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Schistosoma mansoni
cluster # 9748 cluster # 9748       Sequences # 11       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_9748#0 length = 936 sequences # 4  
consensus_9748#1 length = 602 sequences # 7  

consensusID : consensus_9748#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 936
fasta sequence
                              [CTCGAGGGCCAAAATTCGGCACGAGGTGAACCTGACT-ACAGGGTCATTTGACTGGACCTGATTCTATTGAAATTTATAATGTTATCGAGAAGTTAAATGATGATATCGGGTACTTACTATCCTTAATTGATACTAGGCCGTCTTTAAAGTCATCACTTAACATTATTTTAACAAGCGATCATGGGATGTCTGGAGTGGATACTAAGAGAATAATTATTCTGCATGATTATATAAACGAGAGCATGTATTATAGTCCGGGGTCAGAGGATCGTATTTTTTGGTCATTATGGCCAAAAGATGGTAGCTCATCTATTGATCTCTACAAGAAGCTGGTCGGAAAACATCCAAAAATGAATGTTTTTCTGAAGGATAATATACCTATTCATTTGCACTACTCGAACAGTCGACGAATCGGCCCGGTAGTTGTGTATTCGGAGCCTGGATGGACAATCGTTAGATCACAAAAATCAGTTGCAAAATTTACTAAACGTGGAGATCATGGCTATGATCCGGACCATGATGAAATGTCTCCATTCTTTCTAGCTACGGGACCAGGTTTTAGAAGTGCGATTGTTGGGTGGTGGTCAAATAATTAATTCTATTTATCTGATTGATATTTATCCACTGATGTGTGCCTTACTCAATTTAAATAAACCAGCTCCAAACAATGGCAGTTTATCACGTGTGATGTCACTCCTTCGTCATAGTAGTGGTATTAATGTCTACTTCTCAGA-TTTCTCGATATGTTCACTGAAGTTTGAATTTCTCGTTCTCGCGCCAAAACGCCCTTTTTACCTTCAGATTGATTTTCCACTGGGAAGACCCTACTGTAATTAGTCGTTACCCATTAATACGTATCTTGTGACTTTCCAAGGCCTTCTAGATAAATATATCCTCAATTAGGGCTTGGTTTTCCGCCT-TGCCGGTATAAAATAC]

[+] EMBL CD080171             [CTCGAGGGCCAAAATTCGGCACGAGGTGAACCTGACT ACAGGGTCATTTGACTGGACCTGATTCTATTGAAATTTATAATGTTATCGAGAAGTTAAATGATGATATCGGGTACTTACTATCCTTAATTGATACTAGGCCGTCTTTAAAGTCATCACTTAACATTATTTTAACAAGCGATCATGGGATGTCTGGAGTGGATACTAAGAGAATAATTATTCTGCATGATTATATAAACGAGAGCATGTATTATAGTCCGGGGTCAGAGGATCGTATTTTTTGGTCATTATGGCCAAAAGATGGTAGCTCATCTATTGATCTCTACAAGAAGCTGGTCGGAAAACATCCAAAAATGAATGTTTTTCTGAAGGATAATATACCTATTCATTTGCACTACTCGAACAGTCGACGAATCGGCCCGGTAGTTGTGTATTCGGAGCCTGGATGGACAATCGTTAGATCACAAAAATCAGTTGCAAAATTTACTAAACGTGGAGATCATGGCTATGATCCGGACCATGATGAAATGTCTCCATTCTTTCTAGCTACGGGACCACGTTTTACAAGTGCGATTGTTGGGTGGTGGTCAAATAATTAATTCTATTTATCTGATTGATATTTATCCACTGATGTGTGCCTTACTCAATTTAAATAAACCAGCTCCAAACAATGGCAGTTTATCACGTGTGATGTCACT CTTCGTCATAGTACTGGTATTAATGTCTACTTCTCAGA TTTCTCGATATGTTCACTGAAGTTTGAATTTCTCGTTCTCGCGCCAAAACGCCCTTTTTACCTTCAGATTGATTTTCCACTGGGAAGACCCTACTGTAATTAGTCGTTACCCATTAATACGTATCTTGTGACTTTCCAAGGCCTTCTAGATAAATATATCCTCAATTAGGGCTTGGTTTTCCGCCT TGCCGGTATAAAATAC]
[+] EMBL CD080800             [            aatatgngcCGAGGTGACCCTGACTCACAGGGTCATTTGACTGGACCTGTTTCTATTGAAATTTATAATGTTATCGAGAAGTTAAATGATGATATCGGGTACTTACTATCCTTAATTGATACTAGGCCGTCTTTAAAGTCATCACTTAACATTATTTTAACAAGCGATCATGGGATGTCTGGAGTGGATACTAAGAGAATAATTATTCTGCATGATTATATAAACGAGAGCATGTATTATAGTCCGGGGTCAGAGGATCGTATTTTTTGGTCATTATGGCCAAAAGATGGTAGCTCATCTATTGATCTCTACAAGAAGCTGGTCGGAAAACATCCAAAAATGAATGTTTTTCTGAAGGATAATATACCTATTCATTTGCACTACTCGAACAGTCGACGAATCGGCCCGGTAGTTGTGTATTCGGAGCCTGGATGGACAATCGTTAGATCACAAAAATCAGTTGCAAAATTTACTAAACGTGGAGATCATGGCTATGATCCGGACCATGATGAAATGTCTCCATTCTTTCTAGCTACGGGACCAGGTTTTAGAAGTGCGATTGTTGNGTGGTGGTCAAATAATTAATTCTATTTATCTGATTGATATTTATCCACTGATGTGTGCCTTACTCAATTTAAATAAACCAGCTCCAAACAATGGCAGTTTATCACGTGTGATGTCACTCCTTCGTCATAGTAGTGGTATTAATGTCTACTTCTCAGATTTTCTGGATATGTNCACTGAAAGTTGAATTTCTCGTTCTCGCGCCAAAACG CCATTTTACCTTCAGA TGTATTTCCACTGGGAGGA CCTACTGTCATTAGTCG TA CCGTTTATACGTATNCTG GACGTTCCAGGGNC TCTA TGAGATTTATGCTC AGTAGGGC TGGNTTTCGGGCTCTG CTGTATgattac ]
[+] EMBL CD194885             [                                                                                                                                                                                                              GAGAATAATTATTCTGCATGATTATATAAACGAGAGCATGTATTATAGTCCGGGGTCAGAGGATCGTATTTTTTGGTCATTATGGCCAAAAGATGGTAGCTCATCTATTGATCTCTACAAGAAGCTGGTCGGAAAACATCCAAAAATGAATGTTTTTCTGAAGGATAATATACCTATTCATTTGCACTACTCGAACAGTCGACGAATCGGCCCGGTAGTTGTGTATTCGGAGCCTGGATGGACAATCGTTAGATCACAAAAATCAGTTGCAAAATTTACTAAACGTGGAGATCATGGCTATGATCCGGACCATGATGAAATGTCTCCATTCTTTCTAGCTACGGGACCAGGTTTTAGAAGTGCGATTGTT GGTGGTGGTCAAATAATTAATTCTATTTATCTGATTGATATTTATCCACTGA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL CD131204             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CGGAAAACATCCAAAAATGAATGTTTTTCTGAAGGATAATATACCTATTCATTTGCACTACTCGAACAGTCGACGAATCGGCCCGGTAGTTGTGTATTCGGAGCCTGGATGGACAATCGTTAGATCACAAAAATCAGTTGCAAAATTTACTAAACGTGGAGATCATGGCTATGATCCGGACCATGATGAAATGTCTCCATTCTTTCTAGCTACGGGACCAGGTTTTAGAAGTGCGATTGTT GGTGGTGGTCAAATAATTAATTCTATTTATCTGATTGATATTTATCCACTGATGTGTGCCTTACTCAATTTAAATTAACCAGCTCCAAACAATGGCAGTTTATCACGTGTGATGTCACTCCTTCGTCATAGTAGTGGTATTA                                                                                                                                                                                                                            ]


>consensus_9748#0 CTCGAGGGCCAAAATTCGGCACGAGGTGAACCTGACTACAGGGTCATTTGACTGGACCTG ATTCTATTGAAATTTATAATGTTATCGAGAAGTTAAATGATGATATCGGGTACTTACTAT CCTTAATTGATACTAGGCCGTCTTTAAAGTCATCACTTAACATTATTTTAACAAGCGATC ATGGGATGTCTGGAGTGGATACTAAGAGAATAATTATTCTGCATGATTATATAAACGAGA GCATGTATTATAGTCCGGGGTCAGAGGATCGTATTTTTTGGTCATTATGGCCAAAAGATG GTAGCTCATCTATTGATCTCTACAAGAAGCTGGTCGGAAAACATCCAAAAATGAATGTTT TTCTGAAGGATAATATACCTATTCATTTGCACTACTCGAACAGTCGACGAATCGGCCCGG TAGTTGTGTATTCGGAGCCTGGATGGACAATCGTTAGATCACAAAAATCAGTTGCAAAAT TTACTAAACGTGGAGATCATGGCTATGATCCGGACCATGATGAAATGTCTCCATTCTTTC TAGCTACGGGACCAGGTTTTAGAAGTGCGATTGTTGGGTGGTGGTCAAATAATTAATTCT ATTTATCTGATTGATATTTATCCACTGATGTGTGCCTTACTCAATTTAAATAAACCAGCT CCAAACAATGGCAGTTTATCACGTGTGATGTCACTCCTTCGTCATAGTAGTGGTATTAAT GTCTACTTCTCAGATTTCTCGATATGTTCACTGAAGTTTGAATTTCTCGTTCTCGCGCCA AAACGCCCTTTTTACCTTCAGATTGATTTTCCACTGGGAAGACCCTACTGTAATTAGTCG TTACCCATTAATACGTATCTTGTGACTTTCCAAGGCCTTCTAGATAAATATATCCTCAAT TAGGGCTTGGTTTTCCGCCTTGCCGGTATAAAATAC



consensusID : consensus_9748#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 7
consensus length = 602
fasta sequence
                              [GGAGTACGTGTTATGAAAGTACATAATGAGTTTATTACTCGAACAGGACCAAATCACTTATCACTGGTAACTGGGATGCATGAAGAGAGTCATGGTATTGTTGATAACATGTTTTATGATCCTAAGCTTAATGATACTTTTGACTTGAGTAATACAAGGCATTTATCACAGTCAAAGTGGTTTGATGTTGGGTCAGAACCAATTTGGGTTACAAATCAACGTCATGGTCATAAAAGTGCTGTTACATTTTGGCCAGGGAGTAATACACCATTCAAAGGACAATTACCTAGTTATTATTATTCACAATACAACCATCAACTTCCTTTAGTTGATCGAATTAATCAAACTATTAAGTTGTTAGATTTAGATAGAGTGACACTCGGTCTAATATATTTTCATGAACCTGACTCACAGGGTCATTTGACTGGACCTGATTCTATTGAAATTTATAATGTTA-TCGAGAAGTTAAATGATGATATCGGGTACTTACTATCCTTAATTGATACTAGGCCGTCTTTA-AAGTCATCACTTAACATTATTTTAACAAGCGATCATGGGATGTCTGGAGTGGATACTAAGAGAATAATTATTCTGCATGATTA]

[+] EMBL CD115232             [GGAGTACGTGTTATGAAAGTACATAATGAGTTTATTACTCGAACAGGACCAAATCACTTATCACTGGTAACTGGGATGCATGAAGAGAGTCATGGTATTGTTGATATCATGTTTTATGATCCTAAGCTTAATGATACTTTTGACTTGAGTAATACAAGGCATTTATCACAGTCAAAGTGGTTTGATGTTGGGTCAGAACCAATTTGGGTTACAAATCAACGTCATGGTCATAAAGGTGCTGTTACATTTTGGCCAGGGAGTAATACACCATTCAAAGGACAATTACCTAGTTATTATTATTCACAATACAACCATCAACTTCCTTTAGTTGATCGAATTAATCAAACTATTAAGTTGTTAGATTTAGATAGAGTGACACTCGGTCTAATATATTTTCATGAGCCTGACTCACAGGGTCATTTGACTGGACCTGATTCTATTGAAATNTATAATGTTA TCGAGAAGTTAAATGATGATATCGGGTACTTACTATCCTTAATTGATACTAGGCCGTCTTTA AAGTCATCACTTAACATTATTTTAACAAGCGATCATGGGATGTCTGGAGTGGATACTAAGAGAATAATTATTCTGCATGATTA]
[+] EMBL CD126514             [          TTATGAAAGTACATAATGAGTTTATTACTCGAACAGGACCAAATCACTTATCACTGGTAACTGGGATGCATGAAAAGAGTCATGGTATTGTTGATAACATGTTTTATGATCCTAAGCTTAATGATACTTTTGACTTGAGTAATACAAGGCATTTATCACAGTCAAAGTGGTTTGATGTTGGGTCAAAACCAATTTGGGTTACAAATCAACGTCATGGTCATAAAAGTGCTGTTACATTTTGGCCAGGGAGTAATACACCATTCAAAGGACAATTACCTAGTTATTATTATTCACAATACAACCATCAACTTCCTTTAGTTGATCGAATTAATCAAACTATTAAGTTGTTAGATTTAGATAGAGTGACACTCGGTCTAATATATTTTCATGAACCTGACTCACAGGGTCATTTGACTGGACCTGATTCTATTGAAATTTATAATGTTA TCGAGAAGTTAAATGATGATATCGGGTACTTACTATCCTTAATTGATACTAGGCCGTCTTTA AAGTCATCACTTAACATTA                                                                ]
[+] EMBL CD166274             [          TTATTAAAGTACATAATGAGTTTATTACTCGAACAGGACCAAATCACTTATCACTGGTAACTGGGATGCATGAAGAGAGTCATGGTATTGTTGATAACATGTTTTATGATCCTAAGCTTAATGATACTTTTGACTTGAGTAATACAAGGCATTTATCACAGTCAAAGTGGTTTGATGTTGGGTCAGAACCAATTTGGGTTACAAATCAACGTCATGGTCATAAAAGTGCTGTTACATTTTGGCCAGGGAGTAATACACCATTCAAAGGACAATTACCTAGTTATTATTATTCACAATACAACCATCAACTTCCTTTAGTTGATCGAATTAATCAAACTATTAAGTTGTTAGATTTAGATAGAGTGACACTCGGTCTAATATATTTTCATGAACCTGACTCACAGGGTCATTTGACTGGACCTGATTCTATTGAAATTTATAATGTTA TCGAGAAGTTAAATGATGATATCGGGTACTTACTATCCTTAATTGACACTAGGCCGTCTTTA A                                                                                  ]
[+] EMBL CD126524             [          TTATGAAAGTACATAATGAGTTTATTACTCGAACAGGACCAAATCACTTATCACTGGTAACTGGGATGCATGAGGAGAGTCATGGTATTGTTGATAACATGTTTTATGATCCTAAGCTTAATGATACTTTTGACTTGAGTAATACAAGGCATTTATCACAGTCAAAGTGGTTTGATGTTGGGTCAAAACCAATTTGGGTTACAAATCAACGTCATGGTCATAAAAGTGCTGTTACATTTTGGCCAGGGAGTAATACACCATTCAAAGGACAATTACCTAGTTATTATTATTCACAATACAACCATCAACTTCCTTTAGTTGATCGAATTAATCAAACTATTAAGTTGTTAGATTTAGATA                                                                                                                                                                                                                                          ]
[-] EMBL CD063752             [           TATGAAAGTACATAATGAGTTTATTACTCGAACAGGACCAAATCACTTATCACTGGTAACTGGGATGCATGAAGAGGGTCATGGTATTGTTGATAACATGTTTTATGATCCTAAGCTTAATGATACTTTTGACTTGAGTAATACAAGGCATTTATCACAGTCAAAGTGGTTTGATGTTGGGTCAGAACCAATTTGGGTTACAAATCAACGTCATGGTCATAAAAGTGCTGTTACATTTTGGCCAGGGAGTAATACACCATTCAAAGGACAATTACCTAGTTATTATTATTCACAATACAACCATCAACTTCCTTTAGTTGATCGAATTAATCAAACTATTAAGTTGTTAGATTTAGATAG                                                                                                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL CD126451             [                                                                                                                                                                                                                                                                               tccccGGACAATTACCTAGTTATTATTATTCACAATACAACCATCAACTTCCTTTAGTTGATCGAATTAATCAAACTATTAAGTTGTTAGATTTAGATA                                                                                                                                                                                                                                          ]
[-] EMBL CD166763             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATTAAGTTGTTAGATTTAGATAGAGTGACACTCGGTCTAATATATTTTCATGAACCTGACTCACAGGGTCATTTGACTGGACCTGATTCTATTGGAATTTATAATGTTAGTCGAGAAGTTAAATGATGATATCGGGTACTTACTATCCTTAATTGATACTAGGCCGTCTTTATAAGTCATCACTTTACATTATT                                                              ]


>consensus_9748#1 GGAGTACGTGTTATGAAAGTACATAATGAGTTTATTACTCGAACAGGACCAAATCACTTA TCACTGGTAACTGGGATGCATGAAGAGAGTCATGGTATTGTTGATAACATGTTTTATGAT CCTAAGCTTAATGATACTTTTGACTTGAGTAATACAAGGCATTTATCACAGTCAAAGTGG TTTGATGTTGGGTCAGAACCAATTTGGGTTACAAATCAACGTCATGGTCATAAAAGTGCT GTTACATTTTGGCCAGGGAGTAATACACCATTCAAAGGACAATTACCTAGTTATTATTAT TCACAATACAACCATCAACTTCCTTTAGTTGATCGAATTAATCAAACTATTAAGTTGTTA GATTTAGATAGAGTGACACTCGGTCTAATATATTTTCATGAACCTGACTCACAGGGTCAT TTGACTGGACCTGATTCTATTGAAATTTATAATGTTATCGAGAAGTTAAATGATGATATC GGGTACTTACTATCCTTAATTGATACTAGGCCGTCTTTAAAGTCATCACTTAACATTATT TTAACAAGCGATCATGGGATGTCTGGAGTGGATACTAAGAGAATAATTATTCTGCATGAT TA



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9748#0      CTCGAGGGCCAAAATTCGGCACGAGGTGAACCTGACTACAGGGTCATTTGACTGGACCTG 60
consensus_9748#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9748#0      ATTCTATTGAAATTTATAATGTTATCGAGAAGTTAAATGATGATATCGGGTACTTACTAT 120
consensus_9748#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9748#0      CCTTAATTGATACTAGGCCGTCTTTAAAGTCATCACTTAACATTATTTTAACAAGCGATC 180
consensus_9748#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9748#0      ATGGGATGTCTGGAGTGGATACTAAGAGAATAATTATTCTGCATGATTATATAAACGAGA 240
consensus_9748#1      ---------------------------------------------------------GGA 3
                                                                                **

consensus_9748#0      GCATGTATTATAGTCCGGGGTCAGAGGATCGTATTTTTTGGTCATTATGGCCAAAAGATG 300
consensus_9748#1      GTACGTGTTATGA--AAGTACATAATGAGTTTATTACTCGAACAG---GACCAAA----- 53
                      * * ** ****      *      * **   ****  * *  **    * *****     

consensus_9748#0      GTAGCTCATCTATTGATCTCTACAAGAAGCTGGTCGGAAAACATCCAAAAATGAATGTTT 360
consensus_9748#1      -TCACTTATC-ACTGGTAACTG--GGATGCATGAAGAGAGTCATGGTATTGTTGATAACA 109
                       *  ** *** * ** *  **    ** **  *  *  *  ***   *   *  **    

consensus_9748#0      TTCTGAAGGATAATATACCTATTCATTTGCACTACTCGAACAGT-CGACGAATCGGCC-C 418
consensus_9748#1      TGTTTTATGATCCTAAGCTTAATGATACTTTTGACTTGAGTAATACAAGGCATTTATCAC 169
                      *  *  * ***  **  * ** * **       *** **  * * * * * **    * *

consensus_9748#0      GGTAGTTGTGTATTCGGAGCCTGGATGGACAATCGTTAGATCACAAAAATCAGTTGCAAA 478
consensus_9748#1      AGTCAAAGTG-GTTTGATGTTGGGTCAGAACCAATTTGGGTTACAA--ATCAACGTCATG 226
                       **    ***  ** *  *   **   **      ** * * ****  ****    **  

consensus_9748#0      ATTTACTAAACGTGGAGATCATGGCTATGATCCGGACCATGATGAAATGTCTCCATTCTT 538
consensus_9748#1      GTCA--TAAAAGTG-------CTGTTAC-ATTTTGGCCAGGGAGTAATA-CACCATTC-- 273
                       *    **** ***         * **  **   * *** *  * ***  * ******  

consensus_9748#0      TCTAGCTACGGGACCAGGTTTTAGAAGTGCGATTGTTGGGTGGTGGTCAAATAATTAATT 598
consensus_9748#1      -------AAAGGAC--AATTACCTAGTTATTATTATTCA----CAATACAACCATCAACT 320
                             *  ****    **    *  *   *** **         *  **  ** ** *

consensus_9748#0      CTATTTATCTGATTGATATTTATCCACTGATGTGTGCCTTACTCAATTTAAATAAACCAG 658
consensus_9748#1      TCCTTTAGTTGATCGA-ATTAATCAAACTAT---TAAGTTGTTAGATTTAGATAGAGTGA 376
                         ****  **** ** *** *** *   **   *   **  *  ***** *** *    

consensus_9748#0      CTCCAAACAATGGCAGTTTATCACGTGTGATGTCACTC-CTTCGTCATAGTAGTGGTATT 717
consensus_9748#1      CACTCGGTC-TAATATATTTTCATG---AACCTGACTCACAGGGTCATTTGACTGGACCT 432
                      * *       *   *  ** *** *    *  * **** *   *****   * ***   *

consensus_9748#0      AATGTCTACTTCTCAGATTTCTCGATATGTTCACTGAAGTTTGAATTTCTCGTTCTCGCG 777
consensus_9748#1      GAT-TCTATTG---AAATTTATA---ATGTTATCGAGAAGTTAAATG----------ATG 475
                       ** **** *    * **** *    *****  *   *  ** ***             *

consensus_9748#0      CCAAAACGCCCTTTTTACCTTCAGATTGATTTTCCACTGGGAAGACCCTACTGTAATTAG 837
consensus_9748#1      ATATCGGGTACTTACTATCCTTA-ATTGAT-----ACTAGGCCGTCTTTAAAGTCATCAC 529
                        *    *  ***  ** * * * ******     *** **  * *  **  ** ** * 

consensus_9748#0      TCGTTACC-CATTAATACGT-ATCTTGTGACTTTCCAAG-GCCTTCTAGATAAATA--TA 892
consensus_9748#1      TTAACATTATTTTAACAAGCGATCATGGGATGTCTGGAGTGGATACTAAGAGAATAATTA 589
                      *    *     **** * *  *** ** **  *    ** *  * ***    ****  **

consensus_9748#0      TCCTCAATTAGGGCTTGGTTTTCCGCCTTGCCGGTATAAAATAC 936
consensus_9748#1      TTCTGCATGATTA------------------------------- 602
                      * **  ** *                                  




Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)