAT 74
                            ******************************************************

consensus_9413#0      AAATTACCATATTTTTT-ACGTGTACAATAACCACGATAACCAGCTTGAATTTTTGTTGC 959
consensus_9413#1      AAATTACCATATTTTTTTACGTGTACAATAACCACGATAACCAGCTTGAATTTTTGTTGC 134
                      ***************** ******************************************

consensus_9413#0      AGCTAATGATTCTTTATCAGGATGTTCATAGGAATAGGCTGTTGTGGTTGTTGTTTTAGT 1019
consensus_9413#1      AGCTAATGATTCTTTATCAGGATGTTCATAGGAATAGGCTGTTGTGGTT----------- 183
                      *************************************************           

consensus_9413#0      AGTTGTAGTGGTAGTGCTAGTTGTTCTTGATATTGGTGTTGATCTATTTGAATGAGTTGA 1079
consensus_9413#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9413#0      TGACATATTATAATGATTATAGAAATTAAAAGTAGCTGGTATAGTTTTATTAATGAATAA 1139
consensus_9413#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9413#0      TGTGGAAATTTTGTTTGTATGAAATCGTTTTGTCCAAACAAATTTATTATACTGTAGGGT 1199
consensus_9413#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9413#0      ATTTTTCTTTTTCTTTTCTTTCTATNTTTTTTTCTATTTTTTTT 1243
consensus_9413#1      --------------------------------------------