These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Anopheles gambiae see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_2445#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 728 fasta sequence [CCGTTCCTACTGTGGAGTGTCATCCCTTACTCAGTGCTCGGTGCTCGCGTGTCCGTGCTGCGTTGGTGCTATTGACAACTGCAGCGTTTGCAGTTTCGCTCTTCAGTTGCATGCACAAGTGCAACATAGTACCTTTATCTGTGATACAGATTTGTTTTTGATTGTTTGAGTTTGTGATCTGTTATCTGTTATTCATCATGAAAGTTTTCTTGCTCGCAACGCTGGTAGCGGCCTGCTCGTGTGCCCGCCTGGACAACAATTATCTACCTCCGCCGGGAGCGGCTGCTGCTGGAGGTGGTCCCGGGCTGACGGCTCCTTCGCCGGGCGGTGGTTCCCGCCCTGGCGGTGCGCCAGGTGGTCCGGGAGGATCCGGAGGCTTCGGAGGTCCAGGAACGGCACCGGGTAGTGGTGGCTTCGGAGGTGGTGCTCCGTCTGGAGCAGGATTTGGTGGTGCCGGCCCAAGTGCCGGTGGTTTCGGAGGACAAGCGCAGCGACCGGGTGGAGTTGGAGGAGGCCCAGCTGCTGGTCGTCCAGGAACGCCGGCACCTGCTTATGGTCCGCCTTCGAGTGGATTCGGTGGAGGTGCACCATCATCCTTTGGCGGCGGTTCTGGAGCTCCTTCGGGTGGATTCTCGTCGGGAGGCAGTGGAATTTTGGTGGAAGTGCCCCAGGAGCTGCCCCAGCTGGTCCAAGTCAACCACCGATAGAAATCATTTCCTACGAAAACA] [+] EMBL BM617984 [CCGTTCCTACTGTGGAGTGTCATCCCTTACTCAGTGCTCGGTGCTCGCGTGTCCGTGCTGCGTTGGTGCTATTGACAACTGCAGCGTTTGCAGTTTCGCTCTTCAGTTGCATGCACAAGTGCAACATAGTACCTTTATCTGTGATACAGATTTGTTTTTGATTGTTTGAGTTTGTGATCTGTTATCTGTTATTCATCATGAAAGTTTTCTTGCTCGCAACGCTGGTAGCGGCCTGCTCGTGTGCCCGCCTGGACAACAATTATCTACCTCCGCCGGGAGCGGCTGCTGCTGGAGGTGGTCCCGGGCTGACGGCTCCTTCGCCGGGCGGTGGTTCCCGCCCTGGCGGTGCGCCAGGTGGTCCGGGAGGATCCGGAGGCTTCGGAGGTCCAGGAACGGCACCGGGTAGTGGTGGCTTCGGAGGTGGTGCTCCGTCTGGAGCAGGATTTGGTGGTGCCGGCCCAAGTGCCGGTGGTTTCGGAGGACAAGCGCAGCGACCGGGTGGAGTTGGAGGAGGCCCAGCTGCTGGTCGTCCAGGAACGCCGGCACCTGCTTATGGTCCGCCTTCGAGTGGATTCGGTGGAGGTGCACCATCATCCTTTGGCGGCGGTTCTGGAGCTCCTTCGGGTGGATTCTCGTCGGGAGGCAGTGGAATTTTGGTGGAAGTGCCCCAGGAGCTGCCCCAGCTGGTCCAAGTCAACCACCGATAGAAATCATTTCCTACGAAAACA] consensusID : consensus_2445#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 596 fasta sequence [GCAGAATCGCCCGAGGTTTCTCTTCCTACTGTGTGAGTGTCATCCCTTACTCAGTGCTCGGTGCTCGCGTGTCTGTGCTGCGTTGGTGCTATTGACAACTGCAGCGTTTGCAGTTTCGCTCTTCAGTTGCATGCACAAGTGCAACATAGTACCTTTATCTGTGATACAGATTTGTTCNNTGATATGTTTGAGTTTTGTGATCTGTTATCTGTTATTCATCATGAAAGTTTTCTTGCGTCGCAACGCTGGTAGCTGGCTTGCTCGTGTGCCCTGCCTGGACAACAATTATCTACCACCTGCCGNGTGAGCGGCTGCTTGCTGGAGGTGGTCCCTGNGGCTGACGTGNTCCTTCGCCGGGCGGTGGTTCCCTGCCCTGNGCGGTGCGCCAGGTGGTCCGGGAGTGATCCGGAGGCTTCGGAGTGTCCANGAACNGNGCACCAGGTANTGGTGGCTATTGGAGGTGGTGCTCCGTCGTGTGAGCAGTGATTATTGGTGGTGCCGGCCCAAGTGCCGGTGGCTTNNCTGGAGCGACAAGCGCAGCACCGNGTGCTGGAGTTGGCAGCGACTGCCCAGCTGCCTGGTCGTCAGAGAACGCC] [+] EMBL AL930236 [GCAGAATCGCCCGAGGTTTCTCTTCCTACTGTGTGAGTGTCATCCCTTACTCAGTGCTCGGTGCTCGCGTGTCTGTGCTGCGTTGGTGCTATTGACAACTGCAGCGTTTGCAGTTTCGCTCTTCAGTTGCATGCACAAGTGCAACATAGTACCTTTATCTGTGATACAGATTTGTTCNNTGATATGTTTGAGTTTTGTGATCTGTTATCTGTTATTCATCATGAAAGTTTTCTTGCGTCGCAACGCTGGTAGCTGGCTTGCTCGTGTGCCCTGCCTGGACAACAATTATCTACCACCTGCCGNGTGAGCGGCTGCTTGCTGGAGGTGGTCCCTGNGGCTGACGTGNTCCTTCGCCGGGCGGTGGTTCCCTGCCCTGNGCGGTGCGCCAGGTGGTCCGGGAGTGATCCGGAGGCTTCGGAGTGTCCANGAACNGNGCACCAGGTANTGGTGGCTATTGGAGGTGGTGCTCCGTCGTGTGAGCAGTGATTATTGGTGGTGCCGGCCCAAGTGCCGGTGGCTTNNCTGGAGCGACAAGCGCAGCACCGNGTGCTGGAGTTGGCAGCGACTGCCCAGCTGCCTGGTCGTCAGAGAACGCC] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_2445#0 -------------------CCGTTCCTACTGTG-GAGTGTCATCCCTTACTCAGTGCTCG 40 consensus_2445#1 GCAGAATCGCCCGAGGTTTCTCTTCCTACTGTGTGAGTGTCATCCCTTACTCAGTGCTCG 60 * *********** ************************** consensus_2445#0 GTGCTCGCGTGTCCGTGCTGCGTTGGTGCTATTGACAACTGCAGCGTTTGCAGTTTCGCT 100 consensus_2445#1 GTGCTCGCGTGTCTGTGCTGCGTTGGTGCTATTGACAACTGCAGCGTTTGCAGTTTCGCT 120 ************* ********************************************** consensus_2445#0 CTTCAGTTGCATGCACAAGTGCAACATAGTACCTTTATCTGTGATACAGATTTGTT-TTT 159 consensus_2445#1 CTTCAGTTGCATGCACAAGTGCAACATAGTACCTTTATCTGTGATACAGATTTGTTCNNT 180 ******************************************************** * consensus_2445#0 GAT-TGTTTGAGTTT-GTGATCTGTTATCTGTTATTCATCATGAAAGTTTTCTTGC-TCG 216 consensus_2445#1 GATATGTTTGAGTTTTGTGATCTGTTATCTGTTATTCATCATGAAAGTTTTCTTGCGTCG 240 *** *********** **************************************** *** consensus_2445#0 CAACGCTGGTAGC-GGCCTGCTCGTGTGCCC-GCCTGGACAACAATTATCTACCTCC-GC 273 consensus_2445#1 CAACGCTGGTAGCTGGCTTGCTCGTGTGCCCTGCCTGGACAACAATTATCTACCACCTGC 300 ************* *** ************* ********************** ** ** consensus_2445#0 CGGG--AGCGGCTGCT-GCTGGAGGTGGTCCC--GGGCTGACG-GCTCCTTCGCCGGGCG 327 consensus_2445#1 CGNGTGAGCGGCTGCTTGCTGGAGGTGGTCCCTGNGGCTGACGTGNTCCTTCGCCGGGCG 360 ** * ********** *************** ******** * ************** consensus_2445#0 GTGGTTCCC-GCCCTGG-CGGTGCGCCAGGTGGTCCGGGAG-GATCCGGAGGCTTCGGAG 384 consensus_2445#1 GTGGTTCCCTGCCCTGNGCGGTGCGCCAGGTGGTCCGGGAGTGATCCGGAGGCTTCGGAG 420 ********* ****** *********************** ****************** consensus_2445#0 -GTCCAGGAACGGC--ACCGGGTAGTGGTGGCT-TCGGAGGTGGTGCTCCGTC-TG-GAG 438 consensus_2445#1 TGTCCANGAACNGNGCACCAGGTANTGGTGGCTATTGGAGGTGGTGCTCCGTCGTGTGAG 480 ***** **** * *** **** ******** * ***************** ** *** consensus_2445#0 CAG-GATT--TGGTGGTGCCGGCCCAAGTGCCGGTGGTTTCG---GAG-GACAAGCGCAG 491 consensus_2445#1 CAGTGATTATTGGTGGTGCCGGCCCAAGTGCCGGTGGCTTNNCTGGAGCGACAAGCGCAG 540 *** **** *************************** ** *** *********** consensus_2445#0 CGACCGGGTG---GAGTTGGAGGAG---GCCCAGCTGC-TGGTCGTCCAGGAACGCCGGC 544 consensus_2445#1 C-ACCGNGTGCTGGAGTTGGCAGCGACTGCCCAGCTGCCTGGTCGTCAGAGAACGCC--- 596 * **** *** ******* * * ********** ******** ******* consensus_2445#0 ACCTGCTTATGGTCCGCCTTCGAGTGGATTCGGTGGAGGTGCACCATCATCCTTTGGCGG 604 consensus_2445#1 ------------------------------------------------------------ consensus_2445#0 CGGTTCTGGAGCTCCTTCGGGTGGATTCTCGTCGGGAGGCAGTGGAATTTTGGTGGAAGT 664 consensus_2445#1 ------------------------------------------------------------ consensus_2445#0 GCCCCAGGAGCTGCCCCAGCTGGTCCAAGTCAACCACCGATAGAAATCATTTCCTACGAA 724 consensus_2445#1 ------------------------------------------------------------ consensus_2445#0 AACA 728 consensus_2445#1 ---- |
Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||