These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_9451#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 8 consensus length = 1691 fasta sequence [ACATTCTGGTTTAGTAACATGTCAATCAAATTGTCCACAGTATACTTGGCGAATAGATTTAATTAAAACAACCATTTTGGAAAGAATGGTTTTCTGGTTTGTCTAAACTATTTCTATCAATACCTGAACCAAAATTACTTCTATTAGCTGATGCTGATCGATTGGATAAAGATTTAACCATTGGGCAAATGCAAGGTAAATTTCAGGTTCAACTGTTCCCTCGCGCTGGTCATGCTGTTCAAGAGGATACTCCAGATAGAGTTGCGGAATGCCTGGCTAGATTTCTAGTACGCAATCGATTCACTGAAGCTCGGTCAGATTCTTGAACAATCAATATAGTATCTCACATCAAGATTATTGCTGAATTCAATTATTCAGTTTTCATATAACGTCGACTACACTTTCTTCACGACTGGACAATCGCTAGTTAGACATAGTTTGTGTATGTGTATACATAAAAGCTTTAATCATAGTATTTGTATAATTTCTTTTATAGAACCCTATATTCCATTGTTTCCCTCTTTCTCTCTCCTTATAGTATGACTATTCGAATTCAGTTTATTTCTGAAAATTAATTACTCAAAACGGCACTACAAAATTTCATGCCAAAATTAATTAATTGAACAAGAGAATAGATAGTTAATGCTCATTGTTTTTTTTGTTTAATTCTCCTCGTTATTAGTATCTATGTGTGTATATTTCCTTATGCATGGCATATATTTCAACTTTAATAATATTTTATTGTATGTGTAAAAGATTTCGTTTTATTCTGCTGTCAATTTTTTTTAAAATCCAAAAATGTAACTGACTATTTTTATTTGCTTGTTGATAACTTTTGTTTTCTCGTTTCTCCTTTTTCATTTGATATGATGATTCTTGTAGATTTTCGAGAGGTGTCATTATCACCAACTCTTCATTCATTCATGTATAGGTATGTAGCTTCTTCTTTC--TTTTTTTTCTTCGAAAAAAAGAGGACATTCAACTTTATCTTATTTTTCTCTTCTTTTGATTTTGTTTTCTCTAATAATTGACCGCGTCAATGTCATCGTGGAATCATATTGAATATTTTGGATTTTTCCTTTATTGAGCTAAAAAAACATCTTGAATGTGTACTCTAAGCTGAGGATAATGTTGAATTGCAAATATTCAGTTATTGTCGTTATCGTATTCCCTGTACAAAATTGTCTCTTTTTGGGATTTTTCCTCGGTTTTGGTAAATTAGAGATCTTCACAAGATAAAAGTGTGTTCATCAGTTTGCCACTAACTG-TTTTTTAATTCATAGTTATTGTTGTCATGTAGTTCTTTTTTAACATAGTTGTTTCCCTTTTTTAATGCTGGTGCCAACAACTTATATTATCGAGTCTATTGTTATTTGTTTCTGTGTGGTAATCAGTCACTTTAACTTTTTCTTTCTTGTTTACTTTGTGTTCTTACGTGTATGTGGTTGTTAATAAGATTCAGTGCGCCTATCTACTTTTTTATCCGATTTTTTTTCACACTGTTATTCTTCTTGTCTCTCTCTCTTGCTCTTATCTTTTCGATTCATGTATTTTTACAAAGAATATTTCTCACTGACAATCAAGATGAAGTGTTAATAAAACTAAAAATGCTAATTATTATCATCTTGTACTATTAAAATCCGTGTTTTTTTCTTTCTCATGTTGGTGGTTAACAAATAAAATTATGCCAT] [-] EMBL CD115038 [ACATTCTGGTTTAGTAACATGTCAATCAAATTGTCCACAGTATACTTGGCGAATAGATTTAATTAAAACAACCATTTTGGAAAGAATGGTTTTCTGGTTTGTCTAAACTATTTCTATCAATACCTGAACCAAAATTACTTCTATTAGCTGATGCTGATCGATTGGATAAAGATTTAACCATTGGGCAAATGCAAGGTAAATTTCAGGTTCAACTGTTCCCTCGCGCTGGTCATGCTGTTCAAGAGGATACTCCAGATAGAGTTGCGGAATGCCTGGCTAGATTTCTAGTACGCAATCGATTCACTGAAGCTCGGTCAGATTCTTGAACAATCAATATAGTATCTCACATCAAGATTATTGCTGAATTCAATTATTCAGTTTTCATATAACGTCGACTACACTTTCTTCACGACTGGACAATCGCTAGTTAGACATAGTTTGTGTATGTGTATACATAAAAGCTTTAATCATAGTATTTGTATAATTTCTTTTATAGAACCCTATATTCC ] [+] EMBL CD168856 [ CAAGAGGATACTCCAGATAGAGTTGCGGAATGCCTGGCTAGATTTCTAGTACGCAATCGATTCACTGAAGCTCGGTCAGATTCTTGAACAATCAATATAGTATCTCACATCAAGATTATTGCTGAATTCAATTATTCAGTTTTCATATAACGTCGACTACACTTTCTTCACGACTGGACAATCGCTAGTTAGACATAGTTTGTGTATGTGTATACATAAAAGCTTTAATCATAGTATTTGTATAATTTCTTTTATAGAACCCTATATTCCATTGTTTCCCTCTTTCTCTCTCCTTATAGTATGACTATTCGAATTCAGTTTATTTCTGAAAATTAATTACTCAAAACGGCACTACAAAATTTCATGCCAAAATTAATTAATTGAACAAGAGAATAGATAGTTAATGCTCATTGTTTTTTTTGTTTAATTCTCCTCGTTATTAGTATCTATGTGTGTATATTTCCTTATGCATGGCATATATTTCAACTTTAATAATATTTTATTGTATGTGTAAAAGATTTCGTTTTATTCTGCTGTCAATTTTTTTTAAAATCCAAAAATGTAACTGACTATTTTTATTTGCTTGTTGATAACTTTTGTTTTCTCGTTTCTCCTTTTTCATTTGATATGATGATTCTTGTAGATTTTCGAGAGGTGTCATTATCACCAACT ] [-] EMBL CD197919 [ TAGAGTTGCGGAATGCCTGGCTAGATTTCTAGTACGCAATCGATTCACTGAAGCTCGGTCAGATTCTTGAACAATCAATATAGTATCTCACATCAAGATTATTGCTGAATTCAATTATTCAGTTTTCATATAACGTCGACTACACTTTCTTCACGACTGGACAATCGCTAGTTAGACATAGTTTGTGTATGTGTATACATAAAAGCTTTAATCATAGTATTTGTATAATTTCTTTTATAGAACCCTATATTCCATTGTTTGTCTATTTCTCTCTCt ] [+] EMBL CD078688 [ TGTGTAAAAGATTTCGTTTTATTCTGCTGTCAATTTTTTTTAAAATCCAAAAATGTAACTGACTATTTTTATTTGCTTGTTGATAACTTTTGTTTTCTCGTTTCTCCTTTTTCATTTGATATGATGATACTTGTAGATTTTCGAGAGGTGTCATTATCACCAACTCTTCATTCATTCATGTATAGGTATGTAGCTTCTTCTTTCTTTTTTTTTTCTTCGAAAAAAAGAGGACATTCAACTTTATCTTATTTTTCTCTTCTTTTGATTTTGTTTTCTCTAATAATTGACCGCGTCAATGTCATCGTGGAATCATATTGAATATTTTGGATTTTTCCTTTATTGAGCTAAAAAAACATCTTGAATGTGTACTCTAAGCTGAGGATAATGTTGAATTGCAAATATTCAGTTATTGTCGTTATCGTATTCCCTGTACAAAATTGTCTCTTTTTGGGATTTTTCCTCGGTTTTGGTAAATTAGAGATCTTCACAAGATAAAAGTGTGTTCATCAGTTTGCCACTAACTG TTTTTTAATTCATAGTTATTGTTGCCATGTAGCTCTTTNTTAACATAGT ] [+] EMBL AA629501 [ TTTTATTCTGCTGTCAATTTTTTTTAAAATCCAAAAATGTAACTGACTATTTTTATTTGCTTGTTGATAACTTTTGTTTTCTCGTTTCTCCTTTTTCATTTGATATGATGATTCTTGTAGATTTTCGAGAGGTGTCATTATCACCAACTCTTCATTCATTCATGTATAGGTATGTAGCTTCTTCTTTC TTTTTTTTCTTCGAAAAAAAGAGGACATTCAACTTTATCTTATTTTTCTCTTCTTTTGATTTTGTTTTCTCTAATAATTGACCGCGTCAATGTCATCGTGGAATCATATTGAATATTTTGGATTTTTCCTTTATTGAGCTAAAAAAACATCTTGAATGTGTACTCTAAGCTGAGGATAATGTTGAATTGCAAATATTCAGTTATTGTCGTTATCGTATTCCCTGTACAAAATTGTCTCTTTTTGGGATTTTTCCTCGGTTTTGGTAAATTAGA ] [-] EMBL CD073151 [ tTAAGCTGAGGATAATGTTGAATTGCAAATATTCAGTTAATGTCGTTATCGTATTCCCTGTACAAAATTGTCTCTTTTTGGGATTTTTCCTCGGTTTTGGTAAATTAGAGATCTTCACAAGATAAAAGTGTGTTCATCAGTTTGCCACTAACTG TTTTTTAATTCATAGTTATTGTTGTCATGTAGTTCTTTTTTAACATAGTTGTTTCCCTTTTTTAATGCTGGTGCCAACAACTTATATTATCGAGTCTATTGTTATTTGTTTCTGTGTGGTAATCAGTCACTTTAACTTTTTCTTTCTTGTTTACTTTGTGTTCTTACGTGTATGTGGTTGTTAATAAGATTCAGTGCGCCTATCTACTTTTTTATCCGATTTTTTTTCACACTGTTATTCTTCTTGTCTCTCTCTCTTGCTCTTATCTTTTCGATTCATGTATTTTTACAAAGAATATTTCTCACTGACAATCAAGATGAAGTGTTAATAAAACTAAAAATGCTAATTATTATCATCTTGTACTATTAAAATCCGTGTTTTTTTCTTTCTCATGTTGGTGGTTAACAAATAAAATTAT ] [-] EMBL CD077327 [ TGAGGATAATGTTGAATTGCAAATATTCAGTTATGGTCGTTATCGTATTCCCTGTACAAAATTGTCTCTTTTTGGGATTTTTCCTCGGTTTTGGTAAATTAGAGATCTTCACAAGATAAAAGTGTGTTCATCAGTTTGCCACTAACTG TTTTTTAATTCATAGTTATTGTTGTCATGTAGTTCTTTTTTAACATAGTTGTTTCCCTTTTTTAATGCTGGTGCCAACAACTTATATTATCGAGTCTATTGTTATTTGTTTCTGTGTGGTAATCAGTCACTTTAACTTTTTCTTTCTTGTTTACTTTGTGTTCTTACGTGTATGTGGTTGTTAATAAGATTCAGTGCGCCTATCTACTTTTTTATCCGATTTTTTTTCACACTGTTATTCTTCTTGTCTCTCTCTCTTGCTCTTATCTTTTCGATTCATGTATTTTTACAAAGAATATTTCTCACTGACAATCAAGATGAAGTGTTAATAAAACTAAAAATGCTAATTATTATCATCTTGTACTATTAAAATCCGTGTTTTTTTCTTTCTCATGTTGGTGGTTAACAAATAAAATTATGCCAT] [-] EMBL CD141688 [ ATTCAGTTATTGTCGTTATCGTATTCCCTGTACAAAATTGTCTCTTTTTGGGATTNTTCCTCGGTTNTGGTAAATTAGAGATCTTCACAAGATAAAAGTGTGTTCATCAGTTTGCCACTAACTGTTTTTTTAATTCATAGTTATTGTTGTCATGTAGTTCTTTTTTAACATAGTTGTTTCCCTTTTTTAATGCTGGTGCCAACAACTTATATTATCGAGTCTATTGTTATTTGTTTCTGTGTGGTAATCAGTCACTTTAACTTTTTCTTTCTTGTTTACTTTGTGCTCTTACGTGTATGTGGTTGTTAATAAGATTCAGTGCGCCTATCTACTTTTTTATCCGATTTTTTTTCACACTGTTATT ] consensusID : consensus_9451#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 470 fasta sequence [GGAGTTCACTTAGTAGTAGGTAATTTAATTAATTCACTGATTTTAGTTTTTTTTTCTCTGTCGAATTAAAAACCAGGAAGCATTGGACAGCCGTTTCGTCCTGGTATGAAATTTCTTAGCACTGTTCATCCATGACTTTACTAAGAATCAATCCCTCATCGTTATACTTATAAAATTCATGTTAGTGTAATGATAAATCATTTCTTTTCAATAAATAATTTGTTATAAATTTCAAAATTTCTTTTGTTTCTAATCTGAATAATACCTACTAAATTTTTTCTTTAAATTTTTTAGTATCTCACATCAAGATTATTGCTGAATTCAATTATTCAGTTTTCATATAACGTCGACTACACTTTCTTCACGACTGGACAATCGCTAGTTAGACATAGTTTGTGTATGTGTATACATAAAAGCTTTAATCATAGTATTTGTATAATTTCTTTTATAGAACCCTATATTCCATTGTT] [-] EMBL AI975633 [GGAGTTCACTTAGTAGTAGGTAATTTAATTAATTCACTGATTTTAGTTTTTTTTTCTCTGTCGAATTAAAAACCAGGAAGCATTGGACAGCCGTTTCGTCCTGGTATGAAATTTCTTAGCACTGTTCATCCATGACTTTACTAAGAATCAATCCCTCATCGTTATACTTATAAAATTCATGTTAGTGTAATGATAAATCATTTCTTTTCAATAAATAATTTGTTATAAATTTCAAAATTTCTTTTGTTTCTAATCTGAATAATACCTACTAAATTTTTTCTTTAAATTTTTTAGTATCTCACATCAAGATTATTGCTGAATTCAATTATTCAGTTTTCATATAACGTCGACTACACTTTCTTCACGACTGGACAATCGCTAGTTAGACATAGTTTGTGTATGTGTATACATAAAAGCTTTAATCATAGTATTTGTATAATTTCTTTTATAGAACCCTATATTCCATTGTT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_9451#0 ACATTCTGGTTTAGTAACATGTCAATCAAATTGTCCACAGTATACTTGGCGAATAGATTT 60 consensus_9451#1 -----------------GGAGTTCACTTAGTAGTAGGTAATTTAATTAATTCACTGATTT 43 ** * * * ** * * ** ** * ***** consensus_9451#0 AATTAAAACAACCATTTTGGAAAGAATGGTTTTCTGGTTTGTCTAAACTATTTCTATCAA 120 consensus_9451#1 TAGTTTTTTTTTCTCTGTCGAATTAAAAACCAGGAAGCATTGGACAGCCGTTTCGT---- 99 * * * * * *** ** * * * * **** consensus_9451#0 TACCTGAACCAAAATTACTTCTATTAGCTGATGCTGATCGATTGGATAAAGATTTAACCA 180 consensus_9451#1 --CCTGGTATGAAATTTCTTAGCACTGTTCATCC--ATGACTTTACTAAGAATCAATCCC 155 **** ***** *** * * ** * ** ** *** ** * ** consensus_9451#0 TTGGGCAAATGCAAGGTAAATTTCAGGTTCAACTGTTCCCTCGCGCTGGTCATGCTGTTC 240 consensus_9451#1 TCATCGTTATACTTA-TAAAATTCATGTTAGTGTAATG------ATAAATCATTTCTTTT 208 * ** * **** **** *** * * **** ** consensus_9451#0 AAGAGGATACTCCAGATAGAGTTGCGGAATGCCTGGCTAGATTTCTAGTACGCAATCGAT 300 consensus_9451#1 CAATAAATAATTTGTTATAAATTTCAAAATTTCT---TTTGTTTCTAATCTGAATAATAC 265 * *** * * ** * *** ** * ****** * * * * consensus_9451#0 TCACTGAAGCTCGGTCAGATTCTTGAACAATCAATATAGTATCTCACATCAAGATTATTG 360 consensus_9451#1 CTACTAAATTTT-------TTCTT---TAAATTTTTTAGTATCTCACATCAAGATTATTG 315 *** ** * ***** ** * ************************ consensus_9451#0 CTGAATTCAATTATTCAGTTTTCATATAACGTCGACTACACTTTCTTCACGACTGGACAA 420 consensus_9451#1 CTGAATTCAATTATTCAGTTTTCATATAACGTCGACTACACTTTCTTCACGACTGGACAA 375 ************************************************************ consensus_9451#0 TCGCTAGTTAGACATAGTTTGTGTATGTGTATACATAAAAGCTTTAATCATAGTATTTGT 480 consensus_9451#1 TCGCTAGTTAGACATAGTTTGTGTATGTGTATACATAAAAGCTTTAATCATAGTATTTGT 435 ************************************************************ consensus_9451#0 ATAATTTCTTTTATAGAACCCTATATTCCATTGTTTCCCTCTTTCTCTCTCCTTATAGTA 540 consensus_9451#1 ATAATTTCTTTTATAGAACCCTATATTCCATTGTT------------------------- 470 *********************************** consensus_9451#0 TGACTATTCGAATTCAGTTTATTTCTGAAAATTAATTACTCAAAACGGCACTACAAAATT 600 consensus_9451#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9451#0 TCATGCCAAAATTAATTAATTGAACAAGAGAATAGATAGTTAATGCTCATTGTTTTTTTT 660 consensus_9451#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9451#0 GTTTAATTCTCCTCGTTATTAGTATCTATGTGTGTATATTTCCTTATGCATGGCATATAT 720 consensus_9451#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9451#0 TTCAACTTTAATAATATTTTATTGTATGTGTAAAAGATTTCGTTTTATTCTGCTGTCAAT 780 consensus_9451#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9451#0 TTTTTTTAAAATCCAAAAATGTAACTGACTATTTTTATTTGCTTGTTGATAACTTTTGTT 840 consensus_9451#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9451#0 TTCTCGTTTCTCCTTTTTCATTTGATATGATGATTCTTGTAGATTTTCGAGAGGTGTCAT 900 consensus_9451#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9451#0 TATCACCAACTCTTCATTCATTCATGTATAGGTATGTAGCTTCTTCTTTCTTTTTTTTCT 960 consensus_9451#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9451#0 TCGAAAAAAAGAGGACATTCAACTTTATCTTATTTTTCTCTTCTTTTGATTTTGTTTTCT 1020 consensus_9451#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9451#0 CTAATAATTGACCGCGTCAATGTCATCGTGGAATCATATTGAATATTTTGGATTTTTCCT 1080 consensus_9451#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9451#0 TTATTGAGCTAAAAAAACATCTTGAATGTGTACTCTAAGCTGAGGATAATGTTGAATTGC 1140 consensus_9451#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9451#0 AAATATTCAGTTATTGTCGTTATCGTATTCCCTGTACAAAATTGTCTCTTTTTGGGATTT 1200 consensus_9451#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9451#0 TTCCTCGGTTTTGGTAAATTAGAGATCTTCACAAGATAAAAGTGTGTTCATCAGTTTGCC 1260 consensus_9451#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9451#0 ACTAACTGTTTTTTAATTCATAGTTATTGTTGTCATGTAGTTCTTTTTTAACATAGTTGT 1320 consensus_9451#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9451#0 TTCCCTTTTTTAATGCTGGTGCCAACAACTTATATTATCGAGTCTATTGTTATTTGTTTC 1380 consensus_9451#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9451#0 TGTGTGGTAATCAGTCACTTTAACTTTTTCTTTCTTGTTTACTTTGTGTTCTTACGTGTA 1440 consensus_9451#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9451#0 TGTGGTTGTTAATAAGATTCAGTGCGCCTATCTACTTTTTTATCCGATTTTTTTTCACAC 1500 consensus_9451#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9451#0 TGTTATTCTTCTTGTCTCTCTCTCTTGCTCTTATCTTTTCGATTCATGTATTTTTACAAA 1560 consensus_9451#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9451#0 GAATATTTCTCACTGACAATCAAGATGAAGTGTTAATAAAACTAAAAATGCTAATTATTA 1620 consensus_9451#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9451#0 TCATCTTGTACTATTAAAATCCGTGTTTTTTTCTTTCTCATGTTGGTGGTTAACAAATAA 1680 consensus_9451#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9451#0 AATTATGCCAT 1691 consensus_9451#1 ----------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||