cluster # 4179

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Anopheles gambiae
cluster # 4179 cluster # 4179 Sequences # 3 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_4179#0 length = 739 sequences # 1

consensus_4179#1 length = 603 sequences # 1
consensus_4179#2 length = 456 sequences # 1

consensusID : consensus_4179#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 739
fasta sequence

                              [CAGAATCGCCCCGAGGTNCTCTTCTCAGCTCAGCAATCAAATGAAGTTCTTCATTGGCAATCATGGCTGTGGCGTTCGTCGCTGCCTCGGAGGCGTCCTACCTGCCATACGATGATGTCCTGTCCTACCAGCACAGCTACGGCTATGGACTTCCGGTGTCTGAAGGTGGTCTATGGCTCGTCGTACGGTCTCCCAGCAGCGTTGGACAAGTACTCCTACCCATCATCGTTGTACGGTTCCTATCCGGCCGTGAAGAAAGTGGTCGAATACCCGTCGGTTGCTCCAGTGCTGGCCACCAAGGTCGTTGATAACAGCTACGATCTGGGATACAACAAGCTGGTCGCTCCAGTGCTGAACAGCGGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTCAGCGGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTCGCTCCAGTGCTGAGCAGCGGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTCAGCGGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTCGCTCCCGTCGTCGCCACCAAAGTCGTCGATAATGGACTGTGGAACTATGGAGGATACGGTCTTGGGGATACAACAAAGTATCTGTCGACTGCTCCCCGTTTGCCAACTATGTTCTCTAAATGTCATTCAATCCCGTACCATGAGTGTACATACAACACCACAACGACACGCGCACACCAGCATACGTGAAGTCCATTCTCAAGGCTTTGCCTGCTATACCGCGCGCCGGATGTCA]

[+] EMBL AL931744             [CAGAATCGCCCCGAGGTNCTCTTCTCAGCTCAGCAATCAAATGAAGTTCTTCATTGGCAATCATGGCTGTGGCGTTCGTCGCTGCCTCGGAGGCGTCCTACCTGCCATACGATGATGTCCTGTCCTACCAGCACAGCTACGGCTATGGACTTCCGGTGTCTGAAGGTGGTCTATGGCTCGTCGTACGGTCTCCCAGCAGCGTTGGACAAGTACTCCTACCCATCATCGTTGTACGGTTCCTATCCGGCCGTGAAGAAAGTGGTCGAATACCCGTCGGTTGCTCCAGTGCTGGCCACCAAGGTCGTTGATAACAGCTACGATCTGGGATACAACAAGCTGGTCGCTCCAGTGCTGAACAGCGGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTCAGCGGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTCGCTCCAGTGCTGAGCAGCGGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTCAGCGGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTCGCTCCCGTCGTCGCCACCAAAGTCGTCGATAATGGACTGTGGAACTATGGAGGATACGGTCTTGGGGATACAACAAAGTATCTGTCGACTGCTCCCCGTTTGCCAACTATGTTCTCTAAATGTCATTCAATCCCGTACCATGAGTGTACATACAACACCACAACGACACGCGCACACCAGCATACGTGAAGTCCATTCTCAAGGCTTTGCCTGCTATACCGCGCGCCGGATGTCA]




>consensus_4179#0
CAGAATCGCCCCGAGGTNCTCTTCTCAGCTCAGCAATCAAATGAAGTTCTTCATTGGCAA
TCATGGCTGTGGCGTTCGTCGCTGCCTCGGAGGCGTCCTACCTGCCATACGATGATGTCC
TGTCCTACCAGCACAGCTACGGCTATGGACTTCCGGTGTCTGAAGGTGGTCTATGGCTCG
TCGTACGGTCTCCCAGCAGCGTTGGACAAGTACTCCTACCCATCATCGTTGTACGGTTCC
TATCCGGCCGTGAAGAAAGTGGTCGAATACCCGTCGGTTGCTCCAGTGCTGGCCACCAAG
GTCGTTGATAACAGCTACGATCTGGGATACAACAAGCTGGTCGCTCCAGTGCTGAACAGC
GGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTCAGCGGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTG
GTCGCTCCAGTGCTGAGCAGCGGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTCAGCGGATAC
GGTCTGGGATACAACAAGCTGGTCGCTCCCGTCGTCGCCACCAAAGTCGTCGATAATGGA
CTGTGGAACTATGGAGGATACGGTCTTGGGGATACAACAAAGTATCTGTCGACTGCTCCC
CGTTTGCCAACTATGTTCTCTAAATGTCATTCAATCCCGTACCATGAGTGTACATACAAC
ACCACAACGACACGCGCACACCAGCATACGTGAAGTCCATTCTCAAGGCTTTGCCTGCTA
TACCGCGCGCCGGATGTCA

consensusID : consensus_4179#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 603
fasta sequence

                              [ATCAAAATGAAGTTCTTCATTGCAATCATGGCAGTGGCGTTCGTCGCTGCCTCGGAGGCGTCCTACCTGCCATACGATGATGTCCTGTCCTACCAGCACGGCTACGGCTATGGACTTCCGGTGTCGAAGGTGGTCTATGGCTCGTCGTACGGTCTCCCAGCAGCGGTGGACAAGTACTCCTACCCATCATCGTTGTACGGTTCTTATCCGGCCGTGAAGAAATTGGTCGAATACCCGTCGGTTGCTCCAGTGCTGGCCACCAAGGTCGTTGATAACAGCTACGATCTGGGATACAACAAGCTGGTCGCTCCAGTTCTGAGCAGCGGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTCAGCGGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTCGCTCCCGTCGTCGCCACCAAAGTCGTCGATAATGGACTGTGGAACTATGGAGGATACGGTCTGGGATACAACAAGTATCTGCCGTCTACCAAGTATGTTCTCTAAGCTTTCCGACACCGACGTGATCAACCTTCACAATCGAATTACCGGAATCTCTAATACCTGTTCTGGGGCTACGTTTATTTCGCCATGAAAATAAAATGCTTTTACGTGTTA]

[+] EMBL BX627826             [ATCAAAATGAAGTTCTTCATTGCAATCATGGCAGTGGCGTTCGTCGCTGCCTCGGAGGCGTCCTACCTGCCATACGATGATGTCCTGTCCTACCAGCACGGCTACGGCTATGGACTTCCGGTGTCGAAGGTGGTCTATGGCTCGTCGTACGGTCTCCCAGCAGCGGTGGACAAGTACTCCTACCCATCATCGTTGTACGGTTCTTATCCGGCCGTGAAGAAATTGGTCGAATACCCGTCGGTTGCTCCAGTGCTGGCCACCAAGGTCGTTGATAACAGCTACGATCTGGGATACAACAAGCTGGTCGCTCCAGTTCTGAGCAGCGGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTCAGCGGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTCGCTCCCGTCGTCGCCACCAAAGTCGTCGATAATGGACTGTGGAACTATGGAGGATACGGTCTGGGATACAACAAGTATCTGCCGTCTACCAAGTATGTTCTCTAAGCTTTCCGACACCGACGTGATCAACCTTCACAATCGAATTACCGGAATCTCTAATACCTGTTCTGGGGCTACGTTTATTTCGCCATGAAAATAAAATGCTTTTACGTGTTA]




>consensus_4179#1
ATCAAAATGAAGTTCTTCATTGCAATCATGGCAGTGGCGTTCGTCGCTGCCTCGGAGGCG
TCCTACCTGCCATACGATGATGTCCTGTCCTACCAGCACGGCTACGGCTATGGACTTCCG
GTGTCGAAGGTGGTCTATGGCTCGTCGTACGGTCTCCCAGCAGCGGTGGACAAGTACTCC
TACCCATCATCGTTGTACGGTTCTTATCCGGCCGTGAAGAAATTGGTCGAATACCCGTCG
GTTGCTCCAGTGCTGGCCACCAAGGTCGTTGATAACAGCTACGATCTGGGATACAACAAG
CTGGTCGCTCCAGTTCTGAGCAGCGGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTCAGCGGA
TACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTCGCTCCCGTCGTCGCCACCAAAGTCGTCGATAAT
GGACTGTGGAACTATGGAGGATACGGTCTGGGATACAACAAGTATCTGCCGTCTACCAAG
TATGTTCTCTAAGCTTTCCGACACCGACGTGATCAACCTTCACAATCGAATTACCGGAAT
CTCTAATACCTGTTCTGGGGCTACGTTTATTTCGCCATGAAAATAAAATGCTTTTACGTG
TTA

consensusID : consensus_4179#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 456
fasta sequence

                              [CCTACCTGCCATACGATGATGTCCTGTCCTACCAGCACGGCTACGGCTATGGACTTCCGGTGTCGAAGGTGGTCTATGGCTCGTCGTACGGTCTCCCAGCAGCGGTGGACAAGTACTCCTACCCATCATCGTTGTACGGTTCCTATCCGGCCGTGAAGAAAGTGGTCGAATACCCGTCGGTTGCTCCAGTGCTGGCCACCAAGGTCGTTGATAACAGCTACGATCTGGGATACAACAAGCTGGTCGCTCCAGTGCTGAGCAGCGGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTTGCTCCCGTCGTCGCCACCAAAGTCGTCGATAATGGACTGTGGAACTATGGAGGATATGGTCTGGGATACAACAAGTATCTGTCGACTGCTCCCGTTGCCAAATACGTGTTGTAAATGTAGATAATATTGTTTTAATAAACCGGCTCCGATTCATGACGTGTGA]

[+] EMBL BX627598             [CCTACCTGCCATACGATGATGTCCTGTCCTACCAGCACGGCTACGGCTATGGACTTCCGGTGTCGAAGGTGGTCTATGGCTCGTCGTACGGTCTCCCAGCAGCGGTGGACAAGTACTCCTACCCATCATCGTTGTACGGTTCCTATCCGGCCGTGAAGAAAGTGGTCGAATACCCGTCGGTTGCTCCAGTGCTGGCCACCAAGGTCGTTGATAACAGCTACGATCTGGGATACAACAAGCTGGTCGCTCCAGTGCTGAGCAGCGGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTTGCTCCCGTCGTCGCCACCAAAGTCGTCGATAATGGACTGTGGAACTATGGAGGATATGGTCTGGGATACAACAAGTATCTGTCGACTGCTCCCGTTGCCAAATACGTGTTGTAAATGTAGATAATATTGTTTTAATAAACCGGCTCCGATTCATGACGTGTGA]




>consensus_4179#2
CCTACCTGCCATACGATGATGTCCTGTCCTACCAGCACGGCTACGGCTATGGACTTCCGG
TGTCGAAGGTGGTCTATGGCTCGTCGTACGGTCTCCCAGCAGCGGTGGACAAGTACTCCT
ACCCATCATCGTTGTACGGTTCCTATCCGGCCGTGAAGAAAGTGGTCGAATACCCGTCGG
TTGCTCCAGTGCTGGCCACCAAGGTCGTTGATAACAGCTACGATCTGGGATACAACAAGC
TGGTCGCTCCAGTGCTGAGCAGCGGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTTGCTCCCG
TCGTCGCCACCAAAGTCGTCGATAATGGACTGTGGAACTATGGAGGATATGGTCTGGGAT
ACAACAAGTATCTGTCGACTGCTCCCGTTGCCAAATACGTGTTGTAAATGTAGATAATAT
TGTTTTAATAAACCGGCTCCGATTCATGACGTGTGA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4179#0      CAGAATCGCCCCGAGGTNCTCTTCTCAGCTCAGCAATCAAATGAAGTTCTTCATTGGCAA 60
consensus_4179#2      ------------------------------------------------------------
consensus_4179#1      ----------------------------------ATCAAAATGAAGTTCTTCATTG-CAA 25
                                                                                  

consensus_4179#0      TCATGGCTGTGGCGTTCGTCGCTGCCTCGGAGGCGTCCTACCTGCCATACGATGATGTCC 120
consensus_4179#2      ------------------------------------CCTACCTGCCATACGATGATGTCC 24
consensus_4179#1      TCATGGCAGTGGCGTTCGTCGCTGCCTCGGAGGCGTCCTACCTGCCATACGATGATGTCC 85
                                                          ************************

consensus_4179#0      TGTCCTACCAGCACAGCTACGGCTATGGACTTCCGGTGTCTGAAGGTGGTCTATGGCTCG 180
consensus_4179#2      TGTCCTACCAGCACGGCTACGGCTATGGACTTCCGGTGTC-GAAGGTGGTCTATGGCTCG 83
consensus_4179#1      TGTCCTACCAGCACGGCTACGGCTATGGACTTCCGGTGTC-GAAGGTGGTCTATGGCTCG 144
                      ************** ************************* *******************

consensus_4179#0      TCGTACGGTCTCCCAGCAGCGTTGGACAAGTACTCCTACCCATCATCGTTGTACGGTTCC 240
consensus_4179#2      TCGTACGGTCTCCCAGCAGCGGTGGACAAGTACTCCTACCCATCATCGTTGTACGGTTCC 143
consensus_4179#1      TCGTACGGTCTCCCAGCAGCGGTGGACAAGTACTCCTACCCATCATCGTTGTACGGTTCT 204
                      ********************* ************************************* 

consensus_4179#0      TATCCGGCCGTGAAGAAAGTGGTCGAATACCCGTCGGTTGCTCCAGTGCTGGCCACCAAG 300
consensus_4179#2      TATCCGGCCGTGAAGAAAGTGGTCGAATACCCGTCGGTTGCTCCAGTGCTGGCCACCAAG 203
consensus_4179#1      TATCCGGCCGTGAAGAAATTGGTCGAATACCCGTCGGTTGCTCCAGTGCTGGCCACCAAG 264
                      ****************** *****************************************

consensus_4179#0      GTCGTTGATAACAGCTACGATCTGGGATACAACAAGCTGGTCGCTCCAGTGCTGAACAGC 360
consensus_4179#2      GTCGTTGATAACAGCTACGATCTGGGATACAACAAGCTGGTCGCTCCAGTGCTGAGCAGC 263
consensus_4179#1      GTCGTTGATAACAGCTACGATCTGGGATACAACAAGCTGGTCGCTCCAGTTCTGAGCAGC 324
                      ************************************************** **** ****

consensus_4179#0      GGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTCAGCGGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTG 420
consensus_4179#2      GGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTT------------------------------ 293
consensus_4179#1      GGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTCAGCGGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTG 384
                      *****************************                               

consensus_4179#0      GTCGCTCCAGTGCTGAGCAGCGGATACGGTCTGGGATACAACAAGCTGGTCAGCGGATAC 480
consensus_4179#2      ------------------------------------------------------------
consensus_4179#1      GTC--------------------------------------------------------- 387
                                                                                  

consensus_4179#0      GGTCTGGGATACAACAAGCTGGTCGCTCCCGTCGTCGCCACCAAAGTCGTCGATAATGGA 540
consensus_4179#2      ------------------------GCTCCCGTCGTCGCCACCAAAGTCGTCGATAATGGA 329
consensus_4179#1      ------------------------GCTCCCGTCGTCGCCACCAAAGTCGTCGATAATGGA 423
                                              ************************************

consensus_4179#0      CTGTGGAACTATGGAGGATACGGTCTTGGGGATACAACAAAGTATCTGTCGACTGCTCCC 600
consensus_4179#2      CTGTGGAACTATGGAGGATATGGTCT--GGGATACAACAA-GTATCTGTCGACTGCTCCC 386
consensus_4179#1      CTGTGGAACTATGGAGGATACGGTCT--GGGATACAACAA-GTATCTGCCGTCTA--CCA 478
                      ******************** *****  ************ ******* ** **   ** 

consensus_4179#0      CGTTTGCCAACTATGTTCTCTAAATGTCATTCAATCCCGTACCATGAGTGTACATACAAC 660
consensus_4179#2      --GTTGCCAAATACGTGTTGTAAATGT-AGATAATATTGTTTTAATAAACCGGCTCCGAT 443
consensus_4179#1      AGTATGTTCTCTAAGCTTTCCGACACCGACGTGATCAACCTTCACAATCGAATTACCGGA 538
                          **     ** *   *   *     *    **        *  *         *   

consensus_4179#0      ACCACAACGACACGCGCACACCAGCATACGTGAAGTCCATTCTCAAGGCTTTGCCTGCTA 720
consensus_4179#2      TC----ATGACGTGTGA------------------------------------------- 456
consensus_4179#1      ATCTC--TAATACCTGTTCTGGGGC-TACGTTTATTTCGCCATGAAAA--TAAAATGCTT 593
                               *     *                                            

consensus_4179#0      TACCGCGCGCCGGATGTCA 739
consensus_4179#2      -------------------
consensus_4179#1      TTACGTGTTA--------- 603