cluster # 9941

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Schistosoma mansoni
cluster # 9941 cluster # 9941 Sequences # 12 consensus # 2

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consensus_9941#0 length = 827 sequences # 10

consensus_9941#1 length = 157 sequences # 2

consensusID : consensus_9941#0
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Sequences nbr = 10
consensus length = 827
fasta sequence

                              [CTCCAGGCCANATTCGGCACGAGGGCATTCTTAGATCCAGTATCAATCGTAATTATGGACTACGCTTTAAACATACATTGCCCCCTTTACCGTATGAACCTAACGCTTTGGAACCTGTAATATCAGGAGAAATTATGCAGTTGCATCATTCTAAACATCATGCCACATATGTTAATAATCTCAATATTGCTGAGGAACAGTATGCTGAAGCTATCTCGAAAAGTGATGTTACAAAAATGATCTCTCTTCAGCCAGCACTCCGTTTTAATGGTGGAGGACATATCAATCACAGCATCTTTTGGCATAATCTCAGTTCTAATGGTGGGGGTGTCCCTACGGGCAGTTTGGCTAACGCT-ATTAATGATGAGTTTGGATCATTTGATAACTTCAAGTCAAAGCTGTCTACTGCCACAATTGCTGTCCAGGGTTCGGGTTGGGGTTGGCTTGGATATAATCCCAACACAAAGCGTTTACAAATTGCCACATGCGCTAATCAAGACCCTC-TTGAAGGGACTACGGGTTTAAAGCCTTTACTTGGAATCGACGTTTGGGAGCATGCATATTATCTTCAGTACAAAAATGTACGTCCAGACTATGTAAAGGCGATTTGGGATATCATAAATTGGAGCGATGTAGCTAAACGATTCGATCTCAGTAGGAAATAATTTAATTGTACTATCGTTTATCAAACTCAGAACAGTTTCATCATCTCTTTTTGTAAGATTTTCAGCAGTAGTTTCGTTATATCCTGCTATTTCTACATCACAGTGATTATTTCTCAAGAAATAAATTAATCTACAAGTGCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL CD080769             [CTCCAGGCCANATTCGGCACGAGGGCATTCTTAGATCCAGTATCAATCGTAATTATGGACTACGCTTTAAACATACATTGCCCCCTTTACCGTATGAACCTAACGCTTTGGAACCTGTAATATCAGGAGAAATTATGCAGTTGCATCATTCTAAACATCATGCCACATATGTTAATAATCTCAATATTGCTGAGGAACAGTATGCTGAAGCTATCTCGAAAAGTGATGTTACAAAAATGATCTCTCTTCAGCCAGCACTCCGTTTTAATGGTGGAGGACATATCAATCACAGCATCTTTTGGCATAATCTCAGTTCTAATGGTGGGGGTGTCCCTACGGGCAGTTTGGCTAACGCT ATTAATGATGAGTTTGGATCATTTGATAACTTCAAGTCAAAGCTGTCTACTGCCACAATTGCTGTCCAGGGTTCGGGTTGGGGTTGGCTTGGATATAATCCCAACACAAAGCGTTTACAAATTGCCACATGCGCTAATCAAGACCCTC TTGAAGGGACTACGGGTTTAAAGCCTTTACTTGGAATCGACGTTTGGGAGCATGCATATTATCTTCAGTACAAAAATGTACGTCCAGACTATGTAAAGGCGATTTGGGATATCATAAATTGGAGCGATGTAGCTAAACGATTCGATCTCAGTAGGAAATAATTTAA TGTACTATCGGTTATCAAACTCAGAACAGTTTCATCATCTCTTTTTGTAAGA TTTCACCAGTAGTTTCCGTAAATCCTGCTATTTCAACTCCAAGGGGATTATTT TCAAGAAATAATTTAt                                 ]
[+] EMBL AI976276             [                        GCATTCTTAGATCCAGTATCAATCGGAATTATGGACTACGCTTTAAACATACATTGCCCCCTTTACCGTATGAACCTAACGCTTTGGAACCTGTAATATCAGGAGAAATTATGCAGTTGCATCATTCTAAACATCATGCCACATATGTTAATAATCTCAATATTGCTGAGGAACAGTATGCTGAAGCTATCTGGAAAAGTGATGTTACAAAAATGATCTCTCTTCAACCAGCACTCCGTTTTAATGGCGGAGGACATATCAATCACAGCATCTTTTGGCATAATCTCAGATCTAATGGTGGGGGTGTCCCTACGGGCAGTTTGGCTAACGCT ATTAATGATGAGTTTGGATCATTTGATAACTTCAAGTCAAAGCTGTCTACTGCCACAATTGCTGTCCAGGGTTCGGGTTGGGGTTGGCTCGGATATAATCCCAACACATAGCGCTTACATATTGCCACATGCGCTAATCAAGA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL CD079161             [                                 GATCCAGTATCAATCGTAATTATGGACTACGCTTTAAACATACATTGCCCCCTTTACCGTATGAACCTAACGCTTTGGAACCTGTAATATCAGGAGAAATTATGCAGTTGCATCATTCTAAACATCATGCCACATATGTTAATAATCTCAATATTGCTGAGGAACAGTATGCTGAAGCTATCTCGAAAAGTGATGTTACAAAAATGATCTCTCTTCAGCCAGCACTCCGTTTTAATGGGGGAGGACATATCAATCACAGCATCTTTTGGCATAATCTCAGTTCTAATGGAGGGGGTGTCCCTACGGACAGTTTGGCTAACGCT ATTAATGATGAGTTTGGATCATTTGATAACTTCAAGTCAAAGCTGTCTACTGCCACAATTGCTGTCCAGGGTTCGGGTTGGGGTTGGCTTGGATATAATCCCAACACAAAGCGTTTACAAATTGCCACATGCGCTAATCAAGACCCTC TTGAAGGGACTACGGGTTTAAAGCCTTTACTTGGAATCGACGTTTGCGAGCATG                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[-] EMBL CD188676             [                                     CAGTATCAATCGTAATTATGGACTACGCTTTAAACATACATTG CCCCTTTACCGTATGAACCTAACGCTTTGGAACCTGTAATATCAGGAGAAATTATGCAGTTGCATCATTCTAAACATCATGCCACATATGTTAATAATCTCAATATTGCTGAGGAACAGTATGCTGAAGCTATCTCGAAAAGTGATGTTACAAAAATGATCTCTCTTCAGCCAGCACTCCGTTTTAATGGTGGAGGACATATCAATCACAGCATCTTTTGGCATAATCTCAGTTCTAATGGTG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[-] EMBL CD074693             [                                                                                                                                                                                              TGAGGAACAGTATGCTGAAGCTATCTCGAAAAGTGATGTTACAAAAATGATCTCTCTTCAGCCAGCACTCCGTTTTAATGGTGGAGGACATATCAATCACAGCATCTTTTGGCATAATCTCAGTTCTAATGGTGGGGGTGTCCCTACGGGCAGTTTGGCTAACGCT ATTAATGATGAGTTTGGATCATTTGATAACTTCAAGTCAAAGCTGTCTACTGCCACAATTGCTGTCCAGGGTTCGGGTTGGGGTTGGCTTGGATATAATCCCAACACAAAGCGTTTACAAATTGCCACATGCGCTAATCAAGACCCTC TTGAAGGGACTACGGGTTTAAAGCCTTTACTTGGAATCGACGTTTGGGAGCATGCATATTATCTTCAGTACAAAAATGTACGTCCAGACTATGTAAAGGCGATTTGGGATATCATAAATTGGAGCGATGTAGCTAAACGATTCGATCTCAGTAGGAAATAATTTAATTGTACTATCGTTTATCAAACTCAGAACAGTTTCATCATCTCTTTTTGTAAGATTTTCAGCAGTAGTTTCGTTATATCCTGCTATTTCTACATCACAGTGATTATTTCTCAAGAAATAAATTAATC                               ]
[-] EMBL BF936561             [                                                                                                                                                                                                                                                                ACTCCGTTTTAATGGTGGAGGACATATCAATCACAGCATCTTTTGGCATAATCTCAGTTCTAATGGTGGGGGTGTCCCTACGGGCAGTTTGGCTAACGCTAATTAATGATGAGTTTGGATCATTTGATAACTTCAAGTCAAAGCTGTCTACTGCCACAATTGCTGTCCAGGGTTCGGGTTGGGGTTGGCTTGGATATAATCCCAACACAAAGCGTTTACAAATTGCCACATGCGCTAATCAAGACCCTC TTGAAGGGACTACGGGTTTAAAGCCTTTACTTGGAATCGACGTTTGGGAGCATGCATATTATCTTCAGTACAAAAATGTACGTCCAGACTATGTAAAGGCGATTTGGGATATCATAAATTGGAGCGATGTAGCTAAACGATTCGATCTCAGTAGGAAATAATTTAATTGTACTATCGTTTATCAAACTCAGAACAGTTTCATCATCTCTTTTTGTAAGATTTTCAGCAGTAGTTTCGTTATATCCTGCTATTTCTACATCACAGTGATTATTTCTCAAGAAATAAATTAATCT                              ]
[-] EMBL AI395283             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CAATTGCTGTCCAGGCTTCGGTTTGGGGTTGGCTTGGATATAATCCCAACACAAAGCGTCTACAAATTGCCACATGCGCTAATCAAGACCCTC TTGAAGGGACTACGGGTTTAAAGCCTTTACTTGGAATCGACGTTTGGGAGCATGCATATTATCTTCAGTACAAAAATGTACGTCCAGACTATGTAAAGGCGATTTGGGATATCATAAATTGGAGCGATGTAGCTAAACGATTCGATCTCAGTAGGAATTAATTTAATTGTACTATCGTTTATCAAACTCAGAACAGTTTCATCATCTCTTTTTGTAAGATTTTCAGCAGTAGTTTCGTTATATCCTGCTATTTGTACATCACAGTGATTATTTCTCAAGAAATAAATTAATCTACAAGTGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]
[-] EMBL AI395579             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CGTCTACAAA TGCCACATGCGCTAATCAAGACCNTCTTTGAAGGGACTACGGGTTTAAAGCCTTTACTTGGAATCGACGTTTGGGAGCATGCATATTATCTTCAGTACAAAAATGTACGTCCAGACTATGTAAAGGCGATTTGGGATATCATAAATTGGAGCGATGTAGCTAAACGATTCGATCTCAGTAGGAAATAATTTAATTGTACTATCGTTTATCAAACTCAGAACAGTTTCATCATCTCTTTTTGTAAGATTTTCAGCAGTAGTTTCGTTATATCCTGCTATTTCTACATCACAGTGATTATTTCTCAAGAAATAAATTAATCTACAAGTG TTAAAAAAAAAAAAAAAAAAA ]
[-] EMBL AI395377             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TGCCACATGCGCTAATCAAGACCCTC TTGAAGGGACTACGGGTTTAAAGCCTTTACTTGGAATCGACGTTTGGGAGCATGCATATTATCTTCAGTACAAAAATGTACGTCCAGACTATGTAAAGGCGATTTGGGATATCATAAATTGGAGCGATGTAGCTAAACGATTCGATCTCAGTAGGAAATAATTTAATTGTACTATCGTTTATCAAACTCAGAACAGTTTCATCATCTCTTTTTGTAAGATTTTCAGCAGTAGTTTCGTTATATCCTGCTATTTCTACATCACAGTGATTATTTCTCAAGAAATAAATTAATCTACAAGTGCTTCAAAAAAAAAAAAAAAAA  ]
[+] EMBL SMAA8303             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AAGACCCTC TTGAAGGGACTACGGGTTTAAAGCCTTTACTTGGAATCGACGTTTGGGAGCATGCATATTATCTTCAGTACAAAAATGTACGTCCAGACTATGTAAAGGCGATTTGGGATATCATAAATTGGAGCGATGTAGCTAAACGRTTCGATCTCAGTAGGGAATAATTTAATTGTACTATCGTTTATCAAACTCAGAACAGTTTCATCATCTCTTTTTGTAAGATTTTCAGCAGTAGTTT                                                                                        ]




>consensus_9941#0
CTCCAGGCCANATTCGGCACGAGGGCATTCTTAGATCCAGTATCAATCGTAATTATGGAC
TACGCTTTAAACATACATTGCCCCCTTTACCGTATGAACCTAACGCTTTGGAACCTGTAA
TATCAGGAGAAATTATGCAGTTGCATCATTCTAAACATCATGCCACATATGTTAATAATC
TCAATATTGCTGAGGAACAGTATGCTGAAGCTATCTCGAAAAGTGATGTTACAAAAATGA
TCTCTCTTCAGCCAGCACTCCGTTTTAATGGTGGAGGACATATCAATCACAGCATCTTTT
GGCATAATCTCAGTTCTAATGGTGGGGGTGTCCCTACGGGCAGTTTGGCTAACGCTATTA
ATGATGAGTTTGGATCATTTGATAACTTCAAGTCAAAGCTGTCTACTGCCACAATTGCTG
TCCAGGGTTCGGGTTGGGGTTGGCTTGGATATAATCCCAACACAAAGCGTTTACAAATTG
CCACATGCGCTAATCAAGACCCTCTTGAAGGGACTACGGGTTTAAAGCCTTTACTTGGAA
TCGACGTTTGGGAGCATGCATATTATCTTCAGTACAAAAATGTACGTCCAGACTATGTAA
AGGCGATTTGGGATATCATAAATTGGAGCGATGTAGCTAAACGATTCGATCTCAGTAGGA
AATAATTTAATTGTACTATCGTTTATCAAACTCAGAACAGTTTCATCATCTCTTTTTGTA
AGATTTTCAGCAGTAGTTTCGTTATATCCTGCTATTTCTACATCACAGTGATTATTTCTC
AAGAAATAAATTAATCTACAAGTGCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

consensusID : consensus_9941#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 157
fasta sequence

                              [GCCCCGGTACCCATGGTTTGAGGACATATCACTCACAGCATCTTTTGGCATAATCTCAGTTCTAATGGTGGGGGCGTCCCTACGGGCAGTTTGGCTAACGCTATTAATGATGAGTTTGGATCATTTGATAACTTCAAGTCAAAGCTGTCTACTGCCA]

[+] EMBL CD068879             [GCCCCGGTACCCATGGTTTGAGGACATATCACTCACAGCATCTTTTGGCATAATCTCAGTTCTAATGGTGGGGGCGTCCCTACGGGCAGTTTGGCTAACGCTATTAATGATGAGTTTGGATCATTTGATAACTTCAAGTCAAAGCTGTCTACTGCCA]
[+] EMBL CD068880             [  ctCGGTACCCATGGTTTGAGGACATATCACTCACAGCATCTTTTGGCATAATCTCAGTTCTAATGGTGGGGGCGTCCCTACGGGCAGTTTGGCTAACGCTATTAATGATGAGTTTGGATCATTTGATAACTTCAAGTCAAAGCTGTCTACTGCCA]




>consensus_9941#1
GCCCCGGTACCCATGGTTTGAGGACATATCACTCACAGCATCTTTTGGCATAATCTCAGT
TCTAATGGTGGGGGCGTCCCTACGGGCAGTTTGGCTAACGCTATTAATGATGAGTTTGGA
TCATTTGATAACTTCAAGTCAAAGCTGTCTACTGCCA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9941#0      CTCCAGGCCANATTCGGCACGAGGGCATTCTTAGATCCAGTATCAATCGTAATTATGGAC 60
consensus_9941#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9941#0      TACGCTTTAAACATACATTGCCCCCTTTACCGTATGAACCTAACGCTTTGGAACCTGTAA 120
consensus_9941#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9941#0      TATCAGGAGAAATTATGCAGTTGCATCATTCTAAACATCATGCCACATATGTTAATAATC 180
consensus_9941#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9941#0      TCAATATTGCTGAGGAACAGTATGCTGAAGCTATCTCGAAAAGTGATGTTACAAAAATGA 240
consensus_9941#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9941#0      TCTCTCTTCAGCCAGCACTCCGTTTTAATGGTG-GAGGACATATCAATCACAGCATCTTT 299
consensus_9941#1      --------------GC-CCCGGTACCCATGGTTTGAGGACATATCACTCACAGCATCTTT 45
                                    ** * * **    *****  ************ *************

consensus_9941#0      TGGCATAATCTCAGTTCTAATGGTGGGGGTGTCCCTACGGGCAGTTTGGCTAACGCTATT 359
consensus_9941#1      TGGCATAATCTCAGTTCTAATGGTGGGGGCGTCCCTACGGGCAGTTTGGCTAACGCTATT 105
                      ***************************** ******************************

consensus_9941#0      AATGATGAGTTTGGATCATTTGATAACTTCAAGTCAAAGCTGTCTACTGCCACAATTGCT 419
consensus_9941#1      AATGATGAGTTTGGATCATTTGATAACTTCAAGTCAAAGCTGTCTACTGCCA-------- 157
                      ****************************************************        

consensus_9941#0      GTCCAGGGTTCGGGTTGGGGTTGGCTTGGATATAATCCCAACACAAAGCGTTTACAAATT 479
consensus_9941#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9941#0      GCCACATGCGCTAATCAAGACCCTCTTGAAGGGACTACGGGTTTAAAGCCTTTACTTGGA 539
consensus_9941#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9941#0      ATCGACGTTTGGGAGCATGCATATTATCTTCAGTACAAAAATGTACGTCCAGACTATGTA 599
consensus_9941#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9941#0      AAGGCGATTTGGGATATCATAAATTGGAGCGATGTAGCTAAACGATTCGATCTCAGTAGG 659
consensus_9941#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9941#0      AAATAATTTAATTGTACTATCGTTTATCAAACTCAGAACAGTTTCATCATCTCTTTTTGT 719
consensus_9941#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9941#0      AAGATTTTCAGCAGTAGTTTCGTTATATCCTGCTATTTCTACATCACAGTGATTATTTCT 779
consensus_9941#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9941#0      CAAGAAATAAATTAATCTACAAGTGCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 827
consensus_9941#1      ------------------------------------------------