cluster # 223

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Anopheles gambiae
cluster # 223 cluster # 223 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_223#0 length = 644 sequences # 1

consensus_223#1 length = 378 sequences # 1

consensusID : consensus_223#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 644
fasta sequence

                              [TTTTCTTGCGCCCCGAGCGTGTGTAGGACAGCGAGTGAAGAACACTATAACAGTGATAAAAGTGTCTGTTGTGGTGCGGCTCGACATTATCATTCTTTCGGTCCATTCGGCCTCATTTTTGCGGCTGGCGGGGCGAGGGGGACGGGTTTTCTTCTATGTTCAATAATAGCCTAACGTCTGAAATGGATAATGTTAAACACATATCTCATCGGGTCTGACCTATTAACAGACACGTAGCTATATACTGAATGGGTGATGGAATCTCACTATACTACGTCTTTTCAAGAAGACGCATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTCATTTTTTACTTTAATAATTAAATACAAGAAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTTCAAATAAATATAAGCTTAATAATAGCTATTATTAATAAATTTGCTATAATTTATTTTTTATAAAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAATAATAAAAATTTAGTAATTATGATAAAATTAGTATATAAATCTATATAAAGTAATTAATTTGATAGGTTTTAATGAAGAATTCGGCAAATTAAATATATTCACCTGTTTAACAAAACATGTCTTTTT]

[+] EMBL BM655823             [TTTTCTTGCGCCCCGAGCGTGTGTAGGACAGCGAGTGAAGAACACTATAACAGTGATAAAAGTGTCTGTTGTGGTGCGGCTCGACATTATCATTCTTTCGGTCCATTCGGCCTCATTTTTGCGGCTGGCGGGGCGAGGGGGACGGGTTTTCTTCTATGTTCAATAATAGCCTAACGTCTGAAATGGATAATGTTAAACACATATCTCATCGGGTCTGACCTATTAACAGACACGTAGCTATATACTGAATGGGTGATGGAATCTCACTATACTACGTCTTTTCAAGAAGACGCATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTCATTTTTTACTTTAATAATTAAATACAAGAAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTTCAAATAAATATAAGCTTAATAATAGCTATTATTAATAAATTTGCTATAATTTATTTTTTATAAAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAATAATAAAAATTTAGTAATTATGATAAAATTAGTATATAAATCTATATAAAGTAATTAATTTGATAGGTTTTAATGAAGAATTCGGCAAATTAAATATATTCACCTGTTTAACAAAACATGTCTTTTT]




>consensus_223#0
TTTTCTTGCGCCCCGAGCGTGTGTAGGACAGCGAGTGAAGAACACTATAACAGTGATAAA
AGTGTCTGTTGTGGTGCGGCTCGACATTATCATTCTTTCGGTCCATTCGGCCTCATTTTT
GCGGCTGGCGGGGCGAGGGGGACGGGTTTTCTTCTATGTTCAATAATAGCCTAACGTCTG
AAATGGATAATGTTAAACACATATCTCATCGGGTCTGACCTATTAACAGACACGTAGCTA
TATACTGAATGGGTGATGGAATCTCACTATACTACGTCTTTTCAAGAAGACGCATTTAAT
TTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTCATTTTTTACTTTAATAATTAAATACAAGAAATATT
TTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTTCAAATAAATATAAG
CTTAATAATAGCTATTATTAATAAATTTGCTATAATTTATTTTTTATAAAAAATTATTTA
ATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAATAATAAAAATTTAGTAATTATGA
TAAAATTAGTATATAAATCTATATAAAGTAATTAATTTGATAGGTTTTAATGAAGAATTC
GGCAAATTAAATATATTCACCTGTTTAACAAAACATGTCTTTTT

consensusID : consensus_223#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 378
fasta sequence

                              [CCGCCCACGCGTCCGATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAATTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTTTAAATAAATATAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTGTTATAATTTATTTTTTATAAAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAATAATAAAAATTTAGTAATTATGATAAAATTAGTATATAAATTTATATAAAGTAATTAATTTGATAGGTTTTAATGAAGAATTCGGCAAATTAAATATATTCACCTGTTTAACAAAAACATGTCTTTTTGTATTTTA]

[+] EMBL BM639685             [CCGCCCACGCGTCCGATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAATTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTTTAAATAAATATAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTGTTATAATTTATTTTTTATAAAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAATAATAAAAATTTAGTAATTATGATAAAATTAGTATATAAATTTATATAAAGTAATTAATTTGATAGGTTTTAATGAAGAATTCGGCAAATTAAATATATTCACCTGTTTAACAAAAACATGTCTTTTTGTATTTTA]




>consensus_223#1
CCGCCCACGCGTCCGATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAATTTTTTAA
TTTAATAATTAAATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTT
TTTATAATTTTTAAATAAATATAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTGTTATAA
TTTATTTTTTATAAAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTT
AATAATAAAAATTTAGTAATTATGATAAAATTAGTATATAAATTTATATAAAGTAATTAA
TTTGATAGGTTTTAATGAAGAATTCGGCAAATTAAATATATTCACCTGTTTAACAAAAAC
ATGTCTTTTTGTATTTTA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_223#0      TTTTCTTGCGCCCCGAGCGTGTGTAGGACAGCGAGTGAAGAACACTATAACAGTGATAAA 60
consensus_223#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_223#0      AGTGTCTGTTGTGGTGCGGCTCGACATTATCATTCTTTCGGTCCATTCGGCCTCATTTTT 120
consensus_223#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_223#0      GCGGCTGGCGGGGCGAGGGGGACGGGTTTTCTTCTATGTTCAATAATAGCCTAACGTCTG 180
consensus_223#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_223#0      AAATGGATAATGTTAAACACATATCTCATCGGGTCTGACCTATTAACAGACACGTAGCTA 240
consensus_223#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_223#0      TATACTGAATGGGTGATGGAATCTCACTATACTACGTCTTTTCAAGAAGACGCATTTAAT 300
consensus_223#1      ---------------------------------CCGCCCACGCGTCC-GATGAATTTAAT 26
                                                       ** *    *     ** * *******

consensus_223#0      TTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTCATTTTTTACTTTAATAATTAAATACAAGAAATATT 360
consensus_223#1      TTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAATTTTTTAATTTAATAATTAAATA-AAGTAATATT 85
                     ************************ ******** *************** *** ******

consensus_223#0      TTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTTCAAATAAATATAAG 420
consensus_223#1      TTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTTTAAATAAATATAAG 145
                     ********************************************** *************

consensus_223#0      CTTAATAATAGCTATTATTAATAAATTTGCTATAATTTATTTTTTATAAAAAATTATTTA 480
consensus_223#1      CTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTGTTATAATTTATTTTTTATAAAAAATTATTTA 205
                     ***** *********************** ******************************

consensus_223#0      ATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAATAATAAAAATTTAGTAATTATGA 540
consensus_223#1      ATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAATAATAAAAATTTAGTAATTATGA 265
                     ************************************************************

consensus_223#0      TAAAATTAGTATATAAATCTATATAAAGTAATTAATTTGATAGGTTTTAATGAAGAATTC 600
consensus_223#1      TAAAATTAGTATATAAATTTATATAAAGTAATTAATTTGATAGGTTTTAATGAAGAATTC 325
                     ****************** *****************************************

consensus_223#0      GGCAAATTAAATATATTCACCTGTTTAACAAAA-CATGTCTTTTT-------- 644
consensus_223#1      GGCAAATTAAATATATTCACCTGTTTAACAAAAACATGTCTTTTTGTATTTTA 378
                     ********************************* ***********