These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Anopheles gambiae see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_136#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 645 fasta sequence [AGTAGGGCGCATTAGTGGGAATGAAGTTTGATAGAATTGGTTTATGTTTAGTTGATTTGCAGTCGGTGTTTGATTTAAAGCATGTTTTGAGTATACATTTAAGAAAAATATTGAATTTGATTTTGGGTAATTTTTGAAATGGATAATAAAGTTGTTGCTGCTAAATTTTGTATGTAAGAACAAAATTATTGATGGGTTGCGTCAAGTTTTATATCTAAAGTATCAATGTTTGATTATTAGGTAAATTATTTAGTTAAGTTAAGAATGTTTTTAATAGGTTTTGAAAATATTTGATCTAAAATTATACAACTAATTTATTATAATTAAATGTTTAATGAATAGTAGTTGAAAAATTGAGATGGTAACACATGATAACATTGAAATTTACAATTAAGTGTTTTATATTGGGTGGGAGTTTTAAATTCTAGAATGTAATAGTGAATAGATCAGATCAGATAGCTTTTTAAAAACATAGTTAAGAAGCAAAAAAAAATATTTTTTGCATGGAAATTTAAAAAGCATTTTAATATAGGGGAAAATGTTGATTTAAAGAAAAAAATTGATGATTTTTGTAGTTGATGAAAAAAATTGATTTATAGTAAATAATGGTAATACAGAGGGAGAGACTGATGGGTACTGACAACA] [+] EMBL CNS08SVD [AGTAGGGCGCATTAGTGGGAATGAAGTTTGATAGAATTGGTTTATGTTTAGTTGATTTGCAGTCGGTGTTTGATTTAAAGCATGTTTTGAGTATACATTTAAGAAAAATATTGAATTTGATTTTGGGTAATTTTTGAAATGGATAATAAAGTTGTTGCTGCTAAATTTTGTATGTAAGAACAAAATTATTGATGGGTTGCGTCAAGTTTTATATCTAAAGTATCAATGTTTGATTATTAGGTAAATTATTTAGTTAAGTTAAGAATGTTTTTAATAGGTTTTGAAAATATTTGATCTAAAATTATACAACTAATTTATTATAATTAAATGTTTAATGAATAGTAGTTGAAAAATTGAGATGGTAACACATGATAACATTGAAATTTACAATTAAGTGTTTTATATTGGGTGGGAGTTTTAAATTCTAGAATGTAATAGTGAATAGATCAGATCAGATAGCTTTTTAAAAACATAGTTAAGAAGCAAAAAAAAATATTTTTTGCATGGAAATTTAAAAAGCATTTTAATATAGGGGAAAATGTTGATTTAAAGAAAAAAATTGATGATTTTTGTAGTTGATGAAAAAAATTGATTTATAGTAAATAATGGTAATACAGAGGGAGAGACTGATGGGTACTGACAACA] consensusID : consensus_136#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 500 fasta sequence [CCGCCCACGCGTCCGCTACAACAAGGGAGCCGTCAAGGGCTTCTATGTTGAGAAGACAGTCCCCAACCACGAGGTCAACATGCTCAAGGGCTGGGTCAGCCAGCTGCAGCTGGACACCCAGGGAGCGTACGTGATCAAGTCGGAGTTCAACCAGTTCCCGGAGAACAACACCCTCACCGGTGTGTACAAGACCATGGAGCCATCGGTGACCGGCGAATGTGAAACCCTTTACGACGTCAACCCAGTCCCGGAATTCCACTTCCAGTCCCACAAGGAATGGGTTCCTCAGCCCCAGTGGCTCGAGGAGGACCAGCATGTGTTCCATGTTGTCAAGTCCCGCAACTTTGACCATTGTGAGCAGCGCATGGGCTTCCACTTTGGCTTCAGCGGGTTCAGCGACTTCAAGCCAAACACCAACCAGATGGGTAACATCATGACCAAGTCGGAAGTGACCCAGATGTATCTGACCGGCAACTGGTACAACTATACCATCCAGTCGG] [+] EMBL BM581435 [CCGCCCACGCGTCCGCTACAACAAGGGAGCCGTCAAGGGCTTCTATGTTGAGAAGACAGTCCCCAACCACGAGGTCAACATGCTCAAGGGCTGGGTCAGCCAGCTGCAGCTGGACACCCAGGGAGCGTACGTGATCAAGTCGGAGTTCAACCAGTTCCCGGAGAACAACACCCTCACCGGTGTGTACAAGACCATGGAGCCATCGGTGACCGGCGAATGTGAAACCCTTTACGACGTCAACCCAGTCCCGGAATTCCACTTCCAGTCCCACAAGGAATGGGTTCCTCAGCCCCAGTGGCTCGAGGAGGACCAGCATGTGTTCCATGTTGTCAAGTCCCGCAACTTTGACCATTGTGAGCAGCGCATGGGCTTCCACTTTGGCTTCAGCGGGTTCAGCGACTTCAAGCCAAACACCAACCAGATGGGTAACATCATGACCAAGTCGGAAGTGACCCAGATGTATCTGACCGGCAACTGGTACAACTATACCATCCAGTCGG] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_136#0 AGTAGGGCGCATTAGTGGGAATGAAGTTTGATAGAATTGGTTTATGTTTAGTTGATTTGC 60 consensus_136#1 ----CCGCCCACGCGTCCGCTACAA---CAAGGGAGCCGTCAAGGGCTTCTATGTTGAGA 53 ** ** ** * ** * ** * * ** ** * * consensus_136#0 AGTCGGTGTTTGATTTAAAGCATGTTTTGAGTATACATTTAAGAAAAATATTGAATTTGA 120 consensus_136#1 AGACAGTCCCCAAC------CACGAGGTCAACATGCTCAAGGGCTGGGTCAGCCAGCTGC 107 ** * ** * ** * * * ** * * * * ** consensus_136#0 TTTTGGGTAATTTTTGAA-ATGGATAATAAAGTTGTTGCTGCTAAATTTTGTATGTAAGA 179 consensus_136#1 AGCTGGACACCCAGGGAGCGTACGTGATCAAGTCGGAGT---TCAACCAGTTCCCGGAGA 164 *** * ** * * ** **** * * * ** * *** consensus_136#0 ACAAAATTATTGATGGGTTGCGTCAAGTTTTATATCTAAAGTATCAATGTTTGATTATTA 239 consensus_136#1 ACAACACCCTCACCGGTGTGTACAAGACCATGGAGCC-----ATCGGTGACCGGCGAAT- 218 **** * * ** ** * * * * *** ** * * * consensus_136#0 GGTAAATTATTTAGTTAAGTTAAGAATGTTTTTAATAGGTTTTGAAAATATTTGATCTAA 299 consensus_136#1 -GTGAAACCCTTTACGACGTCAACCCAGTCCCGGA---ATTCC----ACTTCCAGTCCCA 270 ** ** ** * ** ** ** * ** * * ** * consensus_136#0 AATTATACAACTAATTTATTATAATTAAATGTTTAATGAATAGTAGTTGAAAAATTGAGA 359 consensus_136#1 ---CAAGGAATGGGTTCCTCAGCCCCAGTGGCTCGAGGAGGACCAGC-ATGTGTTCCATG 326 * ** ** * * * * * * ** * ** * * consensus_136#0 TGGTAACACATGATAACATTGAAATTTACAATTAAGTGTTTTATATTGGGTGGGAGTTTT 419 consensus_136#1 TTGTCAAGTCCCGCAACTTTGA------CCATTGTGAGCAGCGCATGGGCTTCCACTTTG 380 * ** * *** **** * *** * * ** ** * * *** consensus_136#0 AAATTCTAGAATGTAATAGTGAATAGATCAG-ATCAGATAGCTTTTTAAAAACATAGTTA 478 consensus_136#1 GCTTCAGCGGGTTCAGCGACTTCAAGCCAAACACCAACCAGATGGGTAACATCATGACCA 440 * * * * ** * * ** ** * *** * *** * consensus_136#0 AGAAGCAAAAAA---AAATATTTTTTGCATGGAAATTTAAAAAGCATTTTAATATAGGGG 535 consensus_136#1 AGTCGGAAGTGACCCAGATGTATCTGAC-CGGCAACTGGTACAACTATACCATCCAGTCG 499 ** * ** * * ** * * * * ** ** * * * * * ** ** * consensus_136#0 AAAATGTTGATTTAAAGAAAAAAATTGATGATTTTTGTAGTTGATGAAAAAAATTGATTT 595 consensus_136#1 G----------------------------------------------------------- 500 consensus_136#0 ATAGTAAATAATGGTAATACAGAGGGAGAGACTGATGGGTACTGACAACA 645 consensus_136#1 -------------------------------------------------- |
Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||