cluster # 5716

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Anopheles gambiae
cluster # 5716 cluster # 5716 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_5716#0 length = 614 sequences # 1

consensus_5716#1 length = 602 sequences # 3

consensusID : consensus_5716#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 614
fasta sequence

                              [CCGTCTACCTCCCGAAAAACACGATCCCTCAGCAGTTGCGCATCGTAAAACAAGTGATTTTTTGTGTGTGTAAAGCTTAACAAATTCTAACCTGTGAAAATGCCGGCCGATATTCTTGGATTCGCTTACGCAGCAACGGTGGCCGCCGGTGGCATTGTCGGATACGCGAAAGCAGGTTCCGTCCCCTCGCTGGCAGCCGGTCTTACCTTCGGCGCACTGCTCGGGTACGGTGCGCTGCTGTCGTCGAACGAGCCGCCCCGGCCCCTGCTGCAGATCGGCACGGCCCTGGTGCTGGCCGGTATGATGGGGTCGCGGTGGGCCCGCTCGGGCAAGTTCATGCCGCCGGGACTGATCTGCGTGCTGTCCTGCGCAATGCTTGCCCGCGGTCTTATCTACCACAACCGCTATCTGCCGATGATTGGCGCCAAGCAAGAGTAGAGATTGCGTACGGGGCAGGAGGTCGTTAAATTATGCATTTATGCAACGGGCGCTGTCGGACGGGCCGGCACTGATGCAATATTTCACCCAGCGCCCAATGGGGTCGAAGGTTGTGTCGTGCCGTGGGTCGTGGAAGATAGCGTGCGCAAAAGTGACAAGAACGTCGAATCACGGTG]

[+] EMBL BM597470             [CCGTCTACCTCCCGAAAAACACGATCCCTCAGCAGTTGCGCATCGTAAAACAAGTGATTTTTTGTGTGTGTAAAGCTTAACAAATTCTAACCTGTGAAAATGCCGGCCGATATTCTTGGATTCGCTTACGCAGCAACGGTGGCCGCCGGTGGCATTGTCGGATACGCGAAAGCAGGTTCCGTCCCCTCGCTGGCAGCCGGTCTTACCTTCGGCGCACTGCTCGGGTACGGTGCGCTGCTGTCGTCGAACGAGCCGCCCCGGCCCCTGCTGCAGATCGGCACGGCCCTGGTGCTGGCCGGTATGATGGGGTCGCGGTGGGCCCGCTCGGGCAAGTTCATGCCGCCGGGACTGATCTGCGTGCTGTCCTGCGCAATGCTTGCCCGCGGTCTTATCTACCACAACCGCTATCTGCCGATGATTGGCGCCAAGCAAGAGTAGAGATTGCGTACGGGGCAGGAGGTCGTTAAATTATGCATTTATGCAACGGGCGCTGTCGGACGGGCCGGCACTGATGCAATATTTCACCCAGCGCCCAATGGGGTCGAAGGTTGTGTCGTGCCGTGGGTCGTGGAAGATAGCGTGCGCAAAAGTGACAAGAACGTCGAATCACGGTG]




>consensus_5716#0
CCGTCTACCTCCCGAAAAACACGATCCCTCAGCAGTTGCGCATCGTAAAACAAGTGATTT
TTTGTGTGTGTAAAGCTTAACAAATTCTAACCTGTGAAAATGCCGGCCGATATTCTTGGA
TTCGCTTACGCAGCAACGGTGGCCGCCGGTGGCATTGTCGGATACGCGAAAGCAGGTTCC
GTCCCCTCGCTGGCAGCCGGTCTTACCTTCGGCGCACTGCTCGGGTACGGTGCGCTGCTG
TCGTCGAACGAGCCGCCCCGGCCCCTGCTGCAGATCGGCACGGCCCTGGTGCTGGCCGGT
ATGATGGGGTCGCGGTGGGCCCGCTCGGGCAAGTTCATGCCGCCGGGACTGATCTGCGTG
CTGTCCTGCGCAATGCTTGCCCGCGGTCTTATCTACCACAACCGCTATCTGCCGATGATT
GGCGCCAAGCAAGAGTAGAGATTGCGTACGGGGCAGGAGGTCGTTAAATTATGCATTTAT
GCAACGGGCGCTGTCGGACGGGCCGGCACTGATGCAATATTTCACCCAGCGCCCAATGGG
GTCGAAGGTTGTGTCGTGCCGTGGGTCGTGGAAGATAGCGTGCGCAAAAGTGACAAGAAC
GTCGAATCACGGTG

consensusID : consensus_5716#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 602
fasta sequence

                              [GCAGTTGCGCACCGCAAAACAAGTGATTTTTTTGTGTGTAAAGCTTAACAAATTCTAAACTGTGAAAATGCCGGCCGATATTCTTGGATTCGCTTACGCAGCAACGGTGGCCGCCGGTGGCATTGTCGGATACGCGAAAGCAGGTTCCGTCCCCTCGCTGGCAGCCGGTCTTACCTTCGGCGCACTGCTCGGGTACGGTGCGCTGCTGTCGTCGAACGAGCCGCCCCGGCCCCTGCTGCAGATCGGCACGGCCCTGGTGCTGGCCGGTATGATGGGGTCGCGGTGGGCCCGCTCGGGCAAGTTCATGCCGCCGGGACTGATCTGCGTGCTGTCTTGCGCAATGCTTGCCCGCGGTCTTATCTACCACAACCGCTATCTGCCGATGATTGGCGCCAAGCAAGAGTAGGAGAGGAGGTCGTTAAATTATGCATTTATGCAACGGGCGCTGTCGGACGGGCCGGCACTGATGCAATATTTCACCCAGCGCCCAATGGGGTCGAAGGTTGTGTCGTGCCGTGGGTCGTGGAAGATAGCGTGCGCAAAGTGACAAGAACGTCGAATCACGGTGATGGGAATATAGCGATAAAATAAAAGTACTAGTA]

[+] EMBL BX627377             [GCAGTTGCGCACCGCAAAACAAGTGATTTTTTTGTGTGTAAAGCTTAACAAATTCTAAACTGTGAAAATGCCGGCCGATATTCTTGGATTCGCTTACGCAGCAACGGTGGCCGCCGGTGGCATTGTCGGATACGCGAAAGCAGGTTCCGTCCCCTCGCTGGCAGCCGGTCTTACCTTCGGCGCACTGCTCGGGTACGGTGCGCTGCTGTCGTCGAACGAGCCGCCCCGGCCCCTGCTGCAGATCGGCACGGCCCTGGTGCTGGCCGGTATGATGGGGTCGCGGTGGGCCCGCTCGGGCAAGTTCATGCCGCCGGGACTGATCTGCGTGCTGTCTTGCGCAATGCTTGCCCGCGGTCTTATCTACCACAACCGCTATCTGCCGATGATTGGCGCCAAGCAAGAGTAGGAGAGGAGGTCGTTAAATTATGCATTTATGCAACGGGCGCTGTCGGACGGGCCGGCACTGATGCAATATTTCACCCAGCGCCCAATGGGGTCGAAGGTTGTGTCGTGCCGTGGGTCGTGGAAGATAGCGTGCGCAAAGTGACAAGAACGTCGAATCACG                                     ]
[+] EMBL BX614707             [  AGTTGCGCACCGCAAAACAAGTGATTTTTTTGTGTGTAAAGCTTAACAAATTCTAAACTGTGAAAATGCCGGCCGATATTCTTGGATTCGCTTACGCAGCAACGGTGGCCGCCGGTGGCATTGTCGGATACGCGAAAGCAGGTTCCGTCCCCTCGCTGGCAGCCGGTCTTACCTTCGGCGCACTGCTCGGGTACGGTGCGCTGCTGTCGTCGAACGAGCCGCCCCGGCCCCTGCTGCAGATCGGCACGGCCCTGGTGCTGGCCGGTATGATGGGGTCGCGGTGGGCCCGCTCGGGCAAGTTCATGCCGCCGGGACTGATCTGCGTGCTGTCTTGCGCAATGCTTGCCCGCGGTCTTATCTACCACAACCGCTATCTGCCGATGATTGGCGCCAAGCAAGAGTAGGAGAGGAGGTCGTTAAATTATGCATTTATGCAACGGGCGCTGTCGGACGGGCCGGCACTGATGCAATATTTCACCCAGCGCCCAATGGGGTCGAAGGTTGTGTCGTGCCGTGGGTCGTGGAAGATAGCGTGCGCAAAGTGACAAGAACGTCGAATCACGGTGATGGGAATATAGCGATAAAATAAAAGTACTAGTA]
[+] EMBL BM624820             [                                                                                                                                                                                    CGCACTGCTCGGGTACGGTGCGCTGCTGTCGTCTAACGAGCCGCCCCGGCCCCTGCTGCATATCGGCACGGCCCTGGTGCTGGCCGGTATGATGGGGTCGCGGTGGGCCCGCTCAGGCAAGTTCATGCCGCCGGGACTGATCTGCGTGCTGTCTTGCGCAATGCTTGCCCGCGGTCTTATCTACCACAACCGCTATCTGCCGATGATTGGCGCCAAGCAAGAGTAGGATAGGAGGTCGTTAAATTATGCATTTATGCAACGGGCGC                                                                                                                                                            ]




>consensus_5716#1
GCAGTTGCGCACCGCAAAACAAGTGATTTTTTTGTGTGTAAAGCTTAACAAATTCTAAAC
TGTGAAAATGCCGGCCGATATTCTTGGATTCGCTTACGCAGCAACGGTGGCCGCCGGTGG
CATTGTCGGATACGCGAAAGCAGGTTCCGTCCCCTCGCTGGCAGCCGGTCTTACCTTCGG
CGCACTGCTCGGGTACGGTGCGCTGCTGTCGTCGAACGAGCCGCCCCGGCCCCTGCTGCA
GATCGGCACGGCCCTGGTGCTGGCCGGTATGATGGGGTCGCGGTGGGCCCGCTCGGGCAA
GTTCATGCCGCCGGGACTGATCTGCGTGCTGTCTTGCGCAATGCTTGCCCGCGGTCTTAT
CTACCACAACCGCTATCTGCCGATGATTGGCGCCAAGCAAGAGTAGGAGAGGAGGTCGTT
AAATTATGCATTTATGCAACGGGCGCTGTCGGACGGGCCGGCACTGATGCAATATTTCAC
CCAGCGCCCAATGGGGTCGAAGGTTGTGTCGTGCCGTGGGTCGTGGAAGATAGCGTGCGC
AAAGTGACAAGAACGTCGAATCACGGTGATGGGAATATAGCGATAAAATAAAAGTACTAG
TA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5716#0      CCGTCTACCTCCCGAAAAACACGATCCCTCAGCAGTTGCGCATCGTAAAACAAGTGATTT 60
consensus_5716#1      -------------------------------GCAGTTGCGCACCGCAAAACAAGTGATTT 29
                                                     *********** ** **************

consensus_5716#0      TTTGTGTGTGTAAAGCTTAACAAATTCTAACCTGTGAAAATGCCGGCCGATATTCTTGGA 120
consensus_5716#1      TTT-TGTGTGTAAAGCTTAACAAATTCTAAACTGTGAAAATGCCGGCCGATATTCTTGGA 88
                      *** ************************** *****************************

consensus_5716#0      TTCGCTTACGCAGCAACGGTGGCCGCCGGTGGCATTGTCGGATACGCGAAAGCAGGTTCC 180
consensus_5716#1      TTCGCTTACGCAGCAACGGTGGCCGCCGGTGGCATTGTCGGATACGCGAAAGCAGGTTCC 148
                      ************************************************************

consensus_5716#0      GTCCCCTCGCTGGCAGCCGGTCTTACCTTCGGCGCACTGCTCGGGTACGGTGCGCTGCTG 240
consensus_5716#1      GTCCCCTCGCTGGCAGCCGGTCTTACCTTCGGCGCACTGCTCGGGTACGGTGCGCTGCTG 208
                      ************************************************************

consensus_5716#0      TCGTCGAACGAGCCGCCCCGGCCCCTGCTGCAGATCGGCACGGCCCTGGTGCTGGCCGGT 300
consensus_5716#1      TCGTCGAACGAGCCGCCCCGGCCCCTGCTGCAGATCGGCACGGCCCTGGTGCTGGCCGGT 268
                      ************************************************************

consensus_5716#0      ATGATGGGGTCGCGGTGGGCCCGCTCGGGCAAGTTCATGCCGCCGGGACTGATCTGCGTG 360
consensus_5716#1      ATGATGGGGTCGCGGTGGGCCCGCTCGGGCAAGTTCATGCCGCCGGGACTGATCTGCGTG 328
                      ************************************************************

consensus_5716#0      CTGTCCTGCGCAATGCTTGCCCGCGGTCTTATCTACCACAACCGCTATCTGCCGATGATT 420
consensus_5716#1      CTGTCTTGCGCAATGCTTGCCCGCGGTCTTATCTACCACAACCGCTATCTGCCGATGATT 388
                      ***** ******************************************************

consensus_5716#0      GGCGCCAAGCAAGAGTAGAGATTGCGTACGGGGCAGGAGGTCGTTAAATTATGCATTTAT 480
consensus_5716#1      GGCGCCAAGCAAGAGTAGGAG-------------AGGAGGTCGTTAAATTATGCATTTAT 435
                      ******************                **************************

consensus_5716#0      GCAACGGGCGCTGTCGGACGGGCCGGCACTGATGCAATATTTCACCCAGCGCCCAATGGG 540
consensus_5716#1      GCAACGGGCGCTGTCGGACGGGCCGGCACTGATGCAATATTTCACCCAGCGCCCAATGGG 495
                      ************************************************************

consensus_5716#0      GTCGAAGGTTGTGTCGTGCCGTGGGTCGTGGAAGATAGCGTGCGCAAAAGTGACAAGAAC 600
consensus_5716#1      GTCGAAGGTTGTGTCGTGCCGTGGGTCGTGGAAGATAGCGTGCGCAAA-GTGACAAGAAC 554
                      ************************************************ ***********

consensus_5716#0      GTCGAATCACGGTG---------------------------------- 614
consensus_5716#1      GTCGAATCACGGTGATGGGAATATAGCGATAAAATAAAAGTACTAGTA 602
                      **************