|
These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_9648#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 8 consensus length = 1427 fasta sequence
[CAGACAGCTCATTCTTCCTCAGTTCGGTGTTTCAGGTCAACTANAACTTCGGTCTGGACGTGTACTTATTGTGGGATGTGGAGGTCTTGGATGTCCAGCCGCAGTTTACCTTGCCGCTGCTGGATTTGGCACAATCGGTCTTGTTGATGATGATAAAGTTGAATTAAATAATCTTCATCGTCAAGTTGCACATTCAGAGTCGACAATAAATATGTTGAAAGTTCATTCACTTGCGGATAGATGTATGGAATTAAATTCAGAAGTTAATATACAGGCACATGAAATTCACTTGGATCACATGAATGCAGTTGGTATTATAAAAACATATGATGTA-GTTGTAGA-CTGTTCAGACA-ACTTGGCAACACGTTACCTTATTAATGAAGCCTGTGCAGTAACTGGACCTAAACCATTAGTGAGTGGTAGCGCCTTACGTTTGGAAGGACAAATGACTGTATATCTTACCAAGCGAATTCTCTCCTCGGAGGAAGTGTTATCTTCAAGTAACCCTCCTGCTGAGTATCGGGCTCCATGTTTCCGTTGCCTCTATCCTGTCCCACCACCGGCAAGTAGTGTTCAAGGTTGTTCAGAAGCTGGTGTTTTTGGGGTAGTTCCAGGTATAATCGGCACTATGCAAGCTGCTGAAGTCATCAAAATATTAACTGGTATTGGTGATGTTCACACGGGTAGACTATTTCTTTTGGATGTTGAGCGTAATTTGACTCGTTCAGTAAAATTAAGGGAACCTCGACCAGATTGTCCTGTCTGTGGTAATGATGCAATGAAAAACAGTGTAGACAGACCTTTAACTAATTATGTTTTATTCTGTGGAACACCTAGTTGTGACAAGCCGCGCAATATGAATATGAGAATTGACAATCACCGTATTACTGTTCAACAATTAAAAGGCTACATTGACTCTCAGTTGCCATATTTACTTATCGATGTTCGTCCGAAAACTGAATTCGACATATGTCATCTAAAGTCATCTATGCATATACCCGTAAGTGAACTTTTTCGTGATTCAGTTATATCAGAAATTCGACNACTAATTGATACCCAAATTAGCAAAGGAGCTACTCTACCTTTTCCTGTAATTTTCTTGTGCTATCGTGGTAATAAGTCGGCAAAAACAGCACCACTTTTGAAAAGCGCACTATTATCTCTCCGATGTTCGAATTCTGATCATGATCTGAATGGTAAAATTAATCATGCGATACAAAAAAAGTTAAACAGTTTTAATACTGAATCCAATCCTAGTGAATTCATAGTTTGTGATGTTGCTGGAGGTCTTTTTGCATGGGCACTGGAGATCGATCCCAACTTTCCTACATACTGACCCGCTCAAACAGTTATTATTTTTATTAAACTAGTCAATCATGCAAAATTCCAACTTAATTGATATTTCATTTGTACTTATGTAAATAAAG]
[-] EMBL CD165588 [CAGACAGCTCATTCTTCCTCAGTTCGGTGTTTCAGGTCAACTANAACTTCGGTCTGGACGTGTACTTATTGTGGGATGTGGAGGTCTTGGATGTCCAGCCGCAGTTTACCTTGCCGCTGCTGGATTTGGCACAATCGGTCTTGTTGATGATGATAAAGTTGAATTAAATAATCTTCATCGTCAAGTTGCACATTCAGAGTCGACAATAAATATGTTGAAAGTTCATTCACTTGCGGATAGATGTATGGAATTAAATTCAGAAGTTAATATACAGGCACATGAAATTCACTTGGATCACATGAATGCAGTTGGTATTATAAAAACATATGATGTA GTTGTAGA CTGTTCAGACA ACTTGGCAACACGTTACCTTATTAATGAAGCCTGTGCAGTAACTGGACCTAAACCATTAGTGAGTGGTAGCGCCTTACGTTTGGAAGGACAAATGACTGTATATCTTACCAAGCGAATTCTCTCCTCGGAGGAAGTGTTATCTTCAAGTAACCCTCCTGCTGAGTATCGGGCTCCATGTTTCCGTTGCCTCTATCCTGTCCCACCACCGGCAAGTAGTGTTCAAGGTTGTTCAGAAGCTGGTGTTTTTGGGGTAGTTCCA ]
[+] EMBL CD158823 [ TGTANGTTGTAGACCTGTTCAGACANACTTGGCAACACGTTACCTTATTAATGAAGCCTGTGCAGTAACTGGACCTAAACCATTAGTGAGTGGTAGCGCCTTACGTTTGGAAGGACAAATGACTGTATATCTTACCAAGCGAATTCTCTCCTCAGAGGAAGTGTTATCTTCAAGTAACCCTCCTGCTGAGTATCGGGCTCCATGTTTTCGTTGCCTTTATCCTGTCCCACCACCGGCAAGTAGTGTTCAAGGTTGTTCAGAAGCTGGTGTTTTTGGGGTAGCTCCAGGTATAATCGGCACTATGCAAGCTGCTGAAGTCATCAAAATATTAACTGGTATTGGTGATGTTCACACGGGTAGACTATTTCTTTTGGATGTTGAGCGTAATTTGACTCGTTCAGTAAAATTAAGGGAACCTCGACCAGATTGTCCTGTCTGTGGTAATGATGCAATGAAAAACAGTGTAGACAGACCTTTAACTAATTATGTTTTATTCTGCGGAACACCT ]
[+] EMBL CD120499 [ ATAATCGGCACTATGCAAGCTGCTGAAGTCATCAAAATATTAACTGGTATTGGTGATGTTCACACGGGTAGACTATTTCTTTTGGATGTTGAGCGTAATTTGACTCGTTCAGTAAAATTAAGGGAACCTCGACCAGATTGTCCTGTCTGTGGTAATGATGCAATGAAAAACAGTGTAGACAGACCTTTAACTAATTATGTTTTATTCTGTGNGACACCTAGTTGTGACAAGCCGC ]
[+] EMBL CD120104 [ ATAATCGGCACCATGCAAGCTGCTGAAGTCATCAAAATATTAACTGGTATTGGTGATGTTCACACGGGAAGACTATTTCTTTTGGATGCTGAGCGCAATTTGACTCGTTCAGTAAAATTAAGGGAACCTCGACCAGATGGGCCTGTCTGTGGTAATGATGCAATGAAAAACAGTGTAGACAGACCTTAAACTAATTATGTTCTATTCTGTGGAA ACCTAGTTGTGACACGCCGC ]
[+] EMBL CD146069 [ TCGGCACTATGCAAGCTGCTGAAGTCATCAAAATATTAACTGGTGTTGGTGATGTTCACACGGGTAGACTATTTCTTTTGGATGTTGAGCGTAATTTGACTCGTTCAGTAAAATTAAGGGAACCTCGACCAGATTGTCCTGTCTGTGGTAATGATGCAATGAAAAACAGTGTAGACAGACCTTTAACTAATTATGTTTTATTCTGTGGAACACCTAGTTGTGACAAGCCGCGCAATATGAATATGAGAATTGACAATCACCGTATTACTGTTCAACAATTAAAAGGCTACATTGACTCTCAGTTGCCATATTTACTTATCGATGTTCGTCCGAAAACTGAATTCGACATATGTCATCTAAAGTCATCTATGCATATACCCGTAAGTGAACTTTTTCGTGATTCAGTTATATCAGAAATTCGACNACTAATTGATA ]
[-] EMBL CD120167 [ AAAATTAAGGGAACCTCAACCAGATTGTCCTGTCTGTGGTAATGATGCAATGAAAAACAGTGTAGACAGCCCTTTAACTAATTATGTTTTATTCTGTGGAACACCTAGTTGTGACAAGCCGCG ]
[-] EMBL CD075219 [ CAATCCCCGTATTACTGTTCAACAATTAAAAGGCTACATTGACTCTCAGTTGCCATATTTACTTATCGATGTTCGTCCGAAAACTGAATTCGACATATGTCATTTAAAGTCATCTATGCATATACCCGTAAGTGAACTTTTTCGTGATTCAGTTATATCAGAAATTCGACAACTAATTGATACCCAAATTAGCAAAGGAGCTACTCTACCTTTTCCTGTAATTTTCTTGTGCTATCGTGGTAATAAGTCGGCAAAAACAGCACCACTTTTGAAAAGCGCACTATTATCTCTCCGATGTTCGAATTCTGATCATGATCTGAATGGTAAAATTAATCATGCGATACAAAAAAAGTTAAACAGTTTTAATACTGAATCCAATCCTAGTGAATTCATAGTTTGTGATGTTGCTGGAGGTCTTTTTGCATGGGCACTGGAGATCGATCCCAACTTTCCTACATACTGACCCGCTCAAACAGTTATTATTTTTATTAAACTAGTCAATCATGCAAAATTCCAACTTAATTGATATTTCATTTGTACTTATGTAAATAAAG]
[-] EMBL CD134296 [ CTCTACCTTTTCCTGTAATTCTCTTGTGCTATCGTGGTAATAAGTCGGCAGAAGCAGCACCACTTTTGAAAAGCGCACTATTATCTCTCCGATGTTCGAATTCTGATCATGATCTGAATGGTAAAATTAATCATGCGATACAAGAAGAGTTAAACAGTTTTAATACTGAATCCAATCCTAGTGAATTCATAGTTTGTGATGTTGCTGGAGGTCTTTCTGCATGGGCACTGGAGATCGATCCCAACTTTCCTACATACTGACCCGCTCAAACAGTTATTATT ]
consensusID : consensus_9648#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 1024 fasta sequence
[CCCCGAGGCCAANAATTCGGCACGAGGCTAATTTTCATTTGAACGACTGTAAATCTTCTCAACTAATGTCGTCCAAATTCAATAAAAATGTGCATAATTGAAATAACAACTCGTGCCATTATTTCAGTCAATTCAGTTGTTGCAACTTAAGCGCACATATCATTATTCGTAACCAAAGTGTTGATTTTTAAATCATCGCCTGTGCCGATGCAAATGGATTATTTTTATCTGAATCACCAGAATGCTGAACATTGGTGTCCAATTCTGAAATATTTTCTCTAAATCACAACATTATGTAATCTATTGCGGGATTAATTAGTTTGCGCTTGAAGCGAATGAACTTCGCTGACTGTGTTGGTTCTTAAATCGGAACTTTTGTGAATCTAAAGTATCTTAACGTTGCTTTCTCTTCAGTTTATTCAGTTTCATGTATTTAATCTACAATTACCCGAAAGAAAAAGAACGGTCGATCGTTAGCTTCTACCTGTGTCATGGAAATAGTGGCCAGAATATTAGAATAATTGTCTCACTTTTCGATAATTCATAATTTTAACGTTCATTAGTTAATAGAGTTCAATGTTTCCTTTTTGGTTAGACCAGTTAATACAATAATTTACAATATTATGAATGGAGCTAGCTAATCCTGACTTATTTTAGTTCCAGGTATAATCGGCACTATGNCAGCTGCTGAAGTCATCAAAATATTAACTGGTGTTGGTGGTGAGTTTTAGTTTTTCTTCACAACTAAAAGCCTTTGGTCGTTCTAGCTCATCTCCAAGTTTTTCCTAATTAGACTAAACATCTACTCTTCGTCTTCGTTTAGAGTTTTTCATCAATGATGAAACCGTTTTTATTCTTTTGGTTTATCAACTCAAATAACTTAATCAAACTGAGCTGACATACACTAATGAGCTTTTATAAGCTCTACAGTAAGACTCACGCAAGTTATCATCTTACACTACACTTTTTTTCTCATGAAGTAAGCAAATTACTACCCATGGCTGCTTGCCATCAGTCGCGGTCA]
[+] EMBL CD081385 [CCCCGAGGCCAANAATTCGGCACGAGGCTAATTTTCATTTGAACGACTGTAAATCTTCTCAACTAATGTCGTCCAAATTCAATAAAAATGTGCATAATTGAAATAACAACTCGTGCCATTATTTCAGTCAATTCAGTTGTTGCAACTTAAGCGCACATATCATTATTCGTAACCAAAGTGTTGATTTTTAAATCATCGCCTGTGCCGATGCAAATGGATTATTTTTATCTGAATCACCAGAATGCTGAACATTGGTGTCCAATTCTGAAATATTTTCTCTAAATCACAACATTATGTAATCTATTGCGGGATTAATTAGTTTGCGCTTGAAGCGAATGAACTTCGCTGACTGTGTTGGTTCTTAAATCGGAACTTTTGTGAATCTAAAGTATCTTAACGTTGCTTTCTCTTCAGTTTATTCAGTTTCATGTATTTAATCTACAATTACCCGAAAGAAAAAGAACGGTCGATCGTTAGCTTCTACCTGTGTCATGGAAATAGTGGCCAGAATATTAGAATAATTGTCTCACTTTTCGATAATTCATAATTTTAACGTTCATTAGTTAATAGAGTTCAATGTTTCCTTTTTGGTTAGACCAGTTAATACAATAATTTACAATATTATGAATGGAGCTAGCTAATCCTGACTTATTTTAGTTCCAGGTATAATCGGCACTATGNCAGCTGCTGAAGTCATCAAAATATTAACT ]
[+] EMBL CD118389 [ GAGCTAGCTAATCCTGACTTATTTTAGTTCCAGGTATAATCGGCACTATGCAAGCTGCTGAAGTCATCAAAATATTAACTGGTGTTGGTGGTGAGTTTTAGTTTTTCTTCACAACTAAAAGCCTTTGGTCGTTCTAGCTCATCTCCAAGTTTTTCCTAATTAGACTAAACATCTACTCTTCGTCTTCGTTTAGAGTTTTTCATCAATGATGAAACCGTTTTTATTCTTTTGGTTTATCAACTCAAATAACTTAATCAAACTGAGCTGACATACACTAATGAGCTTTTATAAGCTCTACAGTAAGACTCACGCAAGTTATCATCTTACACTACACTTTTTTTCTCATGAAGTAAGCAAATTACTACCCATGGCTGCTTGCCATCAGTCGCGGTCA]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_9648#0 CAGACAGCTCATTCTTCCTCAGTTCGGTGTTTCAGGTCAACTANAACTTCGGTCTGGACG 60
consensus_9648#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9648#0 TGTACTTATTGTGGGATGTGGAGGTCTTGGATGTCCAGCCGCAGTTTACCTTGCCGCTGC 120
consensus_9648#1 ------------------------------------------------CCCCGAGGCCAA 12
** * **
consensus_9648#0 TGGATTTGGCACAATCGGTCTTGTTGATGATGATAAAGTTGAATTAAATAATCTTCATCG 180
consensus_9648#1 NA-ATTCGGCACGAG-------GCTAATTTTCATTTGAACGACTGTA--AATCTTCTCAA 62
*** ***** * * * ** * ** ** * * *******
consensus_9648#0 TCAAGTTGCACATTCAGAGTCGACAATAAATATGTTGAAAGTTCATTCACTTGCGGATAG 240
consensus_9648#1 CTAATGT---CGTCCAAATTC---AATAAAAATGTGCATAATTGAAATAACAACTCGTGC 116
** * * * ** * ** ****** **** * * ** * * * *
consensus_9648#0 ATGTATGGAATTAAATTCAGAAGTT--AATATACAGGCACATGAAATTCACTTGGATCAC 298
consensus_9648#1 CATTATTTCAGTCAATTCAGTTGTTGCAACTTAAGCGCACATATCATTATTCGTAACCAA 176
*** * * ******* *** ** ** ****** *** * **
consensus_9648#0 ATGAATGCAGTTGGTATTATAAAAACATATGATGTAGTTGTAGACTGTTCAGACAACTTG 358
consensus_9648#1 AGTGTTGATTTTTAAATCATCGCCTGTGCCGATGCAAATGGATTATTTTTATCTGAATCA 236
* ** ** ** ** **** * ** * * ** * * *
consensus_9648#0 GCAACACGTT--ACCTTATTAATGAAGCCTGTGCAGTAACTGGACCTAAACCATTAGTGA 416
consensus_9648#1 CCAGAATGCTGAACATTGGTGTCCAATTCTG---AAATATTTTCTCTAAATCACAA---- 289
** * * * ** ** * ** *** * * * ***** ** *
consensus_9648#0 GTGGTAGCGCCTTACGTTTGGAAGGACAAATGACTGTATATCTTACCAAGCGAATTCTCT 476
consensus_9648#1 ----CATTATGTAATCTATTGCGGGATTAATTAGTTTGCGCTTGA---AGCGAATGAACT 342
* * * * * * *** *** * * * * * ******* **
consensus_9648#0 CCTCGGAGGAAGTGTTATCTTCAAGTAACCCTCCTGCTGAGTATCGGGCTCCATGTTTCC 536
consensus_9648#1 TCGCTGACTGTGTTGGTTCTTAAATCGGAACTTTTG-TGAATCTAAAGT---ATCTTAAC 398
* * ** ** **** ** ** ** *** * * * ** ** *
consensus_9648#0 GTTGCCT-CTATCCTGTCCCACCACCGGCAAGTAGT--GTTCAAGGTTGTTCAGAAGCTG 593
consensus_9648#1 GTTGCTTTCTCTTCAGTTTATTCAGTTTCATGTATTTAATCTACAATTACCCGAAAGAAA 458
***** * ** * * ** ** ** *** * * * ** * ***
consensus_9648#0 GTGTTTTTGGGGTAGTTCCAGGTATAATCGGCACTATGCAAGCTGCTGAAGTCATCAAAA 653
consensus_9648#1 AAGAACGGTCGATCGTT--AGCTTCTACCTGTGTCATGGAAAT------AGTGGCCAGAA 510
* * * *** ** * * * * *** ** *** ** **
consensus_9648#0 TATTAACTGGTATTGGTGATGTTCACACGGGTAGACTATTTCT--TTTGGATGTTGAGCG 711
consensus_9648#1 TATTAG--------AATAATTGTCTCACTTTTCGATAATTCATAATTTTAACGTTCA--T 560
***** * ** ** *** * ** *** * *** * *** *
consensus_9648#0 TAATTTGACTCGTTCAGTAAAATTAAGGGAACCTCGACCAGATTGTCCTGTCTGTGGTAA 771
consensus_9648#1 TAGTTAATAGAGTTCAATGTT-TCCTTTTTGGTTAGACCAGTTAATACAATAATTTACAA 619
** ** ***** * * * ****** * * * * * **
consensus_9648#0 TGATGCAATGAAAAACAGTGTAGACAGACCTTTAACTAATTATGTTTTATTCTGTGGAAC 831
consensus_9648#1 TATTATGAATGGAGCTAGCTAATCCTGACTTATTTTAGTTCCAGGTATAATCGGCACTAT 679
* * * * ** * * *** * * * * * ** ** * *
consensus_9648#0 ACCTAGTTGTGACAAGCCGCGCAATATGAATATGAGAATTGACAATCA-CCGTATTACTG 890
consensus_9648#1 GNC-AGCTGCTGAAGTCATCAAAATATTAACT--GGTGTTGGTGGTGAGTTTTAGTTTTT 736
* ** ** * * * ***** ** * *** * * ** * *
consensus_9648#0 TTCAACAATTAAAAGGCTACATTGACTCTCAGTTGCCATATTTACTTATCGATGTTCGTC 950
consensus_9648#1 CTTCACAACTAAAAGCCTTTGGTCGTTCT-AGCTCATCTCCAAGTTTTTCCTAATTAGAC 795
* **** ****** ** * *** ** * * ** ** ** * *
consensus_9648#0 CGAAAACTGAATTCGACATATGTCATCTAAAGTCATCTATGCATATACCCGTAAGTGAAC 1010
consensus_9648#1 TAAACA-TCTACTCTTCGTCT-TCGTTTAGAGTTTTTCATCAATG-ATGAAACCGTTTTT 852
** * * * ** * * * ** * ** *** * ** ** * **
consensus_9648#0 TTTTTCGTGATTCAGTTATATCAGAAATTCGACNACTAATTGATACCCAAATTAGCAAAG 1070
consensus_9648#1 ATTCTTTTGGTTTATCAACTCAAATAACTTAATCA--AACTGA-GCTGACATACACTAAT 909
** * ** ** * * * ** * * * ** *** * * ** * **
consensus_9648#0 GAGCTACTCTACCTTTTCCTGTAATTTTCTTGTGCTATCGTGGTAATAAGTCGGCAAAAA 1130
consensus_9648#1 GAGCTTTTATAAGCTCTACAGTAAGACTCACG------CAAGTTATCATCTTACACTACA 963
***** * ** * * * **** ** * * * ** * * * *
consensus_9648#0 CAGCACCACTTTTGAA--AAGCGCACTATTATCTCTCCGATGTTCGAATTCTGATCATGA 1188
consensus_9648#1 CTTTTTTTCTCATGAAGTAAGCAAATTACTACCCATG-GCTGCTTGCCATCAG-TCGCGG 1021
* ** **** **** * ** ** * * * ** * * ** * ** *
consensus_9648#0 TCTGAATGGTAAAATTAATCATGCGATACAAAAAAAGTTAAACAGTTTTAATACTGAATC 1248
consensus_9648#1 TCA--------------------------------------------------------- 1024
**
consensus_9648#0 CAATCCTAGTGAATTCATAGTTTGTGATGTTGCTGGAGGTCTTTTTGCATGGGCACTGGA 1308
consensus_9648#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9648#0 GATCGATCCCAACTTTCCTACATACTGACCCGCTCAAACAGTTATTATTTTTATTAAACT 1368
consensus_9648#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9648#0 AGTCAATCATGCAAAATTCCAACTTAATTGATATTTCATTTGTACTTATGTAAATAAAG 1427
consensus_9648#1 -----------------------------------------------------------
|
| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||