These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Anopheles gambiae see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_8921#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 12 consensus length = 552 fasta sequence [CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGACCGAGAACGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTACGTACAGTGT-GCAGT-GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC-GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT-GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT-GGATATGGTGGATATCGT-CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGTAAAATAACAAAAAAATT] [+] EMBL BM633405 [CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGTCCGAGAACGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGT GTACAGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGTGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGT ] [+] EMBL BM613075 [ CCGAC CGATCTAGAACGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGT GTACAGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGTGGGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGTGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGT ] [+] EMBL BM602781 [ cCGATCTAGAACGACAACGGACGCGCCAAAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTACGTACAGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGCTGGTGGCATTGGTGGCTGTGGCCACAGCCGCCCCAATGGACGACTGAATGCAGCACCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGACCAGCATCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGATATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGACACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTATGGTGGTGGCTTCTGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGAGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGTAAAATAAC ] [+] EMBL BM636546 [ CCG GAACGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTACGTACAGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGCTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGACACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTATGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGTGGGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGTGGGATATGGAGGATATCGTCCGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAA ] [+] EMBL BM622014 [ CCG GAACGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTACGTACAGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGCTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATTAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGACACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTATGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGTTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGAGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGT ] [+] EMBL BM642773 [ ccgACGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTACGTACAGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGCTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGACACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTATGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGAGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGTAAAATAAC ] [+] EMBL BM623979 [ ccgCGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGT GTACAGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGTGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGT ] [+] EMBL BX611154 [ GCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTA T AGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGTGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGT ] [+] EMBL BM596016 [ TAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTACGTACAGTGTCGCAGTCGACATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGCTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTCTTATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGACACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTATGGTGGTGGCTTCTGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGAGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAG ] [+] EMBL BX613617 [ TTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGTGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGT ] [+] EMBL BM646153 [ ccgATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGCTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGACACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTATGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGAGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGT ] [+] EMBL BM630947 [ ccgTGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGTGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGTAAAATAACAAAAAAATT] consensusID : consensus_8921#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 316 fasta sequence [GCCGGAGACTCAGACCATCTGAGAAGCTTTGTATTCGTTAACGGTGACAATCTTGAGGTAGCACAGGAGTTCTGCTATCTTGGGATGGTCGTTACTTCAGACAACGACATCAGCAGCGAAATCCGGAGACGAATTGTGCAGTCGAATCGTGCATACTATGGGCTTAACCAACTGCTGAGGTCCAGAAGACTTCAAGCCCGCACCAAATGTGAGATATATCGCACATTCATTCGCCCGGTGGTCCTCTGTGGACACGAGTCCTCGACCATCCGAGCGGAGGATGCAAACGCTCTGGGCGTGTTTGAACGACGCATCC] [+] EMBL BX615671 [GCCGGAGACTCAGACCATCTGAGAAGCTTTGTATTCGTTAACGGTGACAATCTTGAGGTAGCACAGGAGTTCTGCTATCTTGGGATGGTCGTTACTTCAGACAACGACATCAGCAGCGAAATCCGGAGACGAATTGTGCAGTCGAATCGTGCATACTATGGGCTTAACCAACTGCTGAGGTCCAGAAGACTTCAAGCCCGCACCAAATGTGAGATATATCGCACATTCATTCGCCCGGTGGTCCTCTGTGGACACGAGTCCTCGACCATCCGAGCGGAGGATGCAAACGCTCTGGGCGTGTTTGAACGACGCATCC] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_8921#0 CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGACCGAGAACGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTA 60 consensus_8921#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8921#0 GCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTACGTACAGTGTGCAGTGAGATTCTGTGTGAAACAA-G 119 consensus_8921#1 ----------------GCCGGAGACTCAGACCAT-CTGAGAAGCTTTGTATTCGTTAACG 43 ** * ** * * * * * ** * *** * ** * consensus_8921#0 GTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCA 179 consensus_8921#1 GTGACAATCTTGAGGTAG-CACAGGAGTTCTGCTATC-----TTGGGATGGTCGTTACTT 97 **** * * ** ** * * * * **** * * * *** ** * consensus_8921#0 GAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGAT--GATGGTG-ATGC 236 consensus_8921#1 CAGACAACGACATCAGCAGCGAAATCCGGAGACG-AATTGTGCAGTCGAATCGTGCATAC 156 ** * * ** * ** *** * * * * ** * ** *** ** * consensus_8921#0 TGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGG 296 consensus_8921#1 TATGGGCTTAACCAACTGCTGAGGTCCAGAAGACTTCAAGCCCGCACCAAATG------- 209 * ** * ** * * * *** ** * ** * * * * *** consensus_8921#0 TTTACGATCAGCCTGAGATGGATTCGATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATC 356 consensus_8921#1 --TGAGATATATCGCACATTCATTCGCCCGGTGGTCCTCTGTGGACACGAGTCCTCGACC 267 * *** * * ** ***** ** * ** * * * * consensus_8921#0 GATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGG-CGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGA 415 consensus_8921#1 ATCCGAGCGGAGGATGCAAACGCTCTGGGCGTGTTTGAACGACGCATCC----------- 316 **** ** * * * *** *** ** * * * ** ** consensus_8921#0 GGAGGATACGGTGGCTACCGGGGTGGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGTGGATAT 475 consensus_8921#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8921#0 GGTGGATATCGTCGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGT 535 consensus_8921#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8921#0 AAAATAACAAAAAAATT 552 consensus_8921#1 ----------------- |
Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||