cluster # 6330

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Anopheles gambiae
cluster # 6330 cluster # 6330 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_6330#0 length = 841 sequences # 4

consensus_6330#1 length = 441 sequences # 1

consensusID : consensus_6330#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 841
fasta sequence

                              [AATCCCCCGAGGATCGGATCGCAGTGTGTGCGGCCCTTAACGGACAACGAACAGTAAAGCTCTCGGTATGATTTCGCTCAGCTGTATCGGTGCGTGGATTGTCCTACTTACGGTCGGATGTTCCGTAACGCATGCCGATGACTCGAAGATCGTCGGTGGCATGACAGCTAACGAGCGCATCCCGTACCAGATCTCGCTCCAGGTGCTGGTAAGCTCGTTCTTTGGCTTTGGGCCGAAGCGCTGGATGCACAACTGTGGCGGCTCGATCGTGAACGAGTACTACGTGGTAACGGCCGCCCACTGTCTGGACGGGATGGACATTAACCGGATGTCGATCGTGGCCGGTACGAACGATCTGCGGAACGACAGTTCGAAGGGTACGCGCTACTTCCTCGAGTC-GTACATGATCCATCCGGACTACATCGAGCTGAACCGGAGCGACATCGGCGTGATGCGCGTGAAGGAGGCGTTCACGTTCAACGAGAACGTGCAG-CCGATCCGCTACTCGTCCGACTTTGTCGGGGGTGGTGTGACGTGCCTTCTGACCGGGTGGGGCTACACCATGCCGATCCGTGTCGGATCGACGCCCAAGGACCTGCAGGAGGCGGAACTGACGACGATCACGAACGACCAGTGCCGGGAGCGCGGCATGCCCGTTAACCCGACCGAGATCTGTACCTTTACCCGCGTTGGGCAGGGTGCTTGCGGGGGTGATTCCGGTGGTCCGCTGGTGTGCAACAATCAGCTGTCCGGCGTCGTTTCGTACGGTACGCGGTACTGTGGTATCGGTGTGCCGGATGTCTACACGCGCGTGTCGGAGTTTGACTCGTGGATTCAGGAA]

[+] EMBL AL933756             [AATCCCCCGAGGATCGGATCGCAGTGTGTGCGGCCCTTAACGGACAACGAACAGTAAAGCTCTCGGTATGATTTCGCTCAGCTGTATCGGTGCGTGGATTGTCCTACTTACGGTCGGATGTTCCGTAACGCATGCCGATGACTCGAAGATCGTCGGTGGCATGACAGCTAACGAGCGCATCCCGTACCAGATCTCGCTCCAGGTGCTGGTAAGCTCGTTCTTTGGCTTTGGGCCGAAGCGCTGGATGCACAACTGTGGCGGCTCGATCGTGAACGAGTACTACGTGGTAACGGCCGCCCACTGTCTGGACGGGATGGACATTAACCGGATGTCGATCGTGGCCGGTACGAACGATCTGCGGAACGACAGTTCGAAGGGTACGCGCTACTTCCTCGAGTC GTACATGATCCATCCGGACTACATCGAGCTGAACCGGAGCGACATCGGCGTGATGCGCGTGAAGGAGGCGTTCACGTTCAACGAGAACGTGCAG CCGATCCGCTACTCGTCCGACTTTGTCGGGGGTGGTGTGACGTGCCTTCT                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL BX467729             [      ggcagatTCGGCACGAGGTGTGTGCGG CCTTAACGGACAACGAACAGTAAAGCTCTCGGTATGATTTCGCTCAGCTGTATCGGTGCGTGGATTGTCCTACTTACGGTCGGATGTTCCGTAACGCATGCCGAT ACTCGAAGATCGTCGGTGGCATGACAGCTAACGAGCGCATCCCGTACCAGATCTCGCTCCAGGTGCTGGTAAGCTCGTTCTTTGGCTTTGGGCCGAAGCGCTGGATGCACAACTGTGGCGGCTCGATCGTGAACGAGTACTACGTGGTAACGGCCGCCCACTGTCTGGACGGGATGGACATTAACCGGATGTCGATCGTGGCCGGTACGAACGATCTGCGGAACGACAGTTCGAAGGGTACGCGCTACTTCCTCGAGTCGGTACATGATCCATCCGGACTACATCGAGCTGAACCGGAGCGACATCGGCGTGATGCGCGTGAAGGAGGCGTTCACGTTCAACGAGAACGTGCAGCCCGATCCGCTACTCGTCCGACTTTGTCGGGGGTGGTGTGACGTGCCTTCTGACCGGGTGGGGCTACACCATGCCGATCCGTGTCGGATCGACGCCCAAGGACCTGCAGGAGGCGGAACTG                                                                                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL BX621201             [                                                                        TTCGCTCAGCTGTATCGGTGCGTGGATTGTCCTACTTACGGTCGGATGTTCCGTAACGCATGCCGATGACTCGAAGATCGTCGGTGGCATGACAGCTAACGAGCGCATCCCGTACCAGATCTCGCTCCAGGTGCTGGTAAGCTCGTTCTTTGGCTTTGGGCCGAAGCGCTGGATGCACAACTGTGGCGGCTCGATCGTGAACGAGTACTACGTGGTAACGGCCGCCCACTGTCTGGACGGGATGGACATTAACCGGATGTCGATCGTGGCCGGTACGAACGATCTGCGGAACGACAGTTCGAAGGGTACGCGCTACTTCCTCGAGTC GTACATGATCCATCCGGACTACATCGAGCTGAACCGGAGCGACATCGGCGTGATGCGCGTGAAGGAGGCGTTCACGTTCAACGAGAACGTGCAG CCGATCCGCTACTCGTCCGACTTTGTCGGGGGTGGTGTGACGTGCCTTCTGACCGGGTGGGGCTACACCATGCCGATCCGTGTCGGATCGACGCCCAAGGACCTGCAGGAGGCGGAACTGACGACGATCACGAACGACCAGTGCCGGGAGCGCGGCATGCCCGTTAACCCGACCGAGATCTGTACCTTTACCCGCGTTGGGCAGGGTGCTTGCGGGGGTGATTCCGGTGGTCCGCTGGTGTGCAACAATCAGCTGTCCGGCGTCGTTTCGTACGGTACGCGGTACTGTGGTATCGGTGTGCCGGATGTCTACACGCGCGTGTCGGAGTTTGACTCGTGGATTCAGGAA]
[+] EMBL BX623271             [                                                                                   GTATCGGTGCGTGGATTGTCCTACTTACGGTCGGATGTTCCGTAACGCATGCCGATGACTCGAAGATCGTCGGTGGCATGACAGCTAACGAGCGCATCCCGTACCAGATCTCGCTCCAGGTGCTGGTAAGCTCGTTCTTTGGCTTTGGGCCGAAGCGCTGGATGCACAACTGTGGCGGCTCGATCGTGAACGAGTACTACGTGGTAACGGCCGCCCACTGTCTGGACGGGATGGACATTAACCGGATGTCGATCGTGGCCGGTACGAACGATCTGCGGAACGACAGTTCGAAGGGTACGCGCTACTTCCTCGAGTC GTACATGATCCATCCGGACTACATCGAGCTGAACCGGAGCGACATCGGCGTGATGCGCGTGAAGGAGGCGTTCACGTTCAACGAGAACGTGCAG CCGATCCGCTACTCGTCCGACTTTGTCGGGGGTGGTGTGACGTGCCTTCTGACCGGGTGGGGCTACACCATGCCGATCCGTGTCGGATCGACGCCCAAGGACCTGCAGGAGGCGGAACTGACGACGATCACGAACGACCAGTGCCGGGAGCGCGGCATGCCCGTTAACCCGACCGAGATCTGTACCTTTACCCGCGTTGGGCAGGGTGCTTGCGGGGGTGATTCCGGTGGTCCGCTGGTGTGCAACAATCAGCTGTCCGGCGTCGTTTCGTACNGTACGCGGTACTGTGGTATCGGTGTGNCGGATGTCTACACGCGCGTGTCNGAGTTTGACTCGTGGATT      ]




>consensus_6330#0
AATCCCCCGAGGATCGGATCGCAGTGTGTGCGGCCCTTAACGGACAACGAACAGTAAAGC
TCTCGGTATGATTTCGCTCAGCTGTATCGGTGCGTGGATTGTCCTACTTACGGTCGGATG
TTCCGTAACGCATGCCGATGACTCGAAGATCGTCGGTGGCATGACAGCTAACGAGCGCAT
CCCGTACCAGATCTCGCTCCAGGTGCTGGTAAGCTCGTTCTTTGGCTTTGGGCCGAAGCG
CTGGATGCACAACTGTGGCGGCTCGATCGTGAACGAGTACTACGTGGTAACGGCCGCCCA
CTGTCTGGACGGGATGGACATTAACCGGATGTCGATCGTGGCCGGTACGAACGATCTGCG
GAACGACAGTTCGAAGGGTACGCGCTACTTCCTCGAGTCGTACATGATCCATCCGGACTA
CATCGAGCTGAACCGGAGCGACATCGGCGTGATGCGCGTGAAGGAGGCGTTCACGTTCAA
CGAGAACGTGCAGCCGATCCGCTACTCGTCCGACTTTGTCGGGGGTGGTGTGACGTGCCT
TCTGACCGGGTGGGGCTACACCATGCCGATCCGTGTCGGATCGACGCCCAAGGACCTGCA
GGAGGCGGAACTGACGACGATCACGAACGACCAGTGCCGGGAGCGCGGCATGCCCGTTAA
CCCGACCGAGATCTGTACCTTTACCCGCGTTGGGCAGGGTGCTTGCGGGGGTGATTCCGG
TGGTCCGCTGGTGTGCAACAATCAGCTGTCCGGCGTCGTTTCGTACGGTACGCGGTACTG
TGGTATCGGTGTGCCGGATGTCTACACGCGCGTGTCGGAGTTTGACTCGTGGATTCAGGA
A

consensusID : consensus_6330#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 441
fasta sequence

                              [AATCCCCCGAGGTTTGTTTGTGTCGATCGGATCGCAGTGTGTGNCGGCCCTTAAACGGACAACGAACAGTAAAGCTCTCGGGATGATTGTCGNTCAGGTGTATCGNTAGCGTGGATTTGNCCTATGATACGGGTCAGATGTTTCGGTGACGTGGATTGTCGCTACATTACGGAACNNATGTTCCGGNAACGCATGCCGATAACTCGAAGATCGCTCGGTGGNATGACAGCTAACAGAGCGCATTCCGTACCAGATCTCGCGTCCATTGTGCTGGTAAGCTCGTTCTTTGGCTTTGGGCCGAAGCGCTGGATGCACAACTGTGGCGGCTCGATCGTGAACGAGTACTACGTGGTAACGGACGCCCACTGTCTCGGACGGGATGGACATTAACCGGATGTCGATCGTGGCCGGTACGAACGATCTGCGGAACGACAGTTCGAA]

[+] EMBL AL694581             [AATCCCCCGAGGTTTGTTTGTGTCGATCGGATCGCAGTGTGTGNCGGCCCTTAAACGGACAACGAACAGTAAAGCTCTCGGGATGATTGTCGNTCAGGTGTATCGNTAGCGTGGATTTGNCCTATGATACGGGTCAGATGTTTCGGTGACGTGGATTGTCGCTACATTACGGAACNNATGTTCCGGNAACGCATGCCGATAACTCGAAGATCGCTCGGTGGNATGACAGCTAACAGAGCGCATTCCGTACCAGATCTCGCGTCCATTGTGCTGGTAAGCTCGTTCTTTGGCTTTGGGCCGAAGCGCTGGATGCACAACTGTGGCGGCTCGATCGTGAACGAGTACTACGTGGTAACGGACGCCCACTGTCTCGGACGGGATGGACATTAACCGGATGTCGATCGTGGCCGGTACGAACGATCTGCGGAACGACAGTTCGAA]




>consensus_6330#1
AATCCCCCGAGGTTTGTTTGTGTCGATCGGATCGCAGTGTGTGNCGGCCCTTAAACGGAC
AACGAACAGTAAAGCTCTCGGGATGATTGTCGNTCAGGTGTATCGNTAGCGTGGATTTGN
CCTATGATACGGGTCAGATGTTTCGGTGACGTGGATTGTCGCTACATTACGGAACNNATG
TTCCGGNAACGCATGCCGATAACTCGAAGATCGCTCGGTGGNATGACAGCTAACAGAGCG
CATTCCGTACCAGATCTCGCGTCCATTGTGCTGGTAAGCTCGTTCTTTGGCTTTGGGCCG
AAGCGCTGGATGCACAACTGTGGCGGCTCGATCGTGAACGAGTACTACGTGGTAACGGAC
GCCCACTGTCTCGGACGGGATGGACATTAACCGGATGTCGATCGTGGCCGGTACGAACGA
TCTGCGGAACGACAGTTCGAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6330#0      AATCCCCCGAGG-------------ATCGGATCGCAGTGTGTGC-GGCCCTTAA-CGGAC 45
consensus_6330#1      AATCCCCCGAGGTTTGTTTGTGTCGATCGGATCGCAGTGTGTGNCGGCCCTTAAACGGAC 60
                      ************             ******************  ********* *****

consensus_6330#0      AACGAACAGTAAAGCTCTCGGTATGATT-TCGCTCAGCTGTATCGGT-GCGTGGATT-GT 102
consensus_6330#1      AACGAACAGTAAAGCTCTCGGGATGATTGTCGNTCAGGTGTATCGNTAGCGTGGATTTGN 120
                      ********************* ****** *** **** ******* * ********* * 

consensus_6330#0      CCTAC---------------TTACGGT---------------------------CGGATG 120
consensus_6330#1      CCTATGATACGGGTCAGATGTTTCGGTGACGTGGATTGTCGCTACATTACGGAACNNATG 180
                      ****                ** ****                           *  ***

consensus_6330#0      TTCCG-TAACGCATGCCGATGACTCGAAGATCG-TCGGTGGCATGACAGCTAAC-GAGCG 177
consensus_6330#1      TTCCGGNAACGCATGCCGATAACTCGAAGATCGCTCGGTGGNATGACAGCTAACAGAGCG 240
                      *****  ************* ************ ******* ************ *****

consensus_6330#0      CATCCCGTACCAGATCTCGC-TCCAG-GTGCTGGTAAGCTCGTTCTTTGGCTTTGGGCCG 235
consensus_6330#1      CATTCCGTACCAGATCTCGCGTCCATTGTGCTGGTAAGCTCGTTCTTTGGCTTTGGGCCG 300
                      *** **************** ****  *********************************

consensus_6330#0      AAGCGCTGGATGCACAACTGTGGCGGCTCGATCGTGAACGAGTACTACGTGGTAACGGCC 295
consensus_6330#1      AAGCGCTGGATGCACAACTGTGGCGGCTCGATCGTGAACGAGTACTACGTGGTAACGGAC 360
                      ********************************************************** *

consensus_6330#0      GCCCACTGTCT-GGACGGGATGGACATTAACCGGATGTCGATCGTGGCCGGTACGAACGA 354
consensus_6330#1      GCCCACTGTCTCGGACGGGATGGACATTAACCGGATGTCGATCGTGGCCGGTACGAACGA 420
                      *********** ************************************************

consensus_6330#0      TCTGCGGAACGACAGTTCGAAGGGTACGCGCTACTTCCTCGAGTCGTACATGATCCATCC 414
consensus_6330#1      TCTGCGGAACGACAGTTCGAA--------------------------------------- 441
                      *********************                                       

consensus_6330#0      GGACTACATCGAGCTGAACCGGAGCGACATCGGCGTGATGCGCGTGAAGGAGGCGTTCAC 474
consensus_6330#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6330#0      GTTCAACGAGAACGTGCAGCCGATCCGCTACTCGTCCGACTTTGTCGGGGGTGGTGTGAC 534
consensus_6330#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6330#0      GTGCCTTCTGACCGGGTGGGGCTACACCATGCCGATCCGTGTCGGATCGACGCCCAAGGA 594
consensus_6330#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6330#0      CCTGCAGGAGGCGGAACTGACGACGATCACGAACGACCAGTGCCGGGAGCGCGGCATGCC 654
consensus_6330#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6330#0      CGTTAACCCGACCGAGATCTGTACCTTTACCCGCGTTGGGCAGGGTGCTTGCGGGGGTGA 714
consensus_6330#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6330#0      TTCCGGTGGTCCGCTGGTGTGCAACAATCAGCTGTCCGGCGTCGTTTCGTACGGTACGCG 774
consensus_6330#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6330#0      GTACTGTGGTATCGGTGTGCCGGATGTCTACACGCGCGTGTCGGAGTTTGACTCGTGGAT 834
consensus_6330#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6330#0      TCAGGAA 841
consensus_6330#1      -------