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Takifugu rubripes
cluster # 1755 cluster # 1755       Sequences # 3       consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_1755#0 length = 353 sequences # 1  
 consensus_1755#1 length = 329 sequences # 1  
consensus_1755#2 length = 310 sequences # 1  
consensusID : consensus_1755#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 353
fasta sequence 
                              [ACCGCACCTTTGCTCTGTGACTGAAGCACTCGGTCTGCTCACACACTGTCGTCCTTATTCCCGGTGAGCTTGAAGCGTTTGACAAACATCCTAAAACTCATCTCTGTCCTCAAGATAAAGTGCATAAATGACTGTAGAGACGTTCTAAATAAGCGCAAGAGTAGTGGTCCTTCATAATGTCTTCCATTTTCAATGTTTTTATTTAAGTTCATTGAATTTTGTGCTTGGTTGCTTAGATGATGGGATGTGAGTTAGTATGTGAGACTGGAACGTTTACAATTCGTGATGCAATTCTGTTTCACAAATTTTGTATATTTAATAAAGAGTATTTTGTGTTTCTTGCTCACCCTAAA]

[+] EMBL CA846641             [ACCGCACCTTTGCTCTGTGACTGAAGCACTCGGTCTGCTCACACACTGTCGTCCTTATTCCCGGTGAGCTTGAAGCGTTTGACAAACATCCTAAAACTCATCTCTGTCCTCAAGATAAAGTGCATAAATGACTGTAGAGACGTTCTAAATAAGCGCAAGAGTAGTGGTCCTTCATAATGTCTTCCATTTTCAATGTTTTTATTTAAGTTCATTGAATTTTGTGCTTGGTTGCTTAGATGATGGGATGTGAGTTAGTATGTGAGACTGGAACGTTTACAATTCGTGATGCAATTCTGTTTCACAAATTTTGTATATTTAATAAAGAGTATTTTGTGTTTCTTGCTCACCCTAAA]




>consensus_1755#0
ACCGCACCTTTGCTCTGTGACTGAAGCACTCGGTCTGCTCACACACTGTCGTCCTTATTC
CCGGTGAGCTTGAAGCGTTTGACAAACATCCTAAAACTCATCTCTGTCCTCAAGATAAAG
TGCATAAATGACTGTAGAGACGTTCTAAATAAGCGCAAGAGTAGTGGTCCTTCATAATGT
CTTCCATTTTCAATGTTTTTATTTAAGTTCATTGAATTTTGTGCTTGGTTGCTTAGATGA
TGGGATGTGAGTTAGTATGTGAGACTGGAACGTTTACAATTCGTGATGCAATTCTGTTTC
ACAAATTTTGTATATTTAATAAAGAGTATTTTGTGTTTCTTGCTCACCCTAAA

consensusID : consensus_1755#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 329
fasta sequence 
                              [TCTGCTCTCACACTGTCGTCCTTATTCCCGGTGAGCTTGAAGCGTTTGACAAACATCCTAAAACTCATCTCTGTCCTCAAGATAAAGTGCATAAATGACTGTAGAGACGTTCTAAATAAGCGCAAGAGTAGTGGTCCTTCATAATGTCTTCCATTTTCAATGTTTTTATTTAAGTTCATTGAATTTTGTGCTTGGTTGCATCACGAATTTTGTATATTTAATAAAGAGTATTTTGTGTTTCTTGCTCACCCTACGTTTGGTTGTAAATGTGTTACTAATTCAGATTTAAATTTAAAGGTCCCTCTACATGCATCATTAAAAGATAAACC]

[+] EMBL CA330652             [TCTGCTCTCACACTGTCGTCCTTATTCCCGGTGAGCTTGAAGCGTTTGACAAACATCCTAAAACTCATCTCTGTCCTCAAGATAAAGTGCATAAATGACTGTAGAGACGTTCTAAATAAGCGCAAGAGTAGTGGTCCTTCATAATGTCTTCCATTTTCAATGTTTTTATTTAAGTTCATTGAATTTTGTGCTTGGTTGCATCACGAATTTTGTATATTTAATAAAGAGTATTTTGTGTTTCTTGCTCACCCTACGTTTGGTTGTAAATGTGTTACTAATTCAGATTTAAATTTAAAGGTCCCTCTACATGCATCATTAAAAGATAAACC]




>consensus_1755#1
TCTGCTCTCACACTGTCGTCCTTATTCCCGGTGAGCTTGAAGCGTTTGACAAACATCCTA
AAACTCATCTCTGTCCTCAAGATAAAGTGCATAAATGACTGTAGAGACGTTCTAAATAAG
CGCAAGAGTAGTGGTCCTTCATAATGTCTTCCATTTTCAATGTTTTTATTTAAGTTCATT
GAATTTTGTGCTTGGTTGCATCACGAATTTTGTATATTTAATAAAGAGTATTTTGTGTTT
CTTGCTCACCCTACGTTTGGTTGTAAATGTGTTACTAATTCAGATTTAAATTTAAAGGTC
CCTCTACATGCATCATTAAAAGATAAACC

consensusID : consensus_1755#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 310
fasta sequence 
                              [GTCTGCTCACACACTGTCGTCCTTATTCCCGGTGAGCTTGAAGCGTTTGACAAACATCCTAAAACTCATCTCTGTCCTCAAGATAAAGTGCATAAATGACTGTAGAGACGTTCAAAATAAGCGCAAGATTATGGGCCCTTCAAAAGGTCTTCAATTTCAAAGGTTTTAATTTAAGTCAATTGAATTTGGTGCTTGGTTGCTTAAATAATGGAATGTGAGTTAGAATGTGAAACGGGAACGTTTACAATTCGGAATGCAATTCGGTTCCACAAATTTGGAAAATTTAAAAAAGAGAATTTGGTGTTCCTGG]

[+] EMBL FR0056014            [GTCTGCTCACACACTGTCGTCCTTATTCCCGGTGAGCTTGAAGCGTTTGACAAACATCCTAAAACTCATCTCTGTCCTCAAGATAAAGTGCATAAATGACTGTAGAGACGTTCAAAATAAGCGCAAGATTATGGGCCCTTCAAAAGGTCTTCAATTTCAAAGGTTTTAATTTAAGTCAATTGAATTTGGTGCTTGGTTGCTTAAATAATGGAATGTGAGTTAGAATGTGAAACGGGAACGTTTACAATTCGGAATGCAATTCGGTTCCACAAATTTGGAAAATTTAAAAAAGAGAATTTGGTGTTCCTGG]




>consensus_1755#2
GTCTGCTCACACACTGTCGTCCTTATTCCCGGTGAGCTTGAAGCGTTTGACAAACATCCT
AAAACTCATCTCTGTCCTCAAGATAAAGTGCATAAATGACTGTAGAGACGTTCAAAATAA
GCGCAAGATTATGGGCCCTTCAAAAGGTCTTCAATTTCAAAGGTTTTAATTTAAGTCAAT
TGAATTTGGTGCTTGGTTGCTTAAATAATGGAATGTGAGTTAGAATGTGAAACGGGAACG
TTTACAATTCGGAATGCAATTCGGTTCCACAAATTTGGAAAATTTAAAAAAGAGAATTTG
GTGTTCCTGG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1755#0      ACCGCACCTTTGCTCTGTGACTGAAGCACTCGGTCTGCTCACACACTGTCGTCCTTATTC 60
consensus_1755#2      --------------------------------GTCTGCTCACACACTGTCGTCCTTATTC 28
consensus_1755#1      ---------------------------------TCTGCTCTCACACTGTCGTCCTTATTC 27
                                                       ******* *******************

consensus_1755#0      CCGGTGAGCTTGAAGCGTTTGACAAACATCCTAAAACTCATCTCTGTCCTCAAGATAAAG 120
consensus_1755#2      CCGGTGAGCTTGAAGCGTTTGACAAACATCCTAAAACTCATCTCTGTCCTCAAGATAAAG 88
consensus_1755#1      CCGGTGAGCTTGAAGCGTTTGACAAACATCCTAAAACTCATCTCTGTCCTCAAGATAAAG 87
                      ************************************************************

consensus_1755#0      TGCATAAATGACTGTAGAGACGTTCTAAATAAGCGCAAGAGTAGTGGTCCTTCATAATGT 180
consensus_1755#2      TGCATAAATGACTGTAGAGACGTTCAAAATAAGCGCAAGATTATGGGCCCTTCAAAAGGT 148
consensus_1755#1      TGCATAAATGACTGTAGAGACGTTCTAAATAAGCGCAAGAGTAGTGGTCCTTCATAATGT 147
                      ************************* ************** **  ** ****** ** **

consensus_1755#0      CTTCCATTTTCAATGTTTTTATTTAAGTTCATTGAATTTTGTGCTTGGTTGCTTAGATGA 240
consensus_1755#2      CTTCAATTTCAAAGGTTTTAATTTAAGTCAATTGAATTTGGTGCTTGGTTGCTTAAATAA 208
consensus_1755#1      CTTCCATTTTCAATGTTTTTATTTAAGTTCATTGAATTTTGTGCTTGGTTGCATCACGAA 207
                      **** ****  ** ***** ********  ********* ************ *     *

consensus_1755#0      TGGGATGTGAGTTAGTATGTGAGACTGGAACGTTTACAATTCGTGATGCAATTCTGTTTC 300
consensus_1755#2      TGGAATGTGAGTTAGAATGTGAAACGGGAACGTTTACAATTCGGAATGCAATTCGGTTCC 268
consensus_1755#1      TTTTGTATATTTAATAAAGAGTATTTTG--TGTTTCTTGCTCACCCTACG-TTTGGTTGT 264
                      *    * *   * *  * * *      *   ****     **    * *  **  ***  

consensus_1755#0      ACAAATTTTGTATATTTAATAAAGAGTATTTTGTGTTTCTTGCTCACCCTAAA------- 353
consensus_1755#2      ACAAATTTGGAAAATTTAAAAAAGAGAATTTGGTGTTCCTGG------------------ 310
consensus_1755#1      AAATGTGTTACTAATTCAG-ATTTAAATTTAAAGGTCCCTCTACATGCATCATTAAAAGA 323
                      * *  * *     *** *  *   *   **    **  **                    

consensus_1755#0      ------
consensus_1755#2      ------
consensus_1755#1      TAAACC 329


Data build on Sat Aug 9 00:50:02 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)