These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Anopheles gambiae see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_5368#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 803 fasta sequence [CCGCGGACGCGTGGGTTTTATTTTATTTTTCCTCTGTTGGCAAAGGGCGGGCTATCTGTGTGCTTGTGTCCGTTTGTATGTTTCTCTCCGTGCATTTGTTTTGCTTTTTAAAATGTTCTAGCAGTTGTGCGTTGTGTCGGCTAGTACGTTTTACCTATCTGAGCTGTATAAAGTACGTGTATAAAGAATTATTCTTGTCAATGCACGCACACGCACACAAAAGCTGTTGGAGCATGTTTTGTGTTCCTGTACGAATATTTAATCCGCCTTTGTCGGAGTGTCGGAACCACTGATCAGATGCGTTACAAGTTTTGGAATTAGACATCCAAAGACGGCTTAAAAGAGCATCATTTTTGTTGGTTTGTTTGTTATAATTTATGGTCTATTTTGTTTTGGTTTGTTTACACATG-TTTTTTTGGTAAGGTTAAGATGTACGCAGCAAATTTCGACATGATGTAATCCTCAAAATAACTGATAACTTAGGGATGGAGGGATTAAGTAGCGTAAAAAAGATAAAATTGATTATCGTTAAGTGATAGGAGATCGATATTAATAACATGGTATTATTGCGCGGCGATCAAACCACCGTGTGAGAGGCCGGATCTATCGGTGCACTCACGGAACGACGAACGAATGCGCAATACATTCAGGATTGCGTGCGGTACCATTTTCATGAATGTGAAAGAGTGGTTGTTTTTGTGCGGTAATCTGTGACGGTATGAAATGCTTCTTGGAACTAGTTTTAACTAATATGTGTTATTTAATTCCGTCATTATTAATATCTATATGGAGTTTGTATGTAT] [+] EMBL BM635163 [CCGCGGACGCGTGGGTTTTATTTTATTTTTCCTCTGTTGGCAAAGGGCGGGCTATCTGTGTGCTTGTGTCCGTTTGTATGTTTCTCTCCGTGCATTTGTTTTGCTTTTTAAAATGTTCTAGCAGTTGTGCGTTGTGTCGGCTAGTACGTTTTACCTATCTGAGCTGTATAAAGTACGTGTATAAAGAATTATTCTTGTCAATGCACGCACACGCACACAAAAGCTGTTGGAGCATGTTTTGTGTTCCTGTACGAATATTTAATCCGCCTTTGTCGGAGTGTCGGAACCACTGATCAGATGCGTTACAAGTTTTGGAATTAGACATCCAAAGACGGCTTAAAAGAGCATCATTTTTGTTGGTTTGTTTGTTATAATTTATGGTCTATTTTGTTTTGGTTTGTTTACACATGTTTTTTTTGGTAAGGTTAAGATGTACGCAGCAAATTTCGACATGATGTAATCCTCAAAATAACTGATAACTTAGGATTGGAGGGATTAAGTAGCGTAAAAAAGATAAAATTGATTATCGTTAAGTGATAGGAGATCGATATTAATAACATGGTATTATTGCGCGGCGATCAAACCACCGTGTGAGAGGCCGGATCTATCGGTGCACTCACGGAACGACGAACGAATG ] [+] EMBL BX627614 [ TTTATTTTTCCTCTGTTGGCAAAGGGCGGGCTATCTGTGTGCTTGTGTCCGTTTGTATGTTTCTCTCCGTGCATTTGTTTTGCTTTTTAAAATGTTCTAGCAGTTGTGCGTTGTGTCGGCTAGTACGTTTTACCTATCTGAGCTGTATAAAGTACGTGTATAAAGAATTATTCTTGTCAATGCACGCACACGCACACAAAAGCTGTTGGAGCATGTTTTGTGTTCCTGTACGAATATTTAATCCGCCTTTGTCGGAGTGTCGGAACCACTGATCAGATGCGTTACAAGTTTTGGAATTAGACATCCAAAGACGGCTTAAAAGAGCATCATTTTTGTTGGTTTGTTTGTTATAATTTATGGTCTATTTTGTTTTGGTTTGTTTACACATG TTTTTTTGGTAAGGTTAAGATGTACGCAGCAAATTTCGACATGATGTAATCCTCAAAATAACTGATAACTTAGGGATGGAGGGATTAAGTAGCGTAAAAAAGATAAAATTGATTATCGTTAAGTGATAGGAGATCGATATTAATAACATGGTATTATTGCGCGGCGATCAAACCACCGTGTGAGANGCCGGATCTATCGGTGCACTCCCGGAACGACGAACGAATGCGCA ] [+] EMBL BX616775 [ CGTTTGTATGTTTCTCTCCGTGCATTTGTTTTGCTTTTTAAAATGTTCTAGCAGTTGTGCGTTGTGTCGGCTAGTACGTTTTACCTATCTGAGCTGTATAAAGTACGTGTATAAAGAATTATTCTTGTCAATGCACGCACACGCACACAAAAGCTGTTGGAGCATGTTTTGTGTTCCTGTACGAATATTTAATCCGCCTTTGTCGGAGTGTCGGAACCACTGATCAGATGCGTTACAAGTTTTGGAATTAGACATCCAAAGACGGCTTAAAAGAGCATCATTTTTGTTGGTTTGTTTGTTATAATTTATGGTCTATTTTGTTTTGGTTTGTTTACACATG TTTTTTTGGTAAGGTTAAGATGTACGCAGCAAATTTCGACATGATGTAATCCTCAAAATAACTGATAACTTAGGGATGGAGGGATTAAGTAGCGTAAAAAAGATAAAATTGATTATCGTTAAGTGATAGGAGATCGATATTAATAACATGGTATTATTGCGCGGCGATCAAACCACCGTGTGAGAGGCCGGATCTATCGGTGCACTCACGGAACGACGAACGAATGCGCAATACATTCAGGATTGCGTGCGGTACCATTTTCATGAATGTGAAAGAGTGGTTGTTTTTGTGCGGTAATCTGTGACGGTATGAAATGCTTCTTGGAACTAGTTTTAACTAATATGTGTTATTTAATTCCGTCATTATTAATATCTATATGGAGTTTGTATGTAT] consensusID : consensus_5368#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 572 fasta sequence [AGAATCCCCGAGGTTAGATCGATGTACGTTTTCTAATGAAATGCGATAAACATGTATGAATGGCGCTCTTAAATTAACAAAAGTTACCTATTTTTATTTTATTTTTCCTCTGTGGCAAAGGGCGGGCTATCTGTGTGCTTGTGTCCGTTTGTATGTTTCTCTCCGTGCATTTGTTTTGCTTTTTAAAATGTTCTAGCAGTTGTGCGTTGTGTCGGCTAGTACGTTTTACCTATCTGAGCTGTATAAAGTACGTGTATAAAGAATTATTCTTGTCAATGCACGCACACGCACACAAAAGCTGTTGGAGCATGTTTTGTGTTCCTGTACGAATATTTAATCCGCCTTTGTCGGAGTGTCGGAACCACTGATCAGATGCGTTACAAGTTTTGGAATTAGACATCCAAAGACGGCTTAAAAGAGCATCATTTTTGTTGGTTTGTTTGTTATAATTTATGGTCTATTTTGTTTTGGTTTGTTTACACATGTTCTCTTTTGGTAAGGTTCAAGCATGTACGCAGCAAATTTCGACATGCATGTAATCCTCAACAACTANCTGCATAACTTAGGGCATG] [+] EMBL AL932026 [AGAATCCCCGAGGTTAGATCGATGTACGTTTTCTAATGAAATGCGATAAACATGTATGAATGGCGCTCTTAAATTAACAAAAGTTACCTATTTTTATTTTATTTTTCCTCTGTGGCAAAGGGCGGGCTATCTGTGTGCTTGTGTCCGTTTGTATGTTTCTCTCCGTGCATTTGTTTTGCTTTTTAAAATGTTCTAGCAGTTGTGCGTTGTGTCGGCTAGTACGTTTTACCTATCTGAGCTGTATAAAGTACGTGTATAAAGAATTATTCTTGTCAATGCACGCACACGCACACAAAAGCTGTTGGAGCATGTTTTGTGTTCCTGTACGAATATTTAATCCGCCTTTGTCGGAGTGTCGGAACCACTGATCAGATGCGTTACAAGTTTTGGAATTAGACATCCAAAGACGGCTTAAAAGAGCATCATTTTTGTTGGTTTGTTTGTTATAATTTATGGTCTATTTTGTTTTGGTTTGTTTACACATGTTCTCTTTTGGTAAGGTTCAAGCATGTACGCAGCAAATTTCGACATGCATGTAATCCTCAACAACTANCTGCATAACTTAGGGCATG] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_5368#0 ------------------------------------------------------------ consensus_5368#1 AGAATCCCCGAGGTTAGATCGATGTACGTTTTCTAATGAAATGCGATAAACATGTATGAA 60 consensus_5368#0 -----------------CCGCGGACGCGTGGGTTTTATTTTATTTTTCCTCTGTTGGCAA 43 consensus_5368#1 TGGCGCTCTTAAATTAACAAAAGTTACCTAT-TTTTATTTTATTTTTCCTCTGT-GGCAA 118 * * * * ********************** ***** consensus_5368#0 AGGGCGGGCTATCTGTGTGCTTGTGTCCGTTTGTATGTTTCTCTCCGTGCATTTGTTTTG 103 consensus_5368#1 AGGGCGGGCTATCTGTGTGCTTGTGTCCGTTTGTATGTTTCTCTCCGTGCATTTGTTTTG 178 ************************************************************ consensus_5368#0 CTTTTTAAAATGTTCTAGCAGTTGTGCGTTGTGTCGGCTAGTACGTTTTACCTATCTGAG 163 consensus_5368#1 CTTTTTAAAATGTTCTAGCAGTTGTGCGTTGTGTCGGCTAGTACGTTTTACCTATCTGAG 238 ************************************************************ consensus_5368#0 CTGTATAAAGTACGTGTATAAAGAATTATTCTTGTCAATGCACGCACACGCACACAAAAG 223 consensus_5368#1 CTGTATAAAGTACGTGTATAAAGAATTATTCTTGTCAATGCACGCACACGCACACAAAAG 298 ************************************************************ consensus_5368#0 CTGTTGGAGCATGTTTTGTGTTCCTGTACGAATATTTAATCCGCCTTTGTCGGAGTGTCG 283 consensus_5368#1 CTGTTGGAGCATGTTTTGTGTTCCTGTACGAATATTTAATCCGCCTTTGTCGGAGTGTCG 358 ************************************************************ consensus_5368#0 GAACCACTGATCAGATGCGTTACAAGTTTTGGAATTAGACATCCAAAGACGGCTTAAAAG 343 consensus_5368#1 GAACCACTGATCAGATGCGTTACAAGTTTTGGAATTAGACATCCAAAGACGGCTTAAAAG 418 ************************************************************ consensus_5368#0 AGCATCATTTTTGTTGGTTTGTTTGTTATAATTTATGGTCTATTTTGTTTTGGTTTGTTT 403 consensus_5368#1 AGCATCATTTTTGTTGGTTTGTTTGTTATAATTTATGGTCTATTTTGTTTTGGTTTGTTT 478 ************************************************************ consensus_5368#0 ACACATGTTTT--TTTGGTAAGGTTAAG--ATGTACGCAGCAAATTTCGACATG-ATGTA 458 consensus_5368#1 ACACATGTTCTCTTTTGGTAAGGTTCAAGCATGTACGCAGCAAATTTCGACATGCATGTA 538 ********* * ************ * ************************ ***** consensus_5368#0 ATCCTCAAAA--TAACTG-ATAACTTAGGG-ATGGAGGGATTAAGTAGCGTAAAAAAGAT 514 consensus_5368#1 ATCCTCAACAACTANCTGCATAACTTAGGGCATG-------------------------- 572 ******** * ** *** *********** *** consensus_5368#0 AAAATTGATTATCGTTAAGTGATAGGAGATCGATATTAATAACATGGTATTATTGCGCGG 574 consensus_5368#1 ------------------------------------------------------------ consensus_5368#0 CGATCAAACCACCGTGTGAGAGGCCGGATCTATCGGTGCACTCACGGAACGACGAACGAA 634 consensus_5368#1 ------------------------------------------------------------ consensus_5368#0 TGCGCAATACATTCAGGATTGCGTGCGGTACCATTTTCATGAATGTGAAAGAGTGGTTGT 694 consensus_5368#1 ------------------------------------------------------------ consensus_5368#0 TTTTGTGCGGTAATCTGTGACGGTATGAAATGCTTCTTGGAACTAGTTTTAACTAATATG 754 consensus_5368#1 ------------------------------------------------------------ consensus_5368#0 TGTTATTTAATTCCGTCATTATTAATATCTATATGGAGTTTGTATGTAT 803 consensus_5368#1 ------------------------------------------------- |
Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||