cluster # 9974

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Schistosoma mansoni
cluster # 9974 cluster # 9974 Sequences # 12 consensus # 3

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consensusID : consensus_9974#0
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fasta sequence

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>consensus_9974#0
TGATTGTACTGAAACTGAAGCTGTTTATCTTACTACTTAATTCTAGATGCAATAAACAAG
TGGACTCCTGATACAATATTTCCTTTATTGGATATTTTACGTTGTTTAGTCTTTTGGCCG
ATATCCAGTGATATTATATTTGAAACAACAAATTGGAATCATTTATTATCAATTAGTTTT
AATAATCCTGATTTGTCAAGTGCAAATTGTTTATTAATGTTACGTCTATTAGTAAACTCT
TTAGCTGCAGATGGTCCAAGATTTATTGATACTATTAAGCGTCAGTCTGTGTCATCATCA
TCATCTTCATCCTTAACGAATAGTAGTGATAAACCAAATATTCCACCAAAATCTTTAATT
ACTGCTGTTGGAATAACTGGGAGATTGATTGAACTTGTTAATGATAATAAATTGCAGTTT
GCAATACGTAAACCACAACAGATTGCGTTGGCCAACTTGATGTATAATATTTCTGTACTT
GTTCATTTGTCGAAACCGTTATCTATCGAGTCAAATATATTTCCGCAACTGCGTTTTATA
TCTGGTGTTTGTATTCGAATAAGTCTGAATATTTTATCACTTGCCCTGGATCATGGTTGT
AGTGGTGTTACACAATTACACCCTGAAGCTGTAAATCACTTATTTGTATCAATTGGCACC
TGTTTATTATCAGTAACTTCAGAGTTACATTCAACAGAAGAGCAGGTAAAAACCAACGTA
TTCGTATTCTTGCCTCAGCTATGATTGGTTTGGAAAGATTTATCTCGAAGTGTTGCTAAC
GATGTAATTATTGATCATATTGTGGACGAATCTACCGGCCTGGGAATNCGTTCGTAAAAA
TTTTAATTTCTT

consensusID : consensus_9974#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
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fasta sequence

                              [ATCATGGTTGTAGTGGTGTTACACAATTACACCCTGAAGCTGTAAATCACTTATTTGTATCAATTGGCACCTGTTTATTATCAGTAACTTCAGAGTTAAATTCAACAGAAGAGCAGTTAAAAACACAACGTATTCGTATTCTTGCATCAGCTATGATTGGTTTGAAAGATTTATCTCGAAGTGTTGATAACGATGTAATTATTGATAATAATGTTGATGAATTTACCGCCTGGGAATCAGTTCGCAAAATTATCAATTACTGGATAACAACACCTACAGTTTGTTCTGATGTACGAGCATGTGCATCTCAATTACTTTCAATTTTAGAATAAGATAATAGTACCAAGTGACTAAAAACAATATTTGTACTTTTTAAAAATTTACACTTTTTGCTTAATATAACTGTTTTGGATTGTAAATTTTAAACCTTGAATGAATATCTTCTTGAGTTTTCTCGTTTAAGAAATATTCATATCAATGTATGTGT]

[+] EMBL SMAA18469            [ATCATGGTTGTAGTGGTGTTACACAATTACACCCTGAAGCTGTAAATCACTTATTTGTATCAATTGGCACCTGTTTATTATCAGTAACTTCAGAGTTAAATTCAACAGAAGAGCAGTTAAAAACACAACGTATTCGTATTCTTGCATCAGCTATGATTGGTTTGAAAGATTTATCTCGAAGTGTTGATAACGATGTAATTATTGATAATAATGTTGATGAATTTACCGCCTGGGAATCAGTTCGCAAAATTATCAATTACTGGATAACAACACCTACAGTTTGTTCTGATGTACGAGCATGTGCATCTCAATTACTTTCAATTTTAGAATAAGATAATAGTACCAAGTGACTAAAAACAATATTTGTACTTTTTAAAAATTTACACTTTTTGCTTAATATAACTGTTTTGGATTGTAAATTTTAAACCTTGAATGAATATCTTCTTGAGTTTTCTCGTTTAAGAAATATTCATATCAATGTATGTGT]




>consensus_9974#1
ATCATGGTTGTAGTGGTGTTACACAATTACACCCTGAAGCTGTAAATCACTTATTTGTAT
CAATTGGCACCTGTTTATTATCAGTAACTTCAGAGTTAAATTCAACAGAAGAGCAGTTAA
AAACACAACGTATTCGTATTCTTGCATCAGCTATGATTGGTTTGAAAGATTTATCTCGAA
GTGTTGATAACGATGTAATTATTGATAATAATGTTGATGAATTTACCGCCTGGGAATCAG
TTCGCAAAATTATCAATTACTGGATAACAACACCTACAGTTTGTTCTGATGTACGAGCAT
GTGCATCTCAATTACTTTCAATTTTAGAATAAGATAATAGTACCAAGTGACTAAAAACAA
TATTTGTACTTTTTAAAAATTTACACTTTTTGCTTAATATAACTGTTTTGGATTGTAAAT
TTTAAACCTTGAATGAATATCTTCTTGAGTTTTCTCGTTTAAGAAATATTCATATCAATG
TATGTGT

consensusID : consensus_9974#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 381
fasta sequence

                              [CGAGTGATACTATTAAGCGTCAGTCTGTGTCATCATCATCATCTNCATCCTTAACGAATAGTAGTGATAAACCAAATNTNCCACCAAAATCTTTAATTACTGNTGTNGGAATAACTGGGAGATTGATTGAACTTGTTANTGATAATAAATTGCAGNTGGNAATACGTAAACCACAACAGATTGCGTNGGCCAACTTGATGTNTAATATTTCTGTACTNGTCCATTGGTCGAAACCGTTATCTATCGAGTCAAATNTATTTCCGCAACTGCGTTTTATNTCTGGGGTTNGNATNCGAATAAGTCTGAATATTTNATCAACTTGCCCTGGATCANGGTTGGTNGNGGGNGTTTACACAATTACANCCTGAAGCTGTAAATCAC]

[+] EMBL SM382                [CGAGTGATACTATTAAGCGTCAGTCTGTGTCATCATCATCATCTNCATCCTTAACGAATAGTAGTGATAAACCAAATNTNCCACCAAAATCTTTAATTACTGNTGTNGGAATAACTGGGAGATTGATTGAACTTGTTANTGATAATAAATTGCAGNTGGNAATACGTAAACCACAACAGATTGCGTNGGCCAACTTGATGTNTAATATTTCTGTACTNGTCCATTGGTCGAAACCGTTATCTATCGAGTCAAATNTATTTCCGCAACTGCGTTTTATNTCTGGGGTTNGNATNCGAATAAGTCTGAATATTTNATCAACTTGCCCTGGATCANGGTTGGTNGNGGGNGTTTACACAATTACANCCTGAAGCTGTAAATCAC]




>consensus_9974#2
CGAGTGATACTATTAAGCGTCAGTCTGTGTCATCATCATCATCTNCATCCTTAACGAATA
GTAGTGATAAACCAAATNTNCCACCAAAATCTTTAATTACTGNTGTNGGAATAACTGGGA
GATTGATTGAACTTGTTANTGATAATAAATTGCAGNTGGNAATACGTAAACCACAACAGA
TTGCGTNGGCCAACTTGATGTNTAATATTTCTGTACTNGTCCATTGGTCGAAACCGTTAT
CTATCGAGTCAAATNTATTTCCGCAACTGCGTTTTATNTCTGGGGTTNGNATNCGAATAA
GTCTGAATATTTNATCAACTTGCCCTGGATCANGGTTGGTNGNGGGNGTTTACACAATTA
CANCCTGAAGCTGTAAATCAC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9974#0      TGATTGTACTGAAACTGAAGCTGTTTATCTTACTACTTAATTCTAGATGCAATAAACAAG 60
consensus_9974#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9974#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9974#0      TGGACTCCTGATACAATATTTCCTTTATTGGATATTTTACGTTGTTTAGTCTTTTGGCCG 120
consensus_9974#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9974#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9974#0      ATATCCAGTGATATTATATTTGAAACAACAAATTGGAATCATTTATTATCAATTAGTTTT 180
consensus_9974#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9974#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9974#0      AATAATCCTGATTTGTCAAGTGCAAATTGTTTATTAATGTTACGTCTATTAGTAAACTCT 240
consensus_9974#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9974#1      --------------------------------ATCATGGTTGTAGTGGTGTTACACAATT 28
                                                                                  

consensus_9974#0      TTAGCTGCAGATGGTCCAAGATTTATTGATACTATTAAGCGTCAGTCTGT-GTCATCATC 299
consensus_9974#2      ----------------------CGAGTGATACTATTAAGCGTCAGTCTGT-GTCATCATC 37
consensus_9974#1      ACACCCTGAAGCTGTAAATCACTTATTTGTATCAATTGGCACCTGTTTATTATCAGTAAC 88
                                              * *  **  * *  **  * ** * *  ***  * *

consensus_9974#0      ATCATCTTCATCCTTAAC-GAATAGTAGTGATAAACCAAA--------TATTCCACCAAA 350
consensus_9974#2      ATCATCTNCATCCTTAAC-GAATAGTAGTGATAAACCAAA--------TNTNCCACCAAA 88
consensus_9974#1      TTCAGAGTTAAATTCAACAGAAGAGCAGTTAAAAACACAACGTATTCGTATTCTTGCATC 148
                       ***     *   * *** *** ** *** * ****  **        * * *   **  

consensus_9974#0      ATCTTTAATTACTGCTGTTGGAATAACTGGGAG-ATTGAT-----TGAACTTGTTAATGA 404
consensus_9974#2      ATCTTTAATTACTGNTGTNGGAATAACTGGGAG-ATTGAT-----TGAACTTGTTANTGA 142
consensus_9974#1      AGCTATGATTGGTTTGAAAGATTTATCTCGAAGTGTTGATAACGATGTAATTATTGATAA 208
                      * ** * ***  *      *   ** ** * **  *****     ** * ** **  * *

consensus_9974#0      TAAT-------AAATTGCAGT-TTGCAATACGTAAACCACAACAGATTGCGTTGGCCAAC 456
consensus_9974#2      TAAT-------AAATTGCAGN-TGGNAATACGTAAACCACAACAGATTGCGTNGGCCAAC 194
consensus_9974#1      TAATGTTGATGAATTTACCGCCTGGGAATCAGTTCGCAAAATTATCAATTACTGGATAAC 268
                      ****       ** ** * *  * * ***  **   * * *  *         **  ***

consensus_9974#0      TTGATGTATAATATTTC----TGTACTTGTTCATTTGTCGAAACCGTTATCTATC---GA 509
consensus_9974#2      TTGATGTNTAATATTTC----TGTACTNGTCCATTGGTCGAAACCGTTATCTATC---GA 247
consensus_9974#1      AACACCTACAGTTTGTTCTGATGTACGAGCATGTGCATCTCAATTACTTTCAATTTTAGA 328
                         *  *  * * * *     *****  *    *   **  **    * ** **    **

consensus_9974#0      GTCAAATA-TATTTCC--GCAACTGCGTTTTATATCTGGTGTTTGTATTCGAATAAGTCT 566
consensus_9974#2      GTCAAATN-TATTTCC--GCAACTGCGTTTTATNTCTGGGGTTNGNATNCGAATAAGTCT 304
consensus_9974#1      ATAAGATAATAGTACCAAGTGACTAAAAACAATATTTGTACTTTTTA-AAAATTTACACT 387
                       * * **  ** * **  *  ***       ** * **   **   *    * * *  **

consensus_9974#0      GAATATTTTATCA-CTTGCCCTGGATCATGGTTG-TAGTGGTG--TTACACAATTAC--- 619
consensus_9974#2      GAATATTTNATCAACTTGCCCTGGATCANGGTTGGTNGNGGGNGTTTACACAATTAC--- 361
consensus_9974#1      TTTTGCTTAATATAACTGTTTTGGATTGTAAATTTTAAACCTTGAATGAATATCTTCTTG 447
                         *  ** **     **   *****      *  *          *  * *  * *   

consensus_9974#0      ACCCTGAAGCTGTAAATCACTTATTTGTATCAATTGGCACCTGTTTATTATCAGTAACTT 679
consensus_9974#2      ANCCTGAAGCTGTAAATCAC---------------------------------------- 381
consensus_9974#1      AGTTTTCTCGTTTAAGAAATATTCATATCAATGTATGTGT-------------------- 487
                      *   *     * ***   *                                         

consensus_9974#0      CAGAGTTACATTCAACAGAAGAGCAGGTAAAAACCAACGTATTCGTATTCTTGCCTCAGC 739
consensus_9974#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9974#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9974#0      TATGATTGGTTTGGAAAGATTTATCTCGAAGTGTTGCTAACGATGTAATTATTGATCATA 799
consensus_9974#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9974#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9974#0      TTGTGGACGAATCTACCGGCCTGGGAATNCGTTCGTAAAAATTTTAATTTCTT 852
consensus_9974#2      -----------------------------------------------------
consensus_9974#1      -----------------------------------------------------