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consensusID : consensus_10398#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 34 consensus length = 1158 fasta sequence
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[-] EMBL CNS09R8O [ GGGTTGTATTGGAGGTGGTGTTTTTCAAGCTATTAAAGGATTCCGAAACGCTCCATCAGGATTTAACCGGCG TTTGCTGGGAAGCTTAACAGCAATGAAAAGCCGGTCTCCTATTATAGCCGGAAATTTTGCTGTATGGGGCGGAATGTTCAGCACAATCGATTGTAAACTGGTCCATTTTCGGAAGAAGGAAGACCCGTGGAACTCCATTATTAGTGGTGCTGCCACGGGAGGAATTTTGGCAGCCAGAAACGGCGTTCCTGCTATGATCGGTAGTGCGGTGATAGGTGGCGTGTTGTTAGCTTTGATTGAAGGTGTAGGTATCATGTTTACGCGTATATCTGCTGAACAGTTTCGCAACCCTACTCCTCCGAGTGATGATCCA TCGGTGCTAGGAGATCCAAATCAACAGCAGATGTCTTCATCTGCACCTTCTACATTTGCGTTTGGTCAGTCTGGACAGAACTATCAATAATGAATGTGCGAAGGATTGTGTCAAATCAGCAGAAGGCTCTCCGTTTTATTTTTCATAGAATTAAAGCAGAACATGAAGTAGATTTGTTATTAC GGAGTAAGTGTACATTTAACCATAATTTTAA GGGTTTGGTTAAAAAGCTTCTGATGTTCCACTAGTTTCAAGACAAAAGTTTATCCGTCAATCACTTTGAAGCGATTGAAATTAGGCTGCTACCAAGAGCGATTGATAGACATGAGAAAAGAAAAAACTGCATCAAGCGTAACGTGCATAGGATAACATCCATGTACGAGTTGTTCGACACTACAGATCTAAGAATTATTTCTATTTTGAAATTAATTAGCTTTTTAGCGATGGCTTTATTCGATGCTACAAAGTGAAATGGAGAATTATTCGGG TAAATTGGTCCATGGATACGGCTTGTGCTACGGAAAT ]
[-] EMBL CNS08O3N [ ACGCTCCATCAGGATTTAACCGGCG TTTGCTGGGAAGCTTAACAGAAATGAAAAGCCGGTCTCCTATTATACCCGGAAATTTTGCTTTATGGGGCGGAATGTTCAGCACAATCGATTGTAAACTGGTCCATTTTCGGAAGAAGGAAGACCCGTGGAACTCCATTATTAGTGGTGCTGCCACGGGAGGAATTTTGGCAGCCAGAAACGGCGTTCCTGCTATGATCGGTAGTGCGGTGATAGGTGGCGTGTTGTTAGCTTTGATTGAAGGTGTAGGTATCATGTTTACGCGTATATCTGCTGAACAGTTTCGCAACCCTACTCCTCCGAGTGATGATCCA TCGGTGCTAGGAGATCCAAATCAACAGCAGATGTCTTCATCTGCACCTTCTACATTTGCGTTTGGTCAGTCTGGACAGAACTATCAATAATGAATGTGCGAAGGATTGTGTCAAATCAGCAGAAGGCTCTCCGTTTTATTTTTCATAGAATTAAAGCAGAACATGAAGTAGATTTGTTATTAC GGAGTAAGTGTACATTTAACCATAATTTTAA GGGTTTGGTTAAAAAGCTTCTGATGTTCCACTAGTTTCAAGACAAAAGTTTATCCGTCAATCACTTTGAAGCGATTGAAATTAGGCTGCTACCAAGAGCGATTGATAGACATGAGAAAAGAAAAAACTGCATCAAGCGTAACGTGCATAGGATAACATCCATGTACGAGTTGTTCGACACTACAGATCTAAGAATTATTTCTATTTTGAAATTAATTAGCTTTTTAGCGATGGCTTTATTCGATGCTACAAAGTGAAATGGAGAATTATTC GGTTACACTGGTCCATGGAT ]
[-] EMBL CNS08UTK [ TCCATCAGGATTTAACCGGCG TTTGCTGGGAAG TTTACAGCAATGAAAAGCCGGTCTCCTATTATAGCCGGAAATTTTGCTGTATGGGGCGGAATGTTCAGCACAATCGATTGTACACTGGTCCATTTTCGGAAGAAGGAAGACCCGTGGAACTCCATTATTAGTGGTGCTGCCACGGGAGGAATTTTGGCAGCCAGAAACGGCGTTCCTGCTATGATCGGTAGTGCGGTGATAGGTGGCGTGTTGTTAGCTTTGATTGAAGGTGTAGGTATCATGTTTACGCGTATATCTGCTGAACAGTTTCGCAACCCTACTCCTCCGAGTGATGATCCA TCGGTGCTAGGAGATCCAAATCAACAGCAGATGTCTTCATCTGCACCTTCTACATTTGCGTTTGGTCAGTCTGGACAGAACTATCAATAATGAATGTGCGAAGGATTGTGTCAAATCAGCAGAAGGCTCTCCGTTTTATTTTTAATAGAATTAAAGCAGAACATGAAGTAGATTTGTTATTAC GGAGTAAGTGTACATTTAACCATAATTTTAA GGGTTTGGTTAAAAAGCTTCTGATGTTCCACTAGTTTCAAGACAAAAGTTTATCCGTCAATCACTTTGAAGCGATTGAAATTAGGCTGCTACCAAGAGCGATTGATAGACATGAGAAAAGAAAACACTGCATCAAGCGTAACGTGCATAGGATAACATCCATGTACGAGTTGTTCGACACTACAGATCTAAGAATTATTTCTATTTTGAAATTAATTAGCTTTTTAGCGATGGCTTTATTCGATGCTACAAAGTGAAATGGAGAATTATTCGGGTTACACTGGTCCATGGATACGGCTTGTGCTACGGAAATA AATGTTCATGTTCATGTTCACGTAAACACAAATTGACAAGTTATGAACATCTGGTGTAAATAGAATACTTCTACTAGAATAAA]
[+] EMBL BX609559 [ CTGGGAAGCTTAACAGCAATAAAAAGCCGGTCTCCTATTATAGCCGGAAATTTTGCTGTATGGGGCGGAATGTTCAGCACAATCGATTGTACACTGGTCCATTTTCGGAAGAAGGAAGACCCGTGGAACTCCATTATTAGTGGTGCTGCCACGGGAGGAATTTTGGCAGCCAGAAACGGCGTTCCTGCTATGATCGGTAGTGCGGTGATAGGTGGCGTGTTGTTAGCTTTGATTGAAGGTGTAGGTATCATGTTTACGCGTATATCTGCTGAACAGTTTCGCAACCCTACTCCTCCGAGTGATGATCCA TCGGTGCTAGGAGATCCAAATCAACAGCAGATGTCTTCATCTGCACCTTCTACATTTGCGTTTGGTCAGTCTGGACAGAACTATCAATAATGAATGTGCGAAGGATTGTGTGAAATCAGCAGAAGGCTCTCCGTTTTATTTTTCATAGAATTAAAGCAGAACATGAAGTAGATTTGTTATTAC GGAGTAAGTGTACATTTAACCATAATTTTAA GGGTTTGGTTAAAAAGCTTCTGATGTTCCACTAGTTTCAAGACAAAAGTTTATCCGTCAATCACTTTGAAGCGATTGAAATTAGGCTGCTACCAAGAGCGATTGATAGATATGAGAAAAGAAAACACTGCATCAAGCGTAACGTGCATAGGATAACATCCATGTACGAGTTGT ]
[-] EMBL CNS0979J [ tgAAAAGCCGGTCTCCTATTATAGCCGGAAATTTTGCTGTATGGGGCGGAATGTTCAGCACAATCGATTGTACACTGGTCCATTTTCGGAAGAAGGAAGACCCGTGGAACTCCATTATTAGTGGTGCTGCCACGGGAGGAATTTTGGCAGCCAGAAACGGCGTTCCTGCTATGATCGGTAGTGCGGTGATAGGTGGCGTGTTGTTAGCTTTGATTGAAGGTGTAGGTATCATGTTTACGCGTATATCTGCTGAACAGTTTCGCAACCCTACTCCTCCGAGTGATGATCCA TCGGTGCTAGGAGATCCAAATCAACAGCAGATTTCTTCATCTGCACCTTCTACATTTGCGTTTGGTCAGTCTGGACAGAACTATCAATAATGAATGTGCGAAGGATTGTGTCAAATCAGCAGAAGGCTCCCCGTTTTATTTTTCATAGAATTAAAGCAGAACATGAAGTAGATTTGTTATTCC GGAGTAAGTGTACATTTAACCATAATTTTAAGGGGTTTGGTTAAAAAGCTTCTGATGTTCCACTAGTTTCAAGACAAAAGTTTATCCGTCAATCACTTTGAAGCGATTGAAATTAGGCTGCTCCCAAGAGCGATTGATAGACATGAGAAAAGAAAACACTGCATCAAGCGTAACGTGCATAGGATAACACCCATGTACGAGTTGTTCGACACTACAGATCTAAGAATTATTTCTATTTTGAAATTAATTAGCTTTTTAGCGATGGCTTTATTCGATGCTACAAAGTGAAATGGAGAATTATTC GGTTACACTGGTCCATGGATACGGCTTGTGCTACGGAAATATAAT ]
[+] EMBL BM644599 [ ccgGCCGGTCTCCTATTATAGCCGGAAATTTTGCTGTATGGGGCGGAATGTTCAGCACAATCGATTGTACACTGGTCCATTTTCGGAAGAAGGAAGACCCGTGGAACTCCATTATTAGTGGTGCTGCCACGGGAGGAATTTTGGCAGCCAGAAACGGCGTTCCTGCTATGATCGGTAGTGCGGTGATAGGTGGCGTGTTGTTAGCTTTGATTGAAGGTGTAGGTATCATGTTTACGCGTATATCTGCTGAACAGTTTCGCAACCCTACTCCTCCGAGTGATGATCCA TCGGTGCTAGGAGATCCAAATCAACAGCAGATGTCTTCATCTGCACCTTCTACATTTGCGTTTGGTCAGTCTGGACAGAACTATCAATAATGAATGTGCGAAGGATTGTGTGAAATCAGCAGAAGGCTCTCCGTTTTATTTTTCATAGAATTAAAGCAGAACATGAAGTAGATTTGTTATTAC GGAGTAAGTGTACATTTAACCATAATTTTAA GGGTTTGGTTAAAAAGCTTCTGATGTTCCACTAGTTTCAAGACAAAAGTTTATCCGTCAATCACTTTGAAGCGATTGAAATTAGGCTGCTACCAAGAGCGATTGATAGACATGAGAAAAGAAAACACTGCATCAAGCGTAACGTGCATAGGATAACATCCATGTACGAGTTGTTCGACACTACAGATCTAAGAATTATTTCTA ]
[+] EMBL BX613500 [ gtAATGTTCAGCACAATCGATTGTACACTGGTCCATTTTCGGAAGAAGGAAGACCCGTGGAACTCCATTATTAGTGGTGCTGCCACGGGATGAATTTTGGCAGCCAGAAACGGCGTTCCTGCTATGATCGGTAGTGCGGTGATAGGTGGCGTGTTGTTAGCTTTGATTGAAGGTGTAGGTATCATGTTTACGCGTATATCTGCTGAACAGTTTCGCAACCCTACTCCTCCGAGTGATGATCCA TCGGTGCTAGGAGATCCAAATCAACAGCAGATGTCTTCATCTGCACCTTCTACATTTGCGTTTGGTCAGTCTGGACAGAACTATCAATAATGAATGTGCGAAGGATTGTGTGAAATCAGCAGAAGGCTCTCCGTTTTATTTTTCATAGAATTAAAGCAGAACATGAAGTAGATTTGTTATTAC GGAGTAAGTGTACATTTAACCATAATTTTAA GGGTTTGGTTAAAAAGCTTCTGATGTTCCACTAGTTTCAAGACAAAAGTTTATCCGTCAATCACTTTGAAGCGATTGAAATTAGGCTGCTACCAAGAGCGATTGATAGATATGAGAAAAGAAAACACTGCATCAAGCGTAACGTGCATAGGATAACATCCATGTACGAGTTGTTCGACACTACAGATCTAAGAATTATTTCTATTTTGAAATTAATTAGCTTTTTAGCGATGGCTTTATTCGATGCTACAAAGTGAAATGGAGAATTATTCGGGTTACACTGGTCCATGGATACGGCTTGTGCTACG ]
[-] EMBL CNS09EUV [ CTCCTCCGAGTGATGATCCATTCGGTGCTAGGAGATCCAAATCGACAGCAGATGTCTTCATCTGCCCCTTCTACATTTGCGTTTGGTCAGTCTGGACAGAACTATCAATAATGAATGTGCGAAGGATTGTGTCAAATCAGCAGAAGGCTCTCCGTTTTATTTTTCATAGAATTAAAGCAGAACATGAAGTAGATTTGTTATTACGGGAGTAAGTGTACATTTAACCATAATTTTAA GGGTTTGGTTAAAAAGCTTCTGATGTTCCACTAGTTTCAAGACAAAAGTTTATCCGTTAATCACTTTGAAGCGATTGAAATTAGGCTGCTACCAAGAGCGATTGATAGACATGAGAAAAGAAAAAACTGCATCAAGCGTAACGTGCATAGGATAACATCCATGTACGAGTTGTTCGACACTACAGATCTAAGAATTATTTCTATTTTGAAATTAATTAGCTTTTTAGCGATGGCTTTATTCGATGCTACAAAGTGAAATGGAGAATTATTCGGGTTACACTGGTCCATGGATACGGCTTGTGCTACGGAAATA AATGTTCATGTTCATGTTCACGTAAACACAAATTGACAAGTTATGAACATCTGGTGTAAATAGAATACTTCTACTAGAA ]
consensusID : consensus_10398#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 549 fasta sequence
[CCGCGGACGCGTGGGTCTGGACAGAACTATCAATAATGAATGTGCGAAGGATTGTGTGAAATCAGCAGAAGGCTCTCCGTTTTATTTTTCATAGAATTAAAGCAGAACATGAAGTAGATTTGTTATTACGGAGTAAGTGTACATTTAACCATAATTTTAAGGGTTTGGTTAAAAAGCTTCTGATGTTCCACTAGTTTCAAGACAAAAGTTTATCCGTCAATCACTTTGAAGCGATTGAAATTAGGCTGCTACCAAGAGCGATTGATAGATATGAGAAAAGAAAACACTGTATCAAGCGTAACGTGCATAGGATAACATCCATGTACGAGTTGTTCGACACTACAGATCTAAGAATTATTTCTATTTTGAAATTAATTAGCTTTTTATCGATGGCTTTATTCGATGCTACAAAGCGAAATGGAGAATTATTCGGGTTACACTGGTCCATGGATACGGCTTGTGCTACGGAAATAAATGTTCATGTTCATGTTCACGTAAACACAAATTGACAAGTTATGAACATCTGGTGTAAATAGAATACTTCTACTA]
[+] EMBL BM594934 [CCGCGGACGCGTGGGTCTGGACAGAACTATCAATAATGAATGTGCGAAGGATTGTGTGAAATCAGCAGAAGGCTCTCCGTTTTATTTTTCATAGAATTAAAGCAGAACATGAAGTAGATTTGTTATTACGGAGTAAGTGTACATTTAACCATAATTTTAAGGGTTTGGTTAAAAAGCTTCTGATGTTCCACTAGTTTCAAGACAAAAGTTTATCCGTCAATCACTTTGAAGCGATTGAAATTAGGCTGCTACCAAGAGCGATTGATAGACATGAGAAAAGAAAACACTGCATCAAGCGTAACGTGCATAGGATAACATCCATGTACGAGTTGTTCGACACTACAGATCTAAGAATTATTTCTATTTTGAAATTAATTAGCTTTTTAGCGATGGCTTTATTCGATGCTACAAAGTGAAATGGAGAATTATTCGGGTTACACTGGTCCATGGATACGGCTTGTGCTACGGAAATAAATGTTCATGTTCATGTTCACGTAAACACAAATTGACAAGTTATGAACATCTGGTGTAAATAGAATACTTCTACTA]
[+] EMBL BM583124 [ ccgGGACAGAACTATCAATAATGAATGTGCGAAGGATTGTGTGAAATCAGCAGAAGGCTCTCCGTTTTATTTTTCATAGAATTAAAGCAGAACATGAAGTAGATTTGTTATTACGGAGTAAGTGTACATTTAACCATAATTTTAAGGGTTTGGTTAAAAAGCTTCTGATGTTCCACTAGTTTCAAGACAAAAGTTTATCCGTCAATCACTTTGAAGCGATTGAAATTAGGCTGCTACCAAGAGCGATTGATAGATATGAGAAAAGAAAACACTGTATCAAGCGTAACGTGCATAGGATAACATCCATGTACGAGTTGTTCGACACTACAGATCTAAGAATTATTTCTATTTTGAAATTAATTAGCTTTTTATCGATGGCTTTATTCGATGCTACAAAGCGAAATGGAGAATTATTCGGGTTACACTGGTCCATGGATACGGCTT ]
[-] EMBL CNS093UO [ ccCCGTTTTTTTTTTCATAGAATTAAAGCAGACAATGAAGTAGATTTGTTATTACGGAGTAAGTGTACATTTAACCATAATTTTAAGGGTTTGGTTAAAAAGCTTCTGATGTTCCACTAGTTTCAAGACAAAAGTTTATCCTTCAATCACTTTGAA ]
[+] EMBL BM616940 [ ccgAGCGATTGAAATTAGGCTGCTACCAAGAGCGATTGATAGATATGAGAAAAGAAAACACTGTATCAAGCGTAACGTGCATAGGATAACATCCATGTACGAGTTGTTCGACACTACAGATCTAAGAATTATTTCTATTTTGAAATTAATTAGCTTTTTATCGATGGCTTTATTCGATGCTACAAAGCGAAATGGAGAATTATTCGGGTTACACTGGTCCATGGATACGGCTTGTGCTACGGAAATAAATGTTCATGTTCATGTTCACGT ]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_10398#0 CCGCCCACGCCCGCAGCGAAAGAACGACCGAACGAACAACCAAAGCAGGGAAAACAAAAG 60
consensus_10398#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10398#0 GACTTCATCAAAACGAACACGCTTCATCAACAACCATGGAAGAGTATGCCCGTGAACCAT 120
consensus_10398#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10398#0 GTCCCTACCGTATAGTCGACGATTGTGGAGGAGCATTTGCTATGGGTTGTATTGGAGGTG 180
consensus_10398#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10398#0 GTGTTTTTCAAGCTATTAAAGGATTCCGAAACGCTCCATCAGGATTTAACCGGCGTTTGC 240
consensus_10398#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10398#0 TGGGAAGCTTAACAGCAATAAAAAGCCGGTCTCCTATTATAGCCGGAAATTTTGCTGTAT 300
consensus_10398#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10398#0 GGGGCGGAATGTTCAGCACAATCGATTGTACACTGGTCCATTTTCGGAAGAAGGAAGACC 360
consensus_10398#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10398#0 CGTGGAACTCCATTATTAGTGGTGCTGCCACGGGAGGAATTTTGGCAGCCAGAAACGGCG 420
consensus_10398#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10398#0 TTCCTGCTATGATCGGTAGTGCGGTGATAGGTGGCGTGTTGTTAGCTTTGATTGAAGGTG 480
consensus_10398#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10398#0 TAGGTATCATGTTTACGCGTATATCTGCTGAACAGTTTCGCAACCCTACTCCTCCGAGTG 540
consensus_10398#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10398#0 ATGATCCATCGGTGCTAGGAGATCCAAATCAACAGCAGATGTCTTCATCTGCACCTTCTA 600
consensus_10398#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10398#0 CATTTGCGTTTG-GTCAGTCTGGACAGAACTATCAATAATGAATGTGCGAAGGATTGTGT 659
consensus_10398#1 ---CCGCGGACGCGTGGGTCTGGACAGAACTATCAATAATGAATGTGCGAAGGATTGTGT 57
*** * ** *******************************************
consensus_10398#0 GAAATCAGCAGAAGGCTCTCCGTTTTATTTTTCATAGAATTAAAGCAGAACATGAAGTAG 719
consensus_10398#1 GAAATCAGCAGAAGGCTCTCCGTTTTATTTTTCATAGAATTAAAGCAGAACATGAAGTAG 117
************************************************************
consensus_10398#0 ATTTGTTATTACGGAGTAAGTGTACATTTAACCATAATTTTAAGGGTTTGGTTAAAAAGC 779
consensus_10398#1 ATTTGTTATTACGGAGTAAGTGTACATTTAACCATAATTTTAAGGGTTTGGTTAAAAAGC 177
************************************************************
consensus_10398#0 TTCTGATGTTCCACTAGTTTCAAGACAAAAGTTTATCCGTCAATCACTTTGAAGCGATTG 839
consensus_10398#1 TTCTGATGTTCCACTAGTTTCAAGACAAAAGTTTATCCGTCAATCACTTTGAAGCGATTG 237
************************************************************
consensus_10398#0 AAATTAGGCTGCTACCAAGAGCGATTGATAGACATGAGAAAAGAAAACACTGCATCAAGC 899
consensus_10398#1 AAATTAGGCTGCTACCAAGAGCGATTGATAGATATGAGAAAAGAAAACACTGTATCAAGC 297
******************************** ******************* *******
consensus_10398#0 GTAACGTGCATAGGATAACATCCATGTACGAGTTGTTCGACACTACAGATCTAAGAATTA 959
consensus_10398#1 GTAACGTGCATAGGATAACATCCATGTACGAGTTGTTCGACACTACAGATCTAAGAATTA 357
************************************************************
consensus_10398#0 TTTCTATTTTGAAATTAATTAGCTTTTTAGCGATGGCTTTATTCGATGCTACAAAGTGAA 1019
consensus_10398#1 TTTCTATTTTGAAATTAATTAGCTTTTTATCGATGGCTTTATTCGATGCTACAAAGCGAA 417
***************************** ************************** ***
consensus_10398#0 ATGGAGAATTATTCGGGTTACACTGGTCCATGGATACGGCTTGTGCTACGGAAATAAATG 1079
consensus_10398#1 ATGGAGAATTATTCGGGTTACACTGGTCCATGGATACGGCTTGTGCTACGGAAATAAATG 477
************************************************************
consensus_10398#0 TTCATGTTCATGTTCACGTAAACACAAATTGACAAGTTATGAACATCTGGTGTAAATAGA 1139
consensus_10398#1 TTCATGTTCATGTTCACGTAAACACAAATTGACAAGTTATGAACATCTGGTGTAAATAGA 537
************************************************************
consensus_10398#0 ATACTTCTACTAGAATAAA 1158
consensus_10398#1 ATACTTCTACTA------- 549
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| Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||