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consensusID : consensus_8442#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 9 consensus length = 1000 fasta sequence
[ACCGCTGGTGCGATAAAGCAGTGCTACAAAGTATCGGCCACCGTGCGGTGTCAGTCTCACTTGCGTGCTGCCGCCGTGCGGAGAGTACCTGCTAGGTCCTTACTTCCCATTCCCTACGCGTTACGGTTCACGATGGCGTTGATCATACGCTCGATCTACAGCGGGTACAGCTACCTCGTGGACAAAACAGATGAGCGGGTGGTGGAACTG-CCG-CTGCTGCGCTCCGTCTGGACCGTTCCACTGATAACGGGTGCGTACCTGTACTTTGTGCTCGATCTCGGCCCCAAGCTGATGGCCAACCGGAAGCCGTTCGAGATGCGCCGCTTCCTTTGCGCCTACAATCTGGCCCAGGTCGCTGCCAACGTGTGGACATTCGCGATGGGCGTAAGGTACCTGCGGACGTACAACTTCTCCTTCGTCTGTCAGCCGCTGCGCCTGGACCGTAGCGACCAATCGATGGACGAGATGTATCTGGCCTACGCGTACTTCCTGCTCAAGATCCTCGATCTGGCCGATACCGTGTTTTTCGTGCTGCGCAAGAAACAATCGCACGTGACGTTTCTGCACGTGTACCATCACACGATCATGGCGCTGTCGGCTTCGCTGTTTATGCGCTATCTGTCCGGTGGGCACTGCTTTATGCTCGGCATGCTGAACACGTTCGTGCACGCGGTCATGTACTTTTACTTCTTTCTCACGATCTACCGGCCGGAAGCGGTGCGCGGTGCGAGCTGGAAGCGGTACGTTACGCTACTGCAGATGGCGCAGTTTGCGTACAATGTGGTGCACTTCTTCCGGCCGATCGTGCTCGGTGTGGACTGTGGGTAT-CCGCGGGCGGTCATGTGGTTCGTGGGCATGCAGAACATCTTTATGCTGCTGATGTTTAGCGATTTCTATCGGCGGGCGTACCTGCGAACCCCGAAAGCAGCGGCACACGCAAACTGAGTCGGTGGAGTCGGTAGCGAATAAAGTATAAAACAT-AAATTGTACAGAAAAAAAA]
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[+] EMBL CNS09JHQ [ CCGCTGGTGCGATAAAGCAGTGCTACAAAGTATCGGCCACCGTGCGGTGTCAGTCTCACTTGCGTGCTGCCGCCGTGCGGAGAGTACCTGCTAGGTCCTTACTTCCCATTCCCTACGCGTTACGGTTCACGATGGCGTTGATCATACGCTCGATCTACAGCGGGTACAGCTACCTCGTGGACAAAACAGATGAGCGGGTGGTGGAACTG CCG CTGCTGCGCTCCGTCTGGACCGTTCCACTGATAACGGGTGCGTACCTGTACTTTGTGCTCGATCTCGGCCCCAAGCTGATGGCCAACCGGAAGCCGTTCGAGATGCGCCGCTTCCTTTGCGCCTACAATCTGGCCCAGGTCGCTGCCAACGTGTGGACATTCGCGATGGGCGTAAGGTACCTGCGGACGTACAACTTCTCCTTCGTCTGTCAGCCGCTGCGCCTGGACCGTAGCGACCAATCGATGGACGAGATGTATCTGGCCTACGCGTACTTCCTGCTCAAGATCCTCGATCTGGCCGATACCGTGTTTTTCGTGCTGCGCAAGAAACAATCGCACGTGACGTTTCTGCACGTGTACCATCACACGATCATGGCGCTGTCGGCTTCGCTGTTTATGCGCTATCTGTCCGGTGGGCACTGCTTTATGCTCGGCATGCTGAACACGTTCGTGCACGCGGTCATGTACTTTTACTTCTTTCTCACGATCTACCGGCCGGAAGCGGTGCGCGGTGCGAGCTGGAAGCGGTACGTTACGCTACTGCAGATGGCGCAGTTTGCGTACAATGTGGTGCACTTCTTCCGGCCGATCGTGCTCGGTGTGGACTGTGGGTAT CCGCGGGCGGTCATGTGGTTCGTGGGCATGCAGAACATCTTTATGCTGCTGATGTTTAGCGATTTCTATCGGCGGGCGTACCTGCGAACCCCGAAAGCAGCGGCACACGCAAACTGAGTCGGTGGAGTCGGTAGCGAATAAAGTATAAAACAT AAATTGTACAGAAAAAAAA]
[+] EMBL CNS0980I [ ATAAAGCAGTGCTACAAAGTATCGGCCACCGTGCGGTGTCAGTCTCACTTGCGTGCTGCCGCCGTGC GAGAGTACCTGCTAGGTCCTTACTTCCCATTCCCTACGCGTTACGGTTCACGATGGCGTTGATCATACGCTCGATCTACAGCGGGTACAGCTACCTCGTGGACAAAACAGATGAGCGGGTGGTGGAACTG CCG CTGCTGCGCTCCGTCTGGACCGTTCCACTGATAACGGGTGCGTACCTGTACTTTGTGCTCGATCTCGGCCCCAAGCTGATGGCCAACCGGAAGCCGTTCGAGATGCGCCGCTTCCTTTGCGCCTACAATCTGGCCCAGGTCGCTGCCAACGTGTGGACATTCGCGATGGGCGTAAGGTACCTGCGGACGTACAACTTCTCCTTCGTCTGTCAGCCGCTGCGCCTGGACCGTAGCGACCAATCGATGGACGAGATGTATCTGGCCTACGCGTACTTCCTGCTCAAGATCCTCGATCTGGCCGATACCGTGTTTTTCGTGCTGCGCAAGAAACAATCGCACGTGACGTTTCTGCACGTGTACCATCACACGATCATGGCGCTGTCGGCTTCGCTGTTTATGCGCTATCTGTCCGGTGGGCACTGCTTTATGCTCGGCATGCTGAACACGTTCGTGCACGCGGTCATGTACTTTTACTTCTTTCTCACGATCTACCGGCCGGAAGCGGTGCGCGGTGCGAGCTGGAAGCGTTACGTTACGCTACTGCAGATGGCGCAGTTTGCGTACAATGTGGTGCACTTCTTCCGGCCGATCGTGCTCGGTGTGGACTGTGGGTAT CCGCGGGCGGTCATGTGGTTCGTGGGCATGCAGAACATCTTTATGCTGCTGATGTTTAGCGATTTCTATCGGCGGGCGTACCTGCGAACCCCGAAAGCAGCGGCACACGCAAACTGAGTCGGTGGAGTCGGTAGC ]
[-] EMBL CNS09JHR [ TATCGGCCACCGTGCGGTTTCAGTCTTACTTGCGTGCTGCCGCCGTGCGGAGAGTACCTGCTAGGTCCTTACTTCCCATTCCCTACGCGTTACGGTTCACGATGGCGTTGATCATACGCTCGATCTACAGCGGGTACAGCTACCTCGTGGACAAAACAGATGAGCGGGTGGTGGGACTG CCG CTG TGCGCTCCGTCTGGACCGTTCCACTGATAACGGGTGCGTACCTGTACTTTGTGCTCGATCTCGGCCCCAAGCTGATGGCCAACCGGAAGCCGTTCGAGATGCGCCGCTTCCTTTGCGCCTACAATCTGGCCCAGGTCGCTGCCAACGTGTGGACATTCGCGATGGGCGTAAGGTA CTGCGGACGTACAACTTCTCCTTCGTCTGTCAGCC CTGCGCCTGGACCGTAGCGACCAATCGATGGACGAGATGTATCTGGCCTACGCGTACTTCCTGCTCAAGATCCTCGATCTGGCCGATACCGTGTTTTTCGTG TGCGCAAGAAACAATCGCACGTGACGTTTCTGCACGTGTACCATCACACGATCATGGCGCTGTCGG TTCGCTGTTTATGCGCTATCTGTCCGGTGGGCACTGCTTTATGCTCGGCATGCTGAACACGTTCGTGCACGCGGTCATGTACTTTTACTTCTTTCTCACGATCTACCGGCCGGAAGCGGTGCGCGGTGCGAGCTGGAAGCGGTACGTTACGCTACTGCAGATGGCGCAGTTTGCGTACAATGTGGTGCACTTCTTCCGGCCGATCGTGCTCGGTGTGGACTGTGGGTAT CCGCGGGCGGTCATGTGGTTCGTGGGCATGCAGAACATCTTTATGCTGCTGATGTTTAGCGATTTCTATCGGCGGGCGTACCTGCGAACCCCGAAAGCAGCGGCACACGCAAACTGAGTCGGTGGAGTCGGTAGCGAATAAAGTATAAAACA ]
[+] EMBL CNS09QMV [ CCACCGTGCGGTGTCAGTATCACTTGCTTGCTGCCGCCGTGCGCAGAGTACCTGCTAGGTCCTTACTTCCCATCCCCTACGCGTTACGGTTCACGATGGCGTTGATCATACGCTCGATCTACAGCGGGTACAGCTACCTCGTGGACAAAACAGATGAGCGGGTGGTGGAACTG CCG CTGCTGCGCTCCGTCTGGACCGTTCCACTGATAACGGGTGCGTACCTGTACTTTGTGCTCGATCTCGGCCCCAAGCTGATGGCCAACCGGAAGCCGTTCGAAATGCGCCGCTTCCTTTGCGCCTACAATCTGGCCCAGGTCGCTGCCAACGTGTGGACATTCGCGATGGGCGTAAGGTACCTGCGGACGTACAACTTCTCCTTCGTCTGTAAGCCGCTGCGCCTGGACCGTAGCGACCAATCGATGGACGAGATGTATCTGGCCTACGCGTACTTCCTGCTCAAGATCCTCGATCTGGCCGATA CGTGTTTTTCGTGCTGCGCAAGAAACAA ]
[-] EMBL CNS09D7R [ TGCTGCCGCCGTGCGGAGAGTACCTGCTAGGTCCTTACTTCCCATTCCCTACGCGTTACGGTTCACGATGGCGTTGATCATACGCTCGATCTACAGCGGGTACAGCTACCTCGTGGACAAAACAGATGAGCGGGTGGTGGAACTGCCCG CT CTGCGCTCCGTCTGGACCGTTCCACTGATAACGGGTGCGTACCTGTACTTTGTGCTCGATCTCGGCCCCAAGCTGATGGCCAACCGGAAGCCGTTCGAGATGCGCCGCTTCCTTTGCGCCTACAATCTGGCCCAGGTCGCTGCCAACGTGTGGACATTCGCGATGGGCGTAAGGTA CTGCGGACGTACAACTTCTCCTTCGTCTGTCAGCCG TGCGCCTGGACCGTAGCGACCAATCGATGGACGAGATGTTTCTGGCCTACGCGTACTTCCTGCTCAAGATCCTCGATCTGGCCGATACCGTGTTTTTCGTG TGCGCAAGAAACAATCGCACGTGACGTTTCTGCACGTGTACCATCACACGATCATGGCGCTGTCGG TTCGCTGTTTATGCGCTATCTGTCCGGTGGGAACTGCTTTATGCTCGGCATGCTGAACACGTTCGTGCACGCGGTCATGTACTTTTACTTCTTTCTCACGATCTACCGGCCGGAAGCGGTGCGCGGTGCGAGCTGGAAGCGGTACGTTACGCTACTGCAGATGGCGCAGTTTGCGTACAATGTGGTGCACTTCTTCCGGCCGATCGTGCTCGGTGTGGACTGTGGGTAT CCGCGGGCGGTCATGTGGTTCGTGGGCATGCAGAACATCTTTATGCTGCTGATGTTTAGCGATTTCTATCGGCGGGCGTACCTGCGAACCCCGAAAGCAGCGGCACACGCAAACTGAGTCGGTGGAGTCGGTAGCGAATAAAGTATAAAACATAAAATTG ]
[-] EMBL CNS0980J [ CGGAGAGTACCTGCTAGGTCCTTACTTCCCATTCCCTACGCGTTACGGTTCACGATGGCGTTGTTAAAACGCTCGATCTACAGCGGGAACAGCTACCTCGTGGACAAAAAAGATGAGCGGGTGGTGGAACTG CCGACT CTGCGCTCCGTCTGGAACGTTCCACTGATAACGGGTGCGTACCTGTACTTTGTGCTCGATCTCGGCCCCAAGCTGATGGCCAACCGGAAGCCGTTCGAGATGCGCCGCTTCCTTTGCGCCTACAATCTGGCCCAGGTGGCTGCCAACGTGTGGAAATTCGCGATGGGCGTAAGGTACCTGCGGACGTACAACTTCTCCTTCGTCTGTCAGCC CTGCGCCTGGACCGTAGCGACCAATCGATGGACGAGATGTTTCTGGCCTACGCGTACTTCCTGCTCAAGATCCTCGATCTGGCCGATACCGTGTTTTTCGTG TGCGCAAGAAAAAATCGCACGTGACGTTTCTGCACGTGTACCTTAACACGATCATGGCGCTATC GCTTCGCTGTTTATGCGCTATCTGTCCGGTGGGAACTGCTTTATGCTCGGCATGCTGAACACGTTCGTGCACGCGGTCATGTACTTTTACTTCTTTCTCACGATCTACCGGCCGGAAGCGGTGCGCGGTGCGAGCTGGAAGCGGTACGTTACGCTACTGCAGATGGCGCAGTTTGCGTACAATGTGGTGCACTTCTTCCGGCCGATCGTGCTCGGTGTGGACTGTGGGTAT CCGCGGGCGGTCATGTGGTTCGTGGGCATGCAGAACATCTTTATGCTGCTGATGTTTAGCGATTTCTATCGGCGGGCGTACCTGCGAACCCCGAAAGCAGCGGCACACGCAAACTGAGTCGGTGGAGTCGGTAGCGAATAAA ]
[+] EMBL BM608052 [ ccggGCCAGTTCCTTACTTCCCATTCCCTACGCGATACGGTTCACGATGGCGTTGATCATACGCTCGATCTACAGCGGGTACAGCTACCTCGTGGACAAAACAGATGAGCGGGTGGTGGAACTG CCG CTGCTGCGTTCCGTCTGGACGGTTCCACTGATAACGGGTGCGTACCTGTACTTTGTACTCGATCTCGGTCCCAAGCTGATGGCCAACCGGAAGCCGTTCGAGATGCGCCGCTTCCTTTGCGCCTACAATCTGGCCCAGGTCGCTGCCAACGTGTGGACATTCGCGATGGGCGTAAGGTACCTGCGGACGTACAACTTCTCCTTCGTCTGTCAGCCGCTGCGCCTGGACCGTAGCGACCAATCGATGGACGAGATGCATCTGGCCTACGCGTACTTCCTGCTCAAGATCCTCGATCTGGCCGATACCGTGTTTTTCGTGCTGCGTAAGAAACAATCGCACGTGACGTTTCTGCACGTGTACCATCACACAATCATGGCGCTGTCGGCTTCGCTGTTTTTGCGCTATCTGTCCGGTGGGCACTGCTTTATGCTCGGCATGCTGAACACGTTCGTGCACGCGGTCATGTACTTTTACTTCTTTCTCACGATCTACCGGCCGGAAGCGGTGCGCGGTGCGAGCTGGAAGCGGTACGTTACGCTACTGCAGATGGCGCAGT ]
[-] EMBL CNS09QMW [ AGGTA CTGCGGACGTACAACTTCTCCTTCGTCTGTCAGCCG TGCGCCTGGACCGTAGCGACCAATCGATGGACGAGATGTATCTGGCCTACGCGTACTTCCTGCTCAAGATCCTCGATCTGGCCGATACCGTGTTTTTCGTG TGCGCAAGAAACAATCGCACGTGACGTTTCTGCACGTGTACCATCACACGATCATGGCGCTGTC GCTTCGCTGTTTATGCGCTATCTGTCCGGTGGGAACTGCTTTATGCTCGGCATGCTGAACACGTTCGTGCACGCGGTCATGTACTTTTACTTCTTTCTCACGATCTACCGGCCGGAAGCGGTGCGCGGTGCGAGCTGGAAGCGGTACGTTACGCTACTGCAGATGGCGCAGTTTGCGTACAATGTGGTGCACTTCTTCCGGCCGATCGTGCTCGGTGTGGACTGTGGGTATCCCGCGGGCGGTCATGTGGTTCGTGGGCATGCAGAACATCTTTATGCTGCTGATGTTTAGCGATTTCTATCGGCGGGCGTACCTGCGAACCCCGAAAGCAGCGGCACACGCAAACTGAGTCGGTGGAGTCGGTAGCGAATA ]
consensusID : consensus_8442#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 594 fasta sequence
[CCGCCCACGCGTCCGCAGTTCCTTACTTCCCATTCCCTACGCGATACGGTTCACGATGGCGTTGATCATACGCTCGATCTACAGCGGGTACAGCTACCTCGTGGACAAAACAGATGAGCGGGTGGTGGAACTGCCGCTGCTGCGCTCTGTCTGGACCGTTCCACTGATAACGGGTGCGTACCTGTACTTTGTGCTCGATCTCGGCCCCAAGCTGATGGCCAACCGGAAGCCGTTCGAGATGCGCCGCTTCCTTTGCGCCTACAATCTGGCCCAGGTCGCTGCCAACGTGTGGACATTCGCGATGGGTAAGGTACCTGCGGACGTACAACTTCTCCTTCGTCTGTCAGCCGCTGCGCCTGGACCGTAGCGACCAATCGATGGACGAGATGTATCTGGCCTACGCGTACTTCCTGCTCAAGATCCTCGATCTGGCCGATACCGTGTTTTTCGTGCTGCGCAAGAAACAATCGCACGTGACGTTTCTGCACGTGTACCATCACACGATCATGGCGCTGTCGGCTTCGCTGCTTTTGCGCTATCTGTCCGGTGGGCACTGCTTTATGCTCGGCATGCTGAACACGTTCGTGCACGCGG]
[+] EMBL BM623698 [CCGCCCACGCGTCCGCAGTTCCTTACTTCCCATTCCCTACGCGATACGGTTCACGATGGCGTTGATCATACGCTCGATCTACAGCGGGTACAGCTACCTCGTGGACAAAACAGATGAGCGGGTGGTGGAACTGCCGCTGCTGCGCTCTGTCTGGACCGTTCCACTGATAACGGGTGCGTACCTGTACTTTGTGCTCGATCTCGGCCCCAAGCTGATGGCCAACCGGAAGCCGTTCGAGATGCGCCGCTTCCTTTGCGCCTACAATCTGGCCCAGGTCGCTGCCAACGTGTGGACATTCGCGATGGGTAAGGTACCTGCGGACGTACAACTTCTCCTTCGTCTGTCAGCCGCTGCGCCTGGACCGTAGCGACCAATCGATGGACGAGATGTATCTGGCCTACGCGTACTTCCTGCTCAAGATCCTCGATCTGGCCGATACCGTGTTTTTCGTGCTGCGCAAGAAACAATCGCACGTGACGTTTCTGCACGTGTACCATCACACGATCATGGCGCTGTCGGCTTCGCTGCTTTTGCGCTATCTGTCCGGTGGGCACTGCTTTATGCTCGGCATGCTGAACACGTTCGTGCACGCGG]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_8442#0 ACCGCTGGTGCGATAAAGCAGTGCTACAAAGTATCGGCCACCGTGCGGTGTCAGTCTCAC 60
consensus_8442#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_8442#1 -------------CCGCCCAC---GCGTCCGC-AGTTCCTTACTTCCCATTCCCTACGCG 43
*** * * * ** ** ************************
consensus_8442#0 TTACGGTTCACGATGGCGTTGATCATACGCTCGATCTACAGCGGGTACAGCTACCTCGTG 180
consensus_8442#1 ATACGGTTCACGATGGCGTTGATCATACGCTCGATCTACAGCGGGTACAGCTACCTCGTG 103
***********************************************************
consensus_8442#0 GACAAAACAGATGAGCGGGTGGTGGAACTGCCGCTGCTGCGCTCCGTCTGGACCGTTCCA 240
consensus_8442#1 GACAAAACAGATGAGCGGGTGGTGGAACTGCCGCTGCTGCGCTCTGTCTGGACCGTTCCA 163
******************************************** ***************
consensus_8442#0 CTGATAACGGGTGCGTACCTGTACTTTGTGCTCGATCTCGGCCCCAAGCTGATGGCCAAC 300
consensus_8442#1 CTGATAACGGGTGCGTACCTGTACTTTGTGCTCGATCTCGGCCCCAAGCTGATGGCCAAC 223
************************************************************
consensus_8442#0 CGGAAGCCGTTCGAGATGCGCCGCTTCCTTTGCGCCTACAATCTGGCCCAGGTCGCTGCC 360
consensus_8442#1 CGGAAGCCGTTCGAGATGCGCCGCTTCCTTTGCGCCTACAATCTGGCCCAGGTCGCTGCC 283
************************************************************
consensus_8442#0 AACGTGTGGACATTCGCGATGGGCGTAAGGTACCTGCGGACGTACAACTTCTCCTTCGTC 420
consensus_8442#1 AACGTGTGGACATTCGCGATGG--GTAAGGTACCTGCGGACGTACAACTTCTCCTTCGTC 341
********************** ************************************
consensus_8442#0 TGTCAGCCGCTGCGCCTGGACCGTAGCGACCAATCGATGGACGAGATGTATCTGGCCTAC 480
consensus_8442#1 TGTCAGCCGCTGCGCCTGGACCGTAGCGACCAATCGATGGACGAGATGTATCTGGCCTAC 401
************************************************************
consensus_8442#0 GCGTACTTCCTGCTCAAGATCCTCGATCTGGCCGATACCGTGTTTTTCGTGCTGCGCAAG 540
consensus_8442#1 GCGTACTTCCTGCTCAAGATCCTCGATCTGGCCGATACCGTGTTTTTCGTGCTGCGCAAG 461
************************************************************
consensus_8442#0 AAACAATCGCACGTGACGTTTCTGCACGTGTACCATCACACGATCATGGCGCTGTCGGCT 600
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consensus_8442#0 TCGCTGTTTATGCGCTATCTGTCCGGTGGGCACTGCTTTATGCTCGGCATGCTGAACACG 660
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****** ** **************************************************
consensus_8442#0 TTCGTGCACGCGGTCATGTACTTTTACTTCTTTCTCACGATCTACCGGCCGGAAGCGGTG 720
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*************
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consensus_8442#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_8442#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8442#0 ATGTGGTTCGTGGGCATGCAGAACATCTTTATGCTGCTGATGTTTAGCGATTTCTATCGG 900
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| Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||