Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Anopheles gambiae
cluster # 8921 cluster # 8921       Sequences # 13       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_8921#0 length = 552 sequences # 12  
consensus_8921#1 length = 316 sequences # 1  

consensusID : consensus_8921#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 12
consensus length = 552
fasta sequence
                              [CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGACCGAGAACGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTACGTACAGTGT-GCAGT-GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC-GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT-GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT-GGATATGGTGGATATCGT-CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGTAAAATAACAAAAAAATT]

[+] EMBL BM633405             [CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGTCCGAGAACGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGT    GTACAGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGTGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGT                 ]
[+] EMBL BM613075             [               CCGAC CGATCTAGAACGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGT    GTACAGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGTGGGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGTGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGT                 ]
[+] EMBL BM602781             [                    cCGATCTAGAACGACAACGGACGCGCCAAAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTACGTACAGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGCTGGTGGCATTGGTGGCTGTGGCCACAGCCGCCCCAATGGACGACTGAATGCAGCACCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGACCAGCATCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGATATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGACACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTATGGTGGTGGCTTCTGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGAGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGTAAAATAAC         ]
[+] EMBL BM636546             [                        CCG GAACGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTACGTACAGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGCTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGACACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTATGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGTGGGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGTGGGATATGGAGGATATCGTCCGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAA                     ]
[+] EMBL BM622014             [                        CCG GAACGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTACGTACAGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGCTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATTAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGACACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTATGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGTTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGAGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGT                 ]
[+] EMBL BM642773             [                           ccgACGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTACGTACAGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGCTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGACACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTATGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGAGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGTAAAATAAC         ]
[+] EMBL BM623979             [                            ccgCGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGT    GTACAGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGTGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGT                 ]
[+] EMBL BX611154             [                                                    GCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTA  T  AGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGTGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGT                   ]
[+] EMBL BM596016             [                                                          TAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTACGTACAGTGTCGCAGTCGACATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGCTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTCTTATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGACACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTATGGTGGTGGCTTCTGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGAGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAG                                              ]
[+] EMBL BX613617             [                                                                                                         TTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGTGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGT                   ]
[+] EMBL BM646153             [                                                                                                                              ccgATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGCTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGACACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTATGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGAGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGT                 ]
[+] EMBL BM630947             [                                                                                                                               ccgTGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGTGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGTAAAATAACAAAAAAATT]


>consensus_8921#0 CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGACCGAGAACGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTA GCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTACGTACAGTGTGCAGTGAGATTCTGTGTGAAACAAGG TGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAG AGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGT GGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTA CGATCAGCCTGAGATGGATTCGATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATCGATA TGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGG ATACGGTGGCTACCGGGGTGGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGTGGATATGGTGG ATATCGTCGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGTAAAAT AACAAAAAAATT



consensusID : consensus_8921#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 316
fasta sequence
                              [GCCGGAGACTCAGACCATCTGAGAAGCTTTGTATTCGTTAACGGTGACAATCTTGAGGTAGCACAGGAGTTCTGCTATCTTGGGATGGTCGTTACTTCAGACAACGACATCAGCAGCGAAATCCGGAGACGAATTGTGCAGTCGAATCGTGCATACTATGGGCTTAACCAACTGCTGAGGTCCAGAAGACTTCAAGCCCGCACCAAATGTGAGATATATCGCACATTCATTCGCCCGGTGGTCCTCTGTGGACACGAGTCCTCGACCATCCGAGCGGAGGATGCAAACGCTCTGGGCGTGTTTGAACGACGCATCC]

[+] EMBL BX615671             [GCCGGAGACTCAGACCATCTGAGAAGCTTTGTATTCGTTAACGGTGACAATCTTGAGGTAGCACAGGAGTTCTGCTATCTTGGGATGGTCGTTACTTCAGACAACGACATCAGCAGCGAAATCCGGAGACGAATTGTGCAGTCGAATCGTGCATACTATGGGCTTAACCAACTGCTGAGGTCCAGAAGACTTCAAGCCCGCACCAAATGTGAGATATATCGCACATTCATTCGCCCGGTGGTCCTCTGTGGACACGAGTCCTCGACCATCCGAGCGGAGGATGCAAACGCTCTGGGCGTGTTTGAACGACGCATCC]


>consensus_8921#1 GCCGGAGACTCAGACCATCTGAGAAGCTTTGTATTCGTTAACGGTGACAATCTTGAGGTA GCACAGGAGTTCTGCTATCTTGGGATGGTCGTTACTTCAGACAACGACATCAGCAGCGAA ATCCGGAGACGAATTGTGCAGTCGAATCGTGCATACTATGGGCTTAACCAACTGCTGAGG TCCAGAAGACTTCAAGCCCGCACCAAATGTGAGATATATCGCACATTCATTCGCCCGGTG GTCCTCTGTGGACACGAGTCCTCGACCATCCGAGCGGAGGATGCAAACGCTCTGGGCGTG TTTGAACGACGCATCC



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8921#0      CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGACCGAGAACGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTA 60
consensus_8921#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8921#0      GCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTACGTACAGTGTGCAGTGAGATTCTGTGTGAAACAA-G 119
consensus_8921#1      ----------------GCCGGAGACTCAGACCAT-CTGAGAAGCTTTGTATTCGTTAACG 43
                                      ** *   **  * *   * * * **   * *** *     ** *

consensus_8921#0      GTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCA 179
consensus_8921#1      GTGACAATCTTGAGGTAG-CACAGGAGTTCTGCTATC-----TTGGGATGGTCGTTACTT 97
                      **** *   *  ** **  *    * * * **** *        * * ***  **  *  

consensus_8921#0      GAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGAT--GATGGTG-ATGC 236
consensus_8921#1      CAGACAACGACATCAGCAGCGAAATCCGGAGACG-AATTGTGCAGTCGAATCGTGCATAC 156
                       ** *  *   **   *  ** *** * *   *    *   **  *   ** *** ** *

consensus_8921#0      TGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGG 296
consensus_8921#1      TATGGGCTTAACCAACTGCTGAGGTCCAGAAGACTTCAAGCCCGCACCAAATG------- 209
                      *   **   * ** *      * *  *** ** *   **  * * *  * ***       

consensus_8921#0      TTTACGATCAGCCTGAGATGGATTCGATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATC 356
consensus_8921#1      --TGAGATATATCGCACATTCATTCGCCCGGTGGTCCTCTGTGGACACGAGTCCTCGACC 267
                        *  ***    *  * **  *****   ** *         **         * * * *

consensus_8921#0      GATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGG-CGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGA 415
consensus_8921#1      ATCCGAGCGGAGGATGCAAACGCTCTGGGCGTGTTTGAACGACGCATCC----------- 316
                            **** ** * *  * *** *** **  *  *   *  ** **            

consensus_8921#0      GGAGGATACGGTGGCTACCGGGGTGGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGTGGATAT 475
consensus_8921#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8921#0      GGTGGATATCGTCGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGT 535
consensus_8921#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8921#0      AAAATAACAAAAAAATT 552
consensus_8921#1      -----------------
                                       




Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)