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Anopheles gambiae
cluster # 5295 cluster # 5295       Sequences # 4       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_5295#0 length = 899 sequences # 2  
consensus_5295#1 length = 836 sequences # 2  

consensusID : consensus_5295#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 899
fasta sequence
                              [AGGCAGAATCGGCACGAGGACATTTTAAAAAATATATGTATGCAGCTAAATCGTTCAAATGGTTAAAGCAAAAACCCCAAAAATTACATTATATAGTGACAAAGCTAAATGTCAGCTCATGGAGACTTTACAGGATTATGAAGTTGTTTTCTATGATGATACAAAAATTATACTTAGTTCGACGAATAATGAGATAAAAATGATTGATGGAAGTGGCAAGGTTTATCGAGGATTGGAATCCATATCAGCTATAAACATTACATATCTACATCATTTTCAAGAAACCCGAGAACATTGCCATAGGATCGAAAAAATGCTGTCCACTGTATCATATTCCGGTAAAACGTTTCCGGTCATAATTGGAAGACGTCAAGGGAACTTCTGTGGCAGCATTGCTTTAAGGAAAGACGTGTTTAATTACCGGTTTTCTCCACTAAGTGTACGGACTTGATTTAAAAGAAGTTTATTACTATTGCAGGTACAATTACAATGTAAAAACTATGTATCGATACTAAGGTGCTGATTAGAGATTTAACCAAAAGATTACATGAGAGAGTTCATCCCTAAATAATTTCTTTTTGATTAACACTTTGACAGTCCTACGATGAAACAAAAAAAAAATCACAGAACCATAATAACAATACAGTCTTTCCCCGAAGTTTACAAGGTTTTCCGATTATAAACTCAAGAACAGAAGGAACACTGTCATTGAAACTTAATCGGATTACATNGTTCCCGCAGTCNTTTGCGATTACCAAATTTCGGCAAGATCCCCGGGATATTCGGTCACAAAACGTTTTTCCAAGGTTAATTCGATCCGCAAATCTTTTGCGAATTGGAATTCCCCGGAAAATTCCTTCAAAAGTTTTCCCGCAAAGCTCTCTGAATTCNTATTCGAT]

[+] EMBL BX467557             [AGGCAGAATCGGCACGAGGACATTTTAAAAAATATATGTATGCAGCTAAATCGTTCAAATGGTTAAAGCAAAAACCCCAAAAATTACATTATATAGTGACAAAGCTAAATGTCAGCTCATGGAGACTTTACAGGATTATGAAGTTGTTTTCTATGATGATACAAAAATTATACTTAGTTCGACGAATAATGAGATAAAAATGATTGATGGAAGTGGCAAGGTTTATCGAGGATTGGAATCCATATCAGCTATAAACATTACATATCTACATCATTTTCAAGAAACCCGAGAACATTGCCATAGGATCGAAAAAATGCTGTCCACTGTATCATATTCCGGTAAAACGTTTCCGGTCATAATTGGAAGACGTCAAGGGAACTTCTGTGGCAGCATTGCTTTAAGGAAAGACGTGTTTAATTACCGGTTTTCTCCACTAAGTGTACGGACTTGATTTAAAAGAAGTTTATTACTATTGCAGGTACAATTACAATGTAAAAACTATGTATCGATACTAAGGTGCTGATTAGAGATTTAACCAAAAGATTACATGAGAGAGTTCATCCCTAAATAATTTCTTTTTGATTAACACTTTGACAGTCCTACGATGAAACAAAAAAAAAATCACAGAACCATAATAACAATACAGTCTTTCCCCGAAGTTTACAAGGTTTTCCGATTATAAACTCAAGAACAGAAGGAACACTGTCATTGAAACTTAATCGGATTACATNGTTCCCGCAGTCNTTTGCGATTACCAAATTTCGGCAAGATCCCCGGGATATTCGGTCACAAAACGTTTTTCCAAGGTTAATTCGATCCGCAAATCTTTTGCGAATTGGAATTCCCCGGAAAATTCCTTCAAAAGTTTTCCCGCAAAGCTCTCTGAATTCNTATTCGAT]
[+] EMBL BX609743             [                                                                                                                      ATGGAGACTTTACAGGATTATGAAGTTGTTTTCTATGATGATACAAAAATTATACTTAGTTCGACGAATAATGAGATAAAAATGATTGATGGAAGTGGCAAGGTTTATCGAGGATTGGAATCCATATCAGCTATAAACATTACATATCTACATCATTTTCAAGAAACCCGAGAACATTGCCATAGGATCGAAAAAATGCTGTCCACTGTATCATATTCCGGTAAAACGTTTCCGGTCATAATTGGAAGACGTCAAGGGAACTTCTGTGGCAGCATTGCTTTAAGGAAAGACGTGTTTAATTACCGGTTTTCTCCACTAAGTGTACGGACTTGATTTAAAAGAAGTTTATTACTATTGCAGGTACAATTACAATGTAAAAACTATGTATC ATACTAAGGTGCTGATTAGAGATTTAACCAAAAGATTACATGAGAGAGTTCATCCCTAAATAATTTCTTTTTGATTAACACTTTGACA                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]


>consensus_5295#0 AGGCAGAATCGGCACGAGGACATTTTAAAAAATATATGTATGCAGCTAAATCGTTCAAAT GGTTAAAGCAAAAACCCCAAAAATTACATTATATAGTGACAAAGCTAAATGTCAGCTCAT GGAGACTTTACAGGATTATGAAGTTGTTTTCTATGATGATACAAAAATTATACTTAGTTC GACGAATAATGAGATAAAAATGATTGATGGAAGTGGCAAGGTTTATCGAGGATTGGAATC CATATCAGCTATAAACATTACATATCTACATCATTTTCAAGAAACCCGAGAACATTGCCA TAGGATCGAAAAAATGCTGTCCACTGTATCATATTCCGGTAAAACGTTTCCGGTCATAAT TGGAAGACGTCAAGGGAACTTCTGTGGCAGCATTGCTTTAAGGAAAGACGTGTTTAATTA CCGGTTTTCTCCACTAAGTGTACGGACTTGATTTAAAAGAAGTTTATTACTATTGCAGGT ACAATTACAATGTAAAAACTATGTATCGATACTAAGGTGCTGATTAGAGATTTAACCAAA AGATTACATGAGAGAGTTCATCCCTAAATAATTTCTTTTTGATTAACACTTTGACAGTCC TACGATGAAACAAAAAAAAAATCACAGAACCATAATAACAATACAGTCTTTCCCCGAAGT TTACAAGGTTTTCCGATTATAAACTCAAGAACAGAAGGAACACTGTCATTGAAACTTAAT CGGATTACATNGTTCCCGCAGTCNTTTGCGATTACCAAATTTCGGCAAGATCCCCGGGAT ATTCGGTCACAAAACGTTTTTCCAAGGTTAATTCGATCCGCAAATCTTTTGCGAATTGGA ATTCCCCGGAAAATTCCTTCAAAAGTTTTCCCGCAAAGCTCTCTGAATTCNTATTCGAT



consensusID : consensus_5295#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 836
fasta sequence
                              [GAGTNAAACCGAGAACATTGCCATAGGATCGAAAAAATGCTGTCCACTGTATCATATTCCGGTAAAACGTTTCCGGTCATAATTGGAAGACGTCAAGGGAACTTCTGTGGCAGCATGCTTTAAGGAAAGACGTGTTTAATTACCGGTTTTCTCCACTAAGTGTACGGACTTGATTTAAAAGAAGTTTATTACTATTGCGTGTACAATTACAATGTAAAAACTATGTATCATACTAAGGTGCTGATTAGAGATTTAACCAAAAGATTACATGAGAGAGTTCATCCCTAAATAATTTCTTTTTGATTAACACTTTGACAGTCCTACGATGAAACAAAAAAAAAATCACAGAACCATAATAAAATACAGTCTTTCCCCGAGTTACAAGGTTTTCCGATATAACTCAAGACAGAAGGACACTGTCATGAAACTAATCGATAATGTGCCGCAGTCTTGCGATACAAATTCGCAGATCCCGGTATCGTCAACGTTTCAAAGTATCGTTCCGCAGTCTTGCGATTGATTCCCGCAGATTCATAAAAGTGTCCCGCAGTCTTGAGTTCTATAGTAA-CCTGTATAATATTCCCAAGCAACATTTTTATTGTACTTCTATCATCAATGCGA-CG--TGTTTTAGATAGTTGAATAAAAAATTTAACTGTACTGATTATTCATGCTAATTGTTACATTATAAGTACCAAAAAGTCTTATTTTGGTAAATCATTACACTGTGGTTCGCGGACAAAAGCTATCGTAGTTTAAAAACTCTTAAAATGGAAATTAATTTCGATTAACATTTTTAATAAGCAGAAAATAAAACATCTTTAAATCATATTTTATAT]

[+] EMBL AL930065             [GAGTNAAACCGAGAACATTGCCATAGGATCGAAAAAATGCTGTCCACTGTATCATATTCCGGTAAAACGTTTCCGGTCATAATTGGAAGACGTCAAGGGAACTTCTGTGGCAGCATGCTTTAAGGAAAGACGTGTTTAATTACCGGTTTTCTCCACTAAGTGTACGGACTTGATTTAAAAGAAGTTTATTACTATTGCGTGTACAATTACAATGTAAAAACTATGTATCATACTAAGGTGCTGATTAGAGATTTAACCAAAAGATTACATGAGAGAGTTCATCCCTAAATAATTTCTTTTTGATTAACACTTTGACAGTCCTACGATGAAACAAAAAAAAAATCACAGAACCATAATAAAATACAGTCTTTCCCCGAGTTACAAGGTTTTCCGATATAACTCAAGACAGAAGGACACTGTCATGAAACTAATCGATAATGTGCCGCAGTCTTGCGATACAAATTCGCAGATCCCGGTATCGTCAACGTTTCAAAGTATCGTTCCGCAGTCTTGCGATTGATTCCCGCAGATTCATAAAAGTGTCCCGCAGTCTTGAGTTCTATAGTAA CCTGTATAATATTCCCAAGCAACATTTTTATTGTACTTCTATCATCAATGCGA CG  TGTTTT                                                                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL BM620849             [                                                                                                                                                                                                           CAATTACAATGTAAAAACTATGTATCATACTAAGGTGCTGATTAGAGATTTAACCAAAAGATTACATGAGAGAGTTCATCCCTAATTAATTTCTTTTTGATTAACACTTTGACAGTCCTACGATGAAACAAAAAAAAAATCACAGAACCATAATAAAATACAGTCTTTCCCCGAGTTACAAGGTTTTCCGATAGAACTCAAGACAGAAGGACACTGTCATGAATCTAATCGATAATGTGCCGCAGTCTTGCGATACAAATTCGCAGATCCCGGTATCGTCAACGTTTTCAAGTATCGTTCCGCAGTCTTGCGATTGATTCCCGCAGATTCATAAAAGTGTCCCGCAGTCTTGAGTTCTATAGTAACCCTGTATAATATTCCCAAGCAACATTTTTATTGTACTTCTATCATCAATGCGACCGTTTGTTTTAGATAGTTGAATAAAAAATTTAACTGTACTGATTATTCATGCTAATTGTTACATTATAAGTACCAAAAAGTCTTATTTTGGTAAATCATTACACTGTGGTTCGCGGACAAAAGCTATCGTAGTTTAAAAACTCTTAAAATGGAAATTAATTTCGATTAACATTTTTAATAAGCAGAAAATAAAACATCTTTAAATCATATTTTATAT]


>consensus_5295#1 GAGTNAAACCGAGAACATTGCCATAGGATCGAAAAAATGCTGTCCACTGTATCATATTCC GGTAAAACGTTTCCGGTCATAATTGGAAGACGTCAAGGGAACTTCTGTGGCAGCATGCTT TAAGGAAAGACGTGTTTAATTACCGGTTTTCTCCACTAAGTGTACGGACTTGATTTAAAA GAAGTTTATTACTATTGCGTGTACAATTACAATGTAAAAACTATGTATCATACTAAGGTG CTGATTAGAGATTTAACCAAAAGATTACATGAGAGAGTTCATCCCTAAATAATTTCTTTT TGATTAACACTTTGACAGTCCTACGATGAAACAAAAAAAAAATCACAGAACCATAATAAA ATACAGTCTTTCCCCGAGTTACAAGGTTTTCCGATATAACTCAAGACAGAAGGACACTGT CATGAAACTAATCGATAATGTGCCGCAGTCTTGCGATACAAATTCGCAGATCCCGGTATC GTCAACGTTTCAAAGTATCGTTCCGCAGTCTTGCGATTGATTCCCGCAGATTCATAAAAG TGTCCCGCAGTCTTGAGTTCTATAGTAACCTGTATAATATTCCCAAGCAACATTTTTATT GTACTTCTATCATCAATGCGACGTGTTTTAGATAGTTGAATAAAAAATTTAACTGTACTG ATTATTCATGCTAATTGTTACATTATAAGTACCAAAAAGTCTTATTTTGGTAAATCATTA CACTGTGGTTCGCGGACAAAAGCTATCGTAGTTTAAAAACTCTTAAAATGGAAATTAATT TCGATTAACATTTTTAATAAGCAGAAAATAAAACATCTTTAAATCATATTTTATAT



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5295#0      AGGCAGAATCGGCACGAGGACATTTTAAAAAATATATGTATGCAGCTAAATCGTTCAAAT 60
consensus_5295#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5295#0      GGTTAAAGCAAAAACCCCAAAAATTACATTATATAGTGACAAAGCTAAATGTCAGCTCAT 120
consensus_5295#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5295#0      GGAGACTTTACAGGATTATGAAGTTGTTTTCTATGATGATACAAAAATTATACTTAGTTC 180
consensus_5295#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5295#0      GACGAATAATGAGATAAAAATGATTGATGGAAGTGGCAAGGTTTATCGAGGATTGGAATC 240
consensus_5295#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5295#0      CATATCAGCTATAAACATTACATATCTACATCATTTTCAAGAAACCCGAGAACATTGCCA 300
consensus_5295#1      -------------------------------------GAGTNAAACCGAGAACATTGCCA 23
                                                            *   ** ***************

consensus_5295#0      TAGGATCGAAAAAATGCTGTCCACTGTATCATATTCCGGTAAAACGTTTCCGGTCATAAT 360
consensus_5295#1      TAGGATCGAAAAAATGCTGTCCACTGTATCATATTCCGGTAAAACGTTTCCGGTCATAAT 83
                      ************************************************************

consensus_5295#0      TGGAAGACGTCAAGGGAACTTCTGTGGCAGCATTGCTTTAAGGAAAGACGTGTTTAATTA 420
consensus_5295#1      TGGAAGACGTCAAGGGAACTTCTGTGGCAGCAT-GCTTTAAGGAAAGACGTGTTTAATTA 142
                      ********************************* **************************

consensus_5295#0      CCGGTTTTCTCCACTAAGTGTACGGACTTGATTTAAAAGAAGTTTATTACTATTGCAGGT 480
consensus_5295#1      CCGGTTTTCTCCACTAAGTGTACGGACTTGATTTAAAAGAAGTTTATTACTATTGCGTGT 202
                      ********************************************************  **

consensus_5295#0      ACAATTACAATGTAAAAACTATGTATCGATACTAAGGTGCTGATTAGAGATTTAACCAAA 540
consensus_5295#1      ACAATTACAATGTAAAAACTATGTATC-ATACTAAGGTGCTGATTAGAGATTTAACCAAA 261
                      *************************** ********************************

consensus_5295#0      AGATTACATGAGAGAGTTCATCCCTAAATAATTTCTTTTTGATTAACACTTTGACAGTCC 600
consensus_5295#1      AGATTACATGAGAGAGTTCATCCCTAAATAATTTCTTTTTGATTAACACTTTGACAGTCC 321
                      ************************************************************

consensus_5295#0      TACGATGAAACAAAAAAAAAATCACAGAACCATAATAACAATACAGTCTTTCCCCGAAGT 660
consensus_5295#1      TACGATGAAACAAAAAAAAAATCACAGAACCATAATAA-AATACAGTCTTTCCCCGAG-- 378
                      ************************************** ******************   

consensus_5295#0      TTACAAGGTTTTCCGATTATAAACTCAAGAACAGAAGGAACACTGTCATTGAAACTTAAT 720
consensus_5295#1      TTACAAGGTTTTCCGAT-ATAA-CTCAAGA-CAGAAGGA-CACTGTCAT-GAAACT-AAT 432
                      ***************** **** ******* ******** ********* ****** ***

consensus_5295#0      CGGATTACATNGTTCCCGCAGTCNTTTGC----GATTACCAAATTTCGGCAAGATCCCCG 776
consensus_5295#1      CG-ATAATGTG----CCGCAGTCTTGCGATACAAATTCGCAGATCCCGGTATCGTCAACG 487
                      ** ** *  *     ******** *  *      ***  ** **  *** *   **  **

consensus_5295#0      GGATATTCGGTCACAAAACGTTTTTCCAAGGTTAATTC-----GATCCGCAAA--TCTTT 829
consensus_5295#1      TTTCAAAGTATCGTTCCGCAGTCTTGCGA--TTGATTCCCGCAGATTCATAAAAGTGTCC 545
                          *     **      *  * ** * *  ** ****     *** *  ***  * *  

consensus_5295#0      TGCGAATTGGAATTCCCCGGAAAATTCCTTCAAAAGTTTTCCCGCAAAGCTCTC--TGAA 887
consensus_5295#1      CGCAGTCTTGAGTTCTATAGTAA--CCTGTATAATATTCCCAAGCAACATTTTTATTGTA 603
                       **    * ** ***    * **   *  *  **  **  *  ****   * *   ** *

consensus_5295#0      TTCNTAT--TCGAT---------------------------------------------- 899
consensus_5295#1      CTTCTATCATCAATGCGACGTGTTTTAGATAGTTGAATAAAAAATTTAACTGTACTGATT 663
                       *  ***  ** **                                              

consensus_5295#0      ------------------------------------------------------------
consensus_5295#1      ATTCATGCTAATTGTTACATTATAAGTACCAAAAAGTCTTATTTTGGTAAATCATTACAC 723
                                                                                  

consensus_5295#0      ------------------------------------------------------------
consensus_5295#1      TGTGGTTCGCGGACAAAAGCTATCGTAGTTTAAAAACTCTTAAAATGGAAATTAATTTCG 783
                                                                                  

consensus_5295#0      -----------------------------------------------------
consensus_5295#1      ATTAACATTTTTAATAAGCAGAAAATAAAACATCTTTAAATCATATTTTATAT 836
                                                                           




Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)