These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Anopheles gambiae see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_8253#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 8 consensus length = 1165 fasta sequence [CCGGGTTACTCGGCGACCAACGATGTCGATCCGCAGATCCGAACGGATACGGTGTGTAACCCTGCTGGCACCGCTGCTGCTGGCGCTCTTCCTTGCGGCTGTCCCAACTGCCAGTGCCCATCAGTGTTTCTGTGGTGTGCGCCGAGCGCAGAACGAAACGATCTACCCGGACGTACCGATCGAACCGGGCGAGTGGCCATGGCACACGCTCATCTACTACTGGTCCGGCTCGCGGCTTGACCCACCGGCCAAGATCTGCGAGGGTGCACTCATCGACGAGCGGTTCGTGCTGGCCGCGGCCCACTGTCTGACCGTGCGCGGCAGTTCCGATGGCGAGCTGCTGCCCTCGGATCAGCTCGTTGTGCACGTCGGCGTTGTGTCGGTGCAGCAGGATAACGAGCGTTCGCGACGGTTCCAAGTGCGCAATGTCACGGTGGAAGATGAGTCGGACCTGGCACTGATCGAGCTGCAGCTAGGTGAGCCGCGAACCGCCGTACCGAAGCTGATGCCCGATTCGAGTGCCTCCAGCGACGAGGATGGCAGTGGCGGT-GGTGTCGATGTGTCGGAAAATTTGCTGCCAGTGGTGGCTGATAGTGGCGGTTGGAAACCAATTCCAGTGTGTCTGGTCGATGCACTCGATCTGACCACCCTGTATGGCACGGAAATGTACATACTGAACCAGAGCCAGCGGAATCGCCTGGGGGGCTATGAGCCGGTACGGTTAATACTGAACGAATTTCTGCTCTGCTCCGGATCTACGCTCGCCATGAAGTCACGGTCGATCAATGGAACGACCGTTTCCTTCACCATCAAAGATCTCAACCTACCGAGCAACGATAGGGGTACGGCACTATACTTCAAGCACCAGGGCACGTGGAGCCTGCTCGGCTTTACCGTGTCCCGGGCCAGCCGCCAATGGACGCCCGGTTCCGTCTGTCTGCCGAACGATATCATTTCCTTCGATTGTCTCTATCCGGCACTGGACTGGGTGATGGAAAACTTTGGCGACACCAACAGCTAGGGCTACGGATGGTGGAAAAGTGCTATTGTGTGTGGGTTTTGGACCGACCGATCGGTCGGTACTGGTGCTTGCCGCCCAAAGCCTCTGGTGAAACAATAAATAGCGATTGTGCCATGCGGAGGGTAGCTATACCACTCGGTCGCT] [+] EMBL BM635286 [CCGGGTTACTCGGCGACCAACGATGTCGATCCGCAGATCCGAACGGATACGGTGTGTAACCCTGCTGGCACCGCTGCTGCTGGCGCTCTTCCTTGCGGCTGTCCCAACTGCCAGTGCCCATCAGTGTTTCTGTGGTGTGCGCCGAGCGCAGAACGAAACGATCTACCCGGACGTACCGATCGAACCGGGCGAGTGGCCATGGCACACGCTCATCTACTACTGGTCCGGCTCGCGGCTTGACCCACCGGCCAAGATCTGCGAGGGTGCACTCATCGACGAGCGGTTCGTGCTGGCCGCGGCCCACTGTCTGACCGTGCGCGGCAGTTCCGATGGCGAGCTGCTGCCCTCGGATCAGCTCGTTGTGCACGTCGGCGTTGTGTCGGTGCAGCAGGATAACGAGCGTTCGCGACGGTTCCAAGTGCGCAATGTCACGGTGGAAGATGAGTCGGACCTGGCACTGATCGAGCTGCAGCTAGGTGAGCCGCGAACCGCCGTACCGAAGCTGATGCCCGATTCGAGTGCCTCCAGCGACGAAGATGGCAGTGGCGGTGGGTGTCGATGTGTCGGAAAATTTGCTGCCAGTGGTGGCTGATAGTGGCGGTTGGAAACCAATTCCAGTGTGTCTGGTCGATGCACTCGATCTGACCACCC ] [+] EMBL BX616688 [ TCGGCGACCAACGATGTCGATCCACAGATCCGAACGGATACGGTGTGTAACCCTGCTGGTGCCGCTGCTGCTGACGCTCTTCCTTGCGGCTGTCCCGACTGCCAGTGCCCATCAGTGTTTCTGTGGTGTGCGCCGAGCGCAGAACGAAACGATCTACCCGGACGTACCGATCGAACCGGGCGAGTGGCCATGGCACACGCTCATCTACTACTGGTCCGGCTCGCGGCTTGACCCACCGGCCAAAATCTGCGAGGGTGCACTCATCGACGAGCGGTTCGTGCTGGCCGCGGCCCACTGTCTGACCGTGCGCGGCAGTTCCGATGGCGAGCTACTGCCCTCGGATCAGCTCGTTGTGCACGTCGGCGTTGTGTCGGTGCAGCAGGATAACGAGCGTTCGCGACGGTTCCAAGTGCGCAATGTCACGGTGGAAGATGAGTCGGACCTGGCACTGATCGAGCTGCAGCTAGGTGAGCCGCGAACCGCCGTACCGAAGCTGATGCCCGATTCGAGTGCCTCCAGCGACGAGGATGGCAGTGGCGGT GGTGTCGATGTCTCGGAAAATTTGCTGCCAGTGGTGGCTGATAGTGGCGGTTGGAAACCAATTCCAGTGTGTCTGGTCGATGCACTCGATCTGACCACCCTGTATGGCACGGAAATGTACATACTGAACCAGAGCCAGCGGAATCGCCTGGGGGGCTATGAGCCGGT ] [+] EMBL BX616539 [ CGACCAACGATGTCGATCCGCAGATCCGAACGGATACGGTGTGTAACCCTGCTGGCACCGCTGCTGCTGGCGCTCTTCCTTGCGGCTGTCCCAACTGCCAGTGCCCATCAGTGTTTCTGTGGTGTGCGCCGAGCGCAGAACGAAACGATCTACCCGGACGTACCGATCGAACCGGGCGAGTGGCCATGGCACACGCTCATCTACTACTGGTCCGGCTCGCGGCTTGACCCACCGGCCAAGATCTGCGAGGGTGCACTCATCGACGAGCGGTTCGTGCTGGCCGCGGCCCACTGTCTGACCGTGCGCGGCAGTTCCGATGGCGAGCTGCTGCCCTCGGATCAGCTCGTTGTGCACGTCGGCGTTGTGTCGGTGCAGCAGGATAACGAGCGTTCGCGACGGTTCCAAGTGCGCAATGTCACGGTGGAAGATGAGTCGGACCTGGCACTGATCGAGCTGCAGCTAGGTGAGCCGCGAACCGCCGTACCGAAGCTGATGCCCGATTCGAGTGCCTCCAGCGACGAGGATGGCAGTGGCGGT GGTGTCGATGTGTCGGAAAA TTGCTG ] [+] EMBL BM635593 [ CCGACGATGTCGATCCGCAGATCCGAACGGATACGGTGTGTAACCCTGCTGGCACCGCTGCTGCTGGCGCTCTTCCTTGCGGCTGTCCCAACTGCCAGTGCCCATCAGTGTTTCTGTGGTGTGCGCCGAGCGCAGAACGAAACGATCTACCCGGACGTACCGATCGAACCGGGCGAGTGGCCATGGCACACGCTCATCTACTACTGGTCCGGCTCGCGGCTTGACCCACCGGCCAAGATCTGCGAGGGTGCACTCATCGACGAGCGGTTCGTGCTGGCCGCGGCCCACTGTCTGACCGTGCGCGGCAGTTCCGATGGCGAGCTGCTGCCCTCGGATCAGCTCGTTGTGCACGTCGGCGTTGTGTCGGTGCAGCAGGATAACGAGCGTTCGCGACGGTTCCAAGTGCGCAATGTCACGGTGGAAGATGAGTCGGACCTGGCACTGATCGAGCTGCAGCTAGGTGAGCCGCGAACCGCCGTACCGAAGCTGATGCCCGATTCGAGTGCCTCCAGCGACGAAGATGGCAGTGGCGGT GGTGTCGATGTGTCGGAAAATTTGCTGCCAGTGGTGGCTGATAGTGGCGGTTGGAAACCAATTCCAGTGTGTCTGGTCGATGCACTCGATCTGACCACCCTGTATGGCACGGAAATGT ] [+] EMBL CNS09BRS [ CGATGTCGATCCGCAGATCCGAACGGATACGGTGTGTAA CCTGCTGGCACCGCTGCTGCTGGCGCTCTTCCTTGCGGCTGTCCCAACTGCCAGTGCCCATCAGTGTTTCTGTGGTGTGCGCCGAGCGCAGAACGAAACGATCTACCCGGACGTACCGATCGAACCGGGCGAGTGGCCATGGCACACGCTCATCTACTACTGGTCCGGCTCGCGGCTTGACCCACCGGCCAAGATCTGCGAGGGTGCACTCATCGACGAGCGGTTCGTGCTGGCCGCGGCCCACTGTCTGACCGTGCGCGGCAGTTCCGATGGCGAGCTGCTGCCCTCGGATCAGCTCGTTGTGCACGTCGGCGTTGTGTCGGTGCAGCAGGATAACGAGCGTTCGCGACGGTTCCAAGTGCGCAATGTCACGGTGGAAGATGAGTCGGACCTGGCACTGATCGAGCTGCAGCTTTGTGAGCCGCGAACCGCCGTACCGAAGCGGATGCCCGAATCGAGTGCCTCCAGCGACGAGGATGGCAGTGGCGGT GGTGTCGATGTGTCGGAAAATTTGCTGCCAGTGGTGGCTGATAGTGGCGGTTGGAAA CAATTCCAGTGTGTCTGGTCGATGCACTCGATCTGACCACCCTGTATGGCACGGAAATGTACATACTGAACCAGAGCCAGCGGAATCGCCTGGGGGGCTATGAGCCGGTACGGTTAATACTGAACGAA ] [+] EMBL BX612036 [ TGCTGGCACCGCTGCTGCTGGCGCTCTTCCTTGCGGCTGTCCCAACTGCCAGTGCCCATCAGTGTTTCTGTGGTGTGCGCCGAGCGCAGAACGAAACGATCTACCCGGACGTACCGATCGAACCGGGCGAGTGGCCATGGCACACGCTCATCTACTACTGGTCCGGCTCGCGGCTTGACCCACCGGCCAAGATCTGCGAGGGTGCACTCATCGACGAGCGGTTCGTGCTGGCCGCGGCCCACTGTCTGACCGTGCGCGGCAGTTCCGATGGCGAGCTGCTGCCCTCGGATCAGCTCGTTGTGCACGTCGGCGTTGTGTCGGTGCAGCAGGATAACGAGCGTTCGCGACGGTTCCAAGTGCGCAATGTCACGGTGGAAGATGAGTCGGACCTGGCACTGATCGAGCTGCAGCTAGGTGAGCCGCGAACCGCCGTACCGAAGCTGATGCCCGATTCGAGTGCCTCCAGCGACGAGGATGGCAGTGGCGGT GGTGTCGATGTGTCGGAAAATTTGCTGCCAGTGGTGGCTGATAGTGGCGGTTGGAAACCAATTCCAGTGTGTCTGGTCGATGCACTCGATCTGACCACCCTGTATGGCACGGAAATGTACATACTGAACCAGAGCCAGCGGAATCGCCTGGGGGGCTATGAGCCGGTACGGTTAATACTGAACGAATTTCTGCTCTGCTCCGGATCTACG ] [+] EMBL BM620224 [ ccgcTCGGAAAATTTGCTGCCAGTGGTGGCTGATAGTGGCGGTTGGAAACCAATTCCAGTGTGTCTGGTCGATGCACTCGATCTGACCACCCTGTATGGCACGGAAATGTACATACTGAACCAGAGCCAGCGGAATCGCCTGGGGGGCTATGAGCCGGTACGGTTAATACTGAACGAATTTCTGCTCTGCTCCGGATCTACGCTCGCCATGAAGTCACGGTCGATCAATGGAACGACCGTTTCCTTCACCATCAAAGATCTCAACCTACCGAGCAACGATAGGGGTACGGCACTATACTTCAAGCACCAGGGCACGTGGAGCCTGCTCGGCTTTACCGTGTCCCGGGCCAGCCGCCAATGGACGCCCGGTTCCGTCTGTCTGCCGAACGATATCATTTCCTTCGATTGTCTCTATCCGGCACTGGACTGGGTGATGGAAAACTTTGGCGACACCAACAGCTAGGGCTACGGATGGTGGAAAAGTGCTATTGTGTGTGGGTTTTGGACCGACCGATCGGTCGGTACTGGTGCTTGCCGCCCAAAGCCTCTGGTGAAACAATAAATAGCGATTGT ] [+] EMBL BM651100 [ ccgGTGGAGCCTGCTCGGCTTTACCGTGTCCCGGGCCAGCCGCCAATGGACGCCCGGTTCCGTCTGTCTGCCGAACGATATCATTTCCTTCGATTGTCTCTATCCGGCACTGGACTGGGTGATGGAAAACTTTGGCGACACCAACAGCTAGGGCTACGGATGGTGGAAAAGTGCTATTGTGTGTGGGTTTTGGACCGACCGATCGGTCGGTACTGGTGCTTGCCGCCCAAAGCCTCTGGTGAAACAATAAATAGCGATTGTGCCATGCGGAGGGTAGCTATACCACTCGGTCGCT] consensusID : consensus_8253#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 578 fasta sequence [CCGAGCGTGCGGACGGAATGGTTACTCGGCGACCAACGATGTCGATCCACAGATCCGAACGGATACGGTGTGTAACCCTGCTGGTGCCGCTGCTGCTGACGCTCTTCCTTGCGGCTGTCCCGACTGCCAGTGCCCATCAGTGTTTCTGTGGTGTGCGCCGAGCGCAGAACGAAACGATCTACCCGGACGTACCGATCGAACCGGGCGAGTGGCCATGGCACACGCTCATCTACTACTGGTCCGGCTCGCGGCTTGACCCACCGGCCAAAATCTGCGAGGGTGCACTCATCGACGAGCGGTTCGTGCTGGCCGCGGCCCACTGTCTGACCGTGCGCGGCAGTTCCGATGGCGAGCTACTGCCCTCGGATCAGCTCGTTGTGCACGTCGGCGTTGTGTCGGTGCAGCAGGATAACGAGCGTTCGCGACGGTTCCAAGTGCGCAATGTCACGGTGGAAGATGAGTCGGACCTGGCACTGATCGAGCTGCAGCTAGGTGAGCCGCGAACCGCCGTACCGAAGCTGATGCCCGATTCGAGTGCCTCCAGCGACGAGGATGGCAGTGGTGGCTGATAGTGGCGG] [+] EMBL BM630895 [CCGAGCGTGCGGACGGAATGGTTACTCGGCGACCAACGATGTCGATCCACAGATCCGAACGGATACGGTGTGTAACCCTGCTGGTGCCGCTGCTGCTGACGCTCTTCCTTGCGGCTGTCCCGACTGCCAGTGCCCATCAGTGTTTCTGTGGTGTGCGCCGAGCGCAGAACGAAACGATCTACCCGGACGTACCGATCGAACCGGGCGAGTGGCCATGGCACACGCTCATCTACTACTGGTCCGGCTCGCGGCTTGACCCACCGGCCAAAATCTGCGAGGGTGCACTCATCGACGAGCGGTTCGTGCTGGCCGCGGCCCACTGTCTGACCGTGCGCGGCAGTTCCGATGGCGAGCTACTGCCCTCGGATCAGCTCGTTGTGCACGTCGGCGTTGTGTCGGTGCAGCAGGATAACGAGCGTTCGCGACGGTTCCAAGTGCGCAATGTCACGGTGGAAGATGAGTCGGACCTGGCACTGATCGAGCTGCAGCTAGGTGAGCCGCGAACCGCCGTACCGAAGCTGATGCCCGATTCGAGTGCCTCCAGCGACGAGGATGGCAGTGGTGGCTGATAGTGGCGG] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_8253#0 ----------------CCGGGTTACTCGGCGACCAACGATGTCGATCCGCAGATCCGAAC 44 consensus_8253#1 CCGAGCGTGCGGACGGAATGGTTACTCGGCGACCAACGATGTCGATCCACAGATCCGAAC 60 ***************************** *********** consensus_8253#0 GGATACGGTGTGTAACCCTGCTGGCACCGCTGCTGCTGGCGCTCTTCCTTGCGGCTGTCC 104 consensus_8253#1 GGATACGGTGTGTAACCCTGCTGGTGCCGCTGCTGCTGACGCTCTTCCTTGCGGCTGTCC 120 ************************ ************ ********************* consensus_8253#0 CAACTGCCAGTGCCCATCAGTGTTTCTGTGGTGTGCGCCGAGCGCAGAACGAAACGATCT 164 consensus_8253#1 CGACTGCCAGTGCCCATCAGTGTTTCTGTGGTGTGCGCCGAGCGCAGAACGAAACGATCT 180 * ********************************************************** consensus_8253#0 ACCCGGACGTACCGATCGAACCGGGCGAGTGGCCATGGCACACGCTCATCTACTACTGGT 224 consensus_8253#1 ACCCGGACGTACCGATCGAACCGGGCGAGTGGCCATGGCACACGCTCATCTACTACTGGT 240 ************************************************************ consensus_8253#0 CCGGCTCGCGGCTTGACCCACCGGCCAAGATCTGCGAGGGTGCACTCATCGACGAGCGGT 284 consensus_8253#1 CCGGCTCGCGGCTTGACCCACCGGCCAAAATCTGCGAGGGTGCACTCATCGACGAGCGGT 300 **************************** ******************************* consensus_8253#0 TCGTGCTGGCCGCGGCCCACTGTCTGACCGTGCGCGGCAGTTCCGATGGCGAGCTGCTGC 344 consensus_8253#1 TCGTGCTGGCCGCGGCCCACTGTCTGACCGTGCGCGGCAGTTCCGATGGCGAGCTACTGC 360 ******************************************************* **** consensus_8253#0 CCTCGGATCAGCTCGTTGTGCACGTCGGCGTTGTGTCGGTGCAGCAGGATAACGAGCGTT 404 consensus_8253#1 CCTCGGATCAGCTCGTTGTGCACGTCGGCGTTGTGTCGGTGCAGCAGGATAACGAGCGTT 420 ************************************************************ consensus_8253#0 CGCGACGGTTCCAAGTGCGCAATGTCACGGTGGAAGATGAGTCGGACCTGGCACTGATCG 464 consensus_8253#1 CGCGACGGTTCCAAGTGCGCAATGTCACGGTGGAAGATGAGTCGGACCTGGCACTGATCG 480 ************************************************************ consensus_8253#0 AGCTGCAGCTAGGTGAGCCGCGAACCGCCGTACCGAAGCTGATGCCCGATTCGAGTGCCT 524 consensus_8253#1 AGCTGCAGCTAGGTGAGCCGCGAACCGCCGTACCGAAGCTGATGCCCGATTCGAGTGCCT 540 ************************************************************ consensus_8253#0 CCAGCGACGAGGATGGCAGTGGCGG-TGGTGTCGATGTGTCGGAAAATTTGCTGCCAGTG 583 consensus_8253#1 CCAGCGACGAGGATGGCAGTGGTGGCTGATAGTGGCGG---------------------- 578 ********************** ** ** * * * consensus_8253#0 GTGGCTGATAGTGGCGGTTGGAAACCAATTCCAGTGTGTCTGGTCGATGCACTCGATCTG 643 consensus_8253#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8253#0 ACCACCCTGTATGGCACGGAAATGTACATACTGAACCAGAGCCAGCGGAATCGCCTGGGG 703 consensus_8253#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8253#0 GGCTATGAGCCGGTACGGTTAATACTGAACGAATTTCTGCTCTGCTCCGGATCTACGCTC 763 consensus_8253#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8253#0 GCCATGAAGTCACGGTCGATCAATGGAACGACCGTTTCCTTCACCATCAAAGATCTCAAC 823 consensus_8253#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8253#0 CTACCGAGCAACGATAGGGGTACGGCACTATACTTCAAGCACCAGGGCACGTGGAGCCTG 883 consensus_8253#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8253#0 CTCGGCTTTACCGTGTCCCGGGCCAGCCGCCAATGGACGCCCGGTTCCGTCTGTCTGCCG 943 consensus_8253#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8253#0 AACGATATCATTTCCTTCGATTGTCTCTATCCGGCACTGGACTGGGTGATGGAAAACTTT 1003 consensus_8253#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8253#0 GGCGACACCAACAGCTAGGGCTACGGATGGTGGAAAAGTGCTATTGTGTGTGGGTTTTGG 1063 consensus_8253#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8253#0 ACCGACCGATCGGTCGGTACTGGTGCTTGCCGCCCAAAGCCTCTGGTGAAACAATAAATA 1123 consensus_8253#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8253#0 GCGATTGTGCCATGCGGAGGGTAGCTATACCACTCGGTCGCT 1165 consensus_8253#1 ------------------------------------------ |
Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||