Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 9513 cluster # 9513       Sequences # 10       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_9513#0 length = 1118 sequences # 10  

consensusID : consensus_9513#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 10
consensus length = 1118
fasta sequence
                              [CTATTCGCCGCAGGAATGGCTCCGGAACTTTACTTGTGCTAGTTGTCGTGTTGGTTTAGTTCGTCAAGATTTTTATGAACGTGATAATCAAGCTTATTGTACTCAATGTCATCTAAAAATGTTCTCACCTAGATGTGGTTATTGTGGTGAAGCAGTTGTTGAGAAATGTGTTTTGGCTTTGGCCCGTGCATGGCATCCTGAGCACTTTTTTTGTTACGAATGTCATTCCACTTTTAATGGATCGTTAACAGTACATGAACAAAATGGCAAATTTTACTGCTCTAACTGTTATTTCACAC-GATTTGGAACTCCATGCTCTGGTTGTCAACAACCTATTACAGATGCATATATAACTGCATTGGATATGCCTTGGCACAAAGACTGTTTTACTTGTCATGATTGTAATAGAATACTCACTGGATCAAGTTTCCATGAAATTGAAGGATATCCTTACTGTGATTCTCACTATTATTCAAGACGTGGATTATTATGCTTTTCATGCTCCCTACCAATTACTGGAAGGTGTGTAAACGCACTCGGTAAACGTTATCATCCAGAGCATTTTTTATGCGCCTATTGTTTACATCCATTACAAACTGGTACATTTAAAGAACATTCAAGTAAACCATACTGTCATCAGTGTTTTACCCAATTGTTTGGTTAGTATGGTGCACAAATATCTATATCGATATATACATACATACTACTGTTTTTTGTCTTCATGTTTAAGTTTCAGATATTGGAAGTTGAACAGTTATGTTTATTACCTTTAAACTCAAAAT-AGTATGATAAACAGTAAATGTTAAATTATTTTTAAATACTATGCTTCAAAGTATTGGAAATACTGTTTGTATCCTGCTTTTTTATTGGTTAGTCTTACATCTCATAACCTGTTTCTTGCTTAGGCTCAACAACTTACACGAAGATTTATCAAGCACATTGTGTTAGTCAACATCCCACTTTTTAATTTACATCGCCTCTGAATGAGTGTTGGGTGTATGTTTTTTATTGCCCAAACACTATTTGATGTAAAAAAAAGTGATATATTCATTTTGTAATTTCAGTATTCTGTTATTACTCCTGATCATCTTCGCCTAATTGAATATTTTAAAATGTTT]

[+] EMBL CD081204             [CTATTCGCCGCAGGAATGGCTCCGGAACTTTACTTGTGCTAGTTGTCGTGTTGGTTTAGTTCGTCAAGATTTTTATGAACGTGATAATCAAGCTTATTGTACTCAATGTCATCTAAAAATGTTCTCACCTAGATGTGGTTATTGTGGTGAAGCAGTTGTTGAGAAATGTGTTTTGGCTTTGGCCCGTGCATGGCATCCTGAGCACTTTTTTTGTTACGAATGTCATTCCACTTTTAATGGATCGTTAACAGTACATGAACAAAATGGCAAATTTTACTGCTCTAACTGTTATTTCACAC GATTTGGAACTCCATGCTCTGGTTGTCAACAACCTATTACAGATGCATATATAACTGCATTGGATATGCCTTGGCACAAAGACTGTTTTACTTGTCATGATTGTAATAGAATACTCACTGGATCAAGTTTCCATGAAATTGAAGGATATCCTTACTGTGATTCTCACTATTATTCAAGACGTGGATTATTATGCTTTTCATGCTCCCTACCAATTACTGGAAGGTGTGTAAACGCACTCGGTAAACGTTATCATCCAGAGCATTTTTTATGCGCCTATTGTTTACATCCATTACAAACTGGTACATTTAAAGAACATTCAAGTAAACCATACTGTCATCAGTGTTTTACCCAATTGTTTGGTTAGTATGGTGCACAAATATCTATATCGATATATACATACATACTACTGTTTTTTGTCTTCATGTTTAAGTTTCAGATATTGGAAGTTGAACAGTTATGTTTATTACCTTTAAACTCANAAT AGTATGATAAACAGTAAATGTTAAATTATTTTTAAATACTATGCTTCANAGT                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[-] EMBL CD075034             [                                                                                                                                                   TGAAGCAGTTGTTGAGAAATGTGTTTTGGCTTTGGCCCGTGCATGGCATCCTGAGCACTTTTTTTGTTACGAATGTCATTCCACTTTTAATGGATCGTTAACAGTACATGAACAAAATGGCAAATTTTACTGCTCTAACTGTTATTTCACAC GATTTGGAACTCCATGCTCTGGTTGTCAACAACCTATTACAGATGCATATATAACTGCATTGGATATGCCTTGGCACAAAGACTGTTTTACTTGTCATGATTGTAATAGAATACTCACTGGATCAAGTTTCCATGAAATTGAAGGATATCCTTACTGTGATTCTCACTATTATTCAAGACGTGGATTATTATGCTTTTCATGCTCCCTACCAATTACTGGAAGGTGTGTAAACGCACTCGGTAAACGTTATCATCCAGAGCATTTTTTATGCGCCTATTGTTTACATCCATTACAAACTGGTACATTTAAAGAACATTCAAGTAAACCATACTGTCATCAGTGTTTTACCCAATTGTTTGGTTAGTATGGTGCCCAAATATTTATATCGATATATACATACATACTACTGTTTTTTGTCTTCATGTTTAAGTTTCAGATATTGGAAGTTGAACAGTTATGTTTATTACCTTTAAACTCAAAAT AGTATGATAAAGAGTAAATGTTAAATTATTTTTAAATACTATGCTTC                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[+] EMBL CD152261             [                                                                                                                                                                                    cccaaGTGCATGGCATCCTGAGCACTTTTTTTGTTACGAATGTCATTCCACTTTTAATGGATCGTTAACAGTACATGAACAAAATGGCAAATTTTACTGCTCTAACTGTTATTTCACAC GATTTGGAACTCCATGCTCTGGTTGTCAACAACCTATTACAGATGCATTTGTGGATGCATT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ]
[+] EMBL CD114726             [                                                                                                                                                                                                        AGCACTTTTTTTGTTACGAATGTCATTCCACTTTTAATGGATCGTTAACAGTACATGAACAAAATGGCAAATTTTACTGCTCTAACTGTTATTTCACACAGATTTGGAACTCCATGCTCTGGTTGTCAACAACCTATTACAGATGCATttgt                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL CD096840             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTATTCAAGACGTGGATTATTATGCTTTTCATGCTCCCTACCAATTACTGGAAGGTGTGTAAACGCACTCGGTAAACGTTATCATCCAGAGCATTTTTTATGCGCCTATTGTTTACATCCATTACAAACTGGTACATTTAAAGAACATTCAAGTAAACCATACTGTCATCAGTGTTTTACCCAATTGTTTGGTTAGTATGGTGCACAAATATCTATATCGATATATACATACATACTACTGTTTTTTGTCTTCATGTTTAAGTTTCAGATATTGGAAGTTGAACAGTTATGTTTATTACCTTTAAACTCAAAAT AGTATGATAAACAGTAAATGTTAAATTATTTTTAAATACTATGCTTCAAAGTATTGGAAATACTGTTTGTATCCTGCTTTTTTATTGGTTAGTCTTACATCTCATAACCTG                                                                                                                                                                                                                                 ]
[+] EMBL SM0231               [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GGTTAGTATGGTGCACAAATATCTATATCGATATATACATACATACTACTGTTTTTTGTCTTCATGTTTAAGTTTCAGATATTGGAAGTTGAACAGTTATGTTTATTACCTTTAAACTCAAAAT AGTATGATAAACAGTAAATGTTAAATTATTTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL SM0221               [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GGTTAGTATGGTGCACAAATATCTATATCGATATATACATACATACTACTGTTTTTTGTCTTCATGTTTAAGTTTCAGATATTGGAAGTTGAACAGTTATGTTTATTACCTTTAAAC CAAAAT AGTATGATAAACAGTAAATGTTAAATTATTTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AA931035             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GGTTAGTATGGTGCACAAATATCTATATCGATATATACATACATACTACTGTTTTTTGTCTTCATGTTTAAGTTTCAGATATTGGAAGTTGAACAGTTATGTTTATTACCTTTAAAC CAAAAT AGTATGATAAACAGTAAATGTTAAATTATTTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AA931036             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GGTTAGTATGGTGCACAAATATCTATATCGATATATACATACATACTACTGTTTTTTGTCTTCATGTTTAAGTTTCAGATATTGGAAGTTGAACAGTTATGTTTATTACCTTTAAACTCAAAAT AGTATGATAAACAGTAAATGTTAAATTATTTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[-] EMBL BF936536             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTAAGTTTCAGATATTGGAAGTTGAACAGTTATGTTTATTACCTTTAAACTCAAAATAAGTATGATAAACAGTAAATGTTAAATTATTTTTAAATACTATGCTTCAAAGTACTGTAAATACTGTTTGTATCCTGCTTTTTTATTGGTTAGTCTTACATCTCATAACCTGTTTCTTGCTTAGGCTCAACAACTTACACGAAGATTTATCAAGCACATTGTGTTAGTCAACATCCCACTTTTTAATTTACATCGCCTCTGAATGAGTGTTGGGTGTATGTTTTTTATTGCCCAAACACTATTTGATGTAAAAAAAAGTGATATATTCATTTTGTAATTTCAGTATTCTGTTATTACTCCTGATCATCTTCGCCTAATTGAATATTTTAAAATGTTT]


>consensus_9513#0 CTATTCGCCGCAGGAATGGCTCCGGAACTTTACTTGTGCTAGTTGTCGTGTTGGTTTAGT TCGTCAAGATTTTTATGAACGTGATAATCAAGCTTATTGTACTCAATGTCATCTAAAAAT GTTCTCACCTAGATGTGGTTATTGTGGTGAAGCAGTTGTTGAGAAATGTGTTTTGGCTTT GGCCCGTGCATGGCATCCTGAGCACTTTTTTTGTTACGAATGTCATTCCACTTTTAATGG ATCGTTAACAGTACATGAACAAAATGGCAAATTTTACTGCTCTAACTGTTATTTCACACG ATTTGGAACTCCATGCTCTGGTTGTCAACAACCTATTACAGATGCATATATAACTGCATT GGATATGCCTTGGCACAAAGACTGTTTTACTTGTCATGATTGTAATAGAATACTCACTGG ATCAAGTTTCCATGAAATTGAAGGATATCCTTACTGTGATTCTCACTATTATTCAAGACG TGGATTATTATGCTTTTCATGCTCCCTACCAATTACTGGAAGGTGTGTAAACGCACTCGG TAAACGTTATCATCCAGAGCATTTTTTATGCGCCTATTGTTTACATCCATTACAAACTGG TACATTTAAAGAACATTCAAGTAAACCATACTGTCATCAGTGTTTTACCCAATTGTTTGG TTAGTATGGTGCACAAATATCTATATCGATATATACATACATACTACTGTTTTTTGTCTT CATGTTTAAGTTTCAGATATTGGAAGTTGAACAGTTATGTTTATTACCTTTAAACTCAAA ATAGTATGATAAACAGTAAATGTTAAATTATTTTTAAATACTATGCTTCAAAGTATTGGA AATACTGTTTGTATCCTGCTTTTTTATTGGTTAGTCTTACATCTCATAACCTGTTTCTTG CTTAGGCTCAACAACTTACACGAAGATTTATCAAGCACATTGTGTTAGTCAACATCCCAC TTTTTAATTTACATCGCCTCTGAATGAGTGTTGGGTGTATGTTTTTTATTGCCCAAACAC TATTTGATGTAAAAAAAAGTGATATATTCATTTTGTAATTTCAGTATTCTGTTATTACTC CTGATCATCTTCGCCTAATTGAATATTTTAAAATGTTT



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)