These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Takifugu rubripes see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_1755#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 353 fasta sequence [ACCGCACCTTTGCTCTGTGACTGAAGCACTCGGTCTGCTCACACACTGTCGTCCTTATTCCCGGTGAGCTTGAAGCGTTTGACAAACATCCTAAAACTCATCTCTGTCCTCAAGATAAAGTGCATAAATGACTGTAGAGACGTTCTAAATAAGCGCAAGAGTAGTGGTCCTTCATAATGTCTTCCATTTTCAATGTTTTTATTTAAGTTCATTGAATTTTGTGCTTGGTTGCTTAGATGATGGGATGTGAGTTAGTATGTGAGACTGGAACGTTTACAATTCGTGATGCAATTCTGTTTCACAAATTTTGTATATTTAATAAAGAGTATTTTGTGTTTCTTGCTCACCCTAAA] [+] EMBL CA846641 [ACCGCACCTTTGCTCTGTGACTGAAGCACTCGGTCTGCTCACACACTGTCGTCCTTATTCCCGGTGAGCTTGAAGCGTTTGACAAACATCCTAAAACTCATCTCTGTCCTCAAGATAAAGTGCATAAATGACTGTAGAGACGTTCTAAATAAGCGCAAGAGTAGTGGTCCTTCATAATGTCTTCCATTTTCAATGTTTTTATTTAAGTTCATTGAATTTTGTGCTTGGTTGCTTAGATGATGGGATGTGAGTTAGTATGTGAGACTGGAACGTTTACAATTCGTGATGCAATTCTGTTTCACAAATTTTGTATATTTAATAAAGAGTATTTTGTGTTTCTTGCTCACCCTAAA] consensusID : consensus_1755#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 329 fasta sequence [TCTGCTCTCACACTGTCGTCCTTATTCCCGGTGAGCTTGAAGCGTTTGACAAACATCCTAAAACTCATCTCTGTCCTCAAGATAAAGTGCATAAATGACTGTAGAGACGTTCTAAATAAGCGCAAGAGTAGTGGTCCTTCATAATGTCTTCCATTTTCAATGTTTTTATTTAAGTTCATTGAATTTTGTGCTTGGTTGCATCACGAATTTTGTATATTTAATAAAGAGTATTTTGTGTTTCTTGCTCACCCTACGTTTGGTTGTAAATGTGTTACTAATTCAGATTTAAATTTAAAGGTCCCTCTACATGCATCATTAAAAGATAAACC] [+] EMBL CA330652 [TCTGCTCTCACACTGTCGTCCTTATTCCCGGTGAGCTTGAAGCGTTTGACAAACATCCTAAAACTCATCTCTGTCCTCAAGATAAAGTGCATAAATGACTGTAGAGACGTTCTAAATAAGCGCAAGAGTAGTGGTCCTTCATAATGTCTTCCATTTTCAATGTTTTTATTTAAGTTCATTGAATTTTGTGCTTGGTTGCATCACGAATTTTGTATATTTAATAAAGAGTATTTTGTGTTTCTTGCTCACCCTACGTTTGGTTGTAAATGTGTTACTAATTCAGATTTAAATTTAAAGGTCCCTCTACATGCATCATTAAAAGATAAACC] consensusID : consensus_1755#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 310 fasta sequence [GTCTGCTCACACACTGTCGTCCTTATTCCCGGTGAGCTTGAAGCGTTTGACAAACATCCTAAAACTCATCTCTGTCCTCAAGATAAAGTGCATAAATGACTGTAGAGACGTTCAAAATAAGCGCAAGATTATGGGCCCTTCAAAAGGTCTTCAATTTCAAAGGTTTTAATTTAAGTCAATTGAATTTGGTGCTTGGTTGCTTAAATAATGGAATGTGAGTTAGAATGTGAAACGGGAACGTTTACAATTCGGAATGCAATTCGGTTCCACAAATTTGGAAAATTTAAAAAAGAGAATTTGGTGTTCCTGG] [+] EMBL FR0056014 [GTCTGCTCACACACTGTCGTCCTTATTCCCGGTGAGCTTGAAGCGTTTGACAAACATCCTAAAACTCATCTCTGTCCTCAAGATAAAGTGCATAAATGACTGTAGAGACGTTCAAAATAAGCGCAAGATTATGGGCCCTTCAAAAGGTCTTCAATTTCAAAGGTTTTAATTTAAGTCAATTGAATTTGGTGCTTGGTTGCTTAAATAATGGAATGTGAGTTAGAATGTGAAACGGGAACGTTTACAATTCGGAATGCAATTCGGTTCCACAAATTTGGAAAATTTAAAAAAGAGAATTTGGTGTTCCTGG] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_1755#0 ACCGCACCTTTGCTCTGTGACTGAAGCACTCGGTCTGCTCACACACTGTCGTCCTTATTC 60 consensus_1755#2 --------------------------------GTCTGCTCACACACTGTCGTCCTTATTC 28 consensus_1755#1 ---------------------------------TCTGCTCTCACACTGTCGTCCTTATTC 27 ******* ******************* consensus_1755#0 CCGGTGAGCTTGAAGCGTTTGACAAACATCCTAAAACTCATCTCTGTCCTCAAGATAAAG 120 consensus_1755#2 CCGGTGAGCTTGAAGCGTTTGACAAACATCCTAAAACTCATCTCTGTCCTCAAGATAAAG 88 consensus_1755#1 CCGGTGAGCTTGAAGCGTTTGACAAACATCCTAAAACTCATCTCTGTCCTCAAGATAAAG 87 ************************************************************ consensus_1755#0 TGCATAAATGACTGTAGAGACGTTCTAAATAAGCGCAAGAGTAGTGGTCCTTCATAATGT 180 consensus_1755#2 TGCATAAATGACTGTAGAGACGTTCAAAATAAGCGCAAGATTATGGGCCCTTCAAAAGGT 148 consensus_1755#1 TGCATAAATGACTGTAGAGACGTTCTAAATAAGCGCAAGAGTAGTGGTCCTTCATAATGT 147 ************************* ************** ** ** ****** ** ** consensus_1755#0 CTTCCATTTTCAATGTTTTTATTTAAGTTCATTGAATTTTGTGCTTGGTTGCTTAGATGA 240 consensus_1755#2 CTTCAATTTCAAAGGTTTTAATTTAAGTCAATTGAATTTGGTGCTTGGTTGCTTAAATAA 208 consensus_1755#1 CTTCCATTTTCAATGTTTTTATTTAAGTTCATTGAATTTTGTGCTTGGTTGCATCACGAA 207 **** **** ** ***** ******** ********* ************ * * consensus_1755#0 TGGGATGTGAGTTAGTATGTGAGACTGGAACGTTTACAATTCGTGATGCAATTCTGTTTC 300 consensus_1755#2 TGGAATGTGAGTTAGAATGTGAAACGGGAACGTTTACAATTCGGAATGCAATTCGGTTCC 268 consensus_1755#1 TTTTGTATATTTAATAAAGAGTATTTTG--TGTTTCTTGCTCACCCTACG-TTTGGTTGT 264 * * * * * * * * * **** ** * * ** *** consensus_1755#0 ACAAATTTTGTATATTTAATAAAGAGTATTTTGTGTTTCTTGCTCACCCTAAA------- 353 consensus_1755#2 ACAAATTTGGAAAATTTAAAAAAGAGAATTTGGTGTTCCTGG------------------ 310 consensus_1755#1 AAATGTGTTACTAATTCAG-ATTTAAATTTAAAGGTCCCTCTACATGCATCATTAAAAGA 323 * * * * *** * * * ** ** ** consensus_1755#0 ------ consensus_1755#2 ------ consensus_1755#1 TAAACC 329 |
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